Metody a technické vybavení ústavu

Elektoroforetické metody

• SDS-PAGE
• agarosová elektroforéza
• Western blot
• RFLP
• kapilární elektroforéza

Centrifugace, ultracentrifugace

• mikrotitrační destičky až 0,5l láhve, max. RCF 1 000 000

Chromatografické metody

• FPLC
• HPLC
• plynová chromatografie

Dezintegrace buněk

• enzymová
• mechanická - OneShot

Izolace nukleových kyselin

• DNA
• RNA
• mRNA
• cDNA
• plasmidové DNA

PCR

• PCR
• qPCR
• dPCR

Stanovení aktivity enzymů

• peroxidasa, lipasa, amylasa, cellulasa, chitinasa, galaktosidasa, glukosidsa, mannosidasa, glukuronidasa, preoteasa, trypsin, fukosidas, nukleasa, katalasa, glutathionperoxidasa, glutathionreduktasa, glutathion-S-transferasa, thioredoxinreduktasa
• další enzymy dle dohody

Produkce rekombinantních proteinů

• E. coli
• S. cerevisiae
• tkáňové kultury
• Arabidopsis thaliana
• BY2 buňky
• vyšší houby

Izolace lipidových tělísek a jejich charakterizace

• mikroskopie
• DLS

TLC analýza

• sacharidy
• lipidy

Purifikace oligosacharidů

Hmotnostní spektrometrie

• MALDI-TOF/TOF
• LC-ESI-Q-TOF

Imunochemické metody

• ELISA
• imunochromatografické testy

Spektrofotometrie: měření v kyvetách i mikrotitračních destičkách

• absorbance
• fluorescence shora/zdola
• luminiscence
• time-resolved luminiscence
• flurescenční polarizace
• u vybraných technik použití injektorů

Biolistická transformace

• rostlinných buněk
• živočišných buněk
• v intaktních organismech

Mikroskopické metody

• Fluorescenční mikroskopie a další typy světelných mikroskopií. Mnoho různých fluoroforů, objektivů i kamer. Konfokální mikroskopie (spinning disc), superrezoluční mikroskopie. Možnost pozorování živých buněk.
• Transmisní elektronová mikroskopie (TEM) - příprava vzorků pro elektronovou mikroskopii – CPD (critical point drying), pokovování, pouhlíkování, příprava ultratenkých řezů, negativní barvení

Mikrobiologické metody

• kultivační a identifikační metody klasické potravinářské mikrobiologie včetně ISO metod
• identifikace mikroorganismů metodou MALDI-TOF MS
• detekce a identifikace potravinářsky významných mikroorganismů pomocí PCR
• kultivační stanovení fenotypové rezistence k antibiotikům (disková difuzní metoda, E-test)
• detekce aktivit beta-laktamas metodou MALDI-TOF MS
• genotypizační metody (PFGE, AFLP, RAPD, ERIC, MLST, mP-BiT…)
• příprava geneticky modifikovaných kmenů bakterií
• metabolická aktivita buněk biofilmu s využitím MTT testu nebo resazurinu
• semikvantifikace biofilmu barvením krystalovou violetí
• konstrukce DNA knihoven pro 16S rRNA geny a ITS oblast
• detekce bodových polymorfismů (SNP) metodou MALDI-TOF MS
• kvantifikace, viabilita a rekonstrukce struktury biofilmů
• bioluminiscenční analýza aktivit signálních molekul systému quorum sensing

Ekotoxikologické testy

• test s luminiscenční bakterií Vibrio fischeri
• test klíčení semen

Test mutagenity

• Amesův test
• kometový test
• HPRT test

Stabilita proteinů, studium interakce proteinů

• Tycho – měření denaturačních křivek proteinů (např. na kontrolu stability proteinů)
• GST – pull-down
• imuno – pull-down
• Thermoforéza (Monolith) – studium interakcí protein-protein, protein-nukleová kyselina, protein-liposomy

Příprava liposomů s různým složením (případně fluorescenčně značených) a studium jejich interakce s proteiny

Autentizace lidských buněčných linií metodou STR

Testování antibakteriálních aktivit

Testování korozní rychlosti degradovatelných materiálů

Bioinformatika

• Protein-ligand docking (Glide, Plants)
• Simulace molekulové dynamiky (Gromacs, Plumed)
• Predikce struktury proteinů (Modeller)