Laboratoř bakteriální a nádorové rezistence
Home Projekty Publikace Vybavení Členové Aktuality
DOC. ING. JITKA VIKTOROVÁ, PH.D.
Vedoucí skupiny
Během magisterského studia se věnovala přípravě transgenních rostlin využitelných pro fytoremediace, svůj doktorát věnovala rekombinantní produkci látek pro medicinální účely pod vedením prof. Martiny Mackové a prof. Tomáše Macka. Postdok strávila ve skupině prof. Tomáše Rumla, kde se věnovala zavedení vysokokapacitních metod pro bioprospekci. Své široké metodologické zázemí a schopnost navazovat spolupráce se nyní snaží uplatnit při etablování vědecké skupiny zaměřené na řešení antibiotické krize hledáním nových antibiotických a chemoterapeutických adjuvans.
„The future belongs to those who believe in the beauty of their dreams“ Eleanor Roosevelt
ING. BÁRA KŘÍŽKOVSKÁ, Ph.D.
Téma dizertační práce: Inhibice efluxních pump rezistentních bakteriálních kmenů
V rámci doktorského studia se věnovala zejména hledání sloučenin schopných inhibovat efluxní pumpy u rezistentních bakteriálních kmenů s použitím semi-automatických metod využívajících EtBr jako fluorescenčního substrátu.
Dále se věnuje měření inhibice tvorby bakteriálních biofilmů a antibakteriálnímu testování všeobecně.
Stáže a kurzy:
Postgraduate course Antimicrobial Susceptibility Testing with EUCAST Criteria and Methods v Tallinnu, Estonsko
21st ESCMID Sumer School v Seville, Španělsko
Stáž na Universidad de Magallanes v Punta Arenas, Chile
Stáž na University of Szeged, Maďarsko
Metody: Testování antibakteriální aktivity; testování inhibice bakteriální adheze; měření inhibice bakteriálních efluxnich pump (akumulace a přímý eflux EtBr); detekce cytotoxicity na buněčných monovrstvách; měření genotoxicity (HPRT nebo γH2AX).
Téma dizertační práce: Mechanismy bakteriální antibiotické rezistence a jejich modulace
Moje dizertační práce se zaměřuje na hluboké pochopení bakteriálních mechanismů rezistence vůči antibiotikům a hledání možných způsobů, jak tyto mechanismy modulovat. Mým hlavním cílem je identifikace a charakterizace inhibitorů jednotlivých bakteriálních mechanismů rezistence, které by mohly být využity v adjuvantní terapii.
Konkrétně se věnuji stafylokokovým infekcím, které představují významný klinický problém kvůli jejich schopnosti vyvinout rezistenci k běžně používaným antibiotikům. V rámci své práce využívám širokou škálu mikrobiologických a molekulárně biologických metod.
Mým dlouhodobým cílem je přispět k vývoji efektivních strategií pro boj s antibiotickou rezistencí. Identifikací nových inhibitorů, které mohou být použity v kombinaci s existujícími antibiotiky, usiluji o zlepšení léčby rezistentních infekcí a snížení jejich výskytu.
Metody: testování antimikrobiální aktivity a senzitizace za využití mikrodiluční metody, izolace nukleových kyselin, polymerázová řetězová reakce (PCR) a kvantitativní PCR (qPCR) pro detekci a kvantifikaci specifických genů a pro analýzu genové exprese
ING. ONDŘEJ STRNAD
Téma dizertační práce: Stanovení protizánětlivé aktivity fytokanabinoidů a jejich potenciálu v léčbě chronických zánětlivých onemocnění
Během svého doktorského studia se specializuji na zánětlivé a stresové odpovědi buněk. Hlavním zaměřením mého výzkumu je ateroskleróza, kterou zkoumám jako zánětlivé onemocnění cévní stěny. Ve svém výzkumu se soustředím na potenciální protizánětlivá léčiva, zejména fytokanabinoidy. Kromě toho se věnuji studiu signálních drah NFκB a Nrf2, které jsou klíčové pro regulaci buněčné odpovědi na stres a zánět.
Stáže a kurzy: Stáž na Universidad de Magallanes v Punta Arenas, Chile
Metody: ELISA, reportérové testy, transfekce, Western blot, příprava imunolipozomů pro cílení nádorových buněk
ING. TOMÁŠ NEJEDLÝ
Téma dizertační práce: Zavedení nových modelů pro testování mnohočetné lékové rezistence u nádorů
V naší laboratoři se věnuji hledání nových látek schopných potlačit rezistentní fenotyp nádorových buněk a zvýšit tak jejich citlivost k chemoterapii. Selekce účinných sloučenin probíhá na monovrstvě buněk ze sbírky lékově rezistentních nádorových linií. Mechanismus účinku je pak studován sledováním aktivity transmembránových efluxních pump (P-gp, BCRP, MRP1 ...), exprese genů signalizačních drah zapojených do lékové rezistence (ARE, KEAP1) či buněčné reakce na oxidační stres. Dále se věnuji přípravě pokročilých 3D buněčných modelů, jenž dovolují studovat lékovou rezistenci v prostředí mimikující podmínky in vivo. Kromě sféroidů tvořených jednou buněčnou linií též zavádím nádorové modely kultivované společně se složkami mikronádorového prostředí (fibroblasty, adipocyty, endotheliální buňky, makrofágy...). Mezi připravované nejpokročilejší modely pro studium nádorové lékové rezistence pak spadá příprava organoidů derivovaných z biopsií nádorových tkání onkologických pacientů.
Stáže a kurzy:
Stáž na Universidad de Magallanes v Punta Arenas, Chile
Training school v oblasti 3D biotisku a modelování patofyziologických multicelulárních systémů, Davos, Švýcarsko
Pan-European Educational Platform on Multidrug Resistant Tumours and Personalised Cancer Treatment (PANDORA)
Metody: Testování cytotoxicity látek (monovrstva buněk, 3D buněčné modely); Modulace mnohočetné lékové rezistence nádorů (monovrstva buněk, 3D buněčné modely); Akumulace fluorescenčního substrátu; Solubilizace transmembránových proteinů SMA nanodisky; RT-qPCR; CAA (Cellular Antioxidant Activity); ORAC (Oxygen Radical Absorbance Capacity); Příprava sféroidů (hanging drop, low-attachment plates, coating wells); Příprava Patient Derived Organoids (PDOs)
ING. ANNA LUDVÍKOVÁ
Téma dizertační práce: Mechanismy antibiotické rezistence u Pseudomonas aeruginosa a možnosti jejich modulace
Zabývám se gramnegativními bakteriemi druhu Pseudomonas aeruginosa rezistentními k antibiotikům a testuji na nich potencionální adjuvans. Zároveň klonuji jednotlivé geny způsobující antibiotickou rezistenci do bakterie Escherichia coli. Takto modifikované kmeny E. coli následně slouží pro testování antimikrobiálních látek a potenciálních adjuvans nebo k izolaci příslušných enzymů a stanovení jejich aktivity.
Metody: PCR, agarosová elektorforesa, izolace nukleových kyselin, izolace a purifikace proteinů, testování antimikrobiální aktivity a senzitizace
ING. EMÍLIE KUČEROVÁ
Téma dizertační práce: Příprava hematoencefalické bariéry in vitro pro predikci přestupu potenciálních léčiv
Zabývám se přípravou modelu hematoencefalické bariéry in vitro prostřednictvím ko-kultivace třech lidských buněčných linií. Tento model bude dále vylepšen o buňky rezistentní na vybraná antiepileptika a použit pro vývoj potenciálních antiepileptik účinných u pacientů s farmakorezistentní epilepsií. Dále se věnuji přípravě modelu střevní bariéry in vitro tvořeného kromě standardních epiteliálních buněk i buňkami Gobletovými, jejichž funkcí je tvorba hlenu.
Metody: práce s buněčnými liniemi a příprava modelů lidských bariér, měření transmembránového odporu, testy cytotoxicity, testy permeability látek přes bariéry, PCR, analýza STR v genomu buněk
ING. PETRA TŘEŠŇÁKOVÁ
Téma dizertační práce: Testování látek s potenciálem využití v dermokosmetickém průmyslu
Zabývám se přípravou modelů kůže in vitro, které mohou být využity pro testování cytotoxicity pro kožní buňky, případně mohou odhalit i protinádorový potenciál. Dále zkoumám případnou antimikrobiální aktivitu těchto látek vůči běžným kožním patogenům. Věnuji se také studiu zánětlivých procesů v kožních buňkách a zkoumám případnou antioxidační aktivitu testovaných látek. Kromě toho analyzuji vliv těchto látek na hojení ran.
Metody: testování cytotoxicicty, testování antimikrobiální aktivity, CAA (Cellular Antioxidant Activity), ELISA, testování vlivu látek na hojení ran (Wound healing)
ING. JAN ŠPAČEK
Téma dizertační práce: Využití metody nanopórového sekvenování k potlačení antibiotické rezistence bakterií
Během magisterského studia jsem zavedl metodu pro identifikaci látek schopných potlačovat rezistentní fenotyp bakterií a obnovit tak účinnost konvenčních antibiotik. Také jsem se naučil pracovat s metodou nanopórového sekvenování, včetně vyhodnocování a práce s výsledky. Právě tuto metodu bych chtěl v doktorském studiu využít ke studiu genů rezistence v bakteriích včetně jejich transkripce a následně získané informace využít k hlubšímu pochopení antibiotické rezistence.
Metody: sekvenace genomu a transkriptomu bakterií technologií Oxford Nanopore, izolace a transformace bakteriálních plasmidů, stanovení minimální inhibiční koncentrace antibiotik mikrodiluční metodou, metoda pro identifikaci antibiotických adjuvans
BC. JAN JANOUŠEK
Laboratorní technik
Starám se o chod laboratoře, aby byly připravené a doplněné věci potřebné k práci. Objednávám materiál, zajišťuji servis přístrojů a další záležitosti nezbytné pro chod laboratoře. Dále se starám o přípravu, odesílání a přijímání vzorků. Pasážuji buňky a provádím testy cytotoxicity s využitím různých buněčných linií.