Prosím počkejte chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFPBTÚstav biochemie a mikrobiologie  → Vědecké zaměření ústavu → Vědecké skupiny → Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO → Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO
iduzel: 56072
idvazba: 86920
šablona: stranka
čas: 21.4.2024 04:37:00
verze: 5351
uzivatel:
remoteAPIs:
branch: trunk
Server: 147.33.89.153
Obnovit | RAW
iduzel: 56072
idvazba: 86920
---Nová url--- (newurl_...)
domena: 'biomikro.vscht.cz'
jazyk: 'cs'
url: '/vyzkum/vedecke-skupiny/potraviny/projekty'
iduzel: 56072
path: 8548/29628/29629/29705/29759/29793/29802/56072
CMS: Odkaz na newurlCMS
branch: trunk
Obnovit | RAW

Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO

Domů   Projekty   Publikace

1. Detekce, identifikace a charakterizace potravinářsky významných mikroorganismů a mikrobiomu potravin

Rychlá a spolehlivá detekce, kvantifikace a identifikace cílových mikroorganismů v potravinách patří mezi významné požadavky praxe potravinářské mikrobiologie. Vývoj a zavádění nových a spolehlivých metod detekce, kvantifikace a identifikace mikroorganismů přítomných v potravinách patří tedy též mezi významné úkoly potravinářské mikrobiologie. Typizační metody poté umožňují detekovat zdroje mikrobiální kontaminace v potravinách. Při řešení této problematiky používáme jak klasické kultivační metody včetně ISO metod, tak vhodné molekulárně-biologické metody (end-point PCR, qPCR, MALDI-TOF MS, Sangerovo sekvenování, masivní paralelní sekvenování).

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Izolace a identifikace cílových skupin mikroorganismů z potravin a potravinářských provozů (zvláště mlékárenské provozy, tržní síť) včetně nově řešených patogenních rodů
  • Vývoj nových metod pro detekci, kvantifikaci a typizaci mikroorganismů v potravinách
  • Řešení mikrobiologických problémů z potravinářské praxe
  • Studium vlivu protektivních mikrobiálních kultur na mikrobiom potravin 

Podpora:

  • Spolupráce s průmyslovými partnery
  • MZE QJ1210300 - Systémy jištění kvality a bezpečnosti mlékárenských výrobků vhodnými metodami aplikovatelnými v praxi (2012-2016)
  • MZE QL24010251 Nature in Cheese - Komplexní mikrobiota sýrů – nové metody hodnocení jejího složení a bezpečnosti pro následné využití v technologii sýrů (2024-2028)

 

2. Tvorba a odolnost biofilmu

Bakterie se v přirozeném prostředí převážně vyskytují nikoliv ve formě volně pohyblivých planktonních buněk, ale jako přisedlá společenství na pevném podkladu ve formě tzv. biofilmu. Buňky biofilmu jsou s povrchem a navzájem mezi sebou ireversibilně spojeny extracelulárními polymerními látkami (EPS - extracellular polymeric substances) matrice, která tvoří až 85 % celkové hmoty biofilmu a je složena převážně z vody, exopolysacharidů, lipidů, proteinů a eDNA. Biofilm je protkán kanálky, které slouží k rozvodu živin a umožňují buněčnou komunikaci prostřednictvím nízkomolekulárních látek. Buňky biofilmu mají díky ochranné vrstvě matrice a EPS vyšší odolnost před vlivy vnějšího prostředí (nutriční stresy, průnik antimikrobiálních látek), vykazují též odlišný růst a genovou expresi oproti buňkám planktonním. Vazby jsou tak pevné, že buňky nemohou být z povrchu odstraněny pouhým oplachem a tímto se biofilm stává nežádoucí v mnoha oblastech lidského života. Z klinického hlediska se například jedná o zubní plak či biofilm pokrývající lékařské implantáty a katetry. Z hlediska potravinářské mikrobiologie je biofilm velkým problémem ve výrobních a přepravních zařízeních, kde způsobuje korozi materiálů či kontaminaci produktů. Z tohoto důvodu se zabýváme studiem podmínek tvorby biofilmu u jednotlivých potravinových patogenů (vliv média, teploty, stresové podmínky, působení antimikrobiálních látek, koexistenční vztahy mikrobů) spolu se studiem struktury a exprese genů regulujících jeho tvorbu. Pro účely praxe poté studujeme působení dezinfekčních a antimikrobiálních látek na devitalizaci a tvorbu biofilmu.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Vliv kovových nanočástic a přírodních látek na tvorbu a eradikaci biofilmu
  • Jedno- a více-druhové biofilmy významných bakteriálních patogenů
  • Využití fluorescenční in-situ hybridizace a laserové konfokální mikroskopie pro charakterizaci směsných biofilmů
  • Vliv experimentálních podmínek na výsledky kvantifikace biofilmu
  • Vliv antimikrobiálních látek na transkripci genů významných pro tvorbu biofilmu

Podpora:

  • VIGA projekty

3. Rezistence k antibiotikům v potravinovém řetězci

Vzrůstající výskyt rezistence bakterií k antibiotikům patří mezi závažné problémy 21. století. Výskyt rezistentních bakteriálních kmenů následně zužuje spektrum vhodných antibiotik použitelných pro léčbu i běžných bakteriálních infekcí a/nebo prevenci jejich vzniku např. v chirurgii. Mezi místa, kde nejčastěji dochází ke vzniku nových determinant rezistence k antibiotikům a/nebo jejich šíření (tzv. hot spoty), patří čistírny odpadních vod, nemocnice, ale i potravinový řetězec. Trendem dnešní doby je proto vývoj a zavedení nových rychlých a spolehlivých, avšak dostatečně univerzálních a variabilních metod a metodických přístupů pro stanovení determinant rezistence k antibiotikům.

Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

  • Výskyt genů rezistence u potravinářsky významných a patogenních bakterií (např. Salmonella spp., Escherichia coliListeria monocytogenes a Staphylococcus aureus)
  • Detekce genů rezistence k antibiotikům v potravinovém řetězci a dalších tzv. hot spotech (čistírny odpadních vod) a studium jejich genetických determinant (např. geny efluxních pump, beta-laktamáz, geny rezistence k tetracyklinu)
  • Bakteriom potravinového řetězce a variabilita jeho rezistomu
  • Validace qPCR protokolů pro kvantifikaci genů rezistence k antibiotikům
  • Využití MALDI-TOF MS pro stanovení fenotypových a genotypových profilů bakterií rezistentních k antibiotikům
  • Sledování rezistence a multirezistence patogenů izolovaných z různých typů vzorků (potraviny, klinické případy, čistírny odpadních vod, atd.)

 Podpora:

  • ARG Tech (2020-2023) - Technologie pro odstranění genů antibiotické rezistence z čistírenských kalů aplikovaných v zemědělství TAČR SS01020112
  • Česká platforma antibiotické rezistence (CZEPAR) (https://czepar.vscht.cz/czepar)
  • EU4 Health project-EU-WISH (Wastewater Integrated Surveillance for Public Health) (2023-2026) (https://www.eu-wish.eu/)