Prosím počkejte chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFPBTÚstav biochemie a mikrobiologie  → Vědecké zaměření ústavu → Vědecké skupiny → Laboratoř aplikované mikrobiální ekologie
iduzel: 29794
idvazba: 37921
šablona: stranka
čas: 26.9.2017 19:30:52
verze: 3813
uzivatel:
remoteAPIs:
branch: trunk
Obnovit | RAW

Laboratoř aplikované mikrobiální ekologie

Mikroorganismy představují nejrozmanitější formu života. Jejich metabolická aktivita je klíčová pro zachování funkcí všech ekosystémů v biosféře. Mikrobiální ekologie je rychle se rozvíjející obor studující vzájemné interakce mezi mikroorganismy a jejich vztahy s dalšími biotickými a abiotickými složkami životního prostředí.

Aktuálně řešené projekty

Ekologie mikrobiálních společenstev v životním prostředí: Jaký je rozsah fylogenetické a metabolické mikrobiální diversity a jaké hlavní faktory jí ovlivňují?

Úloha sekundárních rostlinných metabolitů v ekologii půdních mikroorganismů: Jak sekundární rostlinné metabolity řídí strukturu půdních mikrobiálních komunit? Jsou enzymy původně vyvinuty pro detoxikaci a/či degradaci sekundárních rostlinných metabolitů zodpovědné také za degradaci antropogenních polutantů?

Molekulární mechanismy vybraných biogeochemických procesů: Jaké mikroorganismy jsou klíčové v těchto procesech a jaké funkční geny využívají?

Modifikace extrakčních a kultivačních přístupů: Jak můžeme izolovat některé dosud nekultivovatelné bakterie?

Půdní metagenomika: Metagenom jako zdroj enzymů s dosud nepopsanou substrátovou specifitou a vytěžování jejich genů.

Příprava transgenních rostlin: Můžeme transgenozí zvýšit toleranci rostlin vůči environmentálním stresům?

Vybrané publikace

Leewis MC, Uhlík O, Fraraccio S, McFarlin K, Kottara A, Glover C, Macek T, Leigh MB. Differential Impacts of Willow and Mineral Fertilizer on Bacterial Communities and Biodegradation in Diesel Fuel Oil-Contaminated Soil. Front Microbiol 2016; 7: 837.

Rídl J, Kolář M, Strejček M, Strnad H, Štursa P, Pačes J, Macek T, Uhlík O. Plants Rather than Mineral Fertilization Shape Microbial Community Structure and Functional Potential in Legacy Contaminated Soil. Front Microbiol 2016; 7: 995.

Musilová L, Rídl J, Polívková M, Macek T, Uhlík O. Effects of Secondary Plant Metabolites on Microbial Populations: Changes in Community Structure and Metabolic Activity in Contaminated Environments. Int J Mol Sci 2016; 17: 1205.

Wald J, Hroudová M, Jansa J, Vrchotová B, Macek T, Uhlík O. Pseudomonads rule degradation of polyaromatic hydrocarbons in aerated sediment. Front Microbiol 2015; 6: 1268.

Uhlík O, Leewis MC, Strejček M, Musilová L, Macková M, Leigh MB, Macek T. Stable isotope probing in the metagenomics era: A bridge towards improved bioremediation. Biotechnol Adv 2013; 31: 154–165.

Uhlík O, Wald J, Strejček M, Musilová L, Rídl J, Hroudová M, Vlček Č, Cardenas E, Macková M, Macek T. Identification of bacteria utilizing biphenyl, benzoate, and naphthalene in long-term contaminated soil. PLoS ONE 2012; 7: e40653.

Uhlík O, Strejček M, Junková P, Šanda M, Hroudová M, Vlček Č, Macková M, Macek T. Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)-Time of Flight Mass Spectrometry- and MALDI Biotyper-based identification of cultured biphenyl-metabolizing bacteria from contaminated horseradish rhizosphere soil. Appl Environ Microbiol 2011; 77: 6858-6866.

Uhlík O, Ječná K, Leigh MB, Macková M, Macek T. DNA-based stable isotope probing: a link between community structure and function. Sci Total Environ 2009; 407: 3611-3619.

Uhlík O, Ječná K, Macková M, Vlček Č, Hroudová M, Demnerová K, Pačes V, Macek T. Biphenyl-metabolizing bacteria in the rhizosphere of horseradish and bulk soil contaminated by polychlorinated biphenyls as revealed by stable isotope probing. Appl Environ Microbiol 2009; 75: 6471-6477.

Leigh MB, Pellizari VH, Uhlík O, Sutka R, Rodrigues J, Ostrom NE, Zhou J, Tiedje JM. Biphenyl-utilizing bacteria and their functional genes in a pine root zone contaminated with polychlorinated biphenyls (PCBs). ISME J 2007; 1: 134-148.

a další na Google Scholar.

Lidé a kontakty

doc. Ing. Ondřej Uhlík, Ph.D.; vedoucí skupiny (B209, ondrej.uhlik@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

prof. Ing. Tomáš Macek, Ph.D. (B208, tomas.macek@vscht.cz, tel. +420 220 44 5139)

Ing. Michal Strejček (B209, michal.strejcek@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Jáchym Šuman (B209, jachym.suman@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Jitka Viktorová, Ph.D. (V04, jitka.viktorova@vscht.cz, tel. +420 220 44 3021)

Ing. Eliška Mojr Staňková (B209, eliska.mojr.stankova@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Lucie Musilová (B209, lucie.musilova@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Eglantina López Echartea (B209, eglantina.lopez.echartea@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Marco A. López Marín (B209, lopezmam@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Markéta Polívková (B209, marketa.polivkova@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Mgr. Kateřina Řehořová (V04, katerina.rehorova@vscht.cz, tel. +420 220 44 3021)

Aktualizováno: 7.3.2017 09:23, Autor: Vojtěch Spiwok

Once ecological mechanisms are understood, ecologists strive to better predict, conserve or manage communities to desired outcomes.

(Ashley Shade, ISME J 2017; 11, 1–6)

×


VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum