Domů Publikace
Naše laboratorní skupina se věnuje aplikaci proteomických postupů využívajících jako detekční koncovku hmotnostní spektrometrii ke studiu širokého spektra biologických systémů. Proteomika, kterou lze definovat jako disciplínu zabývající se komplexním studiem proteinů v daném čase za definovaných podmínek, je jedním z nejdynamičtěji se rozvíjejících vědních oborů.
V laboratoři využíváme pro studium proteinů hmotnostně spektrometrické techniky; jmenovitě MALDI-TOF/TOF a LC-ESI-Q-TOF. Zaměřujeme se na identifikaci a kvantifikaci proteinů spojených s reakcí rostlin (převážně plodin) na abiotické stresy (chlad, salinita, sucho), studium proteinů buněčných membrán a proteinů obsažených v nerozpustných matricích jako jsou mineralizáty srdečních chlopní, barevné vrstvy uměleckých děl, historické malty či archeologické artefakty. Spolupracujeme též s dalšími skupinami v rámci našeho ústavu i mimo něj na řešení mikrobiologických i proteomických úkolů.
Řešená problematika - příklady
- Identifikace proteinů souvisejících s reakcí ječmene na stres chladem
- Studium membránových komplexů zapojených v signálních drahách rostlin
- Proteomické aspekty mineralizace srdečních chlopní
- Studium proteinů v uměleckých dílech a historických maltách
- Identifikace složek zooplanktonu
- Proteomická analýza retrovirů
- Identifikace patogenních mikroorganismů
- Rozvoj technik pro kvantifikaci proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie (metody iTRAQ, dimethylové značení, TOP3 etc)
Metodika
- Peptidové mapování → identifikace proteinů
- Povrchové mapování → studium prostorové struktury proteinů
- Biotyping → identifikace mikroorganismů
- Kvantifikace proteinů pomocí isotopových značek i bez nich (metody iTRAQ, dimethyl labelling, SIM, TOP3, MeanInt)
- Cross-linking a pull-down membránových komplexů
Naše stroje
MALDI-TOF/TOF LC-ESI-Q-TOF
