Prosím počkejte chvíli...
stdClass Object
(
    [nazev] => Ústav biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha
    [adresa_url] => 
    [api_hash] => 
    [seo_desc] => 
    [jazyk] => 
    [jednojazycny] => 
    [barva] => 
    [indexace] => 1
    [ga_force] => 
    [secureredirect] => 
    [google_verification] => UOa3DCAUaJJ2C3MuUhI9eR1T9ZNzenZfHPQN4wupOE8
    [ga_account] => UA-10822215-6
    [ga_domain] => 
    [gtm_id] => 
    [gt_code] => 
    [kontrola_pred] => 
    [omezeni] => 
    [pozadi1] => 883MLsrPT8rMz8lPz0wFAA.jpg
    [pozadi2] => 
    [pozadi3] => 
    [pozadi4] => 
    [pozadi5] => 
    [robots] => 
    [iduzel] => 29629
    [platne_od] => 15.05.2017 11:49:00
    [zmeneno_cas] => 15.05.2017 11:49:17.351362
    [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Antonín Mareš
    [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz
    [idvazba] => 37730
    [cms_time] => 1568666609
    [skupina_www] => Array
        (
        )

    [slovnik] => stdClass Object
        (
            [logo_href] =>  /
            [logo] => 
            [logo_mobile_href] =>  /
            [logo_mobile] =>  
            [google_search] => 001523547858480163194:u-cbn29rzve
            [intranet_odkaz] => https://intranet.vscht.cz/
            [intranet_text] => Intranet
            [mobile_over_nadpis_menu] => Menu
            [mobile_over_nadpis_search] => Hledání
            [mobile_over_nadpis_jazyky] => Jazyky
            [mobile_over_nadpis_login] => Přihlášení
            [menu_home] => Domovská stránka
            [paticka_mapa_odkaz] => 
            [paticka_budova_a_nadpis] =>  BUDOVA A
            [paticka_budova_a_popis] => Rektorát, oddělení komunikace, pedagogické oddělení, děkanát FCHT, centrum informačních služeb
            [paticka_budova_b_nadpis] =>  BUDOVA B
            [paticka_budova_b_popis] =>  Věda a výzkum, děkanát FTOP, děkanát FPBT, děkanát FCHI, výpočetní centrum, zahraniční oddělení, kvestor
            [paticka_budova_c_nadpis] =>  BUDOVA C
            [paticka_budova_c_popis] => Dětský koutek Zkumavka, praktický lékař, katedra ekonomiky a managementu, ústav matematiky
            [paticka_budova_1_nadpis] =>  NÁRODNÍ TECHNICKÁ KNIHOVNA
            [paticka_budova_1_popis] =>  
            [paticka_budova_2_nadpis] =>  STUDENTSKÁ KAVÁRNA CARBON
            [paticka_budova_2_popis] =>  
            [paticka_adresa] =>  VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

[paticka_odkaz_mail] => mailto:Tereza.Kobzova@vscht.cz [zobraz_desktop_verzi] => zobrazit plnou verzi [aktualizovano] => Aktualizováno [autor] => Autor [drobecky] => Nacházíte se: VŠCHT PrahaFPBTÚstav biochemie a mikrobiologie [den_kratky_3] => st [novinky_kategorie_1] => Akce VŠCHT Praha [novinky_kategorie_2] => Důležité termíny [novinky_kategorie_3] => Studentské akce [novinky_kategorie_4] => Zábava [novinky_kategorie_5] => Věda [novinky_archiv_url] => /novinky [novinky_servis_archiv_rok] => Archiv z roku [novinky_servis_nadpis] => Nastavení novinek [novinky_dalsi] => zobrazit další novinky [novinky_archiv] => Archiv novinek [den_kratky_5] => pá [preloader] => Prosím počkejte chvíli... [den_kratky_1] => po [archiv_novinek] => [nepodporovany_prohlizec] => [zobraz_mobilni_verzi] => [social_yt_odkaz] => [social_fb_odkaz] => [social_tw_odkaz] => [social_fb_title] => [social_tw_title] => [den_kratky_4] => [social_in_odkaz] => [den_kratky_2] => ) [poduzel] => stdClass Object ( [29704] => stdClass Object ( [obsah] => [poduzel] => stdClass Object ( [29708] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 29708 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [29709] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 29709 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [29710] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 29710 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) ) [iduzel] => 29704 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [29705] => stdClass Object ( [obsah] => [poduzel] => stdClass Object ( [47425] => stdClass Object ( [nazev] => Akce Běstvina [seo_title] => Akce Běstvina [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Výjezdní studentská konference Běstvina

O co jde?

Studentské konference na Běstvině (dříve na mlejně) se aktivně a více-méně povinně v rámci předmětů „Laboratoř oboru II“ a „Bioanalytická laboratoř“ účastní studenti 1. ročníku magisterských studijních oborů Mikrobiologie, Obecná a aplikovaná biochemie a Laboratorní metody a příprava léčivých přípravků; tento rok bude nově otevřena i studentům Forenzní analýzy. Na této konferenci mají studenti možnost vyzkoušet si prezentaci výsledků svých vědeckých projektů v rámci diplomové práce před širším publikem. Toto publikum je však nanejvýš shovívavé, neboť je z velké většiny tvořeno spolužáky. V obecenstvu je též zpravidla přítomno i několik zkušenějších kolegů z řad doktorandů, doktorů, docentů či dokonce profesorů.

Kde se konference koná?

Výjezdní studentská konference se tento rok koná poprvé v táborové základně blízko malé vesničky Běstvina (49.8325517N, 15.5812344E). Ta se nachází v podhůří Železných hor, asi 30 km jižně od Pardubic (více informací zde). Oproti mlýnu, ve kterém se studentská konference konala dříve, oplývá základna především velkou ubytovací kapacitou, ale je zde též několik sportovišť (fotbalové, basketbalové či volejbalové hřiště a další; vybavení bude k dispozici na místě), několik ohnišť, klubovna a rozlehlá společenská místnost. Zajímavostí je, že právě zde v minulosti pravidelně odehrávalo Letní odborné soustředění mladých chemiků a biochemiků čili odborné soustředění nejúspěšnějších řešitelů krajských kol biologické a chemické olympiády.

Výhodou tohoto umístění je bezesporu krásné prostředí, ale též izolace od okolního světa, která velkou měrou přispívá ke sblížení spolužáků. K tomu může dojít při hraní deskových her či při společném dovádění na hudební nástroje (kdo umí, ať si doveze), anebo při sportovním vyžití. Nevýhodou by se mohla zdát relativní vzdálenost základny od restauračních zařízení, které sbližování též napomáhají, ale i v tomto směru nabízí pořadatelé akce jisté možnosti… (půlitr s sebou!)

FOTOGALERIE (březen 2019)

Organizace

Příjezd

Konference začíná dne v sobotu 8.6. odpoledne, příjezd nejpozději do 18:00. Společná doprava zajištěna nebude, takže se účastníci musí dostat na místo určení po vlastní ose. Základna je vybavena parkovištěm pro větší počet vozů, když by byl zájem. Nejbližší vlaková stanice se nachází v obci Třemošice, odkud je to na základnu zhruba 6 km. V případě vysokokapacitních zavazadel a hromadného dojezdu je možné povolat motorizovanou jednotku, která s převozem zavazadel pomůže. Do Běstviny se ale také můžete dostat přímým autobusem z Pardubic. Pro vášnivé cyklisty je též možné dorazit na základnu na kole po vlastní ose z Čáslavi nebo z Pardubic.

Přednáškový cyklus končí ve čtvrtek večer, rozchod (odjezd po mírném úklidu) je v pátek dopoledne. Možnosti předčasného odjezdu jsou omezené a záleží na zařazení do přednáškové sekce. Plánování přednáškových sekcí probíhá přímo před začátkem konference.

Konference

Hlavním programem jsou prezentace studentských vědeckých projektů, které se již za rok promítnou do diplomových prací. Přednášky zpravidla nejsou časově omezeny, ale obvyklý rozsah je cca 20 min. Podle počasí je jeden den v týdnu vyhrazen pro celodenní výlet, buď na kole nebo pěšky.

Absolutně nutné je přivézt si sebou nejlépe již hotovou prezentaci ve standardních formátech (ppt, pptx, pdf...). Na základně je samozřejmě zaveden elektrický proud (i v chatičkách) a dokonce je vybavena i funkční wifi, ale trávení večerů v chatičkách doděláváním prezentace vás může ochudit o spoustu zajímavých zážitků.

Spaní

Studenti budou zřejmě organizováni do chatiček po dvou osobách, které budou vybaveny čistě povlečenou matrací. Je tedy nutné přibalit si spacák či jiné spací propriety. Doporučujeme též dovézt si i teplejší oblečení, protože červnové noci (a někdy i dny) bývají ještě studené.

Jidlo

Jedním z nezapomenutelných zážitků spojených s konferencí ve mlejně bylo vaření. Na mlejně si totiž účastníci vařili sami a vařit pro zhruba 60 strávníků bylo v na jednom sporáku nebylo nic snadného. Na Běstvině bude tradice společného vaření zachována, avšak místní kuchyně je dimenzována pro více než 150 strávníků, takže je kvalitně vybavena a vaření zde bude určitě za odměnu. O první společnou sobotní večeři, ale též nedělní snídani a oběd se postará starší osazenstvo, proto se v případě náročnějších strávníků stačí vybavit větší svačinou. O další jídlo pro všechny se již starají sami studenti, kteří si na každý den volí službu. Nákupy se řeší operativně, nejbližší větší obchod je v Třemošnici (Penny market). Na společné jídlo se všichni skládají, takže je nutné se vybavit přiměřeným kapesným. Dle zkušeností z minulých let se celkový příspěvek na jídlo se vejde do 400 Kč.

Ostatní vybavení

Vřele doporučujeme si dále přibalit repelent (klíšťat je všude dost), hudební nástroj (pokud na nějaký hrajete), deskové a jiné hry a půllitr. Na této konfernci je totiž již tradicí mít k dispozici čepované pivo. Ostatní pitný režim si zajišťuje každý sám.

Volný den

V nabitém přednáškovém týdnu je též nutné najít čas na regeneraci namáhaných mozkových buněk. Proto je do týdenního programu zařazen též volný den, který je věnován aktivnímu odpočinku.

[urlnadstranka] => [iduzel] => 47425 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[cs]/47425 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [42959] => stdClass Object ( [nazev] => Akce Mlejn [seo_title] => Akce Mlejn [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Výjezdní studentská konference MLEJN

O co jde?

Studentské konference na mlejně se aktivně zúčastní studenti 1. ročníku magisterských studijních oborů Mikrobiologie, Obecná a aplikovaná biochemie a Laboratorní metody a příprava léčivých přípravků. Na této konferenci mají studenti možnost vyzkoušet si prezentaci výsledků svých vědeckých projektů v rámci diplomové práce před širším publikem. Toto publikum je však nanejvýš shovívavé, neboť je z velké většiny tvořeno spolužáky. V obecenstvu je též zpravidla přítomno i několik zkušenějších kolegů z řad doktorandů, doktorů, docentů či dokonce profesorů.

Konferenci předchází společná exkurze významného biotechnologického pracoviště.

mlyn1

Kde se konference koná?

Výjezdní studentská konference se koná (jak již název napovídá) ve mlýně, a to doslova. Tento vysloužilý mlýn, který svou kapacitou vyhoví právě skupince mikrobiologů, biochemiků a klinických biochemiků, se nachází uprostřed lesa poblíž vesničky Myslív blízko Nepomuku (https://en.mapy.cz/s/2oqcr). Výhodou tohoto umístění je bezesporu krásné prostředí, ale též izolace od okolního světa, která velkou měrou přispívá ke sblížení spolužáků. K tomu může dojít při hraní deskových her či při společném dovádění na hudební nástroje (kdo umí, ať si doveze) ve vnitřních prostorách mlýna, anebo při sportovním vyžití na rozlehlé zahradě a v blízkém okolí. Nevýhodou by se mohla zdát vzdálenost mlýna od restauračních zařízení, které sbližování též napomáhají, ale i v tomto směru nabízí i samotný mlýn jisté možnosti… (půlitr s sebou!)

mlyn2

Organizace

Exkurze

Akce Mlejn začíná dne 11.6. exkurzí do Plzeňského pivovaru. Sraz bude v 7:30 před VŠCHT odkud bude odjíždět přistaveným autobusem v 8:00. Součástí exkurze je dobrovolná degustace piva v ceně 100 Kč na osobu.

Konference

Po exkurzi (někdy kolem poledne) následuje přesun na místo pobytu, jímž je mlýn u obce Myslív blízko Nepomuku (souřadnice 49⁰ 25' 50.262“ N 13⁰ 35' 15.167“ E, 49.430628, 13.587546, https://en.mapy.cz/s/2oqcr). V následujících dnech budou hlavním programem prezentace vašich vědeckých projektů. Přednášky zpravidla nejsou časově omezeny, ale obvyklý rozsah je cca 15 min. Podle počasí je jeden den v týdnu vyhrazen pro celodenní výlet, buď na kole, nebo pěšky. Akce končí v neděli 17.6. individuálním přesunem domů. Možnosti předčasného odjezdu jsou omezené a záleží na zařazení do přednáškové sekce. Plánování přednáškových sekcí probíhá přímo před začátkem konference.

mlyn3

Standardní harmonogram:

8:00 - 9:00

snídaně

9:00 - 10:30

dopolední sekce I

10:30 -11:00

coffee break

11:00 - 12:30

dopolední sekce II

13:00

oběd

16:00 - 17:30

odpolední sekce I

17:30 - 18:00

coffee break

18:00 - 19:30

odpolední sekce II

20:00

večeře


Doprava

Pokud se chystáte jet vlastním autem, neměl by to být problém, prosíme ale, abyste sdělili tuto skutečnost předem (na spiwokv@vscht.cz). Kolo je velmi vítané na celodenní výlet, každodenní vyjížďky po okolí, případně i cestu domů. Autobus, který nás poveze na exkurzi, bude vybaven přívěsem na kola (prosíme o sdělení počtu cyklistů a cyklistek na spiwokv@vscht.cz).

mlyn4

Povinné vybavení a další informace

Spaní

Přestože mlejn oplývá kapacitou pro ubytování kolem šedesáti lidí, nenabízí spaní na posteli či matraci zdaleka pro každého. Je proto nutné vybavit se kompletem pro spaní na podlaze (karimatka, spacák). Doporučujeme též dovézt si i teplejší oblečení, protože červnové noci (a někdy i dny) bývají ještě studené.

mlyn5

Prezentace

Absolutně nutné je přivézt si sebou nejlépe již hotovou prezentaci ve standardních formátech (ppt, pptx, pdf..). V mlejně je samozřejmě zaveden elektrický proud a dokonce je vybaven i funkční wifi, ale trávení večerů na pokoji doděláváním prezentace vás může ochudit o spoustu zajímavých zážitků.

Jidlo

Jedním z nezapomenutelných zážitků spojených s konferencí ve mlejně je místní vaření. Na mlejně si totiž účastníci vaří sami. No a vařit pro zhruba 60 strávníků není v místních podmínkách nic snadného. Přesto nás (myšleno starší účastníky) každý rok překvapí, jaké kulinářské zážitky jsou schopni studenti zajistit. O první společnou večeři v pondělí i oběd v úterý se většinou postará starší osazenstvo, proto se stačí vybavit větší svačinou pro případ, kdyby se nestíhal pondělní oběd v Plzni po exkurzi. V dalších dnech se o vaření starají již sami studenti, kteří si na každý den volí službu. Nákupy se řeší operativně, nejbližší obchod je v Myslívě, avšak nejčastěji je jezdí s hromadným seznamem do Nepomuku. Na společné jídlo se tedy všichni skládáme, takže je nutné se vybavit přiměřeným kapesným. Dle zkušeností z minulých let však chceme upozornit, že celkový příspěvek na jídlo se vejde do 400 Kč. Vždy ale záleží na nárokách a invencích daného ročníku.

mlyn6

Ostatní vybavení

Vřele doporučujeme si dále přibalit repelent (klíšťat je všude dost), hudební nástroj (pokud na nějaký hrajete), deskové a jiné hry a půllitr. Na mlejně je totiž již tradicí mít k dispozici čepované pivo. Ostatní pitný režim si zajišťuje každý sám.

mlyn7

Volný den

V nabitém přednáškovém týdnu je též nutné najít čas na regeneraci namáhaných mozkových buněk. Proto je do týdenního programu zařazen též volný den, který je věnován aktivnímu odpočinku. Zde jen pár možností, co se dá podnikat v okolí mlejna:

Cyklovýlet

Pod vedením cyklistického guru Vojty Spiwoka je možné zúčastnit se celodenního výletu směr Horažďovice, Rábí a zpět, který je vhodný pro horská, krosová a s malou objížďkou i silniční kola (https://en.mapy.cz/s/2oqhV).

Angusfarma

Velmi oblíbenou variantou je též pěší výlet za nevšedním gurmánským zážitkem na Angusfarmu do blízkých Soběsuk (https://www.angusfarm.cz/).

Techmania Science Centre v Plzni

Zajímavou variantou je výlet do vědecko-technického centra v Plzni (http://techmania.cz/cs/).

Koupání v lomu

Nedaleko mlýna se nachází zatopený lom s průzračně čistou vodou. Pokud je počasí nakloněno, je koupačka v lomu velmi příjemnou záležitostí.

mlyn8

Proč to všechno?

Motivací, proč pořádáme výjezdní studentskou konferenci ve mlejně, je hned několik. Přínosem je pro studenta nejen možnost vyzkoušet si prezentovat své výsledky před širším publikem, ale především povinnost se po roce bádání zastavit a sesumírovat si všechny dosavadní výsledky i již plánované další postupy. V rámci diskuze po prezentaci se pak sám dozví, zda je schopen získané výstupy či navržené postupy obhájit, popřípadě jak postupovat, aby to se mu to povedlo lépe. Velmi cenný je též nezávislý pohled ostatních zkušenějších kolegů přítomných v obecenstvu, kteří velmi rádi poskytují své zkušenosti v oboru. Prosíme studenty, aby nechápali diskuzi po prezentaci jako nutné zlo, ale spíše jako možnost konstruktivně probrat řešení různých zádrhelů, se kterými se během vypracovávání své diplomové práce setkává každý student.

Co se týče osobního úhlu pohledu, je mlejnská sešlost výbornou šancí, jak se lépe seznámit se spolužáky i se zkušenějšími pracovníky z ústavu. Dobré kontakty získané během studia na vysoké škole mohou být totiž velmi výhodné i během další kariéry. Studentská konference ve mlejně je navíc již léty prověřená akce a její efekt na sbližování lidí byl experimentálně prověřen jako velmi pozitivní.

mlyn9

[urlnadstranka] => [iduzel] => 42959 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[cs]/42959 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [42630] => stdClass Object ( [nazev] => Zkušební laboratoř ÚBM FPBT VŠCHT Praha [seo_title] => Akreditovaná laboratoř [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Laboratoř je akreditována podle ČSN EN ISO/IEC 17025:2005 Českým institutem pro akreditaci o.p.s. jako zkušební laboratoř č. 1316.3

Činnost ZL ÚBM je rozdělena do dvou laboratoří:

  •  Laboratoře mikrobiologie 
  •  Laboratoře geneticky modifikovaných organismů (GMO)

Laboratoř mikrobiologie:

Mikrobiologické analýzy potravin 

  • Stanovení celkového počtu mikroorganismů v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU*
  • Horizontální metoda průkazu a stanovení Listeria monocytogenes v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Stanovení počtu kvasinek a plísní v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Horizontální metoda průkazu bakterií rodu Salmonella v potravinách, pokrmech,krmivech  a PBU
  • Stanovení počtu koagulázopozitivních stafylokoků v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Stanovení počtu Listeria monocytogenes v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Horizontální metody pro průkaz a stanovení bakterií čeledi Enterobacteriacae potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Stanovení počtu β-glukuronidázopozitivních Escherichia coli v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
  • Stanovení počtu presumptivního Bacillus cereus v potravinách, potravinářských surovinách a   krmivech
  • Stanovení počtu bakterií r.Lactobacillus v potravinách, potravinářských surovinách, krmivech a doplňcích stravy

* PBU   předměty běžného užívání

 Mikrobiologické analýzy pitné vody, balené vody  v plném rozsahu platné legislativy

  • Stanovení indikátorů fekálního znečištění (fekální streptokoky, Escherichia coli a koliformní bakterie)
  • Stanovení kultivovatelných mikroorganismů při 22 °C a 36 °C 
  • Stanovení Clostridium perfringens 

Mikrobiologické analýzy balených vod, bazénové vody

  • Stanovení  kultivovatelných mikroorganismů při 36 °C
  • Stanovení  počtu koagulázopozitivních stafylokoků
  • Stanovení  počtu Escherichia coli
  • Stanovení  počtu  Pseudomonas aeruginosa

Stanovení  mikrobiální kontaminace 

v prostředí potravinářských provozoven a komunálních budov

Mikrobiologická analýza ovzduší

  • Stanovení celkové koncentrace směsné populace plísní
  • Stanovení celkové koncentrace směsné populace plísní

Kosmetika, kosmetické a zdravotnické přípravky

  • Průkaz mikroorganismů sledovaných v kosmetických produktech a zdravotnických přípravcích
  • Zkouška účinnosti konzervace zátěžovým testem

Laboratoř geneticky modifikovaných organismů (GMO):

  • Důkaz a kvantifikace GMO metodou PCR v potravinářských surovinách, potravinách a krmivech
  • Kvantifikace GMO metodou real-time PCR v potravinářských surovinách, potravinách a krmivech

Pracoviště GMO je zařazeno do seznamu laboratoří s oprávněním vykonávat činnost kontroly přítomnosti a kvantifikace transgenů v povoleném rozsahu pro Ministerstvo životního prostředí.

Kontakt:

Mikrobiologická laboratoř: Ing. Jana Kadavá, tel. +420 220 445 200

Laboratoř GMO: Ing. Kamila Zdeňková, PhD., tel. +420 220 445 196

 

Osvědčení:

Recenze:

ZL ÚBM se vedle akreditovaných laboratorních analýz významně podílí na spolupráci se subjekty (zákazníky) v oblasti vzdělávání. Je pořadatelem řady odborných kurzů v oblasti mikrobiologie, které jsou vždy organizovány v souladu s potřebami zákazníků. Kurzy probíhají vždy ve 2 částech – teoretická a praktická v posluchačských laboratořích.

Členové týmu laboratoře se jako experti velmi aktivně podílí i na vzdělávání mikrobiologických pracovníků potravinářských laboratoří ze/v zahraničí – např.  Saudská Arábie, přednášky a a  laboratorní kurzy. Tyto kurzy jsou zaměřeny na detekci patogenů v potravinách. Současně se podle požadavků zákazníka věnují i zavádění nových metod a jejich validaci (pravidelné kursy pro evropské a africké mikrobiology a manažery firmy Coca Cola)

Dále populární formou organizujeme i výukové kurzy pro studenty středních škol v rámci rozšíření jejich znalostí v oblasti přírodních věd, zejména v oblasti mikrobiologie potravin.

[iduzel] => 42630 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /akreditovana-lab [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [39517] => stdClass Object ( [nazev] => Geneticky modifikované organismy [seo_title] => Geneticky modifikované organismy [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Nakládání s geneticky modifikovanými organismy:

Informace pro zaměstnance Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha a studenty

Havarijní plán Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha pro práci s GMO (zkrácená verze)

Odborný poradce: prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc.

Osoby odpovědné za likvidaci havárie v jednotlivých laboratořích:

Plán pracoviště: Plánek bude všem dodán, hlavní je vědět, kde je hlavní uzávěr vody, elektřiny a plynu pro každou laboratoř!!!

Plán s označením hlavních ovladačů přívodu energií a bezpečnostními prvky je nedílnou součástí tohoto Havarijního plánu a je zahrnut jako Příloha 5; 5a a 5b.

V případě požáru bude vypnut hlavní přívod elektřiny a plynu (vyznačeno na plánku rozmístění laboratoří) a dle rozsahu požáru bude zvolen způsob hašení (pěnové hasící přístroje, voda). Pracovníci jsou povinni řídit se interním požárním řádem VŠCHT Praha. Při likvidaci požáru bude zohledněna práce s GMO a dle potřeby a situace bude pracoviště následně ošetřeno desinfekčním prostředkem (chlornan sodný 0,5-1%, Ajatin 0,5-2%).

V případě poškození vodovodního řadu a vytopení laboratoře bude nejdříve uzavřen hlavní přívod vody (viz plánek Příloha 5; 5a a 5b), kultury GMO budou přeneseny do jiného uzavřeného prostoru a prostor bude přiměřeně asanován a vysušen. Při současném úniku GMO do prostředí budou použity desinfekční prostředky a po ukončení asanace bude sledována přítomnost transgenů nebo jejich produktů metodami uvedenými v bodě j) tohoto Havarijního plánu.

Při úniku GMO zařazených do těchto kategorií, v uzavřeném prostoru i mimo něj nehrozí bezprostřední ohrožení zdraví lidí ani ohrožení životního prostředí a GMO je možno likvidovat postupem v laboratoři běžným (autoklávování 121 °C, 0,15 MPa, 50 min, použití desinfekčních prostředků). Za havárie ve vlastním slova smyslu se NEPOVAŽUJÍ malé úniky GMO (několik mililitrů), při nichž uniklé GMO mohou být rychle a spolehlivě zlikvidovány použitím desinfekčních prostředků. Za havárii je nutno považovat rozšíření GMO mimo laboratoře (chodby), určené k uzavřenému nakládání s GMO.

Při přenosu nádob s transgenním materiálem např. z kultivační místnosti do laboratoře může dojít k rozlití většího objemu této kultury (např. 1 litr). Zasažená místa je nutné s použitím ochranných rukavic vysušit, odpad zlikvidovat autoklávováním a místo ošetřit v dostatečném rozsahu dvěma typy desinfekčních roztoků: např. Ajatinem (0,5-2%) a následně chlornanem sodným (0,5-1%).Všichni musí vědět, kde v laboratoři je ajatin a Chlornan sodný (SAVO).

Potřeby pro kultivaci rostlin je třeba mýt v roztoku chlornanu v plastové vaně. Po 24 hod. stání je možno roztok zlikvidovat vylitím do komunálního odpadu.

Při rozšíření semen (desítky kusů) nebo vegetativních částí, schopných samostatného rozmnožování, je třeba především zabránit možnosti odnesení částí rostlin na obuvi apod. Dále je nutné asepticky odklidit pevné části do plastového pytle a sterilovat autoklávováním a zasažené místo pak ošetřit desinfekčním prostředkem tak, jak je uvedeno výše.

V případech havárie odlišné od zde popsaných je nutno postupovat podle pokynů odborného poradce.

V případě havárie bude informován odborný poradce, vedoucí ÚBM a děkan fakulty.

Přenos kultur 

Při přenosu kultur GMO z kultivačních místností do laboratoří bude situace řešena v závislosti na objemu kultury. Malé objemy budou přenášeny v plastikových uzavřených obalech, velké objemy v přepravkách překrytých alobalem. Podobně při přenášení kultur a materiálu z laboratoří k likvidacím autoklávováním do k tomu určené místnosti B250 budou malé objemy, kultury na plotnách nebo použité plasty přenášeny v plastikových uzavřených obalech s piktogramem Biohazard, větší objemy v uzavřených lahvích a baňkách jištěných v přepravce a překrytých folií. Přenášený a převážený rostlinný materiál bude neprodyšně uzavřen v plastových nebo plechových nádobách (obalech) a označen značkou Biohazard nejméně 5 cm velkou na protilehlých stranách. Pokud bude materiál přepravován vozem, automobil bude označen nápisem Biohazard a v autě bude k disposici popis přepravovaného materiálu a obecné instrukce, jak postupovat s uzavřeným kontejnerem obsahujícím transgenní materiál (neotvírat, dopravit na ÚBM VŠCHT Praha). Vědečtí pracovníci mají k dispozici genové mapy a sekvence insertů, s nimiž pracují a v případě úniku lze těchto znalostí využít pro monitorování případného úniku transgenu a následnou likvidaci a asanaci.

Likvidace

V případě úniku geneticky modifikovaných mikroorganismů a rostlin bude vymezen zasažený prostor, výrazně označen a ohraničen (křídou, fixem, výstražné nápisy) a bude zamezen přístup osob. Prostor bude ošetřen 0,5-1% chlornanem sodným a následně 0,5-2% Ajatinem. Po chemické asanaci se kontaminovaná plocha ozáří germicidní lampou výkon 2x25W. Jednotlivé drobné předměty, které byly únikem zasaženy, budou autoklávovány. Transgenní rostliny, které by unikly mimo vymezené bariéry, budou smeteny a autoklávovány v pytlích. Nepřítomnost geneticky modifikovaných mikroorganismů bude dokumentována odebráním vzorků z původně zasaženého místa a průkazem nepřítomnosti GMO nebo jejich produktů. (Smotkem gázy navlhčeným sterilní vodou bude setřeno cca 50x50 cm plochy, gáza eluována malým množstvím vody a bude použita buď jako templát pro PCR s použitím primérů odvozených od sekvence insertu nebo k imunochemické detekci produktů transgenů.) Toto je i postup pro přípravu pro sledování GMO, když se vede deník.

Popis a nákres uložení asanačních prostředků použitelných ke zneškodnění

Koncentrovaný a naředěný roztok (0,5-1%) chlornanu sodného a koncentrovaný a naředěný roztok (0,5-2%) Ajatinu budou umístěny v označených skříních umístěných ve všech místnostech určených pro uzavřené nakládání s GMO.

V případě havárie budou ihned vyrozuměni telefonicky event. emailem vedoucí pracoviště, osoby zodpovědné za likvidaci havárie jmenovitě uvedené v bodě d) tohoto Havarijního plánu a odborný poradce a bude zajištěna okamžitá dekontaminace.

Provozní plán Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha pro práci s GMO

Kategorie rizika nakládání s geneticky modifikovaným organismem, které smí být na pracovišti prováděno: Kategorie rizika I a II.

Seznam pracovníků proškolených pro práci s GMO na pracovišti

V Provozním řádu, který vám bude dodán, jsou doplněni pracovníci ÚBM a PGS studenti. Každá laboratoř přidá k Provoznímu řádu seznam studentů (magistři a bakaláři) aktuálně pracujících v laboratoři.

Povinnosti pracovníků při práci

Stávající pracovníci a PGS studenti uvedení v seznamu pro jednotlivé laboratoře byli proškoleni na provádění všech metod uvedených v odstavci g) Provozního řádu. Za dodržování pracovních postupů v jednotlivých laboratořích jsou zodpovědní příslušní vedoucí laboratoří. Školení budou pravidelně opakována.

Po ukončení práce v laboratoři mají pracovníci povinnost zajistit bezpečné uložení biologického materiálu s transgenní DNA, otřít pracovní plochu chemickou desinfekcí (např. 0,5-1% roztokem chlornanu sodného). Použitý materiál s GMO určený k likvidaci bude sterilován v autoklávu 50 minut při 121 °C, přetlak 0,15 MPa. Postup dekontaminace nástrojů při ukončení pracovní činnosti se řídí podle charakteru činnosti a určuje jej vedoucí laboratoře. Ochranné oděvy kontaminované geneticky modifikovanými mikroorganismy se budou prát jako infekční materiál: samostatný sběr a oddělená izolovaná přeprava.

Systém a četnost kontrol prostoru, zařízení a ochranných opatření

Kontroly čistoty pracovních ploch budou prováděny pověřenými proškolenými pracovníky s četností 1krát za 6 měsíců s platností od října 2016 (do září 2016 3krát ročně): stěry - sledování výskytu používaných mikroorganismů a pomocí PCR metody bude detekován příslušný transgen. U autoklávů určených pro likvidaci GMO (místnost B250 a BY12) budou pravidelně kontrolovány předepsané parametry pro bezpečnou sterilizaci externími servisními techniky a zaprotokolovány v provozní knize přístroje. Lednice a mrazáky určené pro uchovávání GMO jsou bezpečně uzamčeny a klíče jsou k dispozici u vedoucího příslušné laboratoře. Možnost výskytu přenašečů GMO (hmyz, hlodavci) je vyloučena zajištěním laboratoří, jejichž dveře a okna jsou trvale uzamčené nebo opatřené koulí. Laboratoře jsou klimatizované, okna jsou proti vniknutí hmyzu zajištěna síťkami. Zápis v Knize kontrol o každé kontrole bude parafován vedoucím příslušné laboratoře, odborným poradcem a vedoucím příslušné katedry.

Zásady vedení pracovních protokolů

Každá činnost s GMO je zaznamenávána do pracovních protokolů každého pracovníka s vyznačením čísel stránek, data zápisu a poznámkou o způsobu likvidace nepotřebných GMO.

Opatření k zabránění vstupu nepovolaných osob

Laboratorní prostory jsou rozděleny na funkční jednotky. Do každé jednotky je možný vstup pouze jedněmi dveřmi otevíratelnými klíčem. Klíče mají pracovníci, kteří v jednotce pracují. Studenti VŠCHT Praha mají do nich přístup pouze ve speciálních pláštích označených značkou Biohazard, které jsou nošeny pouze v těchto prostorách.

Přílohy:

[urlnadstranka] => [iduzel] => 39517 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[cs]/39517 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [39518] => stdClass Object ( [odkaz] => http://old-biomikro.vscht.cz/pseudocronobacter/ [iduzel] => 39518 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/pseudocronobacter/ [skupina_www] => Array ( ) [url] => /pseudocronobacter/ [sablona] => stdClass Object ( [class] => redirect [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29714] => stdClass Object ( [nazev] => [seo_title] => Domovská stránka Ústav biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] => [iduzel] => 29714 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/home [skupina_www] => Array ( ) [url] => /home [sablona] => stdClass Object ( [class] => boxy [html] => [css] => [js] => $(function() { setInterval(function () { $('*[data-countdown]').each(function() { CountDownIt('#'+$(this).attr("id")); }); },1000); setInterval(function () { $('.homebox_slider:not(.stop)').each(function () { slide($(this),true); }); },5000); }); function CountDownIt(selector) { var el=$(selector);foo = new Date; var unixtime = el.attr('data-countdown')*1-parseInt(foo.getTime() / 1000); if(unixtime<0) unixtime=0; var dnu = 1*parseInt(unixtime / (3600*24)); unixtime=unixtime-(dnu*(3600*24)); var hodin = 1*parseInt(unixtime / (3600)); unixtime=unixtime-(hodin*(3600)); var minut = 1*parseInt(unixtime / (60)); unixtime=unixtime-(minut*(60)); if(unixtime<10) {unixtime='0'+unixtime;} if(dnu<10) {unixtime='0'+dnu;} if(hodin<10) {unixtime='0'+hodin;} if(minut<10) {unixtime='0'+minut;} el.html(dnu+':'+hodin+':'+minut+':'+unixtime); } function slide(el,vlevo) { if(el.length<1) return false; var leva=el.find('.content').position().left; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; var cislo=leva/sirka*-1; if(vlevo) { if(cislo+1>pocet) cislo=0; else cislo++; } else { if(cislo==0) cislo=pocet-1; else cislo--; } el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } function slideTo(el,cislo) { if(el.length<1) return false; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; if(cislo<0 || cislo>pocet) return false; el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka}); el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected'); el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected'); return false; } [autonomni] => 1 ) ) [39110] => stdClass Object ( [odkaz] => http://old-biomikro.vscht.cz/vyuka [iduzel] => 39110 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/vyuka [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyuka [sablona] => stdClass Object ( [class] => redirect [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29727] => stdClass Object ( [nazev] => O ústavu [seo_title] => O ústavu [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Posláním Ústavu biochemie a mikrobiologie je pedagogická a výzkumná činnost v oblastech biochemie, mikrobiologie, biologie a molekulární genetiky. Ústav zajišťuje výuku základních kurzů těchto disciplín v bakalářském studiu pro celou Fakultu potravinářské a biochemické technologie. Řada specializovaných předmětů je vyučována v navazujícím studiu magisterském a doktorském. Do výzkumných projektů cílevědomě zapojujeme posluchače všech stupňů studia v rámci řešení úkolů bakalářských, diplomových a disertačních prací.

obrázek

[iduzel] => 29727 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/o-ustavu [skupina_www] => Array ( ) [url] => /o-ustavu [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_submenu [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29758] => stdClass Object ( [nazev] => Studium [seo_title] => Studium [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Ústav biochemie a mikrobiologie zajišťuje v bakalářském studiu výuku předmětů (biochemie, mikrobiologie, biologie a další) pro obory studijních programů FPBT, včetně nového oboru Forenzní analýza. Biochemie je přednášena pro studenty všech fakult VŠCHT. V magisterském studiu zajišťuje ústav výuku dvou oborů, patřících do programu Biochemie a biotechnologie, a to Mikrobiologie a Obecné a aplikované biochemie. Dále zajišťujeme výuku programu Klinická bioanalytika oboru Laboratorní metody a příprava léčivých přípravků.

V rámci těchto bakalářských a magisterských programů, buď vlastními silami, nebo ve spolupráci s dalšími pracovišti VŠCHT nebo dalšími institucemi, vyučujeme předměty z oblastí biochemie, mikrobiologie, metod biochemického výzkumu a bioanalytiky, medicínských předmětů, molekulární biologie a genového inženýrství, forenzní analýzy a biologie. Dále vyučujeme vybrané předměty v angličtině.

Ústav je akreditován pro výchovu doktorandů postgraduálního studia v oborech Biochemie a Mikrobiologie. Zájemci a zájemkyně o doktorské studium mohou kontaktovat jednotlivé laboratoře nebo sekretariát ústavu.

[iduzel] => 29758 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/studium [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studium [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_submenu [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29759] => stdClass Object ( [nazev] => Vědecké zaměření ústavu [seo_title] => Vědecké zaměření ústavu [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Ústav biochemie a mikrobiologie rozvíjí základní výzkum v oblastech molekulární biologie retrovirů, proteomiky, biochemie, fyziologie a molekulární biologie rostlin, enzymologie, mikrobiologie životního prostředí, potravinářské mikrobiologie a bioanalytických metod. Tyto aktivity vytváří platformu pro aplikovaný výzkum cílený na vývoj moderních terapeutických přístupů, možnosti bioremediací organických a anorganických zátěží v životním prostředí a sledování hygienické kvality potravin (ústav provozuje i akreditovanou Zkušební laboratoř ústavu biochemie a mikrobiologie) či interakcí rostlin s patogeny. Výzkum je v řadě případů interdisciplinárního charakteru a vedle úzké odborné spolupráce mezi jednotlivými laboratořemi ústavu by byl nemyslitelný bez kooperace s řadou národních a zahraničních pracovišť v rámci společných výzkumných programů a projektů. Na národní úrovni se pracoviště ústavu podílí na řešení úkolů Centra aplikované genomiky a na řešení výzkumného záměru Progresivní potravinářské a biochemické technologie. Současně jsou na ústavu řešeny úkoly projektů podporovaných GA ČR, TA ČR, MPO, MŠMT.

Vědecko-výzkumné portfolio ústavu v bodech:

Oblast medicínsky orientovaného výzkumu a vývoje

  • biologie skládání retrovirových částic a struktura a buněčný transport retrovirových proteinů se zřetelem na využití modifikovaných částic pro genové terapie
  • identifikace proteinů místně deponovaných v souvislosti s aplikací implantátů nebo kalcifikací stěn srdečních chlopní a cév; biokompatibilní materiály pro kožní náhrady
  • konstrukce nanočástic cílených do nádorových buněk k zobrazení karcinomů, testování cytostatik, rostlinné nukleasy jako protinádorová terapeutika a lipidová tělíska jako nosiče cílených hydrofobních léčiv
  • účinky adipokinů a možnosti nutriční a farmakologické intervence při metabolickém syndromu
  • rostlinné a hmyzí peptidy s antimikrobiálním účinkem jako terapeutika
  • glykosidasy extrémofilů pro enzymové syntézy terapeuticky významných derivátů sacharidů
  • vývoj a aplikace nových metod molekulárního modelování a strukturní bioinformatiky

Oblast kontroly a bioremediací životního prostředí

  • metabolické konverze xenobiotik a využití mikroorganismů a rostlin pro bioremediace znečištění prostředí organickými xenobiotiky
  • genomika a metagenomika pro studium mikrobiální diverzity a genetického potenciálu se zřetelem na symbiosu mikrobiálních konsorcií a rostlin a jejich synergii v bioremediačních procesech
  • molekulární determinanty fosfolipidového signálního systému rostlin v odpovědi na biotický a abiotický stres se zvláštním zřetelem na využití mechanismů indukované rezistence v alternativní ochraně rostlin proti chorobám
  • vývoj imunochromatografických souprav pro stanovení xenobiotik a posuzování xenobiotik, jejich metabolických intermediátů a těžkých kovů z hlediska cytotoxicity, genotoxicity a fyziologického dopadu jejich ingesce
  • biochemické a molekulárně biologické aspekty (hyper)akumulace těžkých kovů velkými houbami se zvláštním zřetelem na determinanty využitelné pro fytoremediace
  • transgenní rostliny pro fytoremediace půd a sedimentů kontaminovaných organickými xenobiotiky a těžkými kovy
  • povrchová expozice vazebných peptidů pro zvýšení kapacity mikrobiálních biosorbentů těžkých kovů
  • perspektivy lipidových tělísek pro likvidace ropných havárií a snažší syntézy degradovatelných plastů

Oblast kontroly a bezpečnosti potravin

  • vývoj moderních rychlých metod záchytu a kvantifikace potravinových patogenů (detekce a kvantifikace pomocí PCR, a DNA čipů, genotypizační metody, imunochemické metody včetně vývoje imunochromatografických souprav) doplněné klasickými mikrobiologickými metodami.
  • molekulární biologie enterotoxinů Staphylococcus aureus
  • tvorba biofilmů a sledování jejich resistence vůči disinfekčním prostředkům
  • resistence vybraných potravinových patogenů k antibiotikům
  • akreditované metody a vývoj nových metod detekce a kvantifikace geneticky modifikovaných potravinových surovin a potravin
  • identifikace peptidů vážících ionty těžkých kovů v potravinových surovinách a potravinách

Oblast interakce rostlin s patogeny

  • studium rostlinné imunity
  • modelová rostlina Arabidopsis thaliana
  • interakce zemědělsky významné plodiny řepky olejky s patogenem Leptosphaeria maculans
  • PCR, měření fytohormonů, měření typických odpovědí rostlin na napadení patogeny (ROS, calosa …), symptomy (Hyaloperenospora arabidopsidis, Pseudomonas syringae, Botrytis cinerea)
[iduzel] => 29759 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/vyzkum [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_submenu [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29883] => stdClass Object ( [nazev] => Kurzy a poradenství [seo_title] => Kurzy a poradenství [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Kromě pedagogické a vědecko-výzkumné činnosti nabízí Ústav biochemie a mikrobiologie analýzy, kurzy, semináře a poradenství pro zájemce z jiných akademických organizací nebo firem.

kurzy a semináře (originál)

PŘIPRAVUJE SE...

[iduzel] => 29883 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /kurzy [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_submenu [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [10947] => stdClass Object ( [nazev] => Přístup odepřen (chyba 403) [seo_title] => Přístup odepřen [seo_desc] => Chyba 403 [autor] => [autor_email] => [perex] => [ikona] => zamek [obrazek] => [obsah] =>

Nemáte přístup k obsahu stránky.

Zkontrolujte, zda jste v síti VŠCHT Praha, nebo se přihlaste (v pravém horním rohu stránek).

[urlnadstranka] => [iduzel] => 10947 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error403] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_ikona [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [1485] => stdClass Object ( [nazev] => Stránka nenalezena [seo_title] => Stránka nenalezena (chyba 404) [seo_desc] => Chyba 404 [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Požadovaná stránka se na webu (již) nenachází. Kontaktuje prosím webmastera a upozorněte jej na chybu.

Pokud jste změnili jazyk stránek, je možné, že požadovaná stránka v překladu neexistuje. Pro pokračování prosím klikněte na home.  

Děkujeme!

[urlnadstranka] => [iduzel] => 1485 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /[error404] [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) ) [iduzel] => 29705 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) [519] => stdClass Object ( [nadpis] => [data] => [poduzel] => stdClass Object ( [44911] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/redirect/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 44911 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [45623] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-staff.vscht.cz/studijni-plan/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 45623 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studijni-system-plan-pdf [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [44910] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web.vscht.cz/programy/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 44910 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /programy [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [30128] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/redirect/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 30128 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [30011] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/studijni-system/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 30011 [canonical_url] => //study.vscht.cz/studijni-system [skupina_www] => Array ( ) [url] => /studijni-system [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [30124] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/redirect/context/ [urlwildcard] => cis-path [iduzel] => 30124 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [28344] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/studijni-system/obory/U/sitemap/lang/cs [urlwildcard] => [iduzel] => 28344 [canonical_url] => //study.vscht.cz/obory_sitemap_cs.xml [skupina_www] => Array ( ) [url] => /obory_sitemap_cs.xml [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [30344] => stdClass Object ( [nadpis] => [apiurl] => https://cis-web-test.vscht.cz/studijni-system/obory/U/sitemap/lang/en/foreigner [urlwildcard] => [iduzel] => 30344 [canonical_url] => //study.vscht.cz/obory_sitemap_foreigner.xml [skupina_www] => Array ( ) [url] => /obory_sitemap_foreigner.xml [sablona] => stdClass Object ( [class] => api_html [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) ) [iduzel] => 519 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => [html] => [css] => [js] => [autonomni] => ) ) ) [sablona] => stdClass Object ( [class] => web [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) [api_suffix] => )

DATA


stdClass Object
(
    [nazev] => Vědecké skupiny
    [seo_title] => Vědecké skupiny
    [seo_desc] => 
    [autor] => 
    [autor_email] => 
    [obsah] => 

Ústav biochemie a mikrobiologie rozvíjí základní výzkum v oblastech molekulární biologie retrovirů, proteomiky, biochemie, fyziologie a molekulární biologie rostlin, enzymologie, mikrobiologie životního prostředí, potravinářské mikrobiologie a bioanalytických metod. Tyto aktivity vytváří platformu pro aplikovaný výzkum cílený na vývoj moderních terapeutických přístupů, možnosti bioremediací organických a anorganických zátěží v životním prostředí a sledování hygienické kvality potravin (ústav provozuje i akreditovanou Zkušební laboratoř ústavu biochemie a mikrobiologie) či interakcí rostlin s patogeny. Výzkum je v řadě případů interdisciplinárního charakteru a vedle úzké odborné spolupráce mezi jednotlivými laboratořemi ústavu by byl nemyslitelný bez kooperace s řadou národních a zahraničních pracovišť v rámci společných výzkumných programů a projektů. Na národní úrovni se pracoviště ústavu podílí na řešení úkolů Centra aplikované genomiky a na řešení výzkumného záměru Progresivní potravinářské a biochemické technologie. Současně jsou na ústavu řešeny úkoly projektů podporovaných GA ČR, TA ČR, MZE, MPO, MŠMT, MZO.

[submenuno] => [urlnadstranka] => [obrazek] => [iduzel] => 29793 [platne_od] => 04.05.2017 09:52:00 [zmeneno_cas] => 04.05.2017 09:52:00.778271 [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Vojtěch Spiwok [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/vyzkum/vedecke-skupiny [idvazba] => 37920 [cms_time] => 1568666536 [skupina_www] => Array ( ) [slovnik] => Array ( ) [poduzel] => stdClass Object ( [29794] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř aplikované mikrobiální ekologie [seo_title] => Laboratoř aplikované mikrobiální ekologie [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Mikroorganismy představují nejrozmanitější formu života. Jejich metabolická aktivita je klíčová pro zachování funkcí všech ekosystémů v biosféře. Mikrobiální ekologie je rychle se rozvíjející obor studující vzájemné interakce mezi mikroorganismy a jejich vztahy s dalšími biotickými a abiotickými složkami životního prostředí.

Aktuálně řešené projekty

Ekologie mikrobiálních společenstev v životním prostředí: Jaký je rozsah fylogenetické a metabolické mikrobiální diversity a jaké hlavní faktory jí ovlivňují?

Úloha sekundárních rostlinných metabolitů v ekologii půdních mikroorganismů: Jak sekundární rostlinné metabolity řídí strukturu půdních mikrobiálních komunit? Jsou enzymy původně vyvinuty pro detoxikaci a/či degradaci sekundárních rostlinných metabolitů zodpovědné také za degradaci antropogenních polutantů?

Molekulární mechanismy vybraných biogeochemických procesů: Jaké mikroorganismy jsou klíčové v těchto procesech a jaké funkční geny využívají?

Modifikace extrakčních a kultivačních přístupů: Jak můžeme izolovat některé dosud nekultivovatelné bakterie?

Půdní metagenomika: Metagenom jako zdroj enzymů s dosud nepopsanou substrátovou specifitou a vytěžování jejich genů.

Příprava transgenních rostlin: Můžeme transgenozí zvýšit toleranci rostlin vůči environmentálním stresům?

Vybrané publikace

Leewis MC, Uhlík O, Fraraccio S, McFarlin K, Kottara A, Glover C, Macek T, Leigh MB. Differential Impacts of Willow and Mineral Fertilizer on Bacterial Communities and Biodegradation in Diesel Fuel Oil-Contaminated Soil. Front Microbiol 2016; 7: 837.

Rídl J, Kolář M, Strejček M, Strnad H, Štursa P, Pačes J, Macek T, Uhlík O. Plants Rather than Mineral Fertilization Shape Microbial Community Structure and Functional Potential in Legacy Contaminated Soil. Front Microbiol 2016; 7: 995.

Musilová L, Rídl J, Polívková M, Macek T, Uhlík O. Effects of Secondary Plant Metabolites on Microbial Populations: Changes in Community Structure and Metabolic Activity in Contaminated Environments. Int J Mol Sci 2016; 17: 1205.

Wald J, Hroudová M, Jansa J, Vrchotová B, Macek T, Uhlík O. Pseudomonads rule degradation of polyaromatic hydrocarbons in aerated sediment. Front Microbiol 2015; 6: 1268.

Uhlík O, Leewis MC, Strejček M, Musilová L, Macková M, Leigh MB, Macek T. Stable isotope probing in the metagenomics era: A bridge towards improved bioremediation. Biotechnol Adv 2013; 31: 154–165.

Uhlík O, Wald J, Strejček M, Musilová L, Rídl J, Hroudová M, Vlček Č, Cardenas E, Macková M, Macek T. Identification of bacteria utilizing biphenyl, benzoate, and naphthalene in long-term contaminated soil. PLoS ONE 2012; 7: e40653.

Uhlík O, Strejček M, Junková P, Šanda M, Hroudová M, Vlček Č, Macková M, Macek T. Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)-Time of Flight Mass Spectrometry- and MALDI Biotyper-based identification of cultured biphenyl-metabolizing bacteria from contaminated horseradish rhizosphere soil. Appl Environ Microbiol 2011; 77: 6858-6866.

Uhlík O, Ječná K, Leigh MB, Macková M, Macek T. DNA-based stable isotope probing: a link between community structure and function. Sci Total Environ 2009; 407: 3611-3619.

Uhlík O, Ječná K, Macková M, Vlček Č, Hroudová M, Demnerová K, Pačes V, Macek T. Biphenyl-metabolizing bacteria in the rhizosphere of horseradish and bulk soil contaminated by polychlorinated biphenyls as revealed by stable isotope probing. Appl Environ Microbiol 2009; 75: 6471-6477.

Leigh MB, Pellizari VH, Uhlík O, Sutka R, Rodrigues J, Ostrom NE, Zhou J, Tiedje JM. Biphenyl-utilizing bacteria and their functional genes in a pine root zone contaminated with polychlorinated biphenyls (PCBs). ISME J 2007; 1: 134-148.

a další na Google Scholar.

Lidé a kontakty

doc. Ing. Ondřej Uhlík, Ph.D.; vedoucí skupiny (B209, ondrej.uhlik@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

prof. Ing. Tomáš Macek, Ph.D. (B208, tomas.macek@vscht.cz, tel. +420 220 44 5139)

Ing. Michal Strejček (B209, michal.strejcek@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Jáchym Šuman (B209, jachym.suman@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Jitka Viktorová, Ph.D. (V04, jitka.viktorova@vscht.cz, tel. +420 220 44 3021)

Ing. Eliška Mojr Staňková (B209, eliska.mojr.stankova@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Lucie Musilová (B209, lucie.musilova@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Eglantina López Echartea (B209, eglantina.lopez.echartea@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Marco A. López Marín (B209, lopezmam@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Ing. Markéta Polívková (B209, marketa.polivkova@vscht.cz, tel. +420 220 44 5136)

Mgr. Kateřina Řehořová (V04, katerina.rehorova@vscht.cz, tel. +420 220 44 3021)

[poduzel] => stdClass Object ( [37826] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 37826 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => slider [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [37985] => stdClass Object ( [nazev] => [barva_pozadi] => zluta [uslideru] => false [text] =>

Once ecological mechanisms are understood, ecologists strive to better predict, conserve or manage communities to desired outcomes.

(Ashley Shade, ISME J 2017; 11, 1–6)

[iduzel] => 37985 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => infobox [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) ) [iduzel] => 29794 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/vyzkum/vedecke-skupiny/29794 [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/29794 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29803] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř živočišné biochemie [seo_title] => Laboratoř živočišné biochemie [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Náplní práce laboratoře živočišné biochemie je zejména molekulární endokrinologie, imunologie a výzkum vlivu oxidativního stresu na organismus. Na molekulární úrovni se zabýváme výzkumem regulačních mechanismů, ke kterým dochází v imunitním systému, tukové a jaterní tkáni a které mají vliv na rozvoj insulinové rezistence a metabolického syndromu. Zkoumáme vliv selenu na hladiny antioxidačních enzymů a případnou spojitost s neplodností. Dále se zaměřujeme na imunologickou podstatu zkřížených alergických reakcí mezi pylem z cypřiše, broskvemi a citrusy, které jsou příčinou tzv. pylově-potravinového syndromu.

Řešené projekty

Mechanismus působení adipokinů

Obezita postihuje vysoký počet lidí a její prevalence stoupá. Před více než 30 lety bylo objeveno, že tuková tkáň není pouhé úložiště tuku, ale probíhá zde regulace na velice složité úrovni a dochází tu k sekreci tkáňových hormonů označovaných jako adipokiny. Ty mají vliv zejména na metabolismus lipidů a sacharidů a jsou často odpovědné za rozvoj insulinové rezistence a následně diabetes mellitus II. typu. Tento objev udělal z „pouhého“ úložiště tuku největší endokrinní orgán v těle. Naším cílem je objasnění vlastností jednoho z adipokinů – visfatinu. Snažíme se charakterizovat, jakým způsobem je visfatin v buňce lokalizován, transportován a jak je případně sekretován do extracelulárního prostředí. Visfatinu je totiž připisována řada funkcí, z nichž nejdůležitější je jeho působení v roli esenciálního enzymu nikotinamidfosforibosyltransferasy v syntéze NAD. NAD není pouze kofaktorem oxidoreduktas, ale slouží také jako substrát neredoxních reakcí, které probíhají zejména v jádře a jsou zodpovědné za opravy DNA, řízení buněčného cyklu a apoptózy. V poslední době začíná být visfatin spojován i s rozvojem rakoviny.

Ke studiu těchto dějů používáme buněčné linie adipocytů, hepatocytů a makrofágů. Součástí výzkumu jsou také molekulárně genetické techniky, příprava geneticky modifikovaných buněk nebo fluorescenční a super-rezoluční mikroskopie.

In vitro kultivovaný adipocyt s červeně obarvenými tukovými kapénkami.                                 

In vitro kultivovaný adipocyt s červeně obarvenými tukovými kapénkami.   

Preadipocyty 3T3-L1                                                                                                          Makrofágy U-937

Preadipocyty 3T3-L1                      Makrofágy U-937

Preadipocyty 3T3-L1 a makrofágy U-937 se stabilně vneseným genem pro visfatin s fluorescenční značkou. Snímky byly pořízeny fluorescenčním mikroskopem.

 

Spolupráce

  • Fyziologický ústav AV ČR
  • Institut klinické a experimentální medicíny (IKEM) Praha

Vliv selenu na vybrané biochemické parametry u laboratorního potkana

Selen (Se) je významný stopový prvek esenciální pro člověka i zvířata, jeho nedostatek, ale i nadbytek vede ke vzniku závažných poruch, včetně poruch spojených s neplodností. Selen hraje důležitou roli v organismu na základě svých antioxidačních účinků, napomáhá též udržovat správnou hladinu některých hormonů. Je součástí mnoha organických sloučenin i proteinů, jejichž biologická účinnost se významně liší. Česká republika patří mezi oblasti s nízkým obsahem selenu v půdě, což vede k jeho deficitu v rostlinné produkci a následně v lidském i zvířecím organismu. Naší prací je stanovení aktivity vybraných antioxidačních enzymů v plasmě a vybraných tkáních laboratorního potkana po podání různých dávek selenu ve stravě a sledování jeho vlivu na celkový zdravotní stav zvířat. Dále sledujeme vliv hladiny selenu na fyziologický stav a reprodukci u lidí ve spolupráci s klinickým pracovištěm.

Pozn. Projekt je téměř dokončen, a proto nebudou na toto téma vypisovány nové studentské práce.

Spolupráce

  • Fyziologický ústav AV ČR
  • Česká zemědělská univerzita v Praze
  • Gynekologicko-porodnické oddělení fakultní nemocnice Plzeň
  • Genetika Plzeň s.r.o.

Křížová reaktivita alergenů z cypřiše

V dnešní době stále více lidí trpí alergiemi, a to zejména v průmyslově vyspělých zemích, kde je alergií postiženo téměř 30 % populace. Lékaři rovněž zaznamenávají nárůst případů tzv. kombinovaných alergií neboli tzv. "pylově‑potravinového syndromu", kdy se u alergiků objevují křížové reakce mezi pylem a potravinami. Odhaduje se, že až 60 % potravinových alergií se vyskytuje společně s respiračními. Ve spolupráci s francouzskými kolegy studujeme pomocí elektroforézy a imunoblotu křížové interakce pylu z cypřiše, který je ve Francii a obecně v celém Středomoří významným alergenem. Navíc je alergie na tento pyl často spojena s potravinovou alergií na broskve či citrusy. Prokázání křížové reaktivity a identifikování jejích příčin umožňuje zlepšení diagnózy alergií, která následně vede k lepší, individualizované léčbě pacientů.

Spolupráce

  • Pasteur Institute a Hospital Trousseau Paris, France

Pylová zrna cypřiše

Pylová zrna cypřiše pod skenovacím elektronovým mikroskopem (2200x). Na povrchu exiny (vnější membrány) jsou viditelné orbikuly neboli “Ubischova tělíska” (granule o velikosti 300–600 nm), charakteristické pro pyl cypřišovitých (Cupressaceae).

© Youcef Shahali / Colorization Jean-Marc Panaud, Institut Pasteur.

 

Publikace

A new allergen family involved in pollen food associated syndrome: snakin/gibberellin regulated proteins. Sénéchal H., Šantrůček J., Melčová M., Svoboda P., Zídková J., Charpin D., Guilloux L., Shahali Y., Selva M.-A., Couderc R., Aizawa T., Poncet P. Journal of Allergy and Clinical Immunology 2018; 141(1):411–414, DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.jaci.2017.06.041

Visfatin is actively secreted in vitro from U-937 macrophages, but only passively released from 3T3-L1 adipocytes and HepG2 hepatocytes. Svoboda P., Křížová E., Čeňková K., Vápenková K., Zídková J., Zídek V., Škop V. Physiological research 2017; 66 (4):709-714

 Cypress Pollinosis: from Tree to Clinic. Charpin D., Pichot C., Belmonte J., Sutra J.P., Zidkova J., Chanez P., Shahali Y., Sénéchal H., Poncet P. Clinical Reviews in Allergy & Immunology 2017; 1-22, DOI: https://doi.org/10.1007/s12016-017-8602-y

The Response of Macro-and Micronutrient Nutrient Status and Biochemical Processes in Rats Fed on a Diet with Selenium-Enriched Defatted Rapeseed and/or Vitamin E Supplementation. Rýdlová M., Růnová K., Száková J., Fučíková A., Hakenová A., Mlejnek P., Zídek V., Tremlová J., Mestek O., Kaňa A., Zídková J., Melčová M., Truhlářová K., Tlustoš P. BioMed Research International 2017, DOI: http://dx.doi.org/10.1155/2017/6759810

Effect of selenium-enriched defatted rape seeds on tissue cadmium and essential elements utilization in rats. Myška A., Száková J., Fučíková A., Mlejnek P., Zídek V., Tremlová J., Mestek O., Koplík R., Zídková J., Melčová M., Tlustoš, P. Czech Journal of Animal Science 2016; 61(11):496-505, DOI: http://dx.doi.org/10.17221/88/2015-CJAS

Biochemical and hematological response of rats on defatted rape seeds addition into the diet. Tvrdá J., Tůmová N., Fučíková A., Zídková J., Melčová M., Száková J., Mlejnek P., Zídek V., Mestek O., Kaňa A., Tlustoš P. Academia Journal of Agricultural Research 2015; 3(12): 395-401, DOI: 10.15413/ajar.2015.0162

Impact of cadmium on the level of hepatic metallothioneins, essential elements, and selected enzymes in the experimental rat model. Zídková J., Melčová M., Bartošová K., Šestáková I., Zídek V., Száková J., Miholová D., Tlustoš P. Czech Journal of Animal Science 2014; 59(12):548-556

Female serum of immunoglobulins G, A, E and their immunological reactions to seminal fluid antigens. Brázdová A., Zídková J., Sénéchal H., Peltre G., Cibulka J., Ulčová-Galová Z. Folia Biologica-Prague 2012; 58():251-255

Autocrine effects of visfatin on hepatocyte sensitivity to insulin action. Škop V., Kontrová K., Zídek V., Sajdok J., Pravenec M., Kazdová L., Mikulík K., Zídková J. Physiological Research 2010; 59():615-618

SsrA genes of streptomycetes and association of proteins to the tmRNA during development and cellular differentiation. Mikulík K., Palečková P., Felsberg J., Bobek J., Zídková J., Halada P. Proteomics 2008; 8(7):1429-1441, DOI: http://dx.doi.org/10.1002/pmic.200700560

Lidé a kontakty

Vedoucí skupiny:

doc. Ing. Igor Hochel, CSc. - místnost B244 (V02), tel: 220 445 166 (3019)

Profesor:

prof. Ing. Jan Káš, DrSc. - místnost B364, tel: 220 443 018

Odborní asistenti:

Ing. Vojtěch Škop, Ph.D.

RNDr. Jarmila Zídková, CSc. - místnost B232a, tel: 220 445 155

Doktorandi:

Ing. Magdalena Melčová - místnost B211, tel: 220 445 154

Ing. Petr Svoboda - místnost B211, tel: 220 445 154

Ing. Diana Rayová - místnost B211, tel: 220 445 154

Technický personál:

Daniela Weisserová - místnost B211, tel: 220 445 154

[poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 29803 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/29803 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29802] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř potravinářské mikrobiologie [seo_title] => Laboratoř potravinářské mikrobiologie [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Skupina zabývající se problematikou patogenů přenášených potravinami a detekcí geneticky modifikovaných organismů (GMO) se vytvořila již v polovině devadesátých let v prostorech mimo VŠCHT, v budově Ústavu mechaniky a struktury hornin ČAV, V Holešovičkách 41/94, Praha 8 (Rokoska). Naším prvním cílem bylo dokonalé profesionální zvládnutí ISO ČSN metod pro kvalitativní a kvantitativní stanovení patogenů přenášených potravinami v potravinových matricích. Zároveň byly zaváděny metody založené na identifikaci izolované DNA pomocí polymerasové řetězové reakce (PCR). Tato reakce je základem hlavní metody užívané ke stanovení transgenní DNA v různých typech GMO. V laboratoři jsme se zaměřili na nejvýznamnější transgenní rostliny v zemědělství, kukuřici a sóju. ISO metody pro GMO jsou teprve nyní kodifikovány a uváděny v platnost, proto jsme v této oblasti vypracovali standardní operační postupy (SOP). Toto úsilí vyvrcholilo v roce 2006, kdy byla laboratoř akreditovaná ČIA ke zkušební činnosti v oblasti mikrobiologie a molekulární biologie. Potraviny, používané pro výživu, jsou zřídka sterilní, většinou obsahují četná mikrobiální společenstva, jejichž složení je dáno původem potraviny a jejím zpracováním. Většina těchto mikroorganismů, pochází z přirozené mikroflory potravinářských surovin, nebo z mikroflory vnesené během zpracování, t.j. během sklizně, porážky, skladování a distribuce. Počty jednotlivých mikroorganismů ve zkoumaných potravinách vypovídají o historii jejich vzniku.

Ve většině případů mikroflora potravin nemá zjistitelný účinek a konsum potraviny nepůsobí problémy. V některých případech má přítomnost mikroorganismů nevratný účinek:

  • Způsobuje kažení potraviny a mění její organoleptické vlastnosti
  • Je původcem onemocnění konzumenta
  • Positivně mění vlastnosti potraviny, jako např. různé typy fermentací

Po období nevyjasněné legislativy, která upravovala přípustná množství jednotlivých druhů mikroorganismů v různých typech potravin, bylo průlomem vydání Nařízení komise (ES) č.2073/2005 o mikrobiologických požadavcích na potraviny, které bylo po dvou letech novelizováno Nařízením komise (ES) č. 1441/2007 a dále Nařízením komise (EU) č. 365/2010. Základním motem těchto nařízení je, že potraviny nesmějí obsahovat mikroorganizmy nebo jejich toxiny či metabolity v množstvích, která představují nepřijatelné riziko pro lidské zdraví.

Od samého počátku založení naší laboratoře jsme se zabývali problematikou stanovení Listeria monocytogenes, Staphyloccoccus aureus, Campylobacter jejuni/coli, Cronobacter sakazakii a Salmonella sp. Pro tyto mikrorganismy jsme zavedli platné ISO ČSN postupy a rovněž jsme zavedli protokoly založené na izolaci DNA s následnou PCR, kde hlavní roli hraje výběr vhodných primerů. Při studiu vlastností izolátů shora uvedených kmenů, jsme jako jednu z charakteristik zavedli zjišťování rezistence k antibiotikům.Využíváme standardní postupy ke stanovení minimální inhibiční koncentrace (MIC), ale také genetické postupy ke zjištění charakteru lokusů DNA odpovědných za rezistenci. Dále jsme se začali zabývat problematikou tvorby biofilmů, které představují odlišnou formu existence mikroorganismů vyznačující se zvýšenou odolností k antibiotikům, desinfekčním prostředkům a dalším vlivům prostředí. Studium exprese genů kodujících enterotoxiny S. aureus bylo zahájeno před 2 lety a pozornost je věnována možnosti rychlé detekce jejich produkce.

Co se týká GMO, hlavní úsilí bylo věnováno výběru vhodné metody izolace DNA, které byly testovány na kukuřici, sóje a bramborách. Přítomnost GMO byla prokazovaná pomocí monitorovacích sekvencí určujících transgenní DNA (promotory a terminátory transkripce, selekční markery). K průkazu byla využívaná PCR a dále pak PCR s flurescenční detekcí v reálném čase (qRT PCR). Původní SOP postupy jsou v současnosti nahrazovány ISO ČSN protokoly.

Řešené projekty

Kvalitativní a kvantitativní detekce potravinových patogenů

Základním dokumentem potravinářské mikrobiologie je Nařízení komise (ES) č. 2073/2005 ze dne 15. listopadu 2005 o mikrobiologických kritériích pro potraviny a jeho další změny (Nařízení komise (ES) č. 1441/2007, Nařízení komise (EU) č. 365/2010), která vymezují kritéria bezpečnosti potravin, kritéria hygieny výrobního procesu a pravidla pro odběr vzorků a přípravu zkušebních vzorků.

Detekce a izolace potravinových patogenů probíhá v souladu s platnými ISO a EN/ISO normami (ISO-International Organization for Standardization, EN-European norm) založenými na kultivačních metodách stanovení. V případě kvalitativního průkazu patogenu (nepřítomnost ve 25 g či 10 g potraviny) je provedeno nejdříve jeho selektivní pomnožení v potravině ve vhodných tekutých médiích a následná izolace za využití selektivních a diagnostických tuhých půd. Při kvantitativních analýzách je tato izolace provedena přímo. Závěrečná identifikace poté zjišťuje fenotypové projevy biochemických vlastností specifických pro jednotlivé patogeny. Kultivační metody sice umožňují izolaci živého mikroorganismu, rychlost samotné detekce se však vzhledem k časové náročnosti zkoušky pohybuje v řádu několika dní. Proto jsou vyvíjeny a validovány rychlé molekulárně-genetické metody, umožňující detekci patogena na bez nutnosti jeho izolace, pouze na základě přítomnosti jeho DNA (případně mRNA) ve vzorku. Identifikace je poté provedena na základě zjištění přítomnosti rodově či druhově specifických genů, využitých k návrhu primerů pro polymerázovou řetězovou reakci. Detekce těchto PCR produktů může být poté provedena elektroforeticky, analýzou jejich křivky tání či za využití DNA čipů. Samostatným problémem je poté metodika izolace DNA z různých potravinových matrix (v případě kvalitativní analýzy vyžadující taktéž pomnožení) spolu s detekčním limitem těchto metod a modifikací izolačních technik za účelem izolovat DNA pouze životaschopných mikroorganismů.

Staphylococcus aureus na agaru Baird-Parker. (originál)Staphylococcus aureus na agaru Baird-Parker.

Druhově specifická PCR detekce Campylobacter jejuni a Campylobacter coli. (originál)Druhově specifická PCR detekce Campylobacter jejuni a Campylobacter coli.

 Identifikace Enterobacteriaceae pomocí Enterotestu. (originál)Identifikace Enterobacteriaceae pomocí Enterotestu.

Rezistence k antibiotikům u potravinových patogenů

Hlavním zdrojem vzniku rezistence k antibiotikům u potravinových patogenů je jejich používání ve veterinární praxi. Subletální koncentrace antibiotika mohou vést k selekci mutantů s mutací cílové struktury nebo k urychlení šíření genetických determinant rezistence horizontálním přenosem mobilními genetickými elementy v mikrobiální populaci. Výskyt rezistence k antibiotikům spolu s odpovídajícím genetickými determinanty studujeme nejvíce u potravinových a klinických izolátů termotolerantních Campylobacter spp., převážně Campylobacter jejuni a Campylobacter coli, původců kampylobakterióz, nejčastějšího gastrointestinálního onemocnění současnosti, a u klinických a environmentálních izolátů rodu Salmonella, původce salmonelózy, druhého nejčastějšího gastrointestinálního onemocnění, kde se jedná zvláště o rezistenci k tetracyklinu.

 Stanovení MIC tetracyklinu pomocí E-testu (Campylobacter jejuni). (originál)Stanovení MIC tetracyklinu pomocí E-testu (Campylobacter jejuni).

Vyšetření antibiotické rezistence diskovou difuzní metodou. (originál) Vyšetření antibiotické rezistence diskovou difuzní metodou.

Tvorba biofilmu a jeho odolnost k desinfekčním látkám

Bakterie se v přirozeném prostředí převážně vyskytují nikoliv ve formě volně pohyblivých planktonických buněk, ale jako přisedlá společenství na pevném podkladu - biofilm. Buňky biofilmu jsou s povrchem a navzájem mezi sebou ireversibilně spojeny extracelulárními polymerními látkami (EPS - extracellular polymeric substance), které tvoří až 85 % celkové hmoty biofilmu a jsou složené převážně z polysacharidů. Biofilm je protkán kanálky, které slouží k rozvodu živin a umožňují buněčnou komunikaci prostřednictvím nízkomolekulárních látek. Buňky biofilmu mají díky EPS vyšší odolnost před vlivy vnějšího prostředí (nutriční stresy, průnik antimikrobiálních látek), vykazují též odlišný růst a genovou expresi oproti buňkám planktonickým. Vazby jsou tak pevné, že buňky nemohou být z povrchu odstraněny pouhým oplachem a tímto se biofilm stává nežádoucí v mnoha oblastech lidského života. Z klinického hlediska se například jedná o zubní plak či biofilm pokrývající lékařské implantáty a katetry. Z hlediska potravinářské mikrobiologie je velkým problémem biofilm ve výrobních a přepravních zařízeních, kde způsobuje korozi materiálů či kontaminaci produktů. Z tohoto důvodu se zabýváme studiem podmínek tvorby biofilmu u jednotlivých potravinových patogenů (vliv média, teploty, stresové podmínky, působení antimikrobiálních látek) spolu se studiem struktury a exprese genů regulujících jeho tvorbu. Pro účely praxe poté studujeme působení desinfekčních a antimikrobiálních látek na devitalizaci a tvorbu biofilmu.

Znázornění tvorby biofilmu - nejprve dochází k adhezi buněk a tvorbě mikrokolonií, což je doprovázeno produkci EPS. Následuje tvorba a zrání biofilmu a nakonec odpoutání buněk z biofilmu. (originál)Znázornění tvorby biofilmu - nejprve dochází k adhezi buněk a tvorbě mikrokolonií, což je doprovázeno produkci EPS. Následuje tvorba a zrání biofilmu a nakonec odpoutání buněk z biofilmu.

Tvorba biofilmu u Listeria monocytogenes v mikrotitračních destičkách detekovaná obarvením biofilmu krystalovou violetí. (originál)Tvorba biofilmu u Listeria monocytogenes v mikrotitračních destičkách detekovaná obarvením biofilmu krystalovou violetí.

Genotypizační metody

Genotypizační metody jsou užívány ke zjištění míry příbuznosti mezi jednotlivými izoláty daného druhu získanými z různých zdrojů v různém čase. Genotypizační metody mohou být založeny na štěpení DNA restrikčními endonukleázami s následnou amplifikací získaných fragmentů pomocí PCR (AFLP-Amplified Fragment Length Polymorphism), na amplifikaci úseků ohraničených repetitivními sekvencemi (REP-PCR, ERIC-PCR) či na amplifikaci fragmentů náhodnými primery (RAPD). Metoda PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) využívá makrorestrikční analýzu genomové DNA provedenou in situ. Množina získaných fragmentů je poté analyzována z hlediska jejich přítomnosti či nepřítomnosti u jednotlivých izolátů, kdy míra shody je mírou jejich příbuznosti. Srovnání sekvencí vybraných konzervativních genů využívá metoda MLST (Multi-Locus Sequence Typing).

 Ukázka genotypizace salmonel metodou ERIC-PCR. (originál)Ukázka genotypizace salmonel metodou ERIC-PCR.

 Dendrogram sestrojený pro izoláty Salmonella na základě ERIC-PCR genotypizace. (originál)Dendrogram sestrojený pro izoláty Salmonella na základě ERIC-PCR genotypizace.

 Dendrogram izolátů Listeria monocytogenes (AFLP- EcoRI a MseI, fluorescenčně značené primery, vyhodnocení na kapilárním přístroji pro sekvenace ABI 310). (originál)Dendrogram izolátů Listeria monocytogenes (AFLP- EcoRI a MseI, fluorescenčně značené primery, vyhodnocení na kapilárním přístroji pro sekvenace ABI 310).

Studie exprese genů kódující stafylokokové enterotoxiny

Staphylococcus aureus je významný patogen produkující celou řadu toxických látek vyvolávající různá onemocnění. Z pohledu potravinářské mikrobiologie je jeho nejvýznamnější vlastností schopnost produkce termostabilních enterotoxinů, jenž mohou způsobit alimentární intoxikace neboli otravy z jídla.

Hlavním cílem tohoto projektu je právě studium exprese genů, které se na tvorbě enterotoxinů podílí, a to jak na úrovni mRNA, tak i na úrovni proteinu. Na úrovni mRNA je využívána metoda reverzní transkripce kvantitativní real-time PCR (RT-qPCR), na úrovni proteinu imunochemická metoda ELISA. Vedle této činnosti je u testovaných kmenů S. aureus prováděna i základní fenotypová a genotypová charakterizace. K tomuto účelu jsou využívány moderní mikrobiologické či molekulárně-biologické metody (spektrofotometrické techniky, elektroforetické techniky, různé varianty metody PCR aj.).

 Příklad real-time PCR analýzy. (originál)Příklad real-time PCR analýzy.

Podpora

  • 6th RTD Framework BIOTRACER (contract 036272) - Improved biotraceability of unintended microorganisms and their substances in food and feed chains
  • 2B08050 Listeria monocytogenes - Postupy umožňující spolehlivé hodnocení kvality a bezpečnosti mléčných výrobků, etap technologického procesu výroby, finálních výrobků a jejich skladování
  • 2B08074 - Metody hodnocení úrovně hygieny a účinnosti sanitace výrobních zařízení a prostředí mlékáren, postupy detekce a eliminace perzistentních kmenů jako nástroje kontroly zpracování mléka na kvalitní a bezpečné potraviny
  • NAZV QI101B267 - Vývoj a aplikace nových efektivních postupů pro kontrolu kvality produktů zemědělské v řetězci prvovýroba a posouzení bezpečnosti potravin
  • GAČR P503/10/0664 - Isolace, typisace a vývoj imunochemických a instrumentálních metod pro detekci a charakterisaci bakterií Cronobacter sp.
  • LD11048 - Genetická podstata ATB resistence bakterií Salmonella spp. isolovaných z Pražských čistíren odpadních vod
  • MEB111004 - Produkce bakteriocinů bakteriemi mléčného kvašení a jejich využití jako konzervačních činidel
  • TA01010485 - Vývoj prototypu a ověření bezpečnosti a funčnosti dámských hygienických prostředků s probiotickým účinkem pro prevenci urogenitálních infekcí
  • MZE QJ1210300 - Protection systems of quality and safety of dairy products by means of suitable methods applicable in practice
  • MZE QJ1210300 - Systémy jištění kvality a bezpečnosti mlékárenských výrobků vhodnými metodami aplikovatelnými v praxi

 

Spolupráce

  • Státní zdravotní ústav Praha, Centrum hygieny potravinových řetězců v Brně
  • University of Copenhagen, Department of Veterinary Disease Biology, Denmark
  • Výzkumný ústav rostlinné výroby v.v.i. Praha 6 Ruzyně
  • Výzkumný ústav potravinářský v.v.i. Praha
  • MILCOM a.s. Praha 6
  • Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i.
  • Ústav chemie a analýzy potravin, VŠCHT Praha
  • CERELA-CONICET (Centro de Referencia para Lactobacilos), Tucumán, Argentina
  • Ústav technologie mléka a tuků VŠCHT Praha
  • ARKO-CONSULT, s.r.o.

Lidé a kontakty

prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc.

doc. RNDr. Jarmila Pazlarová, CSc.

doc. Ing. Petra Lovecká, Ph.D.

Ing. Jana Kadavá

Ing. Sabina Purkrtová, Ph.D.

Ing. Hana Sýkorová, Ph.D.

Ing. Kamila Zdeňková, Ph.D.

Ing. Hana Stiborová, Ph.D.

Ing. Hana Turoňová, Ph.D.

Gabriela Radová

Šárka Katolická

Iva Razáková, DiS.

Ing. Diliara Akhatova

Ing. Martina Boháčová

Ing. Viviana Fuchsová

Ing. Martina Kračmarová

Mgr. Ekaterina Shagieva

Ing. Martin Tereň

Ing. Lucie Vondráková

[poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 29802 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/vyzkum/vedecke-skupiny/29802 [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/29802 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29801] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř molekulární biologie a virologie [seo_title] => Laboratoř molekulární biologie a virologie [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Snažíme se objasnit mechanismus transportu strukturních molekul (bílkovin), ze kterých se skládá retrovirová částice (mezi retroviry patří např. HIV způsobující AIDS). Studujeme jejich vzájemnou interakci a roli v transportních mechanismech infikované buňky. Využíváme technik molekulární genetiky a molekulového modelování, pracujeme s tkáňovými kulturami, struktury proteinů řešíme pomocí nukleární magnetické resonance. Transport sledujeme mikroskopií fluorescenčně značených proteinů v živých buňkách v reálném čase. Strukturu částic zjišťujeme elektronovou mikroskopií. Toto studium má význam pro vývoj nových antivirotik a vývoj vektorů využitelných pro genové terapie (cílení terapeutických molekul na místo určení v nemocném organismu např. do nádoru). Na toto studium navazuje i příprava fluorescenčních molekul pro zobrazování nádorů.

Cílem studia biokompatibility modifikovaných polymerů je vývoj nových postupů pro funkční nahrazení poškozených tkání (např. při popáleninách). Výzkum je tedy soustředěn na navrhování polymerů a jejich vhodné modifikace pro následné použití v medicínské praxi.

Aktuálně řešené projekty

Analýza molekulárního uspořádání retrovirové částice a interakcí vedoucích k jejímu vzniku

Řešené otázky:

  • Jaká je struktura retrovirových proteinů a částic?
  • Jaké interakce napomáhají tvorbě virových částic?
  • Jak je řízen buněčný transport retrovirových proteinů? Lze jej ovlivnit?

 Změna transportu virového proteinu potlačením produkce jedné ze složek molekulového dyneinového motoru (pomocí siRNA). (edited 20.2.17 15:28:43) (originál)   

Změna transportu virového proteinu potlačením produkce jedné ze složek molekulového dyneinového motoru (pomocí siRNA).

Spolupráce:

  • prof. Eric Hunter, Ph.D.; Emory University, USA

Podpora:

  • Grant KONTAKT - MŠMT ČR

Centrum aplikované genomiky

Řešené otázky:

  • Lze retrovirové částice využít pro transport genů do vybraných tkání?
  • Jakým mechanismem se skládají retrovirové částice?
  • Jaká je struktura virových proteinů a jaké interakce vedou ke složení viru?

Struktura retrovirového proteinu interagujícího s buněčným motorem vyřešena pomocí NMR spektroskopie. Vlevo nahoře standardní typ proteinu, vlevo dole mutant téhož proteinu neschopný interakce.  

Struktura retrovirového proteinu interagujícího s buněčným motorem vyřešena pomocí NMR spektroskopie. Vlevo nahoře standardní typ proteinu, vlevo dole mutant téhož proteinu neschopný interakce.

 Struktura proteinových nanočástic vytvořených in vitro z retrovirových proteinů.

Struktura proteinových nanočástic vytvořených in vitro z retrovirových proteinů.

Spolupráce:

  • prof. Václav Pačes, DrSc.; Ústav molekulární genetiky AVČR

Podpora:

  • Grant MŠMT ČR

Bioaktivní biokompatibilní povrchy a nové nanostrukturované kompozity pro aplikace v medicíně a farmacii

Řešené otázky:

  • Jaká je vhodná kombinace polymeru a buněk pro kožní transplantáty?
  • Jak účinně a jakým mechanismem působí protinádorová léčiva?
  • Co způsobují specifické modifikace proteinů v lidských buňkách?

Proliferace dvou typů kožních buněk na modifikovaném polymeru. Vlevo myší embryonální fibroblasty (NIH 3T3), vpravo lidské keratinocyty (HaCaT). Membrány buněk barveny konjugátem faloidinu s TRITC (červená), jádra barvena DAPI (modrá). (Fluorescenční mikroskopie Olympus IX-51).

Proliferace dvou typů kožních buněk na modifikovaném polymeru. Vlevo myší embryonální fibroblasty (NIH 3T3), vpravo lidské keratinocyty (HaCaT). Membrány buněk barveny konjugátem faloidinu s TRITC (červená), jádra barvena DAPI (modrá). (Fluorescenční mikroskopie Olympus IX-51).

Cílení fluorescenčních barviv do mitochondrií nádorových buněk. Buněčná linie lidských embryonálních buněk z ledvin (HEK 293T). A - Lokalizace polymethiniové soli (RFP), B - MitoTracker (FITC), C - překryv A a B, D - překryv s DAPI, E - překryv se snímkem v procházejícím světle, F - HEK 293T v procházejícím světle. 

Cílení fluorescenčních barviv do mitochondrií nádorových buněk. Buněčná linie lidských embryonálních buněk z ledvin (HEK 293T). A - Lokalizace polymethiniové soli (RFP), B - MitoTracker (FITC), C - překryv A a B, D - překryv s DAPI, E - překryv se snímkem v procházejícím světle, F - HEK 293T v procházejícím světle.

Podpora:

  • Grant AV ČR

Vybrané publikace

Microstructural, mechanical, corrosion and cytotoxicity characterization of the hot forged FeMn30(wt.%) alloy
Capek J, Kubasek J, Vojtech D, Jablonska E, Lipov J, Ruml T
Mater Sci Eng C 2016; 58():900-908
DOI: 10.1016/j.msec.2015.09.049

Structure, mechanical characteristics and in vitro degradation, cytotoxicity, genotoxicity and mutagenicity of novel biodegradable Zn-Mg alloys
Kubásek J, Vojtěch D, Jablonská E, Pospíšilová I, Lipov J, Ruml T
Mater Sci Eng C 2016; 58():24-35
DOI: 10.1016/j.msec.2015.08.015

Water-soluble octahedral molybdenum cluster compounds Na2[Mo6I8(N3)6] and Na2[Mo6I8(NCS)6]: syntheses, luminescence, and in vitro studies
Kirakci K, Kubát P, Kučeráková M, Šícha V, Gbelcová H, Lovecká P, Grznárová P, Ruml T, Lang K
Inorg Chim Acta 2015; 441():42-49
DOI: 10.1016/j.ica.2015.10.043

Resonance assignments of the myristoylated Y28F/Y67F mutant of the Mason-Pfizer monkey virus matrix protein
Doležal M, Hrabal R, Ruml T, Rumlová M
Biomol NMR Assign 2015; 9():229-233
DOI: 10.1007/s12104-014-9580-0

Mechanical Properties and Biocompatibility of Attacus atlas and Bombyx mori Silk Fibers Released from Cocoons by Alkali Treatment
Nindhia TGT, Knejzlík Z, Ruml T, Nindhia TS
J Life Sci Technol 2015; 3():20-25
DOI: 10.18178/jolst.3.1.20-25

Study of Cytotoxic Effects of Benzonitrile Pesticides
Lovecka P, Thimova M, Grznarova P, Lipov J, Knejzlik Z, Stiborova H, Nindhia TGT, Demnerova K, Ruml T
BioMed Res Int 2015; 2015():381264
DOI: 10.1155/2015/381264

PTEN sequence analysis in endometrial hyperplasia and endometrial carcinoma in Slovak women
Gbelcová H, Bakeš P, Priščáková P, Šišovský V, Hojsíková I, Straka L', Konečný M, Markus J, D'Acunto CW, Ruml T, Böhmer D, Danihel L', Repiská V
Anal Cell Pathol 2015; 2015():746856
DOI: 10.1155/2015/746856

FAITH - Fast Assembly Inhibitor Test for HIV
Hadravová R, Rumlová M, Ruml T
Virology 2015; 486():78-87
DOI: 10.1016/j.virol.2015.08.029

Striking Antitumor Activity of a Methinium System with Incorporated Quinoxaline Unit Obtained by Spontaneous Cyclization
Briza T, Kralova J, Dolensky B, Rimpleova S, Kejik Z, Ruml T, Hajduch M, Dzubak P, Mikula I, Martasek P, Pouckova P, Kral V
ChemBioChem 2015; 16():555-558
DOI: 10.1002/cbic.201402662

Synthesis and biological evaluation of nandrolone-bodipy conjugates
Jurášek M, Rimpelová S, Pavlíčková V, Ruml T, Drašar P
Steroids 2015; 97():62-66
DOI: 10.1016/j.steroids.2014.10.002

Lidé a kontakty

vedoucí skupiny:

prof. Ing. Tomáš Ruml, CSc.

docent:

doc. Ing. Pavel Ulbrich, Ph.D.

odborní asistenti:

Ing. Jan Lipov, Ph.D.

Ing. Silvie Rimpelová, Ph.D.

Ing. Jan Prchal, Ph.D.

Ing. Jaroslav Zelenka, Ph.D.

Ing. Markéta Častorálová, PhD.

Kumar Rohitesh, Ph.D.

doktorandi:

Ing. Eva Jablonská

Ing. Lenka Strnadová

Ing. Lucie Peterková

Ing. Vladimíra Pavlíčková

Ing. Lucie Čtvrtečková

Ing. Jiřina Hadravová

Ing. Martina Koncošová

Ing. Nikola Vrzáčková

Ing. Habibullah Giyaullah

MSc. Lan Hoang

Ing. Sofie Kolibová

Ing. Radim Novotný

MSc. Van Nguyem Tran

Ing. Barbora Vokatá

technický personál:

Radka Budilová

[urlnadstranka] => [poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 29801 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/29801 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29800] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř metalomiky a bioremediací těžkých kovů [seo_title] => Laboratoř metalomiky a bioremediací těžkých kovů [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

intro Bez nadsázky lze říci, že na nitrobuněčné úrovni se za příznivých fyziologických podmínek ionty těžkých kovů ve volné formě nevyskytují. Společným znakem interakcí těžkých kovů se složkami biologických systémů je vysoká reaktivita iontů těžkých kovů ve smyslu tvorby kovalentně-koordinačních komplexů, v menší míře pak elektrostatických interakcí. Řada iontů těžkých kovů (a to nejen redoxně aktivních) může navíc různými mechanismy iniciovat vznik toxických volných radikálů. Molekulární mechanismy využívané pro udržení homeostázy esenciálních iontů těžkých kovů mají proto pro existenci buněk zásadní význam. Buňky citlivě regulují transportní mechanismy příjmu kovů, oxidační stav iontů a jejich intracelulární speciaci. Ta zahrnuje vazbu na specializované ligandy jako jsou nízkomolekulární ligandy (glutathion, histin, organické kyseliny), metalothioneiny a tzv. metalochaperony. Specializované ligandy dále zajišťují funkční depozici iontů kovů ve vazebných centrech metaloproteinů a v součinnosti s membránovými transportéry jejich export, kompartmentaci v organelách, skladování a případnou remobilizaci zásob. Komplexace specializovanými ligandy, kompartmentace ve vakuolách, export z buněk, případná translokace do bezpečných orgánů a navíc i biotransformace (oxidace, redukce, methylace) kovových specií jsou doposud známé mechanismy, umožňující aktivní eliminaci toxických iontů bez biologického významu a abnormáně vysokých koncentrací esenciálních kovů. Svůj repertoár detoxikačních mechanismů jsou organismy většinou nuceny využít jen jsou-li exponovány vysoké koncentraci biologicky dostupných kovových specií v prostředí. Z tohoto pohledu je zajímavým fenoménem tendence některých organismů, především rostlin a hub, akumulovat ionty esenciálních i toxických těžkých kovů ve svých pletivech v „nerozumně“ vysokých koncentracích, často i z nekontaminovaných substrátů.

Naše laboratoř se ve spolupráci s partnerskými pracovišti zabývá studiem speciace, mechanismů transportu a intracelulární detoxikace těžkých kovů v plodnicích a myceliích ektomykorhizních hub. Obzvláště nás pak zajímají hyperakumulující taxony. Kromě biochemických studií cílíme naše úsilí i na identifikaci genetických determinant podmiňujících hyperakumulační fenotyp. Vedle teoretického významu mohou získané poznatky nalézt uplatnění v partnerském projektu zaměřeném na konstrukci modifikovaných hyperakumulujících rostlin pro fytoremediace kovů. S ochranou životního prostředí souvisí i naše další dva projekty. První je cílen na zvyšování kapacity a selektivity biosorbentů těžkých kovů využitelných pro dekontaminace odpadních vod. Druhý je zaměřen na funkční charakterizaci mechanismu rezistence půdní bakterie Achromobacter xylosoxidans k těžkým kovům a využití jeho součástí pro konstrukci celobuněčného biosenzoru pro stanovení biologicky dostupných iontů těžkých kovů ve složkách životního prostředí.

Aktuálně řešené projekty

(Hyper)akumulace těžkých kovů mykorhizními houbami

Schopnost vyšších hub akumulovat v plodnicích kovy, polokovy a radionuklidy je jako fenomén popisována takřka půl století. Je zřejmé, že tato schopnost bude podmíněna efektivním transportem a intracelulární detoxikací iontů kovů. Molekulární podstata účinné (hyper)akumulace kovů houbami však zůstává jen velmi málo pochopena. V této souvislosti si je třeba uvědomit, že říše Fungi disponuje neobyčejnou genetickou a fyziologickou diverzitou. V současné době se zabýváme studiem mechanismů transportu a intracelulární detoxikace stříbra hyperakumulující mochomůrkou šiškovitou (Amanita strobiliformis) a zinku hyperkumulátory rodu Russula (holubinky). Studium cílíme na analýzy intracelulární speciace kovů a izolace a biochemické charakterizace ligandových komponent komplexů. Součástí jsou i identifikace a funkční charakterizace genů kódujících determinanty rezistence a membránové transportéry kovů. Zajímají nás i genetické elementy kontrolujících jejich transkripci. Vedle pochopení role vyšších hub v geochemických a biologických cyklech kovů mohou získané poznatky nalézt uplatnění při konstrukci hyperakumulujících rostlin pro fytoremediace kovů.

(A) A. strobiliformis je přirozeným hyperakumulátorem Ag, prvním známým z domény Eukarya. (B) Veškeré akumulované Ag+ je v plodnicích detoxikováno vazbou na intracelulární metalothionein AsMT1. (A) A. strobiliformis je přirozeným hyperakumulátorem Ag, prvním známým z domény Eukarya. (B) Veškeré akumulované Ag+ je v plodnicích detoxikováno vazbou na intracelulární metalothionein AsMT1.

Spolupráce

Podpora

  • Grantová agentura ČR (P504/11/0484)
  • Grantová agentura AV ČR (IAA600480801)
  • Ministerstvo školství mládeže a tělovýchovy (1M0520)

Geneticky modifikované biosorbenty těžkých kovů

Technologie, využívající biosorbentů pro odstraňování iontů těžkých kovů z odpadních vod, jsou považovány za slibnou alternativu tradičních fyzikálně-chemických metod. Mezi výhody patří nízká cena a vysoká účinnost při nízkých koncentracích. Mechanismus biosorpce iontů kovů zahrnuje především iontovou výměnu, chelataci a fyzikální adsorpci na biopolymerech buněčných stěn. Biosorbenty jsou připravovány z biomasy řas, chaluh, kvasinek, bakterií nebo rostlin. Vazebnou kapacitu nebo dokonce selektivitu buněčných stěn lze posílit zavedením nových vazebných center. Zabýváme se proto vyhledáváním a charakterizací peptidů, které taková vazebná centra pro ionty kovů vytváří. Peptidy zavádíme na mikrobiální buněčné stěny (dnes především kvasničné) ve formě jejich genetických fúzí s přirozenými stěnovými proteiny. Vyšetřujeme mechanismus účinku takové “derivatizace” povrchů na biosorpci kovů.

Ukázali jsme, že zakotvením vazebných peptidů na povrchu biosorbentu ve formě genetické fúze se stěnovými proteiny lze zvýšit vazebnou kapacitu biosorbentů (A). Např. zavedení peptidu NP do buněčné stěny S. cerevisie (B) zvýší biosorpční kapacitu stěn pro Pb2+ tím, že navodí mikroprecipitaci Pb (C). Ukázali jsme, že zakotvením vazebných peptidů na povrchu biosorbentu ve formě genetické fúze se stěnovými proteiny lze zvýšit vazebnou kapacitu biosorbentů (A). Např. zavedení peptidu NP do buněčné stěny S. cerevisie (B) zvýší biosorpční kapacitu stěn pro Pb2+ tím, že navodí mikroprecipitaci Pb (C).

Spolupráce

Podpora

Metalorezistence Achromobacter xylosoxidans

Nejrozšířenějším mechanismem, na kterém je založena bakteriální rezistence k těžkým kovům, je vylučování (export) akumulovaného iontu toxického kovu do extracelulárního prostoru prostřednictvím specifického aktivního transportu. Analýza nukleotidové sekvence plasmidu pA81 z bakterie Achromobacter xylosoxidans A8 poukázala na geny, které by mohly kódovat právě takový obraný systém. Zabýváme funkčními studiemi kandidátních genů met a analýzou regulace jejich transkripce. Transkripční regulátory a jejich cílové promotor-operátory nachází využití při konstrukci celobuněčných biosensorů kovů. V nich je tvorba reportérového proteinu produkujícího měřitelný signál modulována zavedením reportérového genu pod kontrolu elementů spínajících expresi v odezvě na přítomnost a aktuální koncentraci biologicky dostupných iontů těžkých kovů v prostředí.

(A) Současný stav poznání mechanismu účinku produktů genů met z A. xylosoxidans A8 (MetA je ATPasa typu P1, MetR je transkripční reguláror) (B) Celobuněčný biosensor využívající MetR (aktivátor jen ve formě metaloproteinu) a jím kontrolovaný promotor ve fúzi s reportérovým genem lucF kódujícím bakteriální luciferázu. (A) Současný stav poznání mechanismu účinku produktů genů met z A. xylosoxidans A8 (MetA je ATPasa typu P1, MetR je transkripční reguláror) (B) Celobuněčný biosensor využívající MetR (aktivátor jen ve formě metaloproteinu) a jím kontrolovaný promotor ve fúzi s reportérovým genem lucF kódujícím bakteriální luciferázu.

Spolupráce

Podpora

Vybrané publikace

Characterization of three distinct metallothionein genes of the Ag-hyperaccumulating ectomycorrhizal fungus Amanita strobiliformis
Hložková K, Matěnová M, Žáčková P, Strnad H, Hršelová H, Hroudová M, Kotrba P
Fungal Biol 2016; 120(3):358-369
DOI: 10.1016/j.funbio.2015.11.007

Accumulation of Ag and Cu in Amanita strobiliformis and characterization of its Cu and Ag uptake transporter genes AsCTR2 and AsCTR3
Beneš V, Hložková K, Matěnová M, Borovička J, Kotrba P
Biometals 2016; 29(2):249-264
DOI: 10.1007/s10534-016-9912-x

Functional analysis of two genes coding for distinct cation diffusion facilitators of the ectomycorrhizal Zn-accumulating fungus Russula atropurpurea
Sácký J, Leonhardt T, Kotrba P
Biometals 2016; 29(2):349-363
DOI: 10.1007/s10534-016-9920-x

On the possible role of macrofungi in the biogeochemical fate of uranium in polluted forest soils
Kubrová J, Žigová A, Řanda Z, Rohovec J, Gryndler M, Krausová I, Dunn CE, Kotrba P, Borovička J
J Hazard Mater 2014; 280():79-88
DOI: 10.1016/j.jhazmat.2014.07.050

Intracellular sequestration of zinc, cadmium and silver in Hebeloma mesophaeum and characterization of its metallothionein genes
Sácký J, Leonhardt T., Borovička J, Gryndler M, Briksí A, Kotrba P
Fungal Genet Biol 2014; 67():3-14
DOI: 10.1016/j.fgb.2014.03.003

Metallothionein-like peptides involved in sequestration of Zn in the Zn-accumulating ectomycorrhizal fungus Russula atropurpurea
Leonhardt T, Sácký J, Šimek P, Šantrůček J, Kotrba P
Metallomics 2014; 6(9):1693-1701
DOI: 10.1039/c4mt00141a

Putative P1B-type ATPase from the bacterium Achromobacter xylosoxidans A8 alters Pb2 +/Zn2 +/Cd2 +-resistance and accumulation in Saccharomyces cerevisiae
Suman J, Kotrba P, Macek T
Biochim Biophys Acta - Biomembr 2014; 1838(5):1338-1343
DOI: 10.1016/j.bbamem.2014.01.023

Characterization of pbt genes conferring increased Pb2+ and Cd2+ tolerance upon Achromobacter xylosoxidans A8.
Hložková K, Šuman J, Strnad H, Ruml T, Paces V, Kotrba P
Res Microbiol 2013; 164():1009-1018
DOI: 10.1016/j.resmic.2013.10.002

Transgenic approaches to enhance phytoremediation of heavy metal polluted soils
Kotrba P
Biomanagement of Metal-Contaminated Soils (M.S. Khan, A. Zaidi, R. Goel, J. Musarrat, Eds.), pp. 239-271, Springer Science+Business Media B.V., Dordrecht, Heidelberg, London, New York 2013;

Enhanced accumulation of cadmium in Linum usitatissimum L. plants due to overproduction of metallothionein α-domain as a fusion to β-glucuronidase protein
Vrbová M, Kotrba P, Horáček J, Smýkal P, Švábová L, Větrovcová M, Smýkalová I, Griga M
Plant Cell Tiss Organ Cult 2013; 112():321-330
DOI: 10.1007/s11240-012-0239-1

Lidé a kontakty:

vecoucí skupiny:

doc. Ing. Pavel Kotrba, Ph.D. (místnost B05, tel: +420 220 443 215, email: Pavel.Kotrba@vscht.cz)

odborní asistenti:

Ing. Jan Sácký, Ph.D. (místnost B129b, tel: +420 220 443 402, email: Jan.Sacky@vscht.cz)

Ing. Tereza Leonhardt, Ph.D. (místnost B129b, tel: +420 220 443 402, email: Tereza.Leonhardt@vscht.cz)

technický personál:

Ivana Valešová (místnosti B251 (B256), tel: +420 220 445 140 (131), email: Ivana.Valesova@vscht.cz)

[urlnadstranka] => [poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 29800 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/29800 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29799] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř imunochemických a mikrobiologických metod [seo_title] => Laboratoř imunochemických a mikrobiologických metod [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

introČinnost imunochemické laboratoře Ústavu biochemie a mikrobiologie, VŠCHT v Praze je zaměřena na vývoj a aplikaci imunochemických technik v analyse potravin. Jsou zde vyvíjeny a používány především metody, ve kterých jsou použity značené reagencie. Pracovnící laboratoře mají zkušenosti s testováním metod RIA a ELISA pro detekci, nebo kvantifikaci nízkomolekulárních látek (aflatoxin B1 a M1, histamin, benzo(a)pyren, DDT, α-endosulfan), vysokomolekulárních analytů (lysozym, vaječný albumin, zvířecí imunoglobuliny, pepsin, proteinasa z plísně Mucor miehei, (Fromase), mléčné proteiny, hordein) i nadmolekulárních struktur (bakteriální buňky). V poslední době se činnost laboratoře orientuje na vývoj rychlých metod detekce pathogenních mikroorganismů rodu Campylobacter, Cronobacter, Salmonella a Yersinia v potravinách a potravinářských surovinách. Řešení této problematiky zahrnuje následující kroky:

  • příprava imunogenu
  • isolace a purifikace imunoglobulinové frakce
  • značení imunoglobulinů enzymovým markerem
  • stanovení pracovních podmínek vyvíjené imunochemické metody
  • charakterisace protilátek
  • validace vyvinuté metody.

Vedle vývoje imunochemických metod se činnost laboratoře orientuje také na identifikaci a charakterisaci potravinářsky významných mikrobiálních pathogenů a to především z čeledi Enterobacteriaceae. V rámci řešených výzkumných projektů spolupracuje tým imunochemické laboratoře s dalšími specialisovanými pracovišti např. na Universitě Karlově (Ústav biofyziky a informatiky), Veterinární a farmaceutické universitě v Brně(Ústav hygieny a technologie masa), Ústavu makromolekulární chemie AV ČR a na Ústavu živočišné fyziologie a genetiky AV ČR.

Aktuálně řešené projekty

Isolace, typisace a vývoj imunochemických a instrumentálních metod pro detekci a charakterisaci bakterií Cronobacter sp.

Cronobacter sakazakii je potravinářsky významný pathogen z čeledi Enterobacteriaceae, který vyvolává u člověka vzácná, avšak život ohrožující onemocnění. Hlavní rizikovou skupinou jsou kojenci. Cronobacter u této skupiny obyvatel vyvolává meningitidy, nekrotizující enterokolitis a septikémie. Kojenecká úmrtnost je v případě meningitid vysoká a pohybuje se v rozmezí 40-80 % přičemž k úmrtí často dochází již v průběhu několika hodin po prvních projevech onemocnění. Jedinci kteří přežijí obvykle trpí závažnými neurologickými následky. Jako zdroj nákazy byla identifikována umělá kojenecká výživa.

Projekt Isolace, typisace a vývoj imunochemických a instrumentálních metod pro detekci a charakterisaci bakterií Cronobacter sp. je zaměřen na: a) vývoj rychlých metod (ELISA, biosensor) pro detekci a screening bakterií rodu Cronobacter přímo v dětské výživě, mléčných výrobcích a ostatních druzích potravin, b) vývoj metod (serotypisace, MALDI-TOF) usnadňujících charakterisaci isolovaných kmenů bakterií, c) vývoj multifunkčních magnetických částic určených jak pro separaci buněk kronobakterií, tak jako alternativní tuhá fáze pro enzymovou imunochemickou analysu, d) isolaci, identifikaci a charakterisaci kronobakterií získaných z různých potravinářských a veterinárních vzorků.

obr. (originál)

Spolupráce

Podpora

  • GAČR P503/10/0664

Vybrané publikace

Differentiation of Cronobacter spp. by tryptic digestion of the cell suspension followed by MALDI-TOF MS analysis
Krásný L, Rohlová E, Růžičková H, Šantrůček J, Hynek R, Hochel I
J Microbiol Meth 2014; 98():105-113
DOI: 10.1016/j.mimet.2014.01.008

Identification of bacteria using mass spectrometry
Krásný L, Hynek R, Hochel I
Int J Mass Spec 2013; 353():67-79
DOI: 10.1016/j.ijms.2013.04.016

Occurrence of Cronobacter spp. in retail foods
Hochel I, Růžičková H, Krásný L, Demnerová K
J Appl Microbiol 2012; 112(6):1257-1265
DOI: 10.1111/j.1365-2672.2012.05292.x

Metody detekce a charakterizace Campylobacter sp.
Hochel I.
Chem Listy 2009; 103():814-822

Characterization of antibodies for the immunochemical detection of Enterobacter sakazakii.
Hochel I., Škvor J.
Czech Journal of Food Science 2009; 27():S2-66-S2-74

Deoxynivalenol and its conjugates in beer: A critical assessment of data obtained by enzyme-linked immunosorbent assay and liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry.
Zachariášová M., Hajšlová J., Kostelanská M., Poustka J., Krplová A., Cuhra P., Hochel I.
Anal Chim Acta 2008; 625():77-86
DOI: 10.1016/j.aca.2008.07.014

Detection of Campylobacter species in foods by indirect competitive ELISA using hen and rabbit antibodies.
Hochel I., Slavíčková D., Viochna D., Škvor J., Steinhauserová I.
Food Agric Immunol 2007; 18():151-167
DOI: 10.1080/09540100701666857

Immunochemical determination of gluten in malts and beers.
Dostálek P., Hochel I., Méndez E., Hernando A., Gabrovská D.
Food Addit Contam 2006; 23(11):1074-1078
DOI: 10.1080/02652030600740637

Development of an Indirect Competitive ELISA for Detection of Campylobacter jejuni subsp. jejuni O:23 in Foods.
Hochel I., Viochna D., Škvor J., Musil M.
Folia Microbiol 2004; 49():579-586

Development of an Indirect Competitive ELISA of DDT.
Hochel I., Musil M.
Food Agric Immunol 2002; 14():285-300
DOI: 10.1080/0954010021000096391

Užitečné odkazy

Imunochemie, protilátky, antigeny

Databáze

Chemická a biochemická nomenklatura

Atomová hmotnost prvků

Sbírky mikroorganismů

Taxonomie bakterií a mikroskopických hub

Zdravotnické organizace

Normy, metrologie, státní zkušebnictví

Lidé a kontakty

doc. Ing. Igor. Hochel, CSc. (místnost B244/V02, tel: +420 220 445 166/3019, email: Igor.Hochel@vscht.cz)

[poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 29799 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/vyzkum/vedecke-skupiny/29799 [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/29799 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29798] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř biochemie rostlin [seo_title] => Laboratoř biochemie rostlin [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Rostliny jsou vystaveny mnoha nepříznivým vlivům prostředí, které rozdělujeme na abiotické (teplota, sucho, osmotický stres, zasolení) a biotické (napadení různými mikroorganismy). Rostliny se umí mnoha těmto vnějším vlivům přizpůsobit a disponují řadou různých mechanismů, jakými na dané stresové podmínky reagují. Naše laboratoř se zabývá širokým spektrem problematik spojených právě s reakcí rostlin na různé stresové faktory, přičemž se soustředíme především na roli různých proteinů v rámci stresových reakcí. Zajímají nás odpovědi odehrávající se jak na úrovni celé rostliny, tak na úrovni buňky.

Naším experimentálním materiálem je modelová rostlina huseníček rolní (Arabidopsis thaliana), ale také hospodářsky významná plodina řepka olejná (Brassica napus). Využíváme biochemické, mikroskopické a molekulárně biologické postupy.

imageNení vždycky pohoda: I rostliny mohou být ve stresu. (© Jiří Kantůrek)

Aktuálně řešené projekty

Interakce rostlin s patogeny

V přírodě jsou rostliny neustále konfrontovány s nepřeberným množstvím mikroorganismů, z nichž některé mohou být prospěšné jiné nikoliv (patogeni). Rostliny si v průběhu evoluce vytvořily velmi důmyslný imunitní systém, jímž na napadení patogeny reagují. V naší laboratoři se zabýváme různými aspekty studia imunity rostlin a to jak na molekulární úrovni, tak sledováním projevů celé rostliny při napadení patogeny V rámci rostlinné imunity hraje významnou úlohu fytohormon kyselina salicylová (SA), která je středobodem našich výzkumů spojených s imunitou. Kromě zapojení v imunitních reakcích rostlin se SA účastní mnoha fyziologických procesů jako je klíčení semen, buněčný růst, zavírání průduchů, senescence či výnos plodů. V současné době řešíme projekt, studující jakým způsobem je regulována biosyntéza SA enzymem fosfatidylinositol-4-kinasou a jakým způsobem je v signalizaci SA zapojena fosfolipasa D. Zároveň sledujeme vliv dynamiky aktinového cytoskeletu na signální dráhu SA.

Pochopení molekulárních mechanismů souvisejících s SA je důležité i z hlediska praktického a může v budoucnu pomoci úspěšnému pěstování plodin za stresových podmínek.

Kromě zapojení SA v rostlinné imunitě se zabýváme zapojením SPFH proteinů, mezi které patří proteiny z rodin flotillinů a HIR proteiny. Flotiliny se velmi pravděpodobně účastní endocytosy nezávislé na klathrinu a jsou součástí lipidových mikrodomén. Tyto vlastnosti by jim mohly předurčovat významnou roli v rostlinné signalizaci při napadení patogeny.

Podpora:

  • GA17-05151S - Enzymy metabolizující fosfolipidy jako nové komponenty signální dráhy kyseliny salicylové
  • GA14-09685S - Flotillin: nový hráč stresové signalizace u rostlin

Interakce rostlin s pathogeny

Reakce rostlin na abiotické stresové faktory

Zasolení půd je v současné době problém mnoha pěstitelských oblastí. Sůl jako abiotický stresor negativně ovlivňuje růst rostlin a tím i jejich produktivitu. Rostliny se solnému stresu brání a reagují na něj mnoha způsoby. Jedním z enzymů účastnících se obranných mechanismů je fosfolipasa D (PLD). V rámci studia funkce jednotlivých isoforem fosfolipasy D v odpovědi rostlin na solný stres se zabýváme zejména fosfolipasou Dα a fosfolipasou Dδ. Jako rostlinný materiál používáme divoký typ Arabidopsis thaliana a dále mutantní linie A. thaliana s umlčenými geny kódujícími jednotlivé isoformy PLD (KO mutantní linie pld). Sledujeme změny kořenového systému a hodnotíme fenotypové projevy u divokého typu i KO mutantních linií pld po působení solného stresu. V naší práci se také soustřeďujeme i na popis vnitrobuněčných molekulárních mechanismů účastnících se těchto změn.

Reakce rostlin na abiotické stresové faktory

LIVE imaging a jeho využití při studiu obranných reakcí na úrovni buňky-aneb mikrosvět rostlin v obraně

Jakákoliv odpověď rostliny na stresový podnět začíná vždy na molekulární úrovni – změnami ve funkci a složení proteinů a enzymů. Tyto molekuly potom postupně ovlivňují systémy vyšší – organely buněk, pletiva, orgány a nakonec se změny (v optimálním případě) projeví na úrovni celé rostliny jako adaptace na stres. Live imaging umožňuje sledovat změny proteinových komplexů a buněčných organel v reálném čase, během reakce na stresové podněty. Studovanými proteiny jsou membránové fosfolipasy, flotilliny a další členové této rodiny - HIR proteiny. Naším cílem je objasnit jejich vzájemnou interakci a jejich interakci s cytoskeletem v rámci odpovědí buněk na environmentální stresy. Studujeme jak biotické stresory a v současné době velkou pozornost směřujeme i k nanočásticím a jejich vlivu na buňku a buněčné organely. Ke studiu těchto dějů používáme fluorescenční, konfokální a superrezoluční mikroskopii a součástí výzkumu je tedy i příprava geneticky modifikovaných – fluorescenčním proteinem značených rostlin a buněk. U takto připravených rostlin a buněk můžeme in vivo sledovat dynamiku proteinů a organel a jejich interakce po stresových podnětech.

LIVE imaging

Podpora:

  • GA14-09685S - Flotillin: nový hráč stresové signalizace u rostlin
  • GA17-10907S - Dopad nanočástic ušlechtilých kovů na životní prostředí

Spolupráce

Zahraniční spolupráce:

  • Dr. Eric Ruelland CNRS, Institut d’Ecologie et des Sciences de l’Environnement de Paris, UMR 7618, Créteil, FRANCE; Université Paris-Est; UPEC, Institut d’Ecologie et des Sciences de l’Environnement de Paris, Créteil, FRANCE
  • Dr. Kenichi Tsuda Department of Plant Microbe Interactions, Max Planck Institute for Plant Breeding Research, Cologne, Germany www.mpipz.mpg.de/tsuda
  • prof. Silke Robatzek The Sainsbury Laboratory, United Kingdom http://www.tsl.ac.uk/groups/robatzek-group/

Vybrané publikace

Burketova L, Trda L, Ott PG, Valentova O: Bio-based resistance inducers for sustainable plant protection against pathogens. Biotechnol Adv 2015, 33(6/2), 994-1004.

Šašek V, Janda M, Delage E, Puyaubert J, Guivarch A, Maseda EL, Dobrev PI, Caius J, Bóka K, Valentová O, Burketová L, Zachowski A, Ruelland E: Constitutive salicylic acid accumulation in pi4kIIIbeta1beta2 Arabidopsis plants stunts rosette but not root growth. New Phytol 2014, 203(3), 805-816.

Matoušková J, Janda M, Fišer R, Šašek V, Kocourková D, Burketová L, Dušková J, Martinec J, Valentová O: Changes in actin dynamics are involved in salicylic acid signaling pathway. Plant Sci 2014, 223, 36-44.

Kim PD, Sašek V, Burketová L, Copíková J, Synytsya A, Jindřichová B, Valentová O: Cell Wall Components of Leptosphaeria maculans Enhance Resistance of Brassica napus. J Agric Food Chem 2013, 61(22), 5207–5214.

Janda M, Planchais S, Djafi N, Martinec J, Burketova L, Valentova O, Zachowski A, Ruelland E: Phosphoglycerolipids are master players in plant hormone signal transduction. Plant Cell Rep 2013, 32(6), 839-851.

Krtková J, Havelková L, Křepelová A, Fišer R, Vosolsobě S, Novotná Z, Martinec J, Schwarzerová K: Loss of membrane fluidity and endocytosis inhibition are involved in rapid aluminum-induced root growth cessation in Arabidopsis thaliana. Plant Physiol Biochem 2012, 60(), 88-97.

Šašek V, Nováková M, Dobrev PI, Valentová O, Burketová L: beta-Aminobutyric acid protects Brassica napus plants from infection by Leptosphaeria maculans. Resistance induction or a direct antifungal effect? Eur J Plant Pathol 2012, 133(1), 279-289.

Jindřichová B, Fodor J, Šindelářová M, Burketová L, Valentová O: Role of hydrogen peroxide and antioxidant enzymes in the interaction between a hemibiotrophic fungal pathogen, Leptosphaeria maculans, and oilseed rape. Environ Exp Bot 2011, 72(2), 149-156.

Kocourková D, Krčková Z, Pejchar P, Veselková Š, Valentová O, Wimalasekera R, Scherer GFE, Martinec J: The phosphatidylcholine-hydrolysing phospholipase C NPC4 plays a role in response of Arabidopsis roots to salt stress. J Exp Bot 2011, 62(11), 3753-3763.

Pleskot R., Potocký M., Pejchar P., Linek J., Bezvoda R., Martinec J., Valentová O., Novotná Z, Žárský V: Mutual regulation of plant phospholipase D and the acetin cytoskeleton. Plant J 2010, 62, 494-507.

Lidé a kontakty

vedoucí skupiny:

prof. RNDr. Olga Valentová, CSc.

docenti:

doc. Ing. Lenka Burketová, CSc.

doc. Dr. Ing. Zuzana Novotná

odborní asistenti:

PharmDr. Jindřiška Angelini, Ph.D.

Ing. Martin Janda, Ph.D.

technický personál:

Ing. Martina Janoušková

[poduzel] => stdClass Object ( [38997] => stdClass Object ( [nazev] => [barva_pozadi] => zluta [uslideru] => false [text] =>

Kam se hrabe Bittner, to se nedá srovnat

[iduzel] => 38997 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => infobox [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) [38541] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 38541 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => slider [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) ) [iduzel] => 29798 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/vyzkum/vedecke-skupiny/29798 [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/29798 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29797] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř biochemie proteinů s technologickým potenciálem [seo_title] => Laboratoř biochemie proteinů s technologickým potenciálem [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Laboratoř studuje několik tématik, pro které je společný zájem o proteiny se zajímavým syntetickým, biotechnologickým nebo terapeutickým potenciálem. Prvním tématem je studium enzymů (glykosidas a glykosyltransferas) vhodných pro synthesu nových glykokonjugátů. Další skupinou proteinů, která je studována v naší laboratoři jsou rostlinné a bakteriální nukleasy (DNasy, RNasy), které jsou dále testovány na protinádorové účinky. Dále studujeme proteiny, které svými koloidními vlastnostmi stabilizují lipidová tělíska v kvasinkách, rostlinách, případně v jiných modelových organismech (mořská bakterie Alcanivorax borkumensis). Dalšim tématem je studium enzymů z organismů žijících v trvale chladných prostředích. Rovněž používáme a pracujeme na vývoji metod molekulárního simulací s cílem simulovat pomalé a výpočetně náročné děje, jakými jsou například sbalování proteinů nebo interakce proteinů s ligandy.

Aktuálně řešené projekty

Enzymová syntéza glykokonjugátů

Vzhledem k unikátní a nezastupitelné roli různých glykosylovaných molekul v biologicky důležitých procesech (přirozených i patologických) je v popředí zájmu studium jejich vlastností a možností jejich syntézy. Naše laboratoř se zabývá využitím enzymů pro syntézu různých oligosacharidů a glykokonjugátů s potenciálním významem pro potravinářský či farmaceutický průmysl, přičemž využívá metod molekulové genetiky, exprese rekombinantních proteinů a různých chromatografických metod.

obr1


Nukleasy a jejich protinádorové účinky

Nukleasy jsou studovány již delší dobu pro jejich protinádorové účinky. Tento výzkum se dosud zabýval spíše živočišnými enzymy. V naší skupině studujeme enzymy z jiných zdrojů, jako jsou rostliny nebo bakterie. Tyto enzymy jsou studovány pomocí metod molekulární biologie a proteinového inženýrství. Biologické studie a krystalografické experimenty jsou realizovány ve spolupráci s Ústavem molekulární biologie rostlin, Ústavem fyziologie a živočišné genetiky a Biotechnologickým a biomedicínským centrem Akademie věd a Univerzity Karlovy ve Vestci (BIOCEV).

obr2


Proteomika lipidových tělísek

Zajímáme se o lipidová tělíska a jejich životní cyklus, se zvláštním důrazem na charakterizaci proteinů asociovaných s lipidovými tělísky trvale či v rámci konkrétní etapy životního cyklu. Naším cílem je přispět k popsání průběhu a regulace životního cyklu těchto specializovaných organel a tím i k biotechnologickému využití jak samotných lipidových tělísek (produkce lipidů a biopaliv, degradace ropy, transportní a imobilizační systémy pro léčiva), tak s nimi asociovaných proteinů (fúzní kotvy pro průmyslové rekombinantní exprese proteinů). Jako modelové organismy používáme zástupce prokaryotní (mořská bakterie Alcanivorax borkumensis schopná odbourávat ropu) i eukaryotní (rostlina Arabidopsis thaliana a kvasinka Saccharomyces cerevisiae) říše.


Molekulární modelování

Používáme a vyvíjíme metody pro molekulární modelování procesů, které je obtížné studovat pomocí "konvenčních" metod. Konvenčně je možné simulovat nano- až mikrosekundy "ze života" proteinu, sacharidu nebo jiné biomolekuly. Řada zajímavých procesů však probíhá v měřítku milisekund nebo i delších. Právě pro simulace takovýchto pomalých procesů používáme metadynamiku a jiné metody. V naší skupině jsme vyvinuli novou metodu létajících Gaussiánů.

obr3


Chladově-aktivní enzymy

Enzymy z organismů žijících v permanentně chladných prostředích (např. horské a polární oblasti) mají významně vyšší aktivitu při nízkých teplotách ve srovnání s enzymy z meso- a termofilních zdrojů. Tato vlastnost z nich činí zajímavé biokatalyzátory pro aplikace při nízkých teplotách. V naší skupině studujeme chladově aktivní enzymy (konkrétně β-galaktosidasu) pomocí metod molekulární biologie, rekombinantní produkce, molekulárního modelování a (ve spolupráci s ÚMCh AV ČR, dnes BIOCEV) pomocí proteinové krystalografie.

obr4


Vybrané publikace

Kovaľová, Koval' T, Benešová E, Vodičková P, Spiwok V, Lipovová P, Dohnálek J. Active site complementation and hexameric arrangement in the GH family 29; a structure–function study of α-l-fucosidase isoenzyme 1 from Paenibacillus thiaminolyticus. Glycobiology 2019; 29(1): 59-73.

Podzimek T, Přerovská T, Šantrůček J, Koval' T, Dohnálek J, Matoušek J, Lipovová P. N-glycosylation of tomato nuclease TBN1 produced in N. benthamiana and its effect on the enzyme activity. Plant Sci 2018; 276: 152-161.

Kříž P,  Šućur Z,  Spiwok V. Free-Energy Surface Prediction by Flying Gaussian Method: Multisystem Representation. J Phys Chem B 2017; 121(46): 10479-10483.

Hošek P, Toulcová D, Bortolato A ,Spiwok V. Altruistic Metadynamics: Multisystem Biased Simulation. J Phys Chem B 2016; 120(9): 2209-2215.

Hošek P, Spiwok V. Metadyn View: Fast web-based viewer of free energy surfaces calculated by metadynamics. Comput Phys Commun 2016; 198: 222-229.

Šućur Z, Spiwok V. Sampling Enhancement and Free Energy Prediction by Flying Gaussian Method. J Chem Theory Comput 2016; 12(9): 4644-4650.

Benešová E, Lipovová P, Krejzová J, Kovaľová T, Buchtová P, Spiwok V, Králová B. α-L-Fucosidase Isoenzyme iso2 from Paenibacillus thiaminolyticus. BMC Biotechnol 2015; 15: 36.

Spiwok V, Hošek P, Šućur Z. Enhanced Sampling Techniques in Biomolecular Simulations. Biotechnol Adv 2015; 6 pt 2: 1130-1140.

Purkrtová Z, Chardot T, Froissard M. N-terminus of Seed Caleosins is Essential for Lipid Droplet Sorting but not for Lipid Accumulation. Arch Biochem Biophys 2015; 579: 47-54.

Benešová E, Lipovová P, Dvořáková H, Králová B. α-L-fucosidase from Paenibacillus thiaminolyticus: Its Hydrolytic and Transglycosylation Abilities. Glycobiology 2013; 23(9): 1052-1065.

Koval' T, Lipovová P, Podzimek T, Matoušek J, Dušková J, Skálová T, Stěpánková A, Hašek J, Dohnálek J. Plant Multifunctional Nuclease TBN1 with Unexpected Phospholipase Activity: Structural Study and Reaction-Mechanism Analysis. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 2013; 69(Pt 2): 213-226.

[urlnadstranka] => [poduzel] => stdClass Object ( [38583] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 38583 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => slider [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) ) [iduzel] => 29797 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/29797 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29796] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř bioafinitních technik [seo_title] => Laboratoř bioafinitních technik [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Webové stránky naší laboratoře jsou určeny především studentům VŠCHT, kteří mají zájem podílet se v rámci studia na řešené problematice.

Naše skupina se dlouhou řadu let věnuje vypracovávání a aplikacím metod využívajících bioafinitní interakce molekul k jejich detekci, stanovení, identifikaci, popř. separaci. U všech těchto metod se využívá existence nekovalentních (nevazebných) interakcí. Jedná se především o interakce typu antigen-protilátka, nukleotid-nukleotid, biopolymer-pevný povrch, avidin-biotin aj.

image

Moderní bioanalytické postupy využívají kromě biospecifických interakcí také principu značení molekul jednoho z reaktantů značkou, která svým signálem umožňuje snadnou a citlivou detekci takto označených molekul, nebo svou afinitou vymezuje specifitu kontaktu s receptorem. Uplatňují se zde také nanočástice.

image

Aktuálně řešené projekty

V posledních letech se soustřeďujeme především na aplikaci imunochemických technik, popř. na jejich kombinaci s molekulárně biologickými postupy, pro detekci a stanovení vybraných proteinů, isoflavonoidů, kontaminantů životního prostředí, mikroorganismů, a analytů z klinické biochemie (anabolika, markery oxidativního stresu).

Image1 (originál)

Konkrétní řešené problematiky byly a jsou podporovány v rámci celé řady projektů od českých i evropských grantových institucí (GAČR, MPO, EU Copernicus Programme). Na řešení projektů se vždy úspěšně pod našim vedením podíleli a podílejí studenti a doktorandi, včetně pracovních pobytů u spolupracujících subjektů.

Image2 (originál)

Spolupráce

  • Wageningen University, Agrotechnology and Food Sciences Group (Biomolecular Sensing and Diagnostics), Wageningen, The Netherlands.
  • VIDIA, spol. s r.o., Praha, Česká republika, výroba diagnostických souprav.
  • VUAB Pharma, a.s., Roztoky, Česká republika.

Podpora

  • GAČR 13-23509S: Proteomické profilování kmenů rodu Cronobacter zaměřené na výskyt virulentních proteinů
  • Ministerstvo vnitra ČR VG20112015045: Vývoj rychlých imunochemických testů pro detekci anabolicky aktivních steroidů
  • Ministerstvo vnitra ČR VG20122015075: Nové syntetické drogy (NSD) - vytvoření komplexní toxikologické databáze, vývoj metodik jejich detekce včetně rychlých imunochemických testů, jejich behaviorální farmakologie, farmakokinetika a biotransformace u potkanů, epidemiologie

Vybrané metody a techniky

Imunochromatografická detekce nukleových kyselin

Zde popisovaná metoda je založena na imunochemické detekci genetického materiálu získaného ze vzorku. Ze vzorku je nejprve izolována DNA, která je použita pro duplex PCR. Aby bylo možné PCR produkty detekovat pomocí imunochromatografického testu, všechny primery jsou označeny značkami – fluorescein, digoxigenin, biotin. Během PCR jsou tak nasyntetizovány amplikony, které mají na obou koncích značky. Získané značené PCR produkty jsou aplikovány na imunostrip.

obr1 (originál)

Je-li ve vzorku přítomna DNA z detekovaných buněk, uhlíkaté nanočástice se prostřednictvím interakce neutravidin-biotin váží na značené amplikony. Při průchodu přes zónu obsahující protilátku proti digoxigeninu jsou specificky zachytávány detekované amplikony.

Imunochromatografická detekce bakterií

Imunochromatografické testy neboli LFIA (Lateral Flow ImmunoAssay) se staly fenoménem poslední doby pro detekci rozličných analytů. Tyto metody jsou velmi rychlé, jednoduché a nenáročné na přístrojové vybavení, což umožňuje jejich realizaci v provozních podmínkách.

obr2 (originál)

Imunochromatografický test se skládá z nitrocelulózové membrány, na které je imobilizován jeden z imunoreaktantů (protilátka) a vytváří tak testovací zónu. Kromě toho tvoří imunostrip tři různé podložky: podložka, na kterou je aplikován vzorek, podložka s konjugátem barevné částice a protilátky, a absorpční podložka, která napomáhá vzlínání vzorku. Všechny součásti testu jsou uzavřeny do plastového pouzdra. Hodnocení je prováděno vizuálně pomocí barevných částic navázaných na jeden z imunoreaktantů, nejčastěji se používá zlato a uhlík.

obr3

Vybrané publikace

Fojtíková L, Fukal L, Blažková M, Sýkorová S, Kuchař M, Mikšátková P, Lapčík O, Holubová B: Development of enzyme-linked immunosorbent assay for determination of boldenone in dietary supplements. Food Anal Methods 2016, 9(11), 3179-3186.

Vlach J, Javůrková B, Karamonová L, Blažková M, Fukal L: Novel PCR-RFLP system based on rpoB gene for differentiation of Cronobacter species. Food Microbiol 2017, 62, 1-8.

Svobodová B, Vlach J, Junková P, Karamonová L, Blažková M, Fukal L: Novel method for the reliable identification of Siccibacter and Franconibacter strains: From ‘pseudo-Cronobacter’ to new Enterobacteriaceae genera. Appl Environ Microbiol  2017, accepted. DOWNLOADS

Jurášek M, Göselová S, Mikšátková P, Holubová B, Vyšatová E, Kuchař M, Fukal L, Lapčík O, Drašar P: Highly sensitive avidin-biotin ELISA for detection of nandrolone and testosterone in dietary supplements. Drug Test Analysis 2017, 9(4) 553-560.

Blažková M, Javůrková B, Vlach J, Göselová S, Karamonová L, Ogrodzki P, Forsythe S, Fukal L: Diversity of O-antigens within the genus Cronobacter: from disorder to order. Appl Environ Microbiol 2015, 81, 5574-5582.

Göselová S, Holubová B, Blažková M, Fukal L: Rychlá detekce thiabendazolu v laterálním toku na membráně s nanočásticemi zlata. Chem Listy 2013, 107(11), 875-879.

Karamonová L, Junková P, Mihalová D, Javůrková B, Fukal L, Rauch P, Blažková M: The potential of matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry for the identification of biogroups of Cronobacter sakazakii. Rapid Commun Mass Spectrom 2013, 27(3), 409-418.

Holubová B, Göselová S, Ševčíková L, Vlach M, Blažková M, Lapčík O, Fukal L: Rapid Immunoassays for Detection of Anabolic Nortestosterone in Dietary Supplements. Czech J Food Sci 2013, 31(5), 514–519.

Javůrková B, Blažková M, Fukal L, Rauch P: Rapid detection of genus Cronobacter in powdered infant formula milk. Eur Food Res Technol 2012, 234(6), 1099-1104.

Van Amerongen A, Besselink GAJ, Blažková M, Posthuma-Trumpie GA, Koets M, Beelen-Thomissen B: Carbon Nanoparticles as Detection Label for Diagnostic Antibody Microarrays. Trends in Immunolabelled and Related Techniques, Abuelzein E. (ed), Intech, Rijeka, Croatia, 2012, 311-330.

Lidé a kontakty

vedoucí skupiny:

prof. Ing. Ladislav Fukal, CSc.

odborní asistenti:

Ing. Martina Blažková, Ph.D.

Ing. Barbora Holubová, Ph.D.

Ing. Ludmila Karamonová, Ph.D.

doktorandi:

Ing. Lucie Fojtíková

Ing. Barbora Svobodová

Ing. Sandra Sýkorová

Ing. Jiří Vlach

technický personál:

Hana Benadová

[poduzel] => Array ( ) [iduzel] => 29796 [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/vyzkum/vedecke-skupiny/29796 [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/29796 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) [29795] => stdClass Object ( [nazev] => Laboratoř aplikované proteomiky [seo_title] => Laboratoř aplikované proteomiky [seo_desc] => [autor] => [autor_email] => [obsah] =>

Naše laboratorní skupina se věnuje aplikaci proteomických postupů využívajících jako detekční koncovku hmotnostní spektrometrii ke studiu širokého spektra biologických systémů. Proteomika, kterou lze definovat jako disciplínu zabývající se komplexním studiem proteinů v daném čase za definovaných podmínek, je jedním z nejdynamičtěji se rozvíjejících vědních oborů.

V laboratoři využíváme pro studium proteinů hmotnostně spektrometrické techniky; jmenovitě MALDI-TOF/TOF a LC-ESI-Q-TOF. Zaměřujeme se na identifikaci a kvantifikaci proteinů spojených s reakcí rostlin (převážně plodin) na abiotické stresy (chlad, salinita, sucho), studium proteinů buněčných membrán a proteinů obsažených v nerozpustných matricích jako jsou mineralizáty srdečních chlopní, barevné vrstvy uměleckých děl, historické malty či archeologické artefakty. Spolupracujeme též s dalšími skupinami v rámci našeho ústavu i mimo něj na řešení mikrobiologických i proteomických úkolů.  

Řešená problematika - příklady

  •   Identifikace proteinů souvisejících s reakcí ječmene na stres chladem
  •   Studium membránových komplexů zapojených v signálních drahách rostlin
  •   Proteomické aspekty mineralizace srdečních chlopní
  •   Studium proteinů v uměleckých dílech a historických maltách
  •   Identifikace složek zooplanktonu
  •   Proteomická analýza retrovirů
  •   Identifikace patogenních mikroorganismů
  •   Rozvoj technik pro kvantifikaci proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie (metody iTRAQ, dimethylové značení, TOP3 etc)

Obrázek1 (originál)   matrix (originál)    umeni (originál)   salmonela (originál)

Metodika

  • Peptidové mapování   →   identifikace proteinů
  • Povrchové mapování   →   studium prostorové struktury proteinů
  • Biotyping   →   identifikace mikroorganismů
  • Kvantifikace proteinů pomocí isotopových značek i bez nich (metody iTRAQ, dimethyl labelling, SIM, TOP3, MeanInt)
  • Cross-linking a pull-down membránových komplexů

Vybrané publikace

1.   Hynek R., Kuckova S., Cejnar P., Junková P., Prikryl I., Říhová Ambrožová J.: Identification of freshwater zooplankton species using protein profiling and principal component analysis. Limnology and Oceanography Methods (2018) DOI: 10.1002/lom3.10238. IF 1,992

2.   Kuckova S., Hamidi-Asl E., Sofer Z., Marvan P., De Wael K., Sanyova J., Janssens K.: A simplified protocol for usage of new immuno-SERS probes for detection of casein, collagens and ovalbumin in cross-sections of artworks. Analytical Methods (2018) DOI: 10.1039/C7AY01864A. IF 1,900

 3.   Kosová K., Chrpová J., Šantrůček J., Hynek R., Štěrbová L., Vítámvás P., Bradová J., Prášil I.T.: The effect of Fusarium culmorum infection and deoxynivalenol (DON) application on proteome response in ktivi cultivars Chevron and Pedant. Journal of Proteomics 169, 112-124 (2017). IF 3,914

 4.   Křížová I., Schultz J., Němec I., Čabala R., Hynek R., Kuckova S.: Comparison of analytical tools appropriate for identification of proteinaceous additives in historical mortars. Analytical and Bioanalytical Chemistry 410, 189-200 (2018). IF 3,431

 5.   Sekereš J., Pejchar P., Šantrůček J., Vukašinovič N., Žárský V., Potocký M.: Analysis of exocyst subunit EXO70 family reveals distinct membrane polar domains in tobacco pollen tubes. Plant Physiol. 173, 1659-1675 (2017); IF 6,456

6.   Maršálová L.,Vítámvás P., Hynek R., Prášil I. T., Kosová K.: Proteomic response of Hordeum vulgare cv. Tadmor and Hordeum marinum to salinity stress: Similarities and differences between a glycophyte and a halophyte. Frontiers in Plant Science 7, article number 1154 (2016). IF 4,495.

7.   Pavelka J., Smejda L., Hynek R., Kučková S.: Immunological detection of denatured proteins as a method for rapid identification of food residues on archaeological pottery Journal of Archaeological Science 73, 25-35 (2016).  IF 2,255

8.   Junková P., Prchal J., Spiwok V., Pleskot R., Kadlec L. Krásný L., Hynek R., Hrabal R. and Ruml T.:Molecular aspects of the interaction between Mason-Pfizer monkey virus matrix protein and artificial phospholipid membrane. PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics. (Přijato: Srpen 2016) IF 2,499

9.   Krasny L., Pompach P., Strnadova M., Hynek R., Valis K., Havlicek V., Novak P., Volny M.: High-throughput workflow for identification of phosphorylated peptides by LC-MALDI-TOF/TOF-MS coupled to in situ enrichment on MALDI plates functionalized by ion landing. J.Mass Spectrom. 50, 802-811 (2015). IF 2,541

10.   Kuckova Hrdlickova S., Rambouskova G., Hynek R., Cejnar P., Oltrogge D., Fuchs R.: Evaluation of mass spectrometric data using principal component analysis for determination of the effects of organic lakes on protein binder identification. Journal of Mass Spectrometry 50: 1270-1278 (2015). IF 2,541

Personální složení

Vedoucí skupiny:

prof. Dr. Ing. Radovan Hynek

Profesoři a docenti:

prof. RNDr. Milan Kodíček, CSc.

doc. Ing. Mgr. Štěpánka Kučková, Ph.D.

Odborní asistenti:

Ing. Jiří Šantrůček, Ph.D.

Ing. Petra Junková, Ph.D.

Doktorandi:

Ing. Tereza Bláhová, Ing. Iva Pitelková, Ing. Lucie Maršálová, Mgr. Lucie Coufalová,  Mgr. Marie Nýdrlová

Naše stroje

MALDI-TOF/TOF                                                                                             LC-ESI-Q-TOF

Maldi tof (originál)      qtof (originál)

[poduzel] => stdClass Object ( [37829] => stdClass Object ( [obsah] => [iduzel] => 37829 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => [sablona] => stdClass Object ( [class] => slider [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 0 ) ) ) [iduzel] => 29795 [canonical_url] => [skupina_www] => Array ( ) [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/29795 [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) ) ) [sablona] => stdClass Object ( [class] => stranka_submenu [html] => [css] => [js] => [autonomni] => 1 ) [api_suffix] => )

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum

zobrazit plnou verzi