Prosím počkejte chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFPBTÚstav biochemie a mikrobiologie  → Vědecké zaměření ústavu → Vědecké skupiny → Laboratoř aplikované proteomiky
iduzel: 29795
idvazba: 37922
šablona: stranka
čas: 20.11.2017 02:54:51
verze: 3887
uzivatel:
remoteAPIs:
branch: trunk
Obnovit | RAW

Laboratoř aplikované proteomiky

Naše laboratorní skupina se věnuje aplikaci proteomických postupů využívajících jako detekční koncovku hmotnostní spektrometrii ke studiu širokého spektra biologických systémů. Proteomika, kterou lze definovat jako disciplínu zabývající se komplexním studiem proteinů v daném čase za definovaných podmínek, je jedním z nejdynamičtěji se rozvíjejících vědních oborů.

V laboratoři využíváme pro studium proteinů hmotnostně spektrometrické techniky; jmenovitě MALDI-TOF/TOF a LC-ESI-Q-TOF. Zaměřujeme se na identifikaci a kvantifikaci proteinů spojených s reakcí rostlin (převážně plodin) na abiotické stresy (chlad, salinita, sucho), studium proteinů buněčných membrán a proteinů obsažených v nerozpustných matricích jako jsou mineralizáty srdečních chlopní, barevné vrstvy uměleckých děl, historické malty či archeologické artefakty. Spolupracujeme též s dalšími skupinami v rámci našeho ústavu i mimo něj na řešení mikrobiologických i proteomických úkolů.  

Řešená problematika - příklady

  •   Identifikace proteinů souvisejících s reakcí ječmene na stres chladem
  •   Studium membránových komplexů zapojených v signálních drahách rostlin
  •   Proteomické aspekty mineralizace srdečních chlopní
  •   Studium proteinů v uměleckých dílech a historických maltách
  •   Identifikace složek zooplanktonu
  •   Proteomická analýza retrovirů
  •   Identifikace patogenních mikroorganismů
  •   Rozvoj technik pro kvantifikaci proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie (metody iTRAQ, dimethylové značení, TOP3 etc)

Obrázek1 (originál)   matrix (originál)    umeni (originál)   salmonela (originál)

Metodika

  • Peptidové mapování   →   identifikace proteinů
  • Povrchové mapování   →   studium prostorové struktury proteinů
  • Biotyping   →   identifikace mikroorganismů
  • Kvantifikace proteinů pomocí isotopových značek i bez nich (metody iTRAQ, dimethyl labelling, SIM, TOP3, MeanInt)
  • Cross-linking a pull-down membránových komplexů

Vybrané publikace

1.   Maršálová L.,Vítámvás P., Hynek R., Prášil I. T., Kosová K.: Proteomic response of Hordeum vulgare cv. Tadmor and Hordeum marinum to salinity stress: Similarities and differences between a glycophyte and a halophyte. Frontiers in Plant Science 7, article number 1154 (2016). IF 4,495.

2.   Pavelka J., Smejda L., Hynek R., Kučková S.: Immunological detection of denatured proteins as a method for rapid identification of food residues on archaeological pottery Journal of Archaeological Science 73, 25-35 (2016).  IF 2,255

3.   Junková P., Prchal J., Spiwok V., Pleskot R., Kadlec L. Krásný L., Hynek R., Hrabal R. and Ruml T.:Molecular aspects of the interaction between Mason-Pfizer monkey virus matrix protein and artificial phospholipid membrane. PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics. (Přijato: Srpen 2016) IF 2,499

4.   Krasny L., Pompach P., Strnadova M., Hynek R., Valis K., Havlicek V., Novak P., Volny M.: High-throughput workflow for identification of phosphorylated peptides by LC-MALDI-TOF/TOF-MS coupled to in situ enrichment on MALDI plates functionalized by ion landing. J.Mass Spectrom. 50, 802-811 (2015). IF 2,541

5.   Kuckova Hrdlickova S., Rambouskova G., Hynek R., Cejnar P., Oltrogge D., Fuchs R.: Evaluation of mass spectrometric data using principal component analysis for determination of the effects of organic lakes on protein binder identification. Journal of Mass Spectrometry 50: 1270-1278 (2015). IF 2,541

6.   Krásný L., Rohlová E., Růžičková H., Šantrůček J., Hynek R., Hochel I.: Differentiation of Cronobacter spp. by tryptic digestion of the cell suspension followed by MALDI-TOF MS analysis. J. Microbiol. Methods. 98, 105-113 (2014). IF 2.096.

7.   Hrdlickova Kuckova, S., Crhova Krizkova, M., Cortes Pereira, C.L., Hynek, R., Lavrova, O., Busani, T., Cobra Branco, L., Sandu I.C.A.: Assessment of green cleaning effectiveness on polychrome surfaces by MALDI-TOF mass spectrometry and microscopic imaging. Microscopy Research and Technique 77: 574-585 (2014). IF 1,154

8.   Krizkova, Crhova, M., Hrdlickova Kuckova, S., Santrucek, J., Hynek, R.: Peptide mass mapping as an effective tool for historical mortars analysis. Constr. Build. Mater. 50: 219-225, 2014, IF 2,421

9.   Hlaváčková I., Vítámvás P., Šantrůček J., Kosová K., Zelenková S., Prášil I.T., Ovesná J., Hynek R., Kodíček M.: Proteins Involved in Distinct Phases of Cold Hardening Process in Frost Resistant Winter Barley (Horedum Vulgare L.) cv Luxor. International Journal of Molecular Sciences 14, 8000-8024 (2013). IF 3,257

10.   Coufalova, L., Kuckova, S., Velcovska, M., Zeman, A., Smid, M., Havelcova, M., Hynek, R.: Innovative technique for the direct determination of proteins in calcified aortic valves. Anal. Bioanal. Chem. 405: 8781-8787, 2013. IF 3,436

Personální složení

Vedoucí skupiny:

Doc. Dr. Ing. Radovan Hynek

Profesoři a docenti:

Prof. RNDr. Milan Kodíček, CSc.

Doc. Ing. Mgr. Štěpánka Kučková, Ph.D.

Odborní asistenti:

Ing. Jiří Šantrůček, Ph.D.

Ing. Petra Junková, Ph.D.

Doktorandi:

Ing. Tereza Bláhová, Ing. Iva Pitelková, Ing. Lucie Maršálová, Mgr. Lucie Coufalová,  Mgr. Marie Nýdrlová, Mgr. Iva Křížová

Naše stroje

MALDI-TOF/TOF                                                                                             LC-ESI-Q-TOF

Maldi tof (originál)      qtof (originál)

Aktualizováno: 22.2.2017 13:22, Autor: Tereza Kobzová

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

zobrazit plnou verzi