Prosím počkejte chvíli...
Nepřihlášený uživatel
Nacházíte se: VŠCHT PrahaFPBTÚstav biochemie a mikrobiologie  → Metody a technické vybavení ústavu
iduzel: 58857
idvazba: 69198
šablona: stranka
čas: 31.7.2021 01:28:42
verze: 4926
uzivatel:
remoteAPIs:
branch: trunk
Obnovit | RAW

Metody a technické vybavení ústavu

Elektoroforetické metody

  • SDS-PAGE
  • agarosová elektroforéza
  • Western blot
  • RFLP
  • kapilární elektroforéza

Centrifugace, ultracentrifugace

  • mikrotitrační destičky až 0,5l láhve, max. RCF 1 000 000

Chromatografické metody

  • FPLC
  • HPLC
  • plynová chromatografie

Dezintegrace buněk

  • enzymová
  • mechanická - OneShot

Izolace nukleových kyselin

  • DNA
  • RNA
  • mRNA
  • cDNA
  • plasmidové DNA

PCR

  • PCR
  • qPCR
  • dPCR

Stanovení aktivity enzymů

  • peroxidasa, lipasa, amylasa, cellulasa, chitinasa, galaktosidasa, glukosidsa, mannosidasa, glukuronidasa, preoteasa, trypsin, fukosidas, nukleasa, katalasa, glutathionperoxidasa, glutathionreduktasa, glutathion-S-transferasa, thioredoxinreduktasa
  • další enzymy dle dohody

Produkce rekombinantních proteinů

  • E. coli
  • S. cerevisiae
  • tkáňové kultury
  • Arabidopsis thaliana
  • BY2 buňky
  • vyšší houby

Izolace lipidových tělísek a jejich charakterizace

  • mikroskopie
  • DLS

TLC analýza

  • sacharidy
  • lipidy

Purifikace oligosacharidů

Hmotnostní spektrometrie

  • MALDI-TOF/TOF
  • LC-ESI-Q-TOF

Imunochemické metody

  • ELISA
  • imunochromatografické testy

Spektrofotometrie: měření v kyvetách i mikrotitračních destičkách

  • absorbance
  • fluorescence shora/zdola
  • luminiscence
  • time-resolved luminiscence
  • flurescenční polarizace
  • u vybraných technik použití injektorů

Biolistická transformace

  • rostlinných buněk
  • živočišných buněk
  • v intaktních organismech

Mikroskopické metody

  • Fluorescenční mikroskopie a další typy světelných mikroskopií. Mnoho různých fluoroforů, objektivů i kamer. Konfokální mikroskopie (spinning disc), superrezoluční mikroskopie. Možnost pozorování živých buněk.
  • Transmisní elektronová mikroskopie (TEM) - příprava vzorků pro elektronovou mikroskopii – CPD (critical point drying), pokovování, pouhlíkování, příprava ultratenkých řezů, negativní barvení

Mikrobiologické metody

  • kultivační a identifikační metody klasické potravinářské mikrobiologie včetně ISO metod
  • identifikace mikroorganismů metodou MALDI-TOF MS
  • detekce a identifikace potravinářsky významných mikroorganismů pomocí PCR
  • kultivační stanovení fenotypové rezistence k antibiotikům (disková difuzní metoda, E-test)
  • detekce aktivit beta-laktamas metodou MALDI-TOF MS
  • genotypizační metody (PFGE, AFLP, RAPD, ERIC, MLST, mP-BiT…)
  • příprava geneticky modifikovaných kmenů bakterií
  • metabolická aktivita buněk biofilmu s využitím MTT testu nebo resazurinu
  • semikvantifikace biofilmu barvením krystalovou violetí
  • konstrukce DNA knihoven pro 16S rRNA geny a ITS oblast
  • detekce bodových polymorfismů (SNP) metodou MALDI-TOF MS
  • kvantifikace, viabilita a rekonstrukce struktury biofilmů
  • bioluminiscenční analýza aktivit signálních molekul systému quorum sensing

Ekotoxikologické testy

  • test s luminiscenční bakterií Vibrio fischeri
  • test klíčení semen

Test mutagenity

  • Amesův test
  • kometový test
  • HPRT test

Stabilita proteinů, studium interakce proteinů

  • Tycho – měření denaturačních křivek proteinů (např. na kontrolu stability proteinů)
  • GST – pull-down
  • imuno – pull-down
  • Thermoforéza (Monolith) – studium interakcí protein-protein, protein-nukleová kyselina, protein-liposomy

Příprava liposomů s různým složením (případně fluorescenčně značených) a studium jejich interakce s proteiny

Autentizace lidských buněčných linií metodou STR

Testování antibakteriálních aktivit

Testování korozní rychlosti degradovatelných materiálů

Bioinformatika

  • Protein-ligand docking (Glide, Plants)
  • Simulace molekulové dynamiky (Gromacs, Plumed)
  • Predikce struktury proteinů (Modeller)
Aktualizováno: 9.4.2021 15:53, Autor: Dalibor Trapl


VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

zobrazit plnou verzi