Prosím počkejte chvíli...
stdClass Object
(
    [nazev] => Ústav biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha
    [adresa_url] => 
    [api_hash] => 
    [seo_desc] => 
    [jazyk] => cs
    [jednojazycny] => 
    [barva] => 
    [indexace] => 1
    [obrazek] => 
    [ga_force] => 
    [cookie_force] => 
    [secureredirect] => 
    [google_verification] => UOa3DCAUaJJ2C3MuUhI9eR1T9ZNzenZfHPQN4wupOE8
    [ga_account] => UA-10822215-6
    [ga_domain] => 
    [ga4_account] => G-VKDBFLKL51
    [gtm_id] => 
    [gt_code] => 
    [kontrola_pred] => 
    [omezeni] => 
    [pozadi1] => 883MLsrPT8rMz8lPz0wFAA.jpg
    [pozadi2] => 
    [pozadi3] => 
    [pozadi4] => 
    [pozadi5] => 
    [robots] => 
    [htmlheaders] => 
    [newurl_domain] => 'biomikro.vscht.cz'
    [newurl_jazyk] => 'cs'
    [newurl_akce] => '[cs]'
    [newurl_iduzel] => 
    [newurl_path] => 8548/29628/29629
    [newurl_path_link] => Odkaz na newurlCMS
    [iduzel] => 29629
    [platne_od] => 31.10.2023 17:01:00
    [zmeneno_cas] => 31.10.2023 17:01:37.080471
    [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Jan Kříž
    [canonical_url] => 
    [idvazba] => 37730
    [cms_time] => 1711671069
    [skupina_www] => Array
        (
        )

    [slovnik] => stdClass Object
        (
            [logo_href] =>  /
            [logo] => 
            [logo_mobile_href] =>  /
            [logo_mobile] =>  
            [google_search] => 001523547858480163194:u-cbn29rzve
            [intranet_odkaz] => https://intranet.vscht.cz/
            [intranet_text] => Intranet
            [mobile_over_nadpis_menu] => Menu
            [mobile_over_nadpis_search] => Hledání
            [mobile_over_nadpis_jazyky] => Jazyky
            [mobile_over_nadpis_login] => Přihlášení
            [menu_home] => Domovská stránka
            [paticka_mapa_odkaz] => 
            [paticka_budova_a_nadpis] =>  BUDOVA A
            [paticka_budova_a_popis] => Rektorát, oddělení komunikace, pedagogické oddělení, děkanát FCHT, centrum informačních služeb
            [paticka_budova_b_nadpis] =>  BUDOVA B
            [paticka_budova_b_popis] =>  Věda a výzkum, děkanát FTOP, děkanát FPBT, děkanát FCHI, výpočetní centrum, zahraniční oddělení, kvestor
            [paticka_budova_c_nadpis] =>  BUDOVA C
            [paticka_budova_c_popis] => Dětský koutek Zkumavka, praktický lékař, katedra ekonomiky a managementu, ústav matematiky
            [paticka_budova_1_nadpis] =>  NÁRODNÍ TECHNICKÁ KNIHOVNA
            [paticka_budova_1_popis] =>  
            [paticka_budova_2_nadpis] =>  STUDENTSKÁ KAVÁRNA CARBON
            [paticka_budova_2_popis] =>  
            [paticka_adresa] =>  VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

[paticka_odkaz_mail] => mailto:Tereza.Kobzova@vscht.cz [zobraz_desktop_verzi] => zobrazit plnou verzi [aktualizovano] => Aktualizováno [autor] => Autor [drobecky] => Nacházíte se: VŠCHT PrahaFPBTÚstav biochemie a mikrobiologie [den_kratky_3] => st [novinky_kategorie_1] => Akce VŠCHT Praha [novinky_kategorie_2] => Důležité termíny [novinky_kategorie_3] => Studentské akce [novinky_kategorie_4] => Zábava [novinky_kategorie_5] => Věda [novinky_archiv_url] => /novinky [novinky_servis_archiv_rok] => Archiv z roku [novinky_servis_nadpis] => Nastavení novinek [novinky_dalsi] => zobrazit další novinky [novinky_archiv] => Archiv novinek [den_kratky_5] => pá [preloader] => Prosím počkejte chvíli... [den_kratky_1] => po [archiv_novinek] => [nepodporovany_prohlizec] => [zobraz_mobilni_verzi] => [social_yt_odkaz] => [social_fb_odkaz] => https://www.facebook.com/mikrobio320 [social_tw_odkaz] => [social_fb_title] => facebook stránka ústavu [social_tw_title] => [den_kratky_4] => [social_in_odkaz] => [den_kratky_2] => [novinka_publikovano] => Publikovano: [novinka_datum_konani] => Datum konani: [novinky_servis_kategorie_vse] => vše [novinky_servis_archiv_submit] => Filtrovat [hledani_nadpis] => hledání [hledani_nenalezeno] => Nenalezeno... [hledani_vyhledat_google] => vyhledat pomocí Google [den_kratky_0] => [social_li_odkaz] => [more_info] => [dokumenty_kod] => [dokumenty_nazev] => [dokumenty_platne_od] => [dokumenty_platne_do] => [den_kratky_6] => ) [poduzel] => stdClass Object ( [29704] => stdClass Object ( [obsah] => [poduzel] => stdClass Object ( [29708] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 29708 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [29709] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 29709 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [29710] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 29710 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) ) [iduzel] => 29704 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [29705] => stdClass Object ( [obsah] => [poduzel] => stdClass Object ( [72638] => stdClass Object ( [nazev] => Akce Běstvina [seo_title] => Akce Běstvina [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Výjezdní studentská konference Běstvina

O co jde?

Studentské konference na Běstvině (dříve na mlejně) se aktivně a více-méně povinně v rámci předmětů „Prezentace odborného projektu“ účastní studenti 1. ročníku magisterských studijních oborů Biochemie a buněčná biologie, Mikrobiologie a genové inženýrství a Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví. Na této konferenci mají studenti možnost vyzkoušet si prezentaci výsledků svých vědeckých projektů v rámci diplomové práce před širším publikem. Toto publikum je však nanejvýš shovívavé, neboť je z velké většiny tvořeno spolužáky. V obecenstvu je též zpravidla přítomno i několik zkušenějších kolegů z řad doktorandů, doktorů, docentů či dokonce profesorů.

Kde se konference koná?

Výjezdní studentská konference se koná v táborové základně blízko malé vesničky Běstvina (49.8325517N, 15.5812344E), kterou VŠCHT získala v roce 2019. Ta se nachází v podhůří Železných hor, asi 30 km jižně od Pardubic (více informací zde). Oproti mlýnu, ve kterém se studentská konference konala dříve, oplývá základna především velkou ubytovací kapacitou, ale je zde též několik sportovišť (fotbalové, basketbalové či volejbalové hřiště a další; vybavení bude k dispozici na místě), několik ohnišť, klubovna a rozlehlá společenská místnost. Zajímavostí je, že se právě zde pravidelně odehrává Letní odborné soustředění mladých chemiků a biologů čili odborné soustředění nejúspěšnějších řešitelů krajských kol chemické a biologické olympiády.

Výhodou tohoto umístění je bezesporu krásné prostředí, ale též izolace od okolního světa, která velkou měrou přispívá ke sblížení spolužáků. K tomu může dojít při hraní deskových her či při společném dovádění na hudební nástroje (kdo umí, ať si doveze), anebo při sportovním vyžití. Nevýhodou by se mohla zdát relativní vzdálenost základny od restauračních zařízení, které sbližování též napomáhají, ale i v tomto směru nabízí pořadatelé akce jisté možnosti… (půllitr s sebou!)

Organizace

Příjezd a odjezd

Konference začíná v následujícím pondělí po magisterkých státnicích, což většinou vychází na druhý až třetí týden v červenci. Odjezd autobusu od budovy B VŠCHT je naplánován na 8:30. Dle zájmu je možné objednat k autobusu přívěs na kola. Účastnící preferující dopravu po vlastní ose nechť kontaktují organizátory (základna je vybavena parkovištěm pro větší počet vozů).

Na první den je naplánována exkurze do jednoho z biotechnologických objektů po cestě nebo okolí. Na táborovou základnu tak dorazíme v odpoledních hodinách. Večeři první den tradičně zajistí starší kolegové a kolegyně.

Podle množštví účstníků akce trvá do soboty nebo neděle. Odjezd probíhá po vlastní ose. Nejbližší vlaková stanice se nachází v obci Třemošnice, odkud je to na základnu zhruba 6 km. V případě vysokokapacitních zavazadel a hromadného dojezdu je možné povolat motorizovanou jednotku, která s převozem zavazadel pomůže. Z Běstviny se ale také můžete dostat přímým autobusem do Pardubic. Vášniví cyklisté též mohou vyrazit na kole po vlastní ose, například do Čáslavi nebo do Pardubic.

Možnosti předčasného odjezdu jsou omezené a záleží na zařazení do přednáškové sekce. Plánování přednáškových sekcí probíhá přímo před začátkem konference dle účasti starčích kolegyň a kolegů, kteří působí jako chairs jednotlivých sekcí.

Konference

Hlavním programem jsou prezentace studentských vědeckých projektů, které se již za rok promítnou do diplomových prací. Přednášky zpravidla nejsou časově omezeny, ale obvyklý rozsah je cca 20 min. Podle počasí je jeden den v týdnu vyhrazen pro celodenní výlet, většinou se organizovaně jde na blízkou sečskou přehradu, kde je možné i koupání, anebo po vlastní ose.

Absolutně nutné je přivézt si sebou nejlépe již hotovou prezentaci ve standardních formátech (ppt, pptx, pdf...). Na základně je samozřejmě zaveden elektrický proud (i v chatičkách) a dokonce je vybavena i funkční wifi, ale trávení večerů v chatičkách doděláváním prezentace vás může ochudit o spoustu zajímavých zážitků.

Spaní

Studenti budou zřejmě organizováni do chatiček, nejčastěji po dvou osobách, které budou vybaveny čistě povlečenou matrací. V táboře je monost získání dek s povlečením, nicméně je lepší si pro jistotu  přibalit spacák či jiné spací propriety. Doporučujeme též dovézt si i teplejší oblečení, protože červnové noci (a někdy i dny) bývají ještě studené.

Jídlo

Jedním z nezapomenutelných zážitků spojených s konferencí ve mlejně bylo vaření. Na mlejně si totiž účastníci vařili sami a vařit pro zhruba 60 strávníků bylo v na jednom sporáku nebylo nic snadného. Na Běstvině je tradice společného vaření zachována, avšak místní kuchyně je dimenzována pro více než 150 strávníků. Kuchyně je kvalitně vybavena konvektomatem, restaurační myčkou na nádobí, řadou varen a sporáků a různými dalšími vymoženostmi. O první společnou nedělní večeři, ale též pondělní snídani se postará starší osazenstvo, proto se v případě náročnějších strávníků stačí vybavit větší svačinou. O další jídlo pro všechny se již starají sami studenti, kteří si na každý den volí službu. V kuchyni není problém si kdykoliv udělat čaj nebo kávu. Nákupy se řeší operativně, nejbližší větší obchod je v Třemošnici (Penny market). Na společné jídlo se všichni skládají, takže je nutné se vybavit přiměřeným kapesným. Dle zkušeností z minulých let se celkový příspěvek na jídlo se vejde do 500 Kč. Speciální strava (vegetariáni, lepek, sportovci) v minulých letech nikdy nebyla problém.

Ostatní vybavení

Vřele doporučujeme si dále přibalit repelent (klíšťat je všude dost), hudební nástroj (pokud na nějaký hrajete), deskové a jiné hry a půllitr. Na této konferenci je totiž již tradicí mít k dispozici čepované pivo. Ostatní pitný režim si zajišťuje každý sám.

Volný den

V nabitém přednáškovém týdnu je též nutné najít čas na regeneraci namáhaných mozkových buněk. Proto je do týdenního programu zařazen též volný den, který je věnován aktivnímu odpočinku.

 

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 72638 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /bestvina [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_galerie [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [73334] => stdClass Object ( [nazev] => Intranet ÚBM [seo_title] => Intranet ÚBM [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] => [urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 73334 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /intranet [sablona] => stdClass Object ( [class] => boxy [html] => [css] => [js] => $(function() { setInterval(function () { $('*[data-countdown]').each(function() { CountDownIt('#'+$(this).attr("id")); }); },1000); setInterval(function () { $('.homebox_slider:not(.stop)').each(function () { slide($(this),true); }); },5000); }); function CountDownIt(selector) { var el=$(selector);foo = new Date; var unixtime = el.attr('data-countdown')*1-parseInt(foo.getTime() / 1000); if(unixtime<0) unixtime=0; var dnu = 1*parseInt(unixtime / (3600*24)); unixtime=unixtime-(dnu*(3600*24)); var hodin = 1*parseInt(unixtime / (3600)); unixtime=unixtime-(hodin*(3600)); var minut = 1*parseInt(unixtime / (60)); unixtime=unixtime-(minut*(60)); if(unixtime<10) {unixtime='0'+unixtime;} if(dnu<10) {unixtime='0'+dnu;} if(hodin<10) {unixtime='0'+hodin;} if(minut<10) {unixtime='0'+minut;} el.html(dnu+':'+hodin+':'+minut+':'+unixtime); } function slide(el,vlevo) { if(el.length<1) return false; var leva=el.find('.content').position().left; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; var cislo=leva/sirka*-1; if(vlevo) { if(cislo+1>pocet) cislo=0; else cislo++; } else { if(cislo==0) cislo=pocet-1; else cislo--; } el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } function slideTo(el,cislo) { if(el.length<1) return false; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; if(cislo<0 || cislo>pocet) return false; el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } [autonomni] => 1 ) ) [73018] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 73018 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /akce [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [67241] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 67241 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /SVK [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [67203] => stdClass Object ( [nazev] => [seo_title] => Pseudocronobacter [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Main spectrum projections of "pseudo-Cronobacter" strains from the article B. Svobodová, J. Vlach, P. Junková, L. Karamonová, M. Blažková & L. Fukal: Novel Method for Reliable Identification of Siccibacter and Franconibacter Strains: from “Pseudo-Cronobacter” to New Enterobacteriaceae Genera. Applied and Environmental Microbiology 83(13) e00234-17. DOI: 10.1128/AEM.00234-17.

EB29_Franconibacter_helveticus_MspExport.btmsp
EB31_Franconibacter_helveticus_MspExport.btmsp
EB32_Franconibacter_helveticus_MspExport.btmsp
EB33_Franconibacter_helveticus_MspExport.btmsp
EB35_Franconibacter_helveticus_MspExport.btmsp
EB38_Franconibacter_pulveris_MspExport.btmsp
EB39_Franconibacter_pulveris_MspExport.btmsp
EB41_Franconibacter_pulveris_MspExport.btmsp
EB42_Franconibacter_pulveris_MspExport.btmsp
EB44_Siccibacter_turicensis_MspExport.btmsp
EB45_Siccibacter_turicensis_MspExport.btmsp

Also available at Zenodo

DOI
[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 67203 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /pseudocronobacter [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [66832] => stdClass Object ( [nazev] => Sbírka mikroorganismů [seo_title] => Sbírka mikroorganismů [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Seznam mikroorganismů sbírky ÚBM naleznete na adrese https://web.vscht.cz/~savickad/ (dostupné z domény vscht.cz).

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 66832 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[cs]/66832 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [65263] => stdClass Object ( [nazev] => [ikona] => [autor] => [kod] => [platne_od] => [platne_do] => [keywords] => [popis] =>

Aktuální problematika mikrobiologie potravin 2022

[iduzel] => 65263 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[cs]/konference [sablona] => stdClass Object ( [class] => dokument [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [62131] => stdClass Object ( [nazev] => SVK 2021 - Výherci [seo_title] => SVK2021 [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Sekce

1. místo

2. místo

3. místo

Cena sponzora

Produkce a studium proteinů

Bc. Aneta Machalíková

Bc. Simona Galádová

Bc. Ľubomíra Papíková

Bc. Tereza Volfová

Bc. Blanka Husťáková

Biomedicínské aplikace

Bc. Jana Psotová

Bc. Adéla Vávrová

Bc. Kateřina Kuglerová

Zdeněk Míchal

Bc. Kateřina Bašusová

Bioanalytické metody a jejich aplikace

Bc. Filip Souček

Bc. Tereza Vodičková

Bc. Barbora Zapletalová

Bc. David Straka

Interakce v biologických systémech

Bc. Michaela Čermáková

Bc. Karolína Štrbová

Bc. Jan Beránek

Bc. Veronika Tomšovská

Vliv malých molekul na metabolismus

Bc. Jana Bláhová

Bc. Tomáš Nejedlý

Bc. Irena Jochovičová

Bc. Mária Goliašová

Mikrobiologie

Bc. Michaela Kubáňová

Bc. Barbora Chylíková

Bc. Manuela Tadrosová

Bc. Monika Jiráčková

Genetika

Bc. Veronika Liščáková

Bc. Jan Šnábl

Bc. Kateřina Hanáková

Bc. Denisa Nováková

Všem umístěním gratulujeme! Sborník všech příspěvků si můžete stáhnout zde.

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 62131 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[cs]/62131 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [42959] => stdClass Object ( [nazev] => Akce Mlejn [seo_title] => Akce Mlejn [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Výjezdní studentská konference MLEJN

O co jde?

Studentské konference na mlejně se aktivně zúčastní studenti 1. ročníku magisterských studijních oborů Mikrobiologie, Obecná a aplikovaná biochemie a Laboratorní metody a příprava léčivých přípravků. Na této konferenci mají studenti možnost vyzkoušet si prezentaci výsledků svých vědeckých projektů v rámci diplomové práce před širším publikem. Toto publikum je však nanejvýš shovívavé, neboť je z velké většiny tvořeno spolužáky. V obecenstvu je též zpravidla přítomno i několik zkušenějších kolegů z řad doktorandů, doktorů, docentů či dokonce profesorů.

Konferenci předchází společná exkurze významného biotechnologického pracoviště.

mlyn1

Kde se konference koná?

Výjezdní studentská konference se koná (jak již název napovídá) ve mlýně, a to doslova. Tento vysloužilý mlýn, který svou kapacitou vyhoví právě skupince mikrobiologů, biochemiků a klinických biochemiků, se nachází uprostřed lesa poblíž vesničky Myslív blízko Nepomuku (https://en.mapy.cz/s/2oqcr). Výhodou tohoto umístění je bezesporu krásné prostředí, ale též izolace od okolního světa, která velkou měrou přispívá ke sblížení spolužáků. K tomu může dojít při hraní deskových her či při společném dovádění na hudební nástroje (kdo umí, ať si doveze) ve vnitřních prostorách mlýna, anebo při sportovním vyžití na rozlehlé zahradě a v blízkém okolí. Nevýhodou by se mohla zdát vzdálenost mlýna od restauračních zařízení, které sbližování též napomáhají, ale i v tomto směru nabízí i samotný mlýn jisté možnosti… (půlitr s sebou!)

mlyn2

Organizace

Exkurze

Akce Mlejn začíná dne 11.6. exkurzí do Plzeňského pivovaru. Sraz bude v 7:30 před VŠCHT odkud bude odjíždět přistaveným autobusem v 8:00. Součástí exkurze je dobrovolná degustace piva v ceně 100 Kč na osobu.

Konference

Po exkurzi (někdy kolem poledne) následuje přesun na místo pobytu, jímž je mlýn u obce Myslív blízko Nepomuku (souřadnice 49⁰ 25' 50.262“ N 13⁰ 35' 15.167“ E, 49.430628, 13.587546, https://en.mapy.cz/s/2oqcr). V následujících dnech budou hlavním programem prezentace vašich vědeckých projektů. Přednášky zpravidla nejsou časově omezeny, ale obvyklý rozsah je cca 15 min. Podle počasí je jeden den v týdnu vyhrazen pro celodenní výlet, buď na kole, nebo pěšky. Akce končí v neděli 17.6. individuálním přesunem domů. Možnosti předčasného odjezdu jsou omezené a záleží na zařazení do přednáškové sekce. Plánování přednáškových sekcí probíhá přímo před začátkem konference.

mlyn3

Standardní harmonogram:

8:00 - 9:00

snídaně

9:00 - 10:30

dopolední sekce I

10:30 -11:00

coffee break

11:00 - 12:30

dopolední sekce II

13:00

oběd

16:00 - 17:30

odpolední sekce I

17:30 - 18:00

coffee break

18:00 - 19:30

odpolední sekce II

20:00

večeře


Doprava

Pokud se chystáte jet vlastním autem, neměl by to být problém, prosíme ale, abyste sdělili tuto skutečnost předem (na spiwokv@vscht.cz). Kolo je velmi vítané na celodenní výlet, každodenní vyjížďky po okolí, případně i cestu domů. Autobus, který nás poveze na exkurzi, bude vybaven přívěsem na kola (prosíme o sdělení počtu cyklistů a cyklistek na spiwokv@vscht.cz).

mlyn4

Povinné vybavení a další informace

Spaní

Přestože mlejn oplývá kapacitou pro ubytování kolem šedesáti lidí, nenabízí spaní na posteli či matraci zdaleka pro každého. Je proto nutné vybavit se kompletem pro spaní na podlaze (karimatka, spacák). Doporučujeme též dovézt si i teplejší oblečení, protože červnové noci (a někdy i dny) bývají ještě studené.

mlyn5

Prezentace

Absolutně nutné je přivézt si sebou nejlépe již hotovou prezentaci ve standardních formátech (ppt, pptx, pdf..). V mlejně je samozřejmě zaveden elektrický proud a dokonce je vybaven i funkční wifi, ale trávení večerů na pokoji doděláváním prezentace vás může ochudit o spoustu zajímavých zážitků.

Jidlo

Jedním z nezapomenutelných zážitků spojených s konferencí ve mlejně je místní vaření. Na mlejně si totiž účastníci vaří sami. No a vařit pro zhruba 60 strávníků není v místních podmínkách nic snadného. Přesto nás (myšleno starší účastníky) každý rok překvapí, jaké kulinářské zážitky jsou schopni studenti zajistit. O první společnou večeři v pondělí i oběd v úterý se většinou postará starší osazenstvo, proto se stačí vybavit větší svačinou pro případ, kdyby se nestíhal pondělní oběd v Plzni po exkurzi. V dalších dnech se o vaření starají již sami studenti, kteří si na každý den volí službu. Nákupy se řeší operativně, nejbližší obchod je v Myslívě, avšak nejčastěji je jezdí s hromadným seznamem do Nepomuku. Na společné jídlo se tedy všichni skládáme, takže je nutné se vybavit přiměřeným kapesným. Dle zkušeností z minulých let však chceme upozornit, že celkový příspěvek na jídlo se vejde do 400 Kč. Vždy ale záleží na nárokách a invencích daného ročníku.

mlyn6

Ostatní vybavení

Vřele doporučujeme si dále přibalit repelent (klíšťat je všude dost), hudební nástroj (pokud na nějaký hrajete), deskové a jiné hry a půllitr. Na mlejně je totiž již tradicí mít k dispozici čepované pivo. Ostatní pitný režim si zajišťuje každý sám.

mlyn7

Volný den

V nabitém přednáškovém týdnu je též nutné najít čas na regeneraci namáhaných mozkových buněk. Proto je do týdenního programu zařazen též volný den, který je věnován aktivnímu odpočinku. Zde jen pár možností, co se dá podnikat v okolí mlejna:

Cyklovýlet

Pod vedením cyklistického guru Vojty Spiwoka je možné zúčastnit se celodenního výletu směr Horažďovice, Rábí a zpět, který je vhodný pro horská, krosová a s malou objížďkou i silniční kola (https://en.mapy.cz/s/2oqhV).

Angusfarma

Velmi oblíbenou variantou je též pěší výlet za nevšedním gurmánským zážitkem na Angusfarmu do blízkých Soběsuk (https://www.angusfarm.cz/).

Techmania Science Centre v Plzni

Zajímavou variantou je výlet do vědecko-technického centra v Plzni (http://techmania.cz/cs/).

Koupání v lomu

Nedaleko mlýna se nachází zatopený lom s průzračně čistou vodou. Pokud je počasí nakloněno, je koupačka v lomu velmi příjemnou záležitostí.

mlyn8

Proč to všechno?

Motivací, proč pořádáme výjezdní studentskou konferenci ve mlejně, je hned několik. Přínosem je pro studenta nejen možnost vyzkoušet si prezentovat své výsledky před širším publikem, ale především povinnost se po roce bádání zastavit a sesumírovat si všechny dosavadní výsledky i již plánované další postupy. V rámci diskuze po prezentaci se pak sám dozví, zda je schopen získané výstupy či navržené postupy obhájit, popřípadě jak postupovat, aby to se mu to povedlo lépe. Velmi cenný je též nezávislý pohled ostatních zkušenějších kolegů přítomných v obecenstvu, kteří velmi rádi poskytují své zkušenosti v oboru. Prosíme studenty, aby nechápali diskuzi po prezentaci jako nutné zlo, ale spíše jako možnost konstruktivně probrat řešení různých zádrhelů, se kterými se během vypracovávání své diplomové práce setkává každý student.

Co se týče osobního úhlu pohledu, je mlejnská sešlost výbornou šancí, jak se lépe seznámit se spolužáky i se zkušenějšími pracovníky z ústavu. Dobré kontakty získané během studia na vysoké škole mohou být totiž velmi výhodné i během další kariéry. Studentská konference ve mlejně je navíc již léty prověřená akce a její efekt na sbližování lidí byl experimentálně prověřen jako velmi pozitivní.

mlyn9

[urlnadstranka] => [iduzel] => 42959 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[cs]/42959 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [42630] => stdClass Object ( [nazev] => Zkušební laboratoř ÚBM FPBT VŠCHT Praha [seo_title] => Akreditovaná laboratoř [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Laboratoř je akreditována podle ČSN EN ISO/IEC 17025:2018 Českým institutem pro akreditaci o.p.s. jako zkušební laboratoř č. 1316.3

Činnost ZL ÚBM je rozdělena do dvou laboratoří:

  •  Laboratoře mikrobiologie 
  •  Laboratoře geneticky modifikovaných organismů (GMO)

Laboratoř mikrobiologie:

Mikrobiologické analýzy potravin 

  • Stanovení celkového počtu mikroorganismů v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU*
  • Horizontální metoda průkazu a stanovení Listeria monocytogenes v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Stanovení počtu kvasinek a plísní v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Horizontální metoda průkazu bakterií rodu Salmonella v potravinách, pokrmech,krmivech  a PBU
  • Stanovení počtu koagulázopozitivních stafylokoků v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Stanovení počtu Listeria monocytogenes v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Horizontální metody pro průkaz a stanovení bakterií čeledi Enterobacteriacae potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Stanovení počtu β-glukuronidázopozitivních Escherichia coli v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Stanovení počtu presumptivního Bacillus cereus v potravinách, potravinářských surovinách a   krmivech
  • Stanovení počtu bakterií r.Lactobacillus v potravinách a pomrmech, potravinových doplňcích

* PBU   předměty běžného užívání

 Mikrobiologické analýzy pitné vody, balené vody  v plném rozsahu platné legislativy

  • Stanovení indikátorů fekálního znečištění (fekální streptokoky, Escherichia coli a koliformní bakterie)
  • Stanovení kultivovatelných mikroorganismů při 22 °C a 36 °C 
  • Stanovení Clostridium perfringens 

Mikrobiologické analýzy balených vod, bazénové vody

  • Stanovení  kultivovatelných mikroorganismů při 36 °C
  • Stanovení  počtu koagulázopozitivních stafylokoků
  • Stanovení  počtu Escherichia coli
  • Stanovení  počtu  Pseudomonas aeruginosa

Stanovení  mikrobiální kontaminace 

v prostředí potravinářských provozoven a komunálních budov

Mikrobiologická analýza ovzduší

  • Stanovení celkové koncentrace směsné populace plísní
  • Stanovení celkové koncentrace směsné populace plísní

Kosmetika, kosmetické a zdravotnické přípravky

  • Průkaz mikroorganismů sledovaných v kosmetických produktech a zdravotnických přípravcích
  • Zkouška účinnosti konzervace zátěžovým testem

Identifikace mikroorganismů metodou hmotnostní spektometrie MALDI-TOF

Laboratoř geneticky modifikovaných organismů (GMO):

  • Důkaz a kvantifikace GMO metodou PCR v potravinářských surovinách, potravinách a krmivech
  • Kvantifikace GMO metodou real-time PCR v potravinářských surovinách, potravinách a krmivech

Pracoviště GMO je zařazeno do seznamu laboratoří s oprávněním vykonávat činnost kontroly přítomnosti a kvantifikace transgenů v povoleném rozsahu pro Ministerstvo životního prostředí.

Kontakt:

Mikrobiologická laboratoř: Ing. Jana Kadavá, tel. +420 220 445 200

Laboratoř GMO: Ing. Kamila Zdeňková, PhD., tel. +420 220 445 196

Kontakty na akreditovanou Metrologickou a zkušební laboratoř VŠCHT pro chemické analýzy naleznete ZDE.

Osvědčení:

Recenze:

ZL ÚBM se vedle akreditovaných laboratorních analýz významně podílí na spolupráci se subjekty (zákazníky) v oblasti vzdělávání. Je pořadatelem řady odborných kurzů v oblasti mikrobiologie, které jsou vždy organizovány v souladu s potřebami zákazníků. Kurzy probíhají vždy ve 2 částech – teoretická a praktická v posluchačských laboratořích.

Členové týmu laboratoře se jako experti velmi aktivně podílí i na vzdělávání mikrobiologických pracovníků potravinářských laboratoří ze/v zahraničí – např.  Saudská Arábie, přednášky a a  laboratorní kurzy. Tyto kurzy jsou zaměřeny na detekci patogenů v potravinách. Současně se podle požadavků zákazníka věnují i zavádění nových metod a jejich validaci (pravidelné kursy pro evropské a africké mikrobiology a manažery firmy Coca Cola)

Dále populární formou organizujeme i výukové kurzy pro studenty středních škol v rámci rozšíření jejich znalostí v oblasti přírodních věd, zejména v oblasti mikrobiologie potravin.

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 42630 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /akreditovana-lab [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [39517] => stdClass Object ( [nazev] => Geneticky modifikované organismy [seo_title] => Geneticky modifikované organismy [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Nakládání s geneticky modifikovanými organismy:

Informace pro zaměstnance Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha a studenty

Havarijní plán Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha pro práci s GMO (zkrácená verze)

Odborný poradce: prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc.

Osoby odpovědné za likvidaci havárie v jednotlivých laboratořích:

Plán pracoviště: Plánek bude všem dodán, hlavní je vědět, kde je hlavní uzávěr vody, elektřiny a plynu pro každou laboratoř!!!

Plán s označením hlavních ovladačů přívodu energií a bezpečnostními prvky je nedílnou součástí tohoto Havarijního plánu a je zahrnut jako Příloha 5; 5a a 5b.

V případě požáru bude vypnut hlavní přívod elektřiny a plynu (vyznačeno na plánku rozmístění laboratoří) a dle rozsahu požáru bude zvolen způsob hašení (pěnové hasící přístroje, voda). Pracovníci jsou povinni řídit se interním požárním řádem VŠCHT Praha. Při likvidaci požáru bude zohledněna práce s GMO a dle potřeby a situace bude pracoviště následně ošetřeno desinfekčním prostředkem (chlornan sodný 0,5-1%, Ajatin 0,5-2%).

V případě poškození vodovodního řadu a vytopení laboratoře bude nejdříve uzavřen hlavní přívod vody (viz plánek Příloha 5; 5a a 5b), kultury GMO budou přeneseny do jiného uzavřeného prostoru a prostor bude přiměřeně asanován a vysušen. Při současném úniku GMO do prostředí budou použity desinfekční prostředky a po ukončení asanace bude sledována přítomnost transgenů nebo jejich produktů metodami uvedenými v bodě j) tohoto Havarijního plánu.

Při úniku GMO zařazených do těchto kategorií, v uzavřeném prostoru i mimo něj nehrozí bezprostřední ohrožení zdraví lidí ani ohrožení životního prostředí a GMO je možno likvidovat postupem v laboratoři běžným (autoklávování 121 °C, 0,15 MPa, 50 min, použití desinfekčních prostředků). Za havárie ve vlastním slova smyslu se NEPOVAŽUJÍ malé úniky GMO (několik mililitrů), při nichž uniklé GMO mohou být rychle a spolehlivě zlikvidovány použitím desinfekčních prostředků. Za havárii je nutno považovat rozšíření GMO mimo laboratoře (chodby), určené k uzavřenému nakládání s GMO.

Při přenosu nádob s transgenním materiálem např. z kultivační místnosti do laboratoře může dojít k rozlití většího objemu této kultury (např. 1 litr). Zasažená místa je nutné s použitím ochranných rukavic vysušit, odpad zlikvidovat autoklávováním a místo ošetřit v dostatečném rozsahu dvěma typy desinfekčních roztoků: např. Ajatinem (0,5-2%) a následně chlornanem sodným (0,5-1%).Všichni musí vědět, kde v laboratoři je ajatin a Chlornan sodný (SAVO).

Potřeby pro kultivaci rostlin je třeba mýt v roztoku chlornanu v plastové vaně. Po 24 hod. stání je možno roztok zlikvidovat vylitím do komunálního odpadu.

Při rozšíření semen (desítky kusů) nebo vegetativních částí, schopných samostatného rozmnožování, je třeba především zabránit možnosti odnesení částí rostlin na obuvi apod. Dále je nutné asepticky odklidit pevné části do plastového pytle a sterilovat autoklávováním a zasažené místo pak ošetřit desinfekčním prostředkem tak, jak je uvedeno výše.

V případech havárie odlišné od zde popsaných je nutno postupovat podle pokynů odborného poradce.

V případě havárie bude informován odborný poradce, vedoucí ÚBM a děkan fakulty.

Přenos kultur 

Při přenosu kultur GMO z kultivačních místností do laboratoří bude situace řešena v závislosti na objemu kultury. Malé objemy budou přenášeny v plastikových uzavřených obalech, velké objemy v přepravkách překrytých alobalem. Podobně při přenášení kultur a materiálu z laboratoří k likvidacím autoklávováním do k tomu určené místnosti B250 budou malé objemy, kultury na plotnách nebo použité plasty přenášeny v plastikových uzavřených obalech s piktogramem Biohazard, větší objemy v uzavřených lahvích a baňkách jištěných v přepravce a překrytých folií. Přenášený a převážený rostlinný materiál bude neprodyšně uzavřen v plastových nebo plechových nádobách (obalech) a označen značkou Biohazard nejméně 5 cm velkou na protilehlých stranách. Pokud bude materiál přepravován vozem, automobil bude označen nápisem Biohazard a v autě bude k disposici popis přepravovaného materiálu a obecné instrukce, jak postupovat s uzavřeným kontejnerem obsahujícím transgenní materiál (neotvírat, dopravit na ÚBM VŠCHT Praha). Vědečtí pracovníci mají k dispozici genové mapy a sekvence insertů, s nimiž pracují a v případě úniku lze těchto znalostí využít pro monitorování případného úniku transgenu a následnou likvidaci a asanaci.

Likvidace

V případě úniku geneticky modifikovaných mikroorganismů a rostlin bude vymezen zasažený prostor, výrazně označen a ohraničen (křídou, fixem, výstražné nápisy) a bude zamezen přístup osob. Prostor bude ošetřen 0,5-1% chlornanem sodným a následně 0,5-2% Ajatinem. Po chemické asanaci se kontaminovaná plocha ozáří germicidní lampou výkon 2x25W. Jednotlivé drobné předměty, které byly únikem zasaženy, budou autoklávovány. Transgenní rostliny, které by unikly mimo vymezené bariéry, budou smeteny a autoklávovány v pytlích. Nepřítomnost geneticky modifikovaných mikroorganismů bude dokumentována odebráním vzorků z původně zasaženého místa a průkazem nepřítomnosti GMO nebo jejich produktů. (Smotkem gázy navlhčeným sterilní vodou bude setřeno cca 50x50 cm plochy, gáza eluována malým množstvím vody a bude použita buď jako templát pro PCR s použitím primérů odvozených od sekvence insertu nebo k imunochemické detekci produktů transgenů.) Toto je i postup pro přípravu pro sledování GMO, když se vede deník.

Popis a nákres uložení asanačních prostředků použitelných ke zneškodnění

Koncentrovaný a naředěný roztok (0,5-1%) chlornanu sodného a koncentrovaný a naředěný roztok (0,5-2%) Ajatinu budou umístěny v označených skříních umístěných ve všech místnostech určených pro uzavřené nakládání s GMO.

V případě havárie budou ihned vyrozuměni telefonicky event. emailem vedoucí pracoviště, osoby zodpovědné za likvidaci havárie jmenovitě uvedené v bodě d) tohoto Havarijního plánu a odborný poradce a bude zajištěna okamžitá dekontaminace.

Provozní plán Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha pro práci s GMO

Kategorie rizika nakládání s geneticky modifikovaným organismem, které smí být na pracovišti prováděno: Kategorie rizika I a II.

Seznam pracovníků proškolených pro práci s GMO na pracovišti

V Provozním řádu, který vám bude dodán, jsou doplněni pracovníci ÚBM a PGS studenti. Každá laboratoř přidá k Provoznímu řádu seznam studentů (magistři a bakaláři) aktuálně pracujících v laboratoři.

Povinnosti pracovníků při práci

Stávající pracovníci a PGS studenti uvedení v seznamu pro jednotlivé laboratoře byli proškoleni na provádění všech metod uvedených v odstavci g) Provozního řádu. Za dodržování pracovních postupů v jednotlivých laboratořích jsou zodpovědní příslušní vedoucí laboratoří. Školení budou pravidelně opakována.

Po ukončení práce v laboratoři mají pracovníci povinnost zajistit bezpečné uložení biologického materiálu s transgenní DNA, otřít pracovní plochu chemickou desinfekcí (např. 0,5-1% roztokem chlornanu sodného). Použitý materiál s GMO určený k likvidaci bude sterilován v autoklávu 50 minut při 121 °C, přetlak 0,15 MPa. Postup dekontaminace nástrojů při ukončení pracovní činnosti se řídí podle charakteru činnosti a určuje jej vedoucí laboratoře. Ochranné oděvy kontaminované geneticky modifikovanými mikroorganismy se budou prát jako infekční materiál: samostatný sběr a oddělená izolovaná přeprava.

Systém a četnost kontrol prostoru, zařízení a ochranných opatření

Kontroly čistoty pracovních ploch budou prováděny pověřenými proškolenými pracovníky s četností 1krát za 6 měsíců s platností od října 2016 (do září 2016 3krát ročně): stěry - sledování výskytu používaných mikroorganismů a pomocí PCR metody bude detekován příslušný transgen. U autoklávů určených pro likvidaci GMO (místnost B250 a BY12) budou pravidelně kontrolovány předepsané parametry pro bezpečnou sterilizaci externími servisními techniky a zaprotokolovány v provozní knize přístroje. Lednice a mrazáky určené pro uchovávání GMO jsou bezpečně uzamčeny a klíče jsou k dispozici u vedoucího příslušné laboratoře. Možnost výskytu přenašečů GMO (hmyz, hlodavci) je vyloučena zajištěním laboratoří, jejichž dveře a okna jsou trvale uzamčené nebo opatřené koulí. Laboratoře jsou klimatizované, okna jsou proti vniknutí hmyzu zajištěna síťkami. Zápis v Knize kontrol o každé kontrole bude parafován vedoucím příslušné laboratoře, odborným poradcem a vedoucím příslušné katedry.

Zásady vedení pracovních protokolů

Každá činnost s GMO je zaznamenávána do pracovních protokolů každého pracovníka s vyznačením čísel stránek, data zápisu a poznámkou o způsobu likvidace nepotřebných GMO.

Opatření k zabránění vstupu nepovolaných osob

Laboratorní prostory jsou rozděleny na funkční jednotky. Do každé jednotky je možný vstup pouze jedněmi dveřmi otevíratelnými klíčem. Klíče mají pracovníci, kteří v jednotce pracují. Studenti VŠCHT Praha mají do nich přístup pouze ve speciálních pláštích označených značkou Biohazard, které jsou nošeny pouze v těchto prostorách.

Přílohy:

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 39517 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /gmo [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29714] => stdClass Object ( [nazev] => [seo_title] => Domovská stránka Ústav biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] => [urlnadstranka] => [obrazek] => [iduzel] => 29714 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /home [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_novinky [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [39110] => stdClass Object ( [odkaz] => http://old-biomikro.vscht.cz/vyuka [iduzel] => 39110 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/vyuka [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyuka [sablona] => stdClass Object ( [class] => redirect [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29727] => stdClass Object ( [nazev] => O ústavu [seo_title] => O ústavu [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Posláním Ústavu biochemie a mikrobiologie je pedagogická a výzkumná činnost v oblastech biochemie, mikrobiologie, biologie a molekulární genetiky. Ústav zajišťuje výuku základních kurzů těchto disciplín v bakalářském studiu pro celou Fakultu potravinářské a biochemické technologie. Řada specializovaných předmětů je vyučována v navazujícím studiu magisterském a doktorském. Do výzkumných projektů cílevědomě zapojujeme posluchače všech stupňů studia v rámci řešení úkolů bakalářských, diplomových a disertačních prací.

obrázek

[urlnadstranka] => [obrazek] => [iduzel] => 29727 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /o-ustavu [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_submenu [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29758] => stdClass Object ( [nazev] => Studium [seo_title] => Studium [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Ústav biochemie a mikrobiologie zajišťuje v bakalářském studiu výuku předmětů (biochemie, mikrobiologie, biologie a další) pro obory studijních programů FPBT, včetně nového oboru Forenzní analýza. Biochemie je přednášena pro studenty všech fakult VŠCHT. V magisterském studiu zajišťuje ústav výuku dvou oborů, patřících do programu Biochemie a biotechnologie, a to Mikrobiologie a Obecné a aplikované biochemie. Dále zajišťujeme výuku programu Klinická bioanalytika oboru Laboratorní metody a příprava léčivých přípravků.

V rámci těchto bakalářských a magisterských programů, buď vlastními silami, nebo ve spolupráci s dalšími pracovišti VŠCHT nebo dalšími institucemi, vyučujeme předměty z oblastí biochemie, mikrobiologie, metod biochemického výzkumu a bioanalytiky, medicínských předmětů, molekulární biologie a genového inženýrství, forenzní analýzy a biologie. Dále vyučujeme vybrané předměty v angličtině.

Ústav je akreditován pro výchovu doktorandů postgraduálního studia v oborech Biochemie a Mikrobiologie. Zájemci a zájemkyně o doktorské studium mohou kontaktovat jednotlivé laboratoře nebo sekretariát ústavu.

[urlnadstranka] => [obrazek] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 29758 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studium [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_submenu [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29759] => stdClass Object ( [nazev] => Vědecké zaměření ústavu [seo_title] => Vědecké zaměření ústavu [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Ústav biochemie a mikrobiologie rozvíjí základní výzkum v oblastech molekulární biologie retrovirů, proteomiky, biochemie, fyziologie a molekulární biologie rostlin, enzymologie, mikrobiologie životního prostředí, potravinářské mikrobiologie a bioanalytických metod. Tyto aktivity vytváří platformu pro aplikovaný výzkum cílený na vývoj moderních terapeutických přístupů, možnosti bioremediací organických a anorganických zátěží v životním prostředí a sledování hygienické kvality potravin (ústav provozuje i akreditovanou Zkušební laboratoř ústavu biochemie a mikrobiologie) či interakcí rostlin s patogeny. Výzkum je v řadě případů interdisciplinárního charakteru a vedle úzké odborné spolupráce mezi jednotlivými laboratořemi ústavu by byl nemyslitelný bez kooperace s řadou národních a zahraničních pracovišť v rámci společných výzkumných programů a projektů. Na národní úrovni se pracoviště ústavu podílí na řešení úkolů Centra aplikované genomiky a na řešení výzkumného záměru Progresivní potravinářské a biochemické technologie. Současně jsou na ústavu řešeny úkoly projektů podporovaných GA ČR, TA ČR, MPO, MŠMT.

Vědecko-výzkumné portfolio ústavu v bodech:

Oblast medicínsky orientovaného výzkumu a vývoje

  • biologie skládání retrovirových částic a struktura a buněčný transport retrovirových proteinů se zřetelem na využití modifikovaných částic pro genové terapie
  • identifikace proteinů místně deponovaných v souvislosti s aplikací implantátů nebo kalcifikací stěn srdečních chlopní a cév; biokompatibilní materiály pro kožní náhrady
  • konstrukce nanočástic cílených do nádorových buněk k zobrazení karcinomů, testování cytostatik, rostlinné nukleasy jako protinádorová terapeutika a lipidová tělíska jako nosiče cílených hydrofobních léčiv
  • účinky adipokinů a možnosti nutriční a farmakologické intervence při metabolickém syndromu
  • rostlinné a hmyzí peptidy s antimikrobiálním účinkem jako terapeutika
  • glykosidasy extrémofilů pro enzymové syntézy terapeuticky významných derivátů sacharidů
  • vývoj a aplikace nových metod molekulárního modelování a strukturní bioinformatiky

Oblast kontroly a bioremediací životního prostředí

  • metabolické konverze xenobiotik a využití mikroorganismů a rostlin pro bioremediace znečištění prostředí organickými xenobiotiky
  • genomika a metagenomika pro studium mikrobiální diverzity a genetického potenciálu se zřetelem na symbiosu mikrobiálních konsorcií a rostlin a jejich synergii v bioremediačních procesech
  • molekulární determinanty fosfolipidového signálního systému rostlin v odpovědi na biotický a abiotický stres se zvláštním zřetelem na využití mechanismů indukované rezistence v alternativní ochraně rostlin proti chorobám
  • vývoj imunochromatografických souprav pro stanovení xenobiotik a posuzování xenobiotik, jejich metabolických intermediátů a těžkých kovů z hlediska cytotoxicity, genotoxicity a fyziologického dopadu jejich ingesce
  • biochemické a molekulárně biologické aspekty (hyper)akumulace těžkých kovů velkými houbami se zvláštním zřetelem na determinanty využitelné pro fytoremediace
  • transgenní rostliny pro fytoremediace půd a sedimentů kontaminovaných organickými xenobiotiky a těžkými kovy
  • povrchová expozice vazebných peptidů pro zvýšení kapacity mikrobiálních biosorbentů těžkých kovů
  • perspektivy lipidových tělísek pro likvidace ropných havárií a snažší syntézy degradovatelných plastů

Oblast kontroly a bezpečnosti potravin

  • vývoj moderních rychlých metod záchytu a kvantifikace potravinových patogenů (detekce a kvantifikace pomocí PCR, a DNA čipů, genotypizační metody, imunochemické metody včetně vývoje imunochromatografických souprav) doplněné klasickými mikrobiologickými metodami.
  • molekulární biologie enterotoxinů Staphylococcus aureus
  • tvorba biofilmů a sledování jejich resistence vůči disinfekčním prostředkům
  • resistence vybraných potravinových patogenů k antibiotikům
  • akreditované metody a vývoj nových metod detekce a kvantifikace geneticky modifikovaných potravinových surovin a potravin
  • identifikace peptidů vážících ionty těžkých kovů v potravinových surovinách a potravinách

Oblast interakce rostlin s patogeny

  • studium rostlinné imunity
  • modelová rostlina Arabidopsis thaliana
  • interakce zemědělsky významné plodiny řepky olejky s patogenem Leptosphaeria maculans
  • PCR, měření fytohormonů, měření typických odpovědí rostlin na napadení patogeny (ROS, calosa …), symptomy (Hyaloperenospora arabidopsidis, Pseudomonas syringae, Botrytis cinerea)
[urlnadstranka] => [obrazek] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 29759 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_submenu [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29883] => stdClass Object ( [nazev] => Kurzy a poradenství [seo_title] => Kurzy a poradenství [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Kromě pedagogické a vědecko-výzkumné činnosti nabízí Ústav biochemie a mikrobiologie analýzy, kurzy, semináře a poradenství pro zájemce z jiných akademických organizací nebo firem.

V připadě zájmu kontaktujte Ing. Magdalenu Melčovou

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 29883 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /kurzy [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_submenu [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [58857] => stdClass Object ( [nazev] => Metody a technické vybavení ústavu [seo_title] => Metody a technické vybavení ústavu [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [perex] => [ikona] => atom [obrazek] => [ogobrazek] => [pozadi] => [obsah] =>

Elektoroforetické metody

  • SDS-PAGE
  • agarosová elektroforéza
  • Western blot
  • RFLP
  • kapilární elektroforéza

Centrifugace, ultracentrifugace

  • mikrotitrační destičky až 0,5l láhve, max. RCF 1 000 000

Chromatografické metody

  • FPLC
  • HPLC
  • plynová chromatografie

Dezintegrace buněk

  • enzymová
  • mechanická - OneShot

Izolace nukleových kyselin

  • DNA
  • RNA
  • mRNA
  • cDNA
  • plasmidové DNA

PCR

  • PCR
  • qPCR
  • dPCR

Stanovení aktivity enzymů

  • peroxidasa, lipasa, amylasa, cellulasa, chitinasa, galaktosidasa, glukosidsa, mannosidasa, glukuronidasa, preoteasa, trypsin, fukosidas, nukleasa, katalasa, glutathionperoxidasa, glutathionreduktasa, glutathion-S-transferasa, thioredoxinreduktasa
  • další enzymy dle dohody

Produkce rekombinantních proteinů

  • E. coli
  • S. cerevisiae
  • tkáňové kultury
  • Arabidopsis thaliana
  • BY2 buňky
  • vyšší houby

Izolace lipidových tělísek a jejich charakterizace

  • mikroskopie
  • DLS

TLC analýza

  • sacharidy
  • lipidy

Purifikace oligosacharidů

Hmotnostní spektrometrie

  • MALDI-TOF/TOF
  • LC-ESI-Q-TOF

Imunochemické metody

  • ELISA
  • imunochromatografické testy

Spektrofotometrie: měření v kyvetách i mikrotitračních destičkách

  • absorbance
  • fluorescence shora/zdola
  • luminiscence
  • time-resolved luminiscence
  • flurescenční polarizace
  • u vybraných technik použití injektorů

Biolistická transformace

  • rostlinných buněk
  • živočišných buněk
  • v intaktních organismech

Mikroskopické metody

  • Fluorescenční mikroskopie a další typy světelných mikroskopií. Mnoho různých fluoroforů, objektivů i kamer. Konfokální mikroskopie (spinning disc), superrezoluční mikroskopie. Možnost pozorování živých buněk.
  • Transmisní elektronová mikroskopie (TEM) - příprava vzorků pro elektronovou mikroskopii – CPD (critical point drying), pokovování, pouhlíkování, příprava ultratenkých řezů, negativní barvení

Mikrobiologické metody

  • kultivační a identifikační metody klasické potravinářské mikrobiologie včetně ISO metod
  • identifikace mikroorganismů metodou MALDI-TOF MS
  • detekce a identifikace potravinářsky významných mikroorganismů pomocí PCR
  • kultivační stanovení fenotypové rezistence k antibiotikům (disková difuzní metoda, E-test)
  • detekce aktivit beta-laktamas metodou MALDI-TOF MS
  • genotypizační metody (PFGE, AFLP, RAPD, ERIC, MLST, mP-BiT…)
  • příprava geneticky modifikovaných kmenů bakterií
  • metabolická aktivita buněk biofilmu s využitím MTT testu nebo resazurinu
  • semikvantifikace biofilmu barvením krystalovou violetí
  • konstrukce DNA knihoven pro 16S rRNA geny a ITS oblast
  • detekce bodových polymorfismů (SNP) metodou MALDI-TOF MS
  • kvantifikace, viabilita a rekonstrukce struktury biofilmů
  • bioluminiscenční analýza aktivit signálních molekul systému quorum sensing

Ekotoxikologické testy

  • test s luminiscenční bakterií Vibrio fischeri
  • test klíčení semen

Test mutagenity

  • Amesův test
  • kometový test
  • HPRT test

Stabilita proteinů, studium interakce proteinů

  • Tycho – měření denaturačních křivek proteinů (např. na kontrolu stability proteinů)
  • GST – pull-down
  • imuno – pull-down
  • Thermoforéza (Monolith) – studium interakcí protein-protein, protein-nukleová kyselina, protein-liposomy

Příprava liposomů s různým složením (případně fluorescenčně značených) a studium jejich interakce s proteiny

Autentizace lidských buněčných linií metodou STR

Testování antibakteriálních aktivit

Testování korozní rychlosti degradovatelných materiálů

Bioinformatika

  • Protein-ligand docking (Glide, Plants)
  • Simulace molekulové dynamiky (Gromacs, Plumed)
  • Predikce struktury proteinů (Modeller)
[urlnadstranka] => [iduzel] => 58857 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[cs]/58857 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [10947] => stdClass Object ( [nazev] => Přístup odepřen (chyba 403) [seo_title] => Přístup odepřen [seo_desc] => Chyba 403 [autor] => [autor_email] => [perex] => [ikona] => zamek [obrazek] => [ogobrazek] => [pozadi] => [obsah] =>

Nemáte přístup k obsahu stránky.

Zkontrolujte, zda jste v síti VŠCHT Praha, nebo se přihlaste (v pravém horním rohu stránek).

[urlnadstranka] => [iduzel] => 10947 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error403] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_ikona [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [1485] => stdClass Object ( [nazev] => Stránka nenalezena [seo_title] => Stránka nenalezena (chyba 404) [seo_desc] => Chyba 404 [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Chyba 404

Požadovaná stránka se na webu (již) nenachází. Kontaktuje prosím webmastera a upozorněte jej na chybu.

Pokud jste změnili jazyk stránek, je možné, že požadovaná stránka v překladu neexistuje. Pro pokračování prosím klikněte na home.  

Děkujeme!

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [iduzel] => 1485 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error404] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) ) [iduzel] => 29705 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => dokumenty [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [519] => stdClass Object ( [nadpis] => [data] => [poduzel] => stdClass Object ( [61411] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://studuj-api.cis.vscht.cz/cms/?weburl=/sis [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 61411 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /sis [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) ) [iduzel] => 519 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) ) [sablona] => stdClass Object ( [class] => web [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) [api_suffix] => )

DATA


stdClass Object
(
    [nazev] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO
    [seo_title] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO
    [seo_desc] => 
    [autor] => 
    [autor_email] => 
    [obsah] => 

Domů   Projekty   Publikace

img

Během posledních dvou století prošla mikrobiologie a jí příbuzné biologické vědy obrovským vývojem, a současné poznání jen potvrzuje prohlášení nejvýznamnějšího mikrobiologa 19. století Louise Pasteura. Naše mikrobiologická laboratoř a problematiky, které řešíme, spadají do několika oblastí. Velká pozornost je věnována potravinářské mikrobiologii, což je dáno i historicky - Ústav biochemie a mikrobiologie patří pod Fakultu potravinářské a biochemické technologie. V posledních dvaceti letech se problematika laboratoře značně rozšířila. V roce 2004 byla potvrzena činnost akreditované Zkušební laboratoře pro potravinářskou mikrobiologii (PM) a geneticky modifikované organismy (GMO). Vedle této činnosti je vědecký výzkum v oblasti PM podpořen několika projekty grantových agentur. Stejně tak i v oblasti aplikované mikrobiologie řešíme v současné době několik aktuálních problémů.

V následující části jsou postupně uvedeny jednotlivé oblasti výzkumu a projekty získané v jednotlivých oblastech zaměření naší pracovní skupiny.

Oblasti zaměření naší pracovní skupiny:

  • Potravinářská mikrobiologie
  • Aplikovaná mikrobiologie
  • GMO

Potravinové patogeny, se kterými pracujeme:

  • Salmonella sp., Escherichia coli, Cronobacter sp., Campylobacter jejuni / coli, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes

Co nás na nich zajímá:

  • identifikace klasickými a moderními metodami
  • vývoj rychlých metod stanovení
  • genotypizace
  • rezistence k antibiotikům
  • exprese faktorů virulence a dalších vybraných genů
  • produkce enterotoxinů u S. aureus
  • tvorba biofilmu a odolnost biofilmu vůči antimikrobiálním látkám
  • termorezistence

Metody, které používáme:

  • kultivační a identifikační metody klasické potravinářské mikrobiologie včetně ISO metod
  • identifikace mikroorganismů metodou MALDI-TOF MS
  • detekce a identifikace potravinářsky významných mikroorganismů pomocí PCR
  • izolace DNA a RNA
  • detekce a kvantifikace genů pomocí end-point PCR a qPCR
  • Sangerovo sekvenování genových sekvencí
  • genotypizační metody (PFGE, AFLP, RAPD, ERIC, MLST, mP-BiT…)
  • moderní sekvenační metody (nanopórové sekvenování)
  • detekce SNP metodou MALDI-TOF MS
  • detekce aktivit beta-laktamáz metodou MALDI-TOF MS
  • transkripce vybraných bakteriálních genů (qPCR)
  • konfokální mikroskopie se zaměřením na kvantifikaci a rekonstrukci struktury biofilmů
  • bioluminiscenční analýza aktivit signálních molekul systému quorum sensing
[submenuno] => [urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [newurl_domain] => 'biomikro.vscht.cz' [newurl_jazyk] => 'cs' [newurl_akce] => '/vyzkum/vedecke-skupiny/29802' [newurl_iduzel] => [newurl_path] => 8548/29628/29629/29705/29759/29793/29802 [newurl_path_link] => Odkaz na newurlCMS [iduzel] => 29802 [platne_od] => 09.03.2024 10:56:00 [zmeneno_cas] => 09.03.2024 10:56:57.422922 [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Michal Strejček [canonical_url] => [idvazba] => 86876 [cms_time] => 1711671992 [skupina_www] => Array ( ) [slovnik] => Array ( ) [poduzel] => stdClass Object ( [64923] => stdClass Object ( [nazev] => [seo_title] => Konference [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Domů   Projekty   Publikace   Konference

Sborníky:

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 64923 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/potraviny/konference [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [56055] => stdClass Object ( [nazev] => [barva_pozadi] => cervena [uslideru] => false [text] =>

„Pánové, jsou to mikrobi, kteří mají poslední slovo.“

Louis Pasteur, 1822-1895

pasterur

[poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 56055 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => infobox [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [56084] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO [seo_title] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Domů   Projekty   Publikace

Publikace Laboratoře potravinářské a aplikované mikrobiologie 2020-2023

  • Branyšová T., Demnerová K., Stiborová H. (2020) Mikroorganismy kontaminující audiovizuální a fotografické památky kulturního dědictví: izolace a identifikace. Bioprospect30(2), 25-30.
  • Hrbek V., Zdenkova K., Jilkova D., Cermakova E., Jiru M., Demnerova K., Pulkrabova J. & Hajslova J. (2020) Authentication of meat and meat products using triacylglycerols profiling and by DNA analysisFoods 9(9), 1269.
  • Chlumsky O., Purkrtova S., Michova (Turonova) H., Svarcova (Fuchsova) V., Slepicka P., Fajstavr D., Ulbrich P., Demnerova K. (2020) The effect of gold and silver nanoparticles, chitosan and their combinations on bacterial biofilms of food-borne pathogensBiofouling36(2), 222-233.
  • Kracmarova M., Karpiskova J., Uhlik O., Strejcek M., Szakova J., Balik J., Demnerova K., Stiborova H. (2020) Microbial communities in soils and endosphere of Solanum tuberosum L. and their response to long-term fertilizationMicroorganisms, 8(9), 1377.
  • Lovecka P., Svobodova A., Macurkova A., Vrchotova B., Demnerova K., Wimmer Z. (2020) Decorative Magnolia plants: A comparison of the content of their biologically active components showing antimicrobial effectPLANT-BASEL9(7), N. 87.
  • Stiborova H., Kronusova O., Kastanek P., Brazdova L., Lovecka P., Jiru M., Belkova B., Poustka J., Stranska M., Hajslova J., Demnerova K. (2020) Waste products from the poultry industry: a source of high-value dietary supplementsJournal of Chemical Technology and Biotechnology95 (4), 985-992.
  • Stiborova H., Strejcek M., Musilova L., Demnerova K., Uhlik O. (2020) Diversity and phylogenetic composition of bacterial communities and their association with anthropogenic pollutants in sewage sludgeChemosphere238,124629.
  • Tepla B., Demnerova K., Stiborova H. (2020) History and microbial biodeterioration of audiovisual materialsJournal of Cultural Heritage44, 218-228.
  • Mukherjee S., Horka P., Zdenkova K., Cermakova E. (2024) Fish parvalbumin gene: Detection and Quantification by universal primers for forensic application. Journal of Food Composition and Analysis, 2024, 106029. https://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.jfca.2024.106029
  • Dostálková A., Zdeňková K., Bartáčková J., Čermáková E., Kapisheva M., Lopez Marin M. A., Kouba V., Sýkora P., Chmel M., Bartoš O., Dresler J., Demnerová K., Rumlová M., Bartáček J. (2024)  Prevalence of SARS-CoV-2 variants in Prague wastewater determined by nanopore-based Sequencing. Chemosphere, 351, 141162.
  • Bartackova J., Kouba V., Dostalkova A., Cermakova E., Marin M. A. L., Chmel M. Milanova M., Demnerova K., Rumlova M., Sykora P., Bartacek J., Zdenkova K. (2023) Monitoring of monkeypox viral DNA in Prague wastewater. Science of The Total Environment, 902, 166110 (2023).
  • Lopez Marin M. A., Zdenkova K., Bartackova J., Cermakova E., Dostalkova A., Demnerova K., Vavruskova L., Novakova Z., Sykora P., Rumlova M., Bartacek J. (2023) Monitoring COVID-19 spread in selected Prague's schools based on the presence of SARS-CoV-2 RNA in wastewater. Science of The Total Environment, 871, Article 161935.
  • Mukherjee S., Horka P., Zdenkova K., Cermakova E. (2023) Parvalbumin: A Major Fish Allergen and a Forensically Relevant Marker. Genes, 14(1), 223.
  • Cermakova E., Lencova S., Mukherjee S., Horka P., Vobruba S., Demnerova K., Zdenkova K. (2023) Identification of Fish Species and Targeted Genetic Modifications Based on DNA Analysis: State of the Art. Foods, 12(1), 228.
  • Zdenkova K., Bartackova J., Cermakova E., Demnerova K., Dostalkova A., Janda V., Jarkovsky J., Lopez Marin M. A., Nováková Z., Rumlova M., Rihova Ambrozova J., Skodakova K., Swierczkova I., Sykora P., Vejmelkova D., Wanner J., Bartacek J. (2022) Monitoring COVID-19 spread in Prague local neighborhoods based on the presence of SARS-CoV-2 RNA in wastewater collected throughout the sewer network. Water Research, 118343.
  • Lencova S., Stiborova H., Munzarova M., Demnerova K., Zdenkova K. (2022) Potential of Polyamide Nanofibers With Natamycin, Rosemary Extract, and Green Tea Extract in Active Food Packaging Development: Interactions With Food Pathogens and Assessment of Microbial Risks Elimination. Frontiers in microbiology, 13, 857423. .
  • Mukherjee S., Bartoš O., Zdeňková K., Hanák P., Horká P., Musilova Z. (2021) Evolution of the parvalbumin genes in teleost fishes after the whole-genome duplications. Fishes, 6(4), 70.
  • Vašek J., Čílová D., Melounová M., Svoboda P., Zdeňková K., Čermáková E., Ovesná, J. (2021) OpiumPlex is a novel microsatellite system for profiling opium poppy (Papaver somniferum L.); Scientific Reports, 11(1), 1-15. DOI: 10.1038/s41598-021-91962-1.
  • Lencova S., Zdenkova K., Jencova V., Demnerova K., Zemanova K., Kolackova R., Hozdova K., Stiborova H. (2021) Benefits of Polyamide Nanofibrous Materials: Antibacterial Activity and Retention Ability for Staphylococcus Aureus. Nanomaterials (Basel). 11 (2), 480. DOI: 10.3390/nano11020480.
  • Teixeira M. A., Vaz-Moreira I., Calderón-Franco D., Weissbrodt D., Purkrtova S., Gajdos S., Dottorini G., Halkjær Nielsen P., Khalifa L., Cytryn E., Bartacek J., Manaia C. M. Candidate biomarkers of antibiotic resistance for the monitoring of wastewater and the downstream environment. Water Res, 2023, 247.doi.org/10.1016/j.watres.2023.120761
  • Purkrtova S., Savicka D., Kadava J., Sykorova H., Kovacova N., Kalisova D., Nesporova T., Novakova M., Masek Benetkova B., Koukalova L., Boryskova S., Hnulikova B., Durovic M., Demnerova K. Microbial Contamination of Photographic and Cinematographic Materials in Archival Funds in the Czech Republic. Microorganisms. 2022, 10, 155. doi.org/10.3390/microorganisms10010155.
  • Miłobedzka A., Ferreira C., Vaz-Moreira I., Calderón-Franco D., Gorecki A., Purkrtova S., Bartacek J., Dziewit L., Singleton C.M., Nielsen P.H., Weissbrodt D.G., Manaia M.C. Monitoring Antibiotic Resistance Genes in Wastewater Environments: The Challenges of Filling a Gap in the One-Health Cycle. J. Hazar. Mater. 2022, 424, 1-15. doi.org/10.1016/j.jhazmat.2021.127407.
  • Chlumsky O., Smith H. J., Parker A.E., Brileya K., Wilking J.N., Purkrtova S., Michova H., Ulbrich P., Viktorova J., Demnerova K. Evaluation of the Antimicrobial Efficacy of
    N-Acetyl-l-Cysteine, Rhamnolipids, and Usnic Acid—Novel Approaches to Fight Food-Borne Pathogens. Int J Mol Sci.
    2021, 22(21), 11307. doi.org/10.3390/ijms222111307.
  • Chlumsky O., Purkrtova S., Michova H., Sykorova H., Slepicka P., Fajstavr D., Ulbrich P., Viktorova J., Demnerova K. Antimicrobial Properties of Palladium and Platinum Nanoparticles: A New Tool for Combating Food-Borne Pathogens. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22(15), 7892. doi.org/10.3390/ijms22157892.
  • Solcova M., Demnerova K., Purkrtova S. Application of Nanopore Sequencing (MinION) for the Analysis of Bacteriome and Resistome of Bean Sprouts. Microorganisms 2021, 9(5), 937. doi.org/10.3390/microorganisms9050937.
  • Storti E., Lojka M., Lencova S., Jankovsky O., Aneziris C. (2023) Synthesis and characterization of nanoplatelets-containing fibers by electrospinning. Open Ceramics, 15, 100395. https://doi.org/10.1016/j.oceram.2023.100395  
  • Lencova S., Stiborova H., Munzarova M., Demnerova K., Zdenkova K. (2022): Potential of polyamide nanofibers with natamycin, rosemary extract, and green tea extract in active food packaging development: Interactions with food pathogens and assessment of  microbial risks elimination. Frontiers in Microbiology, 13. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.857
  • Lencova, S., Zdenkova, K., Stiborova, H., Demenrova, K. (2022) Antibacterial and antibiofilm effect of natural substances and their mixtures over Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, and Escherichia coli. LWT – Food Science and Technology, 154. https://doi.org/10.1016/j.lwt.2021.112777
  • Lencova, S., Zdenkova, K., Jencova, V., Demnerova, K., Zemanova, K., Kolackova, R., Hozdova, K., Stiborova, H. (2021) Benefits of Polyamide Nanofibrous Materials: Antibacterial Activity and Retention Ability for Staphylococcus aureus. Nanomaterials, 11(2), 480. https://doi.org/10.3390/nano11020480
  • Lencova, S., Svarcova, V., Stiborova, H., Demnerova, K., Jencova, V., Hozdova, K., Zdenkova, K. (2021) Bacterial Biofilms on Polyamide Nanofibers: Factors Influencing Biofilm Formation and Evaluation. ACS Applied Materials & Interfaces, 13 (2), 2277-2288. https://doi.org/10.1021/acsami.0c19016
  • Nežerka, V., Holeček, P., Somr, M., Tichá, P., Domonkos, M., & Stiborová, H. (2023) On the possibility of using bacteria for recycling fines fractions of concrete waste: a critical review. Reviews in Environmental Science and Bio/Technology, 22 (2), 427-450. https://doi.org/10.1007/s11157-023-09654-3
  • Holeček, P., Kliková, K., Koňáková, D., Stiborová, H., Nežerka, V. (2023) Ureolytic bacteria-assisted recycling of waste concrete fines. Powder Technology, 119310. https://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.powtec.2023.119310

Publikace:

  • Száková, J.;  Stiborová, H.;  Mercl, F.;  Hailegnaw, N. S.;  Lhotka, M.;  Derevyankina, T.;  Paul, C. S.;  Taisheva, A.;  Brabec, M.; Tlustos, P., Woodchips biochar versus bone char in a one-year model soil incubation experiment: the importance of soil/char pH alteration on nutrient availability in soil. Journal of Chemical Technology and Biotechnology,  May 2023, https://doi.org/10.1002/jctb.7421
  • Kracmarova M., Uhlik O., Strejcek M., Szakova J., Cerny J., Balik J., Tlustos P., Kohout P., Demnerova K., Stiborova H.: Soil microbial communities following 20 years of fertilization and crop rotation practices in the Czech Republic, Environmental Microbiome 2022, 17, 13, https://doi.org/10.1186/s40793-022-00406-4
  • Stiborova H., Kracmarova M., Vesela T., Biesiekierska M., Cerny J., Balik J., Demnerova K.: Impact of long-term manure and sewage sludge application to soil as organic fertilizer on the incidence of pathogenic microorganisms and antibiotic resistance genes. Agronomy-Basel 2021, 11 (7), https://doi.org/10.3390/agronomy11071423
  • Kracmarova M., Kratochvilova H., Uhlik O., Strejcek M., Szakova J., Cerny J., Tlustos P., Balik J., Demnerova K., Stiborova H.: Response of soil microbes and soil enzymatic activity to 20 years of fertilization. Agronomy 2020, 2020, 10(10), 1542, https://doi.org/10.3390/agronomy10101542
  • Kracmarova M., Karpiskova J., Uhlik O., Strejcek M., Szakova J., Balik J., Demnerova K., Stiborova H.: Microbial communities in soils and endosphere of Solanum tuberosum L. and their response to long-term fertilization. Microorganisms 2020, 8(9), 1377, https://doi.org/10.3390/microorganisms8091377
  • Stiborova H., Strejcek M., Musilova L., Demnerova K., Uhlik O.: Diversity and phylogenetic composition of bacterial communities and their association with anthropogenic pollutants in sewage sludge. Chemosphere 2020, 238, 124629, https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2019.124629

Skripta

Demnerová K., Kadavá J., Melenová I., Pazlarová J., Purkrtová S., Sýkorová H., Turoňová H., Zdeňková K.: Laboratoř mikrobiologického zkoumání potravin. ISBN 9788070809570, VŠCHT vydavatelství, Praha 2016.

Patenty

Úplné kultivační médium pro mikrobiální produkci etanolu nebo butanolu, způsoby jeho výroby a způsoby výroby etanolu a butanolu, CZ 306795, Patáková P., Branská B., Stiborová H. et al.

Využití zbytku po strojním oddělení drůbežího masa pro přípravu směsi obsahující bioaktivní látky, CZ 307399, Stiborová H., Demnerová K., Lovecká P., Kaštánek P., Kronusová O., Jandejsek Z., Fulín T.

Užitné vzory

Munzarová M., Demnerová K., Lencová S., Stiborová H., Zdeňková K.: Zvlákňovací roztok pro výrobu nanovlákenné vrstvy a potravinářské obaly tuto nanovlákennou vrstvu obsahující. Užitný vzor CZ 33798 U1 zapsaný Úřadem průmyslového vlastnictví dne 27.02.2020.

Ovesná J., Fialová E., Kučera L., Řehořová K.: Reakční směs pro detekci přítomnosti jedinečných DNA sekvencí klikvy (Vaccinum macrocarpon L.) v potravinářských produktech. Česká republika, CZ užitný vzor 32576 U1. 28. listopadu 2018.

Certifikované metodiky

Šviráková E., Mühlhansová A., Purkrtová S., Němečková I., Jelínková M., Felsberg J.: Identifikace bakterií rodu Acinetobacter, vyskytujících se v mléce, mlékárenských výrobcích a na výrobním zařízení a pomůckách, pomocí metody polymerázové řetězové reakce s využitím rodově specifických primerů. Uplatněno: Státní veterinární ústav Jihlava. Osvědčení SVS č. SVS/2015/135598-G.

Zdeňková K., Demnerová K., Akhatova D., Fialová E., Krupa O., Kubica L., Lencová S.: Využití polymerázové řetězové reakce pro autentizaci hovězího, vepřového, kuřecího a koňského masa, Praha 2017. ISBN 978-80-7592-005-8.

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 56084 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/potraviny/publikace [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [56072] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO [seo_title] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Domů   Projekty   Publikace

1. Detekce, identifikace a charakterizace potravinářsky významných mikroorganismů a mikrobiomu potravin

Rychlá a spolehlivá detekce, kvantifikace a identifikace cílových mikroorganismů v potravinách patří mezi významné požadavky praxe potravinářské mikrobiologie. Vývoj a zavádění nových a spolehlivých metod detekce, kvantifikace a identifikace mikroorganismů přítomných v potravinách patří tedy též mezi významné úkoly potravinářské mikrobiologie. Typizační metody poté umožňují detekovat zdroje mikrobiální kontaminace v potravinách. Při řešení této problematiky používáme jak klasické kultivační metody včetně ISO metod, tak vhodné molekulárně-biologické metody (end-point PCR, qPCR, MALDI-TOF MS, Sangerovo sekvenování, masivní paralelní sekvenování).

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Izolace a identifikace cílových skupin mikroorganismů z potravin a potravinářských provozů (zvláště mlékárenské provozy, tržní síť) včetně nově řešených patogenních rodů
  • Vývoj nových metod pro detekci, kvantifikaci a typizaci mikroorganismů v potravinách
  • Řešení mikrobiologických problémů z potravinářské praxe
  • Studium vlivu protektivních mikrobiálních kultur na mikrobiom potravin 

Podpora:

  • Spolupráce s průmyslovými partnery
  • MZE QJ1210300 - Systémy jištění kvality a bezpečnosti mlékárenských výrobků vhodnými metodami aplikovatelnými v praxi (2012-2016)
  • MZE QL24010251 Nature in Cheese - Komplexní mikrobiota sýrů – nové metody hodnocení jejího složení a bezpečnosti pro následné využití v technologii sýrů (2024-2028)

 

2. Tvorba a odolnost biofilmu

Bakterie se v přirozeném prostředí převážně vyskytují nikoliv ve formě volně pohyblivých planktonních buněk, ale jako přisedlá společenství na pevném podkladu ve formě tzv. biofilmu. Buňky biofilmu jsou s povrchem a navzájem mezi sebou ireversibilně spojeny extracelulárními polymerními látkami (EPS - extracellular polymeric substances) matrice, která tvoří až 85 % celkové hmoty biofilmu a je složena převážně z vody, exopolysacharidů, lipidů, proteinů a eDNA. Biofilm je protkán kanálky, které slouží k rozvodu živin a umožňují buněčnou komunikaci prostřednictvím nízkomolekulárních látek. Buňky biofilmu mají díky ochranné vrstvě matrice a EPS vyšší odolnost před vlivy vnějšího prostředí (nutriční stresy, průnik antimikrobiálních látek), vykazují též odlišný růst a genovou expresi oproti buňkám planktonním. Vazby jsou tak pevné, že buňky nemohou být z povrchu odstraněny pouhým oplachem a tímto se biofilm stává nežádoucí v mnoha oblastech lidského života. Z klinického hlediska se například jedná o zubní plak či biofilm pokrývající lékařské implantáty a katetry. Z hlediska potravinářské mikrobiologie je biofilm velkým problémem ve výrobních a přepravních zařízeních, kde způsobuje korozi materiálů či kontaminaci produktů. Z tohoto důvodu se zabýváme studiem podmínek tvorby biofilmu u jednotlivých potravinových patogenů (vliv média, teploty, stresové podmínky, působení antimikrobiálních látek, koexistenční vztahy mikrobů) spolu se studiem struktury a exprese genů regulujících jeho tvorbu. Pro účely praxe poté studujeme působení dezinfekčních a antimikrobiálních látek na devitalizaci a tvorbu biofilmu.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Vliv kovových nanočástic a přírodních látek na tvorbu a eradikaci biofilmu
  • Jedno- a více-druhové biofilmy významných bakteriálních patogenů
  • Využití fluorescenční in-situ hybridizace a laserové konfokální mikroskopie pro charakterizaci směsných biofilmů
  • Vliv experimentálních podmínek na výsledky kvantifikace biofilmu
  • Vliv antimikrobiálních látek na transkripci genů významných pro tvorbu biofilmu

Podpora:

  • VIGA projekty

3. Rezistence k antibiotikům v potravinovém řetězci

Vzrůstající výskyt rezistence bakterií k antibiotikům patří mezi závažné problémy 21. století. Výskyt rezistentních bakteriálních kmenů následně zužuje spektrum vhodných antibiotik použitelných pro léčbu i běžných bakteriálních infekcí a/nebo prevenci jejich vzniku např. v chirurgii. Mezi místa, kde nejčastěji dochází ke vzniku nových determinant rezistence k antibiotikům a/nebo jejich šíření (tzv. hot spoty), patří čistírny odpadních vod, nemocnice, ale i potravinový řetězec. Trendem dnešní doby je proto vývoj a zavedení nových rychlých a spolehlivých, avšak dostatečně univerzálních a variabilních metod a metodických přístupů pro stanovení determinant rezistence k antibiotikům.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Výskyt genů rezistence u potravinářsky významných a patogenních bakterií (např. Salmonella spp., Escherichia coliListeria monocytogenes a Staphylococcus aureus)
  • Detekce genů rezistence k antibiotikům v potravinovém řetězci a dalších tzv. hot spotech (čistírny odpadních vod) a studium jejich genetických determinant (např. geny efluxních pump, beta-laktamáz, geny rezistence k tetracyklinu)
  • Bakteriom potravinového řetězce a variabilita jeho rezistomu
  • Validace qPCR protokolů pro kvantifikaci genů rezistence k antibiotikům
  • Využití MALDI-TOF MS pro stanovení fenotypových a genotypových profilů bakterií rezistentních k antibiotikům
  • Sledování rezistence a multirezistence patogenů izolovaných z různých typů vzorků (potraviny, klinické případy, čistírny odpadních vod, atd.)

 Podpora:

  • ARG Tech (2020-2023) - Technologie pro odstranění genů antibiotické rezistence z čistírenských kalů aplikovaných v zemědělství TAČR SS01020112
  • Česká platforma antibiotické rezistence (CZEPAR) (https://czepar.vscht.cz/czepar)
  • EU4 Health project-EU-WISH (Wastewater Integrated Surveillance for Public Health) (2023-2026) (https://www.eu-wish.eu/)

 

4. Analýza bakteriomu aktivovaného kalu metodou nanopórového sekvenování

Bakteriom aktivovaného kalu je velmi různorodý, kdy některé bakteriální druhy, obvykle velmi obtížně kultivovatelné či dosud nekultivované, jsou však technologicky nežádoucí a problematické pro správný průběh čištění. Metodami pro jejich stanovení jsou proto mikroskopická analýza či různé molekulárně-biologické metody. Nově zaváděná metoda nanopórového sekvenování amplikonů 16S rRNA a metagenomové DNA je velmi vhodná, neboť při příznivé ceně a při provedení vhodném pro běžnou laboratorní praxi, umožňuje jak celkovou analýzu bakteriomu izolované DNA, tak získání informace o četnosti cílových technologicky problematických druhů. 

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Zavedení a využití moderní metody nanopórového sekvenování pro detekci a kvantifikaci technologicky nežádoucích bakteriálních druhů obsažených v aktivovaném kalu s cílem stanovit a optimalizovat kroky vedoucí ke zlepšení procesu čištění odpadních vod

Podpora:

  • 2. VS SIGMA DC2 TQ03000804 NASEK - Využití nanopórového sekvenování bakteriomu aktivovaného kalu pro řízení procesu čištění odpadních vod (2024-2025)

 

 

5. Exprese faktorů virulence bakteriálních patogenů

Staphylococcus aureus je významný patogen produkující celou řadu toxických látek vyvolávající různá onemocnění. Z pohledu potravinářské mikrobiologie je jeho nejvýznamnější vlastností schopnost produkce termostabilních enterotoxinů, které mohou způsobit alimentární intoxikace neboli otravy z jídla. Dlouhodobě se zaměřujeme právě na studium exprese genů, které se podílí na tvorbě biofilmu i na produkci enterotoxinů; a to jak na úrovni mRNA, tak i na úrovni proteinu. Na úrovni mRNA je využívána metoda reverzní transkripce a kvantitativní real-time PCR (RT-qPCR), na úrovni proteinu imunochemická metoda ELISA. Vedle této činnosti je u testovaných kmenů prováděna i základní fenotypová a genotypová charakterizace. Mimo transkripci genů S. aureus je zkoumána i míra transkripce virulentních faktorů oportunního patogenu Cutibacterium acnes

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Virulence Staphylococcus aureus
  • Virulence Cutibacterium acnes

Podpora:

  • VIGA projekty

6. Analýza geneticky modifikovaných organismů (GMO)

GMO jsou definovány jako takové organismy, jejichž genetický materiál byl změněn způsobem, jehož nelze dosáhnout přirozenou cestou. Pomocí cílených genetických úprav lze dosáhnout požadovaných vlastností organismů, jako jsou např. zvýšená odolnost vůči negativním vlivům (škůdci, plevele, choroby, klimatické podmínky), zvýšení obsahu makro i mikronutrientů nebo urychlení růstu bez snížení nutriční hodnoty. Výzkumem a monitoringem GMO se zabýváme i v naší laboratoři, provádíme rutinní analýzy přítomnosti i přesnou kvantifikaci GMO, a to prostřednictvím PCR a PCR s fluorescenční detekcí v reálném čase (qPCR). Jsou analyzovány monitorované sekvence určující transgenní DNA (promotory a terminátory transkripce, selekční markery) i odrůdově specifické hraniční sekvence konkrétních GMO. Používány jsou in house postupy (SOP) i ISO ČSN protokoly.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Detekce a kvantifikace GMO v potravinách
  • Multiplex PCR/qPCR

Podpora:

  • Členství a spolupráce s Českou komisí pro nakládání s geneticky modifikovanými organismy a genetickými produkty
  • Členství a spolupráce s Vědeckým výborem pro geneticky modifikované potraviny a krmiva
  • Každoroční finanční podpora MŽP

7. Problematika falšování potravin

Falšování potravin je velkým problémem na současném světovém trhu. Hlavním důvodem falšování potravin je snaha výrobce o snížení nákladů na výrobu, přičemž v informacích pro spotřebitele uvedených na obalu výrobku deklaruje vyšší kvalitu, než ve skutečnosti prodává. Jedná se tedy o klamání spotřebitele, současně však může docházet i k ohrožení jeho zdraví. Maso a masné výrobky patří k nejdražším potravinám, a proto spadají do kategorie nejčastěji falšovaných komodit. Jedním z běžných způsobů klamání zákazníků je náhrada jakostního druhu masa masem méně hodnotným a uvádění nesprávného poměru obsahu druhu masa na etiketě výrobku. Metody založené na analýze DNA jsou velmi přesným nástrojem pro odhalování pravosti surovin, ze kterých jsou potraviny vyráběny. Naším cílem je vyvinout a validovat metody, které jsou vhodné pro analýzu komplexních a zpracovaných potravinářských matric. K tomu je třeba disponovat postupy pro určení druhové specificity a vhodnými nástroji na extrakci nukleových kyselin ze složitých matric. Náš výzkum se zabývá druhovou identifikací živočichů a rostlin pomocí PCR, sekvenace DNA i proteomické analýzy metodou MALDI-TOF MS. Jsou řešeny projekty zaměřené na molekulárně-biologickou analýzu významných druhů hospodářských zvířat (skot, prase, kůň či drůbež), analýzu mikrosatelitů a PCR identifikaci máku setého i druhovou identifikaci ryb prostřednictvím PCR amplifikující jaderný gen kódující významný alergen ryb, parvalbumin.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Identifikace potravinářsky významných živočišných druhů pomocí analýzy DNA
  • Identifikace ryb prostřednictvím molekulárně-biologických a proteomických přístupů
  • Vývoj molekulárního markeru pro diferenciaci odrůd máku setého

Podpora:

  • MZe (NAZV) QK23020101: Komplexní laboratorní strategie pro identifikaci druhů hmyzu určeného k lidské spotřebě a produkci zpracované živočišné bílkoviny, autentikace potravin na jeho bázi
  • MZE QK1910231 - Nové přístupy k průkazu falšování rybího masa pomocí genomové DNA
  • MZe (NAZV) QJ1530272 - Komplexní strategie pro efektivní odhalování falšování potravin v řetězci (provo)výroba-spotřebitel

8. Interakce nanovlákenných materiálů s mikroorganismy

Nanotechnologie se staly součástí našeho každodenního života. Jejich výzkumu je věnována velká pozornost v různých odvětvích, medicínu a potravinářství nevyjímaje. Aktuálně je velký zájem o využití nanomateriálů v tkáňovém inženýrství, což je obor zabývající se přípravou biologicky ekvivalentních náhrad tkání a orgánů, nebo při výrobě aktivních potravinových obalů prodlužujících trvanlivost potravin bez nutnosti použití konzervačních látek. Pro obě zmíněné oblasti je zcela zásadní mikrobiologická bezpečnost a znalost interakcí mikroorganismů s aplikovanými nanomateriály. V naší laboratoři je studován vliv nefunkcionalizovaných i funkcionalizovaných nanovlákenných textilií na růst, tvorbu biofilmu i transkripci genů vybraných patogenních i prospěšných mikroorganismů. Zabýváme se vlivem morfologie nanomateriálů zvlákněných metodou electrospinning z různých polymerů na mikrobiální interakce. V současném výzkumu se ukazuje, že právě pomocí morfologie lze účinně potlačit nebo podpořit mikrobiální růst. Ke studiu interakcí mezi mikroorganismy a nanovlákennými materiály využíváme jak klasické mikrobiologické metody, tak i molekulárně-biologické metody a mikroskopické metody, zejména skenovací elektronovou mikroskopii. Nanovlákenné materiály jsou připravovány a charakterizovány spolupracovníky z českých firem i z Technické univerzity v Liberci.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Vliv morfologie a struktury nefunkcionalizovaných nanomateriálů na růst bakterií, tvorbu biofilmu a retenci vybraných klinických a potravních patogenů a biotechnologicky významných mikroorganismů
  • Aplikace nanovláken do potravinových obalů a jejich vliv na potravinovou mikrobiotu
  • Vývoj antibakteriálních nanovlákenných chirurgických nití za účelem snížení rizika nozokomiálních nákaz
  • Vliv nanovláken na růst a transkripci vybraných genů Staphylococcus aureus/ Cutibacterium acnes

Podpora:

  • GAČR 23-05154S Interakce prokaryotických a eukaryotických buněk s nanovlákny s různou morfologií a strukturou
  • PO, OP PIK APLIKACE, CZ.01.1.02/0.0/0.0/16_084/0009936 - Aplikace nanovláken v potravinářských obalech

9. Analýza virové RNA/DNA v potravinách a vodách

Nemoci z potravin mohou být způsobeny požitím potravy, ve které jsou přítomné patogenní mikroorganismy nebo jimi produkované toxiny. K mikroorganismům kontaminujícím potraviny a vodu patři nejenom mnohé bakterie a plísně, ale i viry. Nejčastějšími viry, které se potravinami a vodou přenáší, jsou noroviry a virus hepatitidy A. Méně časté jsou rotaviry, virus hepatitidy E, astroviry, enteroviry, koronaviry, parvoviry a adenoviry. V naší laboratoři se zabýváme detekcí norovirů a koronaviru SARS-CoV-2.

Koronavirus SARS-CoV-2 je nově objevený kmen z čeledi Coronaviridae, který způsobuje vážné respirační onemocnění zvané COVID-19. Od konce roku 2019 virus způsobil celosvětovou pandemii. Vzhledem k celosvětové nouzové situaci v oblasti veřejného zdraví je důležité umět rychle a spolehlivě detekovat tento vir nejen jako průkaz nemoci u nakaženého, ale také z různých materiálů (např. z potravinových obalů) či odpadních vod. To by umožnilo monitorovat přítomnost viru a lépe předcházet dalším zoonotickým událostem podobného charakteru.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Detekce norovirů v potravinách a vodách
  • Detekce RNA SARS-CoV-2 a viru opičích neštovic (Mpox) ve vodách a kalech
  • Detekce RNA ptačí chřipky

 Podpora:

  • MZE (NAZV) QL24010383: Včasné odhalení zdrojů nákazy ptačí chřipky pomocí detekce virových částic v environmentálních vzorcích
  • TA ČR SS01020112 - Technologie pro odstranění genů antibiotické resistence z čistírenských kalů aplikovaných v zemědělství

10. Interakce grafenu a kompozitních materiálů s obsahem grafenu s mikroorganismy

V posledních desetiletích poutají pozornost základního i aplikovaného výzkumu grafenové materiály, jež kromě schopnosti zlepšovat fyzikální a chemické vlastnosti jiných matric vykazují i slibné antimikrobiální účinky. Dosud není zcela známo, jakými mechanismy grafen na mikrobiální buňky působí a jak se svými účinky liší různé formy grafenu. V rámci výzkumu ve spolupráci s Ústavem anorganické chemie na VŠCHT se zabýváme vlivem grafenových materiálů na růst a tvorbu biofilmu biotechnologicky významných mikroorganismů a mikrobiálních společenstev. Součástí výzkumu je i hodnocení genotoxicity. Do testování jsou zahrnuty grafenové materiály různých prostorových konformací: 1D (nanotrubičky), 2D (např. grafen, grafenoxid) a 3D (kompozity a nanovlákna s obsahem 1D a 2D materiálů). Ke studiu interakcí mezi mikroorganismy a grafenovými materiály využíváme jak klasické mikrobiologické metody, tak i molekulárně-biologické metody a mikroskopické metody, zejména skenovací elektronovou mikroskopii a konfokální laserovou skenovací mikroskopii.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Vliv grafenových materiálů na růst a tvorbu biofilmu vybraných mikroorganismů
  • Studium mechanismu působení grafenových materiálů na mikrobiální buňky – vliv na metabolickou aktivitu buněk, produkci reaktivních forem kyslíku apod.
  • In vitro a in vivo genotoxicita grafenových materiálů 

Podpora:

  • OP JAK CZ.02.01.01/00/22_008/0004631 Materiály a technologie pro udržitelný rozvoj (MATUR)

11. způsoby biologické ochrany brambor

Využití antimikrobiální aktivity bakterií a plísní je jednou z možných cest biologické ochrany brambor před účinkem pektinolytických bakterií (Pectobacterium spp. a Dickeya spp.) způsobujících měkkou hnilobu hlíz. Mezi producenty antimikrobiálních molekul patří nejčastěji zástupci rodů Pseudomonas, Bacillus, Serratia, Lactobacillus či Lactococcus. Tyto bakterie jsou schopny produkovat širokou škálu látek s antimikrobiálním účinkem, jako jsou peroxid vodíku, antibiotika, bakteriociny, siderofory, či různé těkavé organické sloučeniny. Je známo, že některé bakterie mohou inaktivovat také signální molekuly v procesu quorum-sening, a tak ovlivňovat expresi faktorů virulence fytopategonních bakterií. Jedná se především o bakterie náležící do rodů Delftia, Ochrobactrum, Bacillus a Rhodococcus.

Strategii hledání vhodného bioagens lze velmi zjednodušeně shrnout do následujících kroků: (i) izolace mikrobiální populace; (ii) ověření antimikrobiální aktivity na cílové fytopatogeny v laboratorních podmínkách; (iii) vyřazení izolátů s vlastní pektinolytickou aktivitou. Po tomto základním screeningu pak následují experimenty zaměřené na sledování účinku biogens přímo na hlízách brambor ve skleníkových podmínkách a následně i poloprovozech.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Izolace půdní mikrobiální populace z lokalit v ČR
  • Ověření antimikrobiální aktivity na cílové fytopatogeny
  • Stanovení pektinolytické aktivity
  • Identifikace izolátů plísní a bakterií (morfologie, biochemické testy, MALDI-TOF, sekvenace vhodných lokusů DNA) 

Podpora:

  • QL24010148 alternativní způsoby biologické ochrany bramboru za využití bioagens a látek přírodního původu

 



12. Biologicky aktivní látky

Vzhledem k neustále rostoucímu množství mikroorganismů rezistentních vůči antibiotikům je nutné hledat nové látky s antimikrobiálními účinky. Lze je získat jednak izolací z přirozeného zdroje, chemickou syntézou s využitím strukturní modifikace, tak syntézou de novo.

Rostliny produkují velké množství přírodních produktů, které mohou být aplikovány pro podporu lidského zdraví. Léky na bázi přírodních produktů byly tradičně podávány orálně jako surové extrakty, což však vyvolává obavy o zdraví z důvodu škodlivých nebo nežádoucích meziproduktů v surových extraktech. Technologický pokrok však vytvořil podmínky pro sofistikovanější a kvalitnější výrobu farmaceutických přírodních produktů.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Antimikrobiální aktivity, cytotoxicita, protizánětlivá aktivita rostlinných extraktů
  • Hodnocení extrakčních metod při zpracování rostlinného materiálu dle jejich biologických aktivit
  • Syntéza nových biologicky aktivních látek na bázi peptidů a/nebo triterpenových sloučenin 

Podpora:

  • Projekt TA ČR č. TN02000044 – BIOCIRKL – Biorafinace a cirkulární ekonomika pro udržitelnost

     

13. Studium endofytních mikroorganismů

Z důvodu stále rostoucí světové populace je vyvíjen tlak na dostatečnou a stabilní zemědělskou produkci. Pěstování plodin je značně limitováno nepříznivými podmínkami životního prostředí, škůdci a chorobami, které jsou v současné době navíc umocněny klimatickými změnami. Pro zajištění dostatečné výnosnosti zemědělských plodin se tak využívají pesticidy. Aplikace těchto chemických látek je sice velmi účinná, je však spojena s mnoha úskalími týkající se udržitelnosti tohoto systému pěstování rostlin. Pesticidy jsou chemické látky, které mají nežádoucí dopad na životní prostředí včetně člověka. Novodobé trendy zemědělství se tak snaží o omezení použití pesticidů a nalézání nových a ekologických řešení problému ochrany zemědělské úrody. Endofyty se díky produkci různých enzymů a jiných biologicky aktivních látek stávají důležitým prvkem v oblasti biotechnologických aplikací. Již dnes se využívají v zemědělství, lékařství, potravinářství, kosmetickém průmyslu, ale užitečné mohou být i v dalších oborech.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Izolace a identifikace endofytních mikroorganismů
  • Charakterizace jejich biochemických aktivit
  • Aplikační pokusy na rostlinách 

Podpora:

  • Projekt TA ČR č. TN02000044 – BIOCIRKL – Biorafinace a cirkulární ekonomika pro udržitelnost

 

14. Cirkulární ekonomika – příprava biobetonu

Pařížská klimatická dohoda a Zelená dohoda pro Evropu představují v současné době klíčové snahy o snížení emisí skleníkových plynů, včetně oxidu uhličitého. Mezi hlavní producenty patří stavební průmysl, kdy značná část CO2  je produkována při výrobě portlandského cementu, využívaného pro produkci betonu. Jednou z možností, jak snížit výrobu cementu je zavedení recyklace odpadního stavebního materiálu. Naše skupina se zabývá recyklací jemně drceného odpadního betonu, který vzniká při demolicích, a současně využívá mikroorganismy, které jsou schopné srážet uhličitan vápenatý (MICP - mikrobiálně indukované srážení uhličitanu vápenatého). Mikroorganismy jsou za specifických podmínek schopné tvořit různé struktury krystalů CaCO3, které spojují částice odpadního betonu, a vytváří se tak opět pevný, kompozitní vzorek, tzv. biobeton. Vzniklé kompozitní vzorky biobetonu jsou analyzovány z hlediska strukturních a mechanických vlastností ve spolupráci s Fakultou stavební, ČVUT. Díky této technologii lze nejen redukovat emise CO2, ale zároveň využívat odpadní stavební materiál. Nicméně, jednou z překážek převedení této technologie do průmyslového měřítka je cena celého procesu, jejíž významnou část tvoří náklady na komerční kultivační média. Proto je jedním z našich cílů nahrazení komerčních kultivačních médií alternativními zdroji živin, například vedlejšími produkty z drůbežářského nebo pivovarnického průmyslu.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Ověření schopnosti srážet uhličitan vápenatý u prokaryotních (bakterie) a eukaryotních (plísně) mikroorganismů
  • Modifikace postupů přípravy kompozitních vzorků s cílem vylepšit jejich mechanické vlastnosti, například přídavkem přírodních materiálů
  • Izolace a identifikace nových mikroorganismů se schopností srážet uhličitan vápenatý z různých environmentálních nik, například z Koněpruských vápencových jeskyní
  • Analýza složení mikrobiálních komunit v prostředích, kde probíhá tvorba uhličitanu vápenatého
  • Nahrazení komerčních růstových médií levnějšími alternativami připravenými z vedlejších živočišných produktů a optimalizace jejich přípravy
  • Komplexní analýza získaných kompozitních vzorků biobetonu − SEM, XRD, EDS, mechanické vlastnosti (tuhost, pevnost)
  • Zhodnocení uhlíkové stopy a celkové LCA (Life-Cycle Assessment) analýzy k vyhodnocení dopadů na životní prostředí

 Podpora:

  • GAČR 22-02702S: Mikrobiologicky indukované srážení kalcitu při recyklaci betonu pro produkci materiálů se zápornou uhlíkovou stopou
  • Národní centrum kompetence, TAČR TN02000044: „Biorafinace a cirkulární ekonomika pro udržitelnost“

15. iodeteriorace kulturních památek

Předměty kulturního dědictví nesou cenné informace o vývoji naší společnosti od dávných dob až po současnost. Bohužel však běžně podléhají biodeterioraci, což jsou nežádoucí změny způsobené činností organismů, převážně mikroorganismů. Tento proces způsobuje nevratné poškození předmětů kulturního dědictví, a tím i nevyčíslitelné ztráty informací. Je proto důležité předcházet mikrobiální kontaminaci kulturních památek ukládáním ve vhodných klimatických podmínkách. V případě, že jsou sbírky již kontaminovány, je nezbytné mikroorganismy identifikovat a odstranit. Naše pracovní skupina se zaměřuje na identifikaci mikrobiálních populací na různých typech kulturních památek, zejména fotografiích a knihách, ale také v ovzduší, protože právě mikroorganismy v ovzduší jsou považovány za jednu z hlavních příčin kontaminace kulturních památek. Pro identifikaci využíváme jak na kultivaci závislý přístup s využitím MALDI-TOF MS či Sangerova sekvenování, při kterém je kladen důraz na zachycení co největší diverzity, tak na kultivaci nezávislý přístup s využitím amplikonového sekvenování metodou Illumina MiSeq, založeného jak na izolaci DNA, tak RNA. Důležitou součástí našeho výzkumu je testování enzymových aktivit, což nám umožňuje sledovat biodeteriorační potenciál izolátů a také testování rezistence mikrobiálních izolátů vůči dezinfekčním prostředkům. Tento komplexní přístup nám umožňuje přispívat k ochraně kulturního dědictví před destrukcí způsobenou mikrobiální činností.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Monitorování mikrobiální kontaminace historických knih, fotografií a filmových pásek v depozitářích ČR
  • Vývoj šetrné metodiky odběru a izolace bakterií, kvasinek a plísní z kulturních památek
  • Identifikace a charakterizace bakteriálních kmenů kontaminujících fotografické a kinematografické materiály
  • Identifikace a charakterizace vláknitých mikromycet izolovaných z archivních materiálů
  • Srovnání způsobu identifikace izolátů tradičními kultivačními a sekvenačními metodami
  • Testování rezistence mikrobiálních izolátů k dezinfekčním prostředkům

Podpora (konec prosinec 2022):

  • NAKI II (grant. Č. DG18P02OVV062): Biodiverzita černobílých fotografických a kinematografických materiálů v archivních fondech a metody jejich dezinfekce


16. Faktory ovlivňující půdní ekosystém

Touto tématikou se naše vědecká skupina začala zabývat v roce 2015, v rámci spolupráce s ČZU s Fakultou agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů. V současné době je kladen velký důraz na udržitelné zemědělství a zároveň na maximální produktivitu rostlin, což ovlivňuje především kvalita půdy. Při našem výzkumu sledujeme jak různé agronomické postupy ovlivňují půdní ekosystém. Jednou z těchto strategií je aplikace hnojiv, jako jsou odpadní čistírenské kaly, statková hnojiva nebo minerální hnojiva. Aplikace těchto hnojiv probíhala na čtyřech stanovištích v České republice již od roku 1996 a jednotlivé lokality se lišily nejen fyzikálně-chemickými parametry půdy, ale i klimatickými podmínkami. Nicméně, tato strategie může ovlivnit půdu nejen pozitivně, ale i negativně, například zvýšeným výskytem nežádoucích patogenních mikroorganismů nebo zvýšením různých typů genů rezistence k antibiotikům. Další možností, jak zlepšit kvalitu půdy je pomocí přídavku biocharu, což je uhlíkatý materiál, který vzniká pyrolýzou odpadů organického původu. Aplikace biocharu do půdy přispívá k sekvestraci uhlíku v půdě, zlepšuje vlastnosti půdy, je významným zdrojem živin, napomáhá udržovat vlhkost půdy a podporuje mikrobiální diverzitu. V rámci projektu byly využity dva typy odpadů: bukové štěpky a zbytek po strojním oddělení kuřecího masa, které byly připraveny za dvou různých pyrolyzačních teplot. Půdní ekosystém může být ovlivněn také přítomností různých typů polutantů, které bývají často přítomny nejen v odpadních čistírenských kalech nebo statkových hnojivech, ale tyto polutanty se mohou v nízkých koncentracích vyskytovat rovněž ve vodách využívaných k zálivce rostlin.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Vliv přídavku různých typů hnojiv a biocharu na:
    • změny v mikrobiálních komunitách v půdě, v rhizosféře a na endofytní populace rostlin
    • půdní mikrobiální aktivity
    • přítomnost patogenních mikroorganismů
    • zvýšení genů antibiotické rezistence v půdě
  •  Vliv aplikace biocharu a arbuskulární mykhorhizy na degradaci, akumulaci a transport tří skupin kontaminantů (léčiv, změkčovadel a syntetických aromatických sloučenin) v rostlinách a na půdní, rhizosferní a endofytní populace

Podpora:

  • GAČR 16-07441S, GAČR 19-02836S

[urlnadstranka] => [ogobrazek] => [pozadi] => [poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 56072 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/potraviny/projekty [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [56068] => stdClass Object ( [nazev] => [barva_pozadi] => cervena [uslideru] => false [text] =>

Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO

vedoucí skupiny

prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc..

docenti

doc. Ing. Petra Lovecká, Ph.D.

doc. RNDr. Jarmila Pazlarová, CSc.

asistenti a vědečtí pracovníci

Ing. Jana Kadavá

Ing. Hana Michova, Ph.D.

Ing. Sabina Purkrtová, Ph.D.

Ing. Hana Stiborová, Ph.D.

Ing. Hana Sýkorová, Ph.D.

Ing. Kamila Zdeňková, Ph.D.

doktorandi

Ing. Tereza Branyšová

Ing. Eliška Čermáková

Mgr. Ondřej Chlumský

Ing. Diliara Jílková

Ing. Martina Kračmarová

Ing. Simona Lencová

Mgr. Ekaterina Shagieva

Ing. Milada Šolcová

Ing. Viviana Švarcová

Ing. Barbora Teplá

Ing. MartinTereň

technický personál

Šárka Katolická

Gabriela Radová

[poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 56068 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => infobox [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) ) [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) [api_suffix] => )


VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

zobrazit plnou verzi