Naši doktorandi Guglielmo Tedeschi a Jan Beránek se umístili na druhém místě ve výzvě, která byla součástí workshopu 6th Advanced in silico Drug Design workshop/challenge 2023 (https://www.kfc.upol.cz/6add). Úkolem výzvy bylo libovolnou metodou nalézt mezi 1900 sloučeninami inhibitory proteinkinasy JAK2 v co nejkratším čase.

Blahopřejeme!

Hana Stiborová je spjata s Ústavem biochemie a mikrobiologie již od dob svých studií. Svou diplomovou práci obhájila pod vedením prof. Demnerové a poté absolvovala doktorské studium v oboru Mikrobiologie, na které navázala zahraniční stáží na Department of Chemical and Environmental Engineering, University of California, Riverside, USA, kde se zabývala přípravou a využitím polypeptidů na bázi elastinu. Na ústav Biochemie a mikrobiologie se vrátila v roce 2006 a od té doby působí v oblasti mikrobiálních degradací organických polutantů, zabývá se mikrobiálním aspektem kvality půd, využitím čistírenských kalů a jiných materiálů využívaných jako hnojiv a jejich dopadem na mikrobiální společenstva v půdě a v neposlední řadě mikrobiální degradací archivních materiálů. Vzhledem k její pedagogické a vědecké činnosti a po úspěšné obhajobě habilitační práce dnes, 6.10.2022, vědecká rada FPBT jednomyslně doporučila jmenování Ing. Hany Stiborové, Ph.D. docentkou pro obor Mikrobiologie. Gratulujeme!

I v letošním roce proběhne na konci listopadu Studentská vědecká konference. Studenti si zde mohou vyzkoušet prezentaci výsledků svých odborných projektů ve formě plakátových sdělení a diskutovat s odbornou komisí. I když většinu přihlášených tvoří studenti 2. ročníku magisterského studia, konference se každoročně účastní i někteří studenti z nižších ročníků. Výsledky a sborník z loňského ročníku si můžete prohlédnout zde.

Přihlašování probíhá pomocí elektronického přihlašovacího systému http://svk.vscht.cz, studenti vyplní ročník, jméno vedoucího práce a název příspěvku, který se nemusí shodovat s názvem odborného projektu, ale musí být schválen školitelem. Podle názvu příspěvku budou studenti rozdělováni do jednotlivých sekcí. Přihlášeným studentům budou po ukončení podávání přihlášek zaslány další pokyny k průběhu soutěže.  

Důležité termíny:              do 1. 11. podávání přihlášek

                                                    do 10. 11. nahrání anotace

                                                    24.11. SVK

V případě dotazů se obracejte na ústavní koordinátory doc. Kučkovou a dr. Markovou (mail Stepanka.Kuckova@vscht.cz nebo Michaela.Markova@vscht.cz).

V druhém srpnovém čísle časopisu FEBS Journal vyšel článek o prostorové struktuře a dalších vlastnostech α-L-fukosidasy z rodiny glykosidas číslo 151. Jedná se o první známou strukturu této rodiny. Díky tomu se dostala i na obálku. Práce vznikla ve spolupráci s laboratoří Jana Dohnálka.

T. Kovaľová, T. Kovaľ, J. Stránský, P. Kolenko, J. Dušková, L. Švecová, P. Vodičková, V. Spiwok, E. Benešová, P. Lipovová & J. Dohnálek: The first structure-function study of GH151 α-L-fucosidase uncovers new oligomerization pattern, active site complementation, and selective substrate specificity. FEBS Journal 289(16) 4998-5020 (2022).

Česká akademie zemědělských věd udělila dne 3. května profesorce Kateřině Demnerové zlatou medaili za mimořádný přínos k rozvoji vědy a výzkumu v agrárním sektoru.

Paní profesorce srdečně gratulujeme a děkujeme.

Uvažujete o doktorském studiu na Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT v Praze? Chcete se dozvědět více informací, abyste se mohli zodpovědně rozhodnout? Zastavte se za námi 30.3.2022 v 15:00 na neformální schůzce v  Uhelně.

I v letošním roce proběhne jako tradičně ke konci zimního semestru Studentská vědecká konference. Pro studenty to je příležitost, kdy si mohou vyzkoušet prezentovat své výsledky práce formou plakátových sdělení a diskutovat je s odbornou komisí z řad zaměstnanců ústavu a zástupců sponzorů. V letošním ročníku se do soutěže přihlásilo 56 studentů, převážně z druhého ročníku magisterského studia, avšak mezi přihlášenými najdeme i studenty mladší. Studenti byli podle témat prací rozděleni do 7 tématických okruhů. Sborník abstraktů přihlášených prací si můžete prohlédnout zde. Jako již tradičně mohou studenti získat i některé z hodnotných cen, které do soutěže věnovali naši sponzoři.

Ústavní koordinátoři:

doc. Mgr. Ing. Štěpánka Kučková, Ph.D. a Ing. Michaela Marková, Ph.D.

Pokud byste se chtěli stát sponzorem SVK na Ústavu biochemie a mikrobiologie, kontaktujte, prosím, některou z ústavních koordinátorek (email: Stepanka.Kuckova@vscht.cz nebo Michaela.Markova@vscht.cz).

K 1. 11. byla jmenována docentkou pro obor Mikrobiologie Ing. Jitka Viktorová, Ph.D. S Ústavem biochemie a mikrobiologie je spjata od roku 2005, kdy začala pracovat na své bakalářské práci. Po úspěšné obhajobě diplomové práce nastoupila v roce 2009 na doktorské studium a v roce 2014 obhájila svou dizertační práci. Od roku 2014 je na Ústavu biochemie a mikrobiologie zaměstnaná jako odborná asistentka v oboru Mikrobiologie, přednáší a vyučuje semináře v magisterských studijních programech v předmětech zaměřených na genetické modifikace organismů a pravidelně vede posluchačské laboratoře mikrobiologie, je školitelkou studentů všech stupňů studia. Vědecky se zaměřuje na bioprospekci antimikrobiálních látek a antibiotickou rezistenci.

Ústav biochemie a mikrobiologie ve spolupráci s 1. lékařskou fakultou Univerzity Karlovy (1. LF UK) otevírají navazující magisterský obor Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví. Studenti se seznámí se zavedenými i nejnovějšími laboratorními diagnostickými postupy, od jejich molekulární podstaty, přes laboratorní instrumentaci po vedení diagnostické laboratoře. Studijní program byl vytvořen ve spolupráci s 1. LF UK. VŠCHT se podílí na výuce předmětů v oblastech analytické chemie, biochemie, mikrobiologie a molekulární biologie. Medicínské předměty a celou řadu praktik v klinických laboratořích zajišťuje 1. LF UK. Součástí programu je praktická výuka v klinických laboratoratořích klinické biochemie, hematologie a transfuzního lékařství, lékařské mikrobiologie, imunologie a alergologie, histologie, lékařské molekulární biologie a genetiky a ochrany veřejného zdraví. Absolventi studia jsou připraveni pro všechny kvalifikované práce v klinických biochemických laboratořích. Slovy zákona č. 96/2004 Sb. jsou oprávněni vykonávat regulované zdravotnické povolání Odborný pracovník v laboratorních metodách a přípravě léčivých přípravků. Díky tomu mají značnou výhodu pokud chtějí pracovat v diagnostických laboratořích klinické biochemie, imunologie, mikrobiologie, molekulární biologie a v dalších. Řada absolventů získá uplatnění ve výzkumu a vývoji. Obor je rovněž skvělou přípravou pro doktorské studium v oborech medicínského výzkumu.

BioTech 2020 and 8th Czech-Swiss Symposium with exhibition (June 17-20, 2020, University of Chemistry and Technology, Prague) will cover all important aspects of advanced biotechnologies. The main scope of the symposium is to promote the exchange of information among academic and industrial researchers regarding technologies utilizing life-based systems to produce useful products and services. Lectures will be organized in following sessions:

• Medical and Pharmaceutical Biotechnology
• Food and Agriculture Biotechnology
• Industrial Biotechnology
• Microalgae Biotechnology
• Environmental Biotechnology
• Plant Biotechnology

The conference will take place at the University of Chemistry and Technology in Prague, located centrally in the university campus in Prague 6. The famous city of Prague lies in the heart of Europe and, due to its abundance of cultural attractions and rich historic architecture, is one of the most popular European tourist destinations.

V pondělí 8. 3. 2021 ve věku 65 let zemřel na následky dlouhého a těžkého onemocnění náš dlouholetý spolupracovník a milý kolega Mgr. Jiří Soják.

Jiří Soják vystudoval filmovou fakultu obor produkce a dlouhá léta byl zaměstnán nejdříve jako produkční později jako ředitel Kresleného filmu (Bratři v triku).

Na Ústav Biochemie a mikrobiologie VŠCHT nastoupil v roce 2007 v roli hospodáře a tuto pozici pozvedl na manažerskou funkci. Mimo svoji běžnou agendu ústavu významně pomohl při řešení nelehkých úkolů spojených s veřejnými zakázkami v rámci projektů EU. Později řešil tyto úkoly pro celou fakultu. Byl jakýmsi „mužem v pozadí“, který nás chránil před administrativní zátěží, kterou bral na sebe i nad rámec svých povinností. Vše vždy řešil s úsměvem a vždy nacházel cestu jak pomoci. O málokom lze říci, že ho měli rádi opravdu všichni, ale v jeho případě to byla pravda. Nikdy mu nechyběl na tváři úsměv, a to ani v době, kdy neobyčejně statečně bojoval se svou velmi těžkou a zákeřnou nemocí, na niž si nikdy nepostěžoval. Díky své inteligenci a smyslu pro humor byl vždy obklopen přáteli. Pro nás všechny odešel přítel, se kterým bylo vždy příjemné promluvit.

Milý Jirko, chybíš nám.

Kateřina Demnerová a Tomáš Ruml

V pátek 22. 1. 2021 ve věku 74 let zemřel nečekaně na následky těžkého průběhu onemocnění Covid-19 pan profesor Jan Evangelista Dyr, náš dlouholetý spolupracovník a milý kolega.

Prof. Ing. Jan E. Dyr, DrSc. po ukončení studií specializace makromolekulární chemie na VŠCHT, nastoupil v roce 1970 na Ústav hematologie a krevní transfuze, kde od roku 1985 vedl oddělení Biochemie a od roku 2013 byl náměstkem ředitele pro vědu a výzkum.

Celý svůj profesní život zůstal věrný i své alma mater. Od r. 1992 se na Ústavu Biochemie a mikrobiologie VŠCHT externě podílel na přednáškách předmětů „Imunologie a imunochemie“ a od roku 2003 „Imunologie a hematologie“. Byl předním světovým odborníkem v problematice hemostázy a trombózy a studium proteinové exprese a proteinových interakcí v plazmě a buňkách krve u pacientů s onkohematologickými a kardio a cerebrovaskulárními onemocněními. Výsledky své práce publikoval v desítkách článků v předních světových časopisech. Jeho týmu se podařilo odhalit vrozené poruchy molekuly fibrinogenu, které jsou u některých nemocných odpovědné za vyšší náchylnost k tvorbě krevních sraženin.

Prof. Dyr byl člověkem pronikavě inteligentním a renesančním. Díky své inteligenci a smyslem pro humor byl vždy obklopen přáteli. Pro nás všechny odešel nejen vysoce ceněný odborník, ale i přítel, který vždy dovedl poradit a inspirovat.

Milý Honzo, budeš nám chybět.

Tomáš Ruml

FOTO: UHKT

Dne 19.11.2020 se na našem ústavu uskutečnil další ročník Studentské vědecké konference (SVK).

Studentni soutěžili celkem v 7 sekcích, nejlepší 3 studenti v každé sekci byli oceněni, byly uděleny také ceny sponzorů.

Sekce Bioanalytické metody I

Sponzor:

1. místo

Bc. Mária Mellová - Nové prístupy v lipidomickej analýze krvnej plazmy

2. místo

MUDr. Bc. Adéla Hrdličková - Stanovení metabolitů Krebsova cyklu a glykolysy a vybraných markerů oxidačního stresu v plasmě pacientů s akutní myeloidní leukémií

3. místo

Bc. Anna Ničová - Srovnání metod v rámci label-free kvantifikace a proteomická analýza buněčné linie hFOB

Cena sponzora:

Tereza Veverková - Příprava oční rohovky in vitro

Bc. Adéla Loukotová - Proteomické rozlišení krve různých živočišných druhů

Sekce Bioanalytické metody II

Sponzor:

1. místo

Tamara Petříkovová - Určování zvířecího původu pergamenů

2. místo

Bc. Magdalena Čapková - Vývoj SPR biosenzoru pro detekci tramadolu v pitné vodě

3. místo

Bc. Radka Koláčková - Filtrační vlastnosti (ne)funkcionalizovaných nanovlákenných materiálů vyrobených technikou electrospinningu

Cena sponzora:

Dajana Kolářová - Příprava matrixového proteinu pro rentgenostrukturní analýzu

Bc. Martina Radouchová - Validace stanovení hormonů metodou 2D LC/MS/MS

Bc. Denisa Trubačová - Štiepenie proteínov obsiahnutých v kostných tkanivách pomocou chymotrypsínu v prítomnosti vybraných organických rozpúšťadiel

Enzymologie

Sponzor:

1. místo

Bc. Monika Čížková - Úloha inosin-5 ́-monofosfátdehydrogenasy v purinovém metabolismu u mykobakterií

2. místo

Bc. Tomáš Engl - Chitinasa z psychrofilní kvasinky Cryptococcus victoriae

3. místo

Bc. Klára Zemanová - Vliv funkcionalizovaných nanomateriálů na tvorbu biofilmu Cutibacterium acnes

Cena sponzora:

Bc. Olivie Běhounková - Charakterizace asparaginas z mořské bakterie Microscilla sp. PRE1

Bc. Martin Zmuda - Význam efluxních pump pseudomonas u multirezistetních klinických izolátů

Sekce Interakce v biologických systémech

Sponzor:

1. místo

Bc. Eliška Suchopárová - Analýza mikrobiomu rostlin slunečnice roční (Helianthus annuus L.)

2. místo

Bc. Kamila Pluhařová - „SA kolekce“: nový nástroj pro studium role kyseliny salicylové v rostlinách

3. místo

Bc. Lucie Staňková - Biologické účinky extraktů orientálních rostlin

Cena sponzora:

Bc. Lucie Hrdá - Hodnocení vlivu vybraných rostlinných extraktů na kulturu kostních buněk

Sekce Klinická biochemie

Sponzor:

1. místo

Bc. Jana Bláhová - Stanovení vazebné afinity derivátů tetrahydropyridinu na muskarinových receptorech

2. místo

Bc. Anna Rumlerová - Polymerní konjugáty shikoninu využitelné v protinádorové terapii

3. místo

Bc. Tereza Turnovská - Identifikace a ADME charakterizace nových antagonistů adrenergních receptorů α2A

Cena sponzora:

Bc. Michaela Blažková - Mapování neuroinflamace jako součásti neurodegenerace in vitro a in vivo

Bc. Vendula Ficelová - Functional investigation of non-cannonical glycosylation of T-type calcium channels

Bc. Gabriela Janíková - Vliv deficience tryptofanu ve stravě matky na rozvoj úzkostných poruch v dospělosti potomka

Bc. Zuzana Lenertová - Terapeutické cílení na mitochondrie nádorových buněk

Sekce Molekulární biologie a biochemie I

Sponzor:

1. místo

Bc. Radka Ježíšková - Strukturní analýza interakce mezi lidskou helikasou DHX15 a retrovirovou doménou bohatou na glyciny pomocí proteinového zesíťování

2. místo

Bc. Jakub Kaňka - Optimalizace systému pro detekci časně umlčených provirů

3. místo

Bc. Zuzana Kůtová - RNA helikázy a jejich interakce s vybranými proteiny Mason Pfizer opičího viru

Cena sponzora:

Bc. Lukáš Bláha - Vazba matrixových proteinů retrovirů na fosfolipidovou membránu pro studium jejich strukturního uspořádaní

Bc. Lucie Prokopová - Studium mutantů matrixového proteinu Masonova-Pfizerova opičího viru ovlivňujících myristoylový přepínač

Sekce Molekulární biologie a biochemie II

Sponzor:

1. místo

Bc. Lenka Lasoňová - Transportní systémy patogenních kvasinek: klonování genu TRK1 Candida parapsilosis a charakterizace jeho produktu

2. místo

Bc. Lýdie Jakubová - Izolace a charakterizace bakteriálních populací podílejících se na degradaci ligninu

3. místo

Bc. Anna Chaloupecká - Identifikace genetických a biologických aspektů akumulace Cd a Zn v Amanita muscaria

Cena sponzora:

Bc. Lenka Lasoňová - Transportní systémy patogenních kvasinek: klonování genu TRK1 Candida parapsilosis a charakterizace jeho produktu

Bc. Patrik Horna - Diferenciace exprese genů stresové odpovědi Campylobacter jejuni v prostředí hostitele a mimo něj

I letos bude na našem ústavu probíhat Studentská vědecká konference. Vzhledem k okolnostem jsme museli opustit systém diskusí na chodbách ústavu u studentských posterů a přesunuli jsme se do virtuálního světa. Pokud byste se rádi při při této příležitosti setkali se studenty a diskutovali nad jejich pracemi, jste srdečně zváni do prostředí MSTeams. Každá ze sekcí bude mít svůj tým, do kterého se můžete přihlásit pomocí kódu v následujícím odkazu. Čas začátku přednášek studentů je pouze orientační, bude záležet na délce diskuse. Také bychom rádi poděkovali všem firmám, které do soutěže přispěly cenami pro studenty, v letošní nelehké situaci si jejich ochoty vážíme o to více.

Za organizátory Michaela Marková a Štěpánka Kučková

Sborník s abstrakty si můžete stáhnou zde.

Studie, která se dostala na obálku časopisu Journal of Materials Chemistry B pojednává o syntéze a biologické aktivitě fluorescenčního konjugátu fotosensitizující látky feoforbidu a s nandrolonem – steroidem specificky cílícím androgenní receptor, který je často nadprodukován v řadě typů nádorů. Tento konjugát má vysoký potenciál nejen pro fotodynamickou terapii nádorů závislých na hormonech, ale i pro neinvazivní zobrazování androgenního receptoru in vivo.

Národní bioinformatická infrastruktura ELIXIR CZ (součást celoevropské infrastruktury ELIXIR) plánuje pořádání info dnů s cílem představit tuto infrastrukturu širší vědecké obci a rovněž zkvalitnit její služby a učinit je dostupnějšími. Za tímto účelem si Vás dovolujeme poprosit o vyplnění následujícího formuláře, který má napomoci zmapovat současné povědomí o ELIXIR CZ a poskytnout zpětnou vazbu pro pořádání info dnů.

https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdwynYmDfe-3qEGbE8ozWr2QjZblhkifce_tRaXHlYQAETMoA/viewform?vc=0&c=0&w=1

V úterý 27. 8. 2019 ve věku 83 let zemřela paní profesorka Blanka Králová, dlouholetá členka Ústavu biochemie a mikrobiologie na VŠCHT Praha. Celý svůj profesní život byla věrná své alma mater. Po ukončení studií specializace kvasná chemie a technologie (dnes obor biotechnologie), nastoupila v roce 1959 jako asistentka na katedru biologických věd, později přejmenovanou na katedru biochemie a mikrobiologie, kterou v té době vedl profesor Šícho. A jak často Blanka vzpomínala, vyžadoval po členech ústavu plné nasazení, byl přísný, neústupný, ale hodně se od něj naučila. V té době na katedře také pracovali její dlouholetí kolegové profesor Káš a profesor Rauch. V roce 1969 obhájila svou kandidátskou práci v oboru Biochemie a v roce 1990 se ve stejném oboru habilitovala. Středem jejího odborného zájmu byly hlavně enzymy a jejich kofaktory. Dlouhodobě se zabývala studiem transglykosylačních vlastností glykosidas. V roce 1997 byla jmenována profesorkou Biochemie. Řadu let zastávala (jako vůbec první žena na VŠCHT) funkci proděkana pro pedagogiku.

Během působení na VŠCHT byla vedoucí přibližně 50 diplomantů a školitelkou 15 doktorandů, z nichž tři získali prestižní ocenění v rámci ČR. Během své vědecké činnosti získala řadu domácích i zahraničních grantů. Absolvovala dvě čtyřměsíční stáže na zahraničních univerzitách (University of Rome, University of Cardiff) a dále pak spolupracovala s celou řadou dalších univerzit formou krátkodobých stáží a společných projektů (Švýcarsko, Dánsko, Něměcko, Španělsko, Rusko, Estonsko). Zároveň byla zapáleným členem asociace ECTN (European Chemistry Thematic Network).

Její znalosti anglického jazyka byly excelentní a díky tomu získala v roce 1969 od Americké chemické společnosti ocenění jako spolupracovník Chemical Abstract Service. V roce 2001 jí byla Fakultou potravinářské a biochemické technologie udělena Ballingova medaile. V roce 2010 byla její práce oceněna Medailí Josefa Hlávky a v letošním roce získala Medaili Emila Votočka.

Blanka byla člověkem vpravdě renesančním. Neexistovalo snad téma, o kterém by neuměla poutavě vyprávět. Kromě vědy milovala i cestování, umění a sport. V mládí se věnovala horolezectví a sjezdové lyže si odepřela až po svých 80. narozeninách. Svůj volný čas velmi ráda trávila na své chalupě na Malé Skále.

Do poslední chvíle svého života byla zaměstnána na Ústavu biochemie a mikrobiologie. Živě se zajímala o pedagogiku a vědecké projekty, na kterých se členové ústavu podíleli, byla oporou mladým vědeckým pracovníkům své pracovní skupiny, byla i nepostradatelnou aktivní účastnicí odborných seminářů. Díky své inteligenci a přátelské povaze byla vždy obklopena přáteli, kterým neváhala kdykoli nabídnout pomocnou ruku. Její mladistvý přístup k životu smazával generační rozdíly. Pro nás všechny odešla nejen vysoce ceněná odbornice oboru biochemie, ale i kamarádka, s kterou jsme se chodili radit i smát.

Ve dnech 14. - 15.2. bude na VŠCHT probíhat kurz Data Carpentry na téma základy zpracování  genomických dat. Kurz bude probíhat v anglickém jazyce.

Budou probírána témata:

• Project Organization
  and Management for Genomics
• Introduction to Cloud Computing
• Introduction to the Command Line
• Data Wrangling and Processing
  for Genomics

Více informací na https://www.hadriengourle.com/2019-02-14-elixir-prague/

Kurz je určen převážně doktorandům. Zájemci se hlaste u doc. Spiwoka.

Na Výzkumném ústavu veterinárního lékařství, v. v. i. se dne 16.2.2017 konalo zasedání hlavního výboru Československé společnosti mikrobiologické, na kterém byla slavnostně předána Patočkova medaile Prof. Ing. Kateřině Demnerové, CSc. z VŠCHT za dlouholetou práci pro ČSSM a rozvoj oboru potravinářské mikrobiologie.

BioTech 2017 and 7th Czech-Swiss Symposium with exhibition will cover all important aspects of advanced biotechnologies. The main scope of the symposium is to promote the exchange of information among academic and industrial researchers regarding technologies utilizing life-based systems to produce useful products and services. Lectures will be organized in following sessions: Medical and Pharmaceutical Biotechnology, Microalgae Biotechnology, Environmental Biotechnology, Food and Agriculture Biotechnology, Biorefinery and Industrial Biotechnology.

The conference will take place in the National Technical Library, located centrally in the university campus in Prague 6. The famous city of Prague lies in the heart of Europe and, due to its abundance of cultural attractions and rich historic architecture, is one of the most popular European tourist destinations.