Domů Projekty Přístrojové vybavení Tým & Publikace
Naše laboratorní skupina se věnuje proteomice, kterou lze definovat jako disciplínu zabývající se komplexním studiem proteinů. Často, i když ne vždy, jak můžete zjistit na dalších řádcích, je předmětem zájmu proteomiky proteom, což je soubor proteinů vyskytující se například v dané buněčné organele, buňce, tkáni či celém organismu v daném čase za definovaných podmínek.
Pravděpodobně jako první na světě jsme již v roce 2004 začali analyzovat pevné a nerozpustné vzorky, aniž bychom z nich proteiny předem izolovali. Specifické enzymové štěpení tak probíhá přímo ve vzorku – „in-sample digestion“ a analyzovány jsou až peptidové fragmenty uvolněné do roztoku. Tato technika umožnila aplikaci proteomiky v nejrůznějších oblastech (analýze uměleckých děl a historických objektů, kostí v dentální chirurgii a mnoha dalších).
Ke studiu proteinů používáme hmotnostně spektrometrické techniky: MALDI-TOF, LC-ESI-Q-TOF a nejnověji LC-timsTOF.
Příklady řešené problematiky
- Identifikace proteinových biomarkerů závažných onemocnění v lidských biotekutinách
- Určení živočišných i rostlinných druhů s využitím v potravinářství (např. druhové rozlišení jedlého hmyzu)
- Proteomická analýza buněčných linií odvozených od osteoblastů a jejich diferenciace
- Kultivace savčích buněčných linií v bezsérových médiích
- Proteomická charakterizace tkání odoperovaných při stomatochirurgických zákrocích
- Studium proteomické reflexe patologických stavů tkání odoperovaných v otorhinolaryngologii
- Identifikace proteinových pojiv v uměleckých dílech
- Analýzy archeologických nálezů (např. určování zvířecího druhu kostí)
- Forenzní analýza (např. druhové určení kožních derivátů)
- Charakterizace odpovědí rostlin na biotické i abiotické stresy
Metodika
- Identifikace a relativní kvantifikace proteinů pomocí LC-ESI-Q-TOF a LC-timsTOF
- Peptidové mapování s koncovkou MALDI-TOF
- Biotyping identifikace mikroorganismů (poskytovaná servisní služba)