stdClass Object
(
    [nazev] => Ústav biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha
    [adresa_url] => 
    [api_hash] => 
    [seo_desc] => 
    [jazyk] => cs
    [jednojazycny] => 
    [barva] => 
    [indexace] => 1
    [obrazek] => 
    [ga_force] => 
    [cookie_force] => 
    [secureredirect] => 
    [google_verification] => UOa3DCAUaJJ2C3MuUhI9eR1T9ZNzenZfHPQN4wupOE8
    [ga_account] => UA-10822215-6
    [ga_domain] => 
    [ga4_account] => G-VKDBFLKL51
    [gtm_id] => 
    [gt_code] => 
    [kontrola_pred] => 
    [omezeni] => 
    [pozadi1] => 883MLsrPT8rMz8lPz0wFAA.jpg
    [pozadi2] => 
    [pozadi3] => 
    [pozadi4] => 
    [pozadi5] => 
    [robots] => 
    [htmlheaders] => 
    [newurl_domain] => 'biomikro.vscht.cz'
    [newurl_jazyk] => 'cs'
    [newurl_akce] => '[cs]'
    [newurl_iduzel] => 
    [newurl_path] => 8548/29628/29629
    [newurl_path_link] => Odkaz na newurlCMS
    [iduzel] => 29629
    [platne_od] => 31.10.2023 17:01:00
    [zmeneno_cas] => 31.10.2023 17:01:37.080471
    [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Jan Kříž
    [canonical_url] => 
    [idvazba] => 37730
    [cms_time] => 1752293826
    [skupina_www] => Array
        (
        )

    [slovnik] => stdClass Object
        (
            [logo_href] =>  /
            [logo] => 
            [logo_mobile_href] =>  /
            [logo_mobile] =>  
            [google_search] => 001523547858480163194:u-cbn29rzve
            [mobile_over_nadpis_menu] => Menu
            [mobile_over_nadpis_search] => Hledání
            [mobile_over_nadpis_jazyky] => Jazyky
            [mobile_over_nadpis_login] => Přihlášení
            [menu_home] => Domovská stránka
            [paticka_mapa_odkaz] => 
            [paticka_budova_a_nadpis] =>  BUDOVA A
            [paticka_budova_a_popis] => Rektorát, oddělení komunikace, pedagogické oddělení, děkanát FCHT, centrum informačních služeb
            [paticka_budova_b_nadpis] =>  BUDOVA B
            [paticka_budova_b_popis] =>  Věda a výzkum, děkanát FTOP, děkanát FPBT, děkanát FCHI, výpočetní centrum, zahraniční oddělení, kvestor
            [paticka_budova_c_nadpis] =>  BUDOVA C
            [paticka_budova_c_popis] => Dětský koutek Zkumavka, praktický lékař, katedra ekonomiky a managementu, ústav matematiky
            [paticka_budova_1_nadpis] =>  NÁRODNÍ TECHNICKÁ KNIHOVNA
            [paticka_budova_1_popis] =>  
            [paticka_budova_2_nadpis] =>  STUDENTSKÁ KAVÁRNA CARBON
            [paticka_budova_2_popis] =>  
            [paticka_adresa] =>  VŠCHT Praha

Technická 5

166 28 Praha 6 – Dejvice

IČO: 60461373

DIČ: CZ60461373



Datová schránka: sp4j9ch



Copyright VŠCHT Praha 2014

Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum



            [paticka_odkaz_mail] =>  mailto:Tereza.Kobzova@vscht.cz
            [zobraz_desktop_verzi] => zobrazit plnou verzi
            [aktualizovano] => Aktualizováno
            [autor] => Autor
            [drobecky] => Nacházíte se: VŠCHT Praha – FPBT  – Ústav biochemie a mikrobiologie 
            [den_kratky_3] => st
            [novinky_kategorie_1] => Akce VŠCHT Praha
            [novinky_kategorie_2] => Důležité termíny
            [novinky_kategorie_3] => Studentské akce
            [novinky_kategorie_4] => Zábava
            [novinky_kategorie_5] => Věda
            [novinky_archiv_url] => /novinky
            [novinky_servis_archiv_rok] => Archiv z roku
            [novinky_servis_nadpis] => Nastavení novinek
            [novinky_dalsi] => zobrazit další novinky
            [novinky_archiv] => Archiv novinek
            [den_kratky_5] => pá
            [preloader] => Prosím počkejte chvíli... 
            [den_kratky_1] => po
            [archiv_novinek] =>  
            [nepodporovany_prohlizec] =>  
            [zobraz_mobilni_verzi] =>  
            [social_yt_odkaz] => 
            [social_fb_odkaz] => https://www.facebook.com/mikrobio320
            [social_tw_odkaz] => 
            [social_fb_title] => Facebook
            [social_tw_title] => 
            [den_kratky_4] =>  
            [social_in_odkaz] =>  https://www.instagram.com/bioch_micro_uct/
            [den_kratky_2] =>  
            [novinka_publikovano] => Publikovano: 
            [novinka_datum_konani] => Datum konani: 
            [novinky_servis_kategorie_vse] => vše
            [novinky_servis_archiv_submit] => Filtrovat
            [hledani_nadpis] => hledání
            [hledani_nenalezeno] => Nenalezeno...
            [hledani_vyhledat_google] => vyhledat pomocí Google
            [den_kratky_0] =>  
            [social_li_odkaz] =>  
            [more_info] =>  
            [dokumenty_kod] =>  
            [dokumenty_nazev] =>  
            [dokumenty_platne_od] =>  
            [dokumenty_platne_do] =>  
            [den_kratky_6] =>  
            [social_in_title] =>  Instagram
            [intranet_text] => 
            [intranet_odkaz] => 
        )

    [poduzel] => stdClass Object
        (
            [29704] => stdClass Object
                (
                    [obsah] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [29708] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 29708
                                    [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => 
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 
                                        )

                                )

                            [29709] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 29709
                                    [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => 
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 
                                        )

                                )

                            [29710] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 29710
                                    [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => 
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 29704
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => 
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => 
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 
                        )

                )

            [29705] => stdClass Object
                (
                    [obsah] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [72638] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Akce Běstvina
                                    [seo_title] => Akce Běstvina
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Výjezdní studentská konference Běstvina
O co jde?
Studentské konference na Běstvině ( historicky na "mlejně") se v rámci předmětů „Prezentace odborného projektu“ účastní studenti 1. ročníku magisterských studijních oborů Biochemie a buněčná biologie, Mikrobiologie a genové inženýrství a Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví. Na této konferenci mají studenti možnost vyzkoušet si prezentaci výsledků svých vědeckých projektů v rámci diplomové práce před širším publikem. Toto publikum je však nanejvýš shovívavé, neboť je z velké většiny tvořeno spolužáky. V obecenstvu je též zpravidla přítomno i několik zkušenějších kolegů z řad doktorandů, doktorů, docentů či dokonce profesorů. 
Kde se konference koná?
Výjezdní studentská konference se koná v táborové základně blízko malé vesničky Běstvina (49.8325517N, 15.5812344E), kterou VŠCHT získala v roce 2019. Ta se nachází v podhůří Železných hor, asi 30 km jižně od Pardubic (více informací zde). Základna oplývá velkou ubytovací kapacitou a je zde též několik sportovišť (fotbalové, basketbalové či beachvolejbalové hřiště a další; vybavení bude k dispozici na místě), několik ohnišť, klubovna a rozlehlá společenská místnost. Zajímavostí je, že se právě zde pravidelně odehrává Letní odborné soustředění mladých chemiků a biologů čili odborné soustředění nejúspěšnějších řešitelů krajských kol chemické a biologické olympiády.

Výhodou tohoto umístění je bezesporu krásné prostředí, ale též izolace od okolního světa, která velkou měrou přispívá ke sblížení spolužáků. K tomu může dojít při hraní deskových her či při společném dovádění na hudební nástroje (kdo umí, ať si doveze), anebo při sportovním vyžití. Nevýhodou by se mohla zdát relativní vzdálenost základny od restauračních zařízení, které sbližování též napomáhají, ale i v tomto směru nabízí pořadatelé akce jisté možnosti… (půllitr s sebou!)
Organizace
Příjezd a odjezd
Konference začíná v následujícím pondělí po magisterkých státnicích, což většinou vychází na druhý až třetí týden v červenci. Dorazit na místo lze ve společném autobusu, který odjíždí od budovy B VŠCHT. Dle zájmu je možné objednat k autobusu přívěs na kola. Účastnící preferující dopravu po vlastní ose nechť kontaktují organizátory (základna je vybavena parkovištěm pro větší počet vozů).
Na první den je naplánována exkurze do jednoho z biotechnologických objektů po cestě nebo okolí. Na táborovou základnu tak dorazíme v odpoledních hodinách. Večeři první den tradičně zajistí starší kolegové a kolegyně.
Samotné prezetování studentských prací začíná již v pondělní odpoledne a obvykle končí v pátek (dle množštví účstníků). Odjezd probíhá po vlastní ose. Nejbližší vlaková stanice se nachází v obci Třemošnice, odkud je to na základnu zhruba 6 km. V případě vysokokapacitních zavazadel a hromadného dojezdu je možné povolat motorizovanou jednotku, která s převozem zavazadel pomůže. Z Běstviny se ale také můžete dostat přímým autobusem do Pardubic. Vášniví cyklisté též mohou vyrazit na kole po vlastní ose, například do Čáslavi nebo do Pardubic.
Možnosti předčasného odjezdu jsou omezené a záleží na zařazení do přednáškové sekce. 
Konference
Hlavním programem jsou prezentace studentských vědeckých projektů, které se již za rok promítnou do diplomových prací. Přednášky zpravidla nejsou časově omezeny, ale obvyklý rozsah je cca 15 min. Podle počasí je jedno odpoledne v týdnu vyhrazeno pro odpočinek, většinou se organizovaně jde na blízkou sečskou přehradu, kde je možné i koupání, anebo po vlastní ose.
Absolutně nutné je přivézt si sebou nejlépe již hotovou prezentaci ve standardních formátech (ppt, pptx, pdf...). Na základně je samozřejmě zaveden elektrický proud (i v chatičkách) a dokonce je vybavena i funkční wifi, ale trávení večerů v chatičkách doděláváním prezentace vás může ochudit o spoustu zajímavých zážitků. Rozpis sekcí je zpravidla k dispozici 2 týdny před akcí a je součástí informačních zdrojů zaslané e-mailem vedoucím Bětviny.
Spaní
Studenti jsou zpravidla organizováni po dvou osobách do chatiček ("Áčka"), případně podle aktuálních možností základny do větších "srubů" po osmi lidech. Součástí výbavy jsou čistě povlečené matrace. V táboře je možnost získání dek s povlečením, nicméně je lepší si pro jistotu přibalit spacák či jiné spací propriety. Doporučujeme též dovézt si i teplejší oblečení, protože červnové noci (a někdy i dny) bývají ještě studené.
Jídlo
Jedním z nezapomenutelných zážitků spojených s konferencí je stravování – účastníci si totiž vaří sami, a to ve skupinkách zhuba pro 60 strávníků. Kuchyně je kvalitně vybavena konvektomatem, restaurační myčkou na nádobí, řadou varen a sporáků a různými dalšími vymoženostmi. O první společnou pondělní večeři, ale též úterní snídani se postará starší osazenstvo. V případě náročnějších strávníků je lepší se vybavit větší svačinou. O další jídlo pro všechny se již starají sami studenti, kteří si na každý den volí službu. V kuchyni není problém si kdykoliv udělat čaj nebo kávu. Nákupy se řeší operativně, nejbližší větší obchod je v Třemošnici (Penny market). Na společné jídlo se všichni skládají, takže je nutné se vybavit přiměřeným kapesným. Dle zkušeností z minulých let se celkový příspěvek na jídlo pohybuje 200–300 Kč. Speciální strava (vegetariáni, lepek, sportovci) v minulých letech nikdy nebyla problém. Pro lepší organizaci je možné vytvoření vařících skupin v předstihu, viz záložka "vaření" v informačních zdrojích zaslané e-mailem.
Ostatní vybavení
Vřele doporučujeme si dále přibalit repelent (klíšťat je všude dost), hudební nástroj (pokud na nějaký hrajete), deskové a jiné hry a půllitr. Na této konferenci je totiž již tradicí mít k dispozici čepované pivo. Ostatní pitný režim si zajišťuje každý sám.
Volný den
V nabitém přednáškovém týdnu je též nutné najít čas na regeneraci namáhaných mozkových buněk. Proto je do týdenního programu zařazen též volný půlden, který je věnován aktivnímu odpočinku.
 
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 72638
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /bestvina
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka_galerie
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [73334] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Intranet ÚBM
                                    [seo_title] => Intranet ÚBM
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 73334
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /intranet
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => boxy
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => $(function() { 
	setInterval(function () { $('*[data-countdown]').each(function() { CountDownIt('#'+$(this).attr("id")); }); },1000); 
	setInterval(function () { $('.homebox_slider:not(.stop)').each(function () { slide($(this),true); }); },5000);
});

function CountDownIt(selector) {
	var el=$(selector);foo = new Date;
	var unixtime = el.attr('data-countdown')*1-parseInt(foo.getTime() / 1000); if(unixtime<0) unixtime=0;
	var dnu = 1*parseInt(unixtime / (3600*24)); unixtime=unixtime-(dnu*(3600*24)); 
	var hodin = 1*parseInt(unixtime / (3600));  unixtime=unixtime-(hodin*(3600));
	var minut = 1*parseInt(unixtime / (60));    unixtime=unixtime-(minut*(60));
        if(unixtime<10) {unixtime='0'+unixtime;}
        if(dnu<10) {unixtime='0'+dnu;}
        if(hodin<10) {unixtime='0'+hodin;}
        if(minut<10) {unixtime='0'+minut;}

	el.html(dnu+':'+hodin+':'+minut+':'+unixtime);
}

function slide(el,vlevo) {
	if(el.length<1) return false; var leva=el.find('.content').position().left; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1;
	var cislo=leva/sirka*-1; if(vlevo) { if(cislo+1>pocet) cislo=0; else cislo++; } else { if(cislo==0) cislo=pocet-1; else cislo--; }
	el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka});
	el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected');
	el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected');
	return false;
}

function slideTo(el,cislo) {
	if(el.length<1) return false; var sirka=el.width(); var pocet=el.find('.content .homebox').length-1; if(cislo<0 || cislo>pocet) return false;
	el.find('.content').animate({'left':-1*cislo*sirka});
	el.find('.slider_puntiky a').removeClass('selected');
	el.find('.slider_puntiky a.puntik'+cislo).addClass('selected');
	return false;
}

                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [73018] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 73018
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /akce
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [67241] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 67241
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /SVK
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [66832] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Sbírka mikroorganismů
                                    [seo_title] => Sbírka mikroorganismů
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Seznam mikroorganismů sbírky ÚBM naleznete na adrese https://web.vscht.cz/~savickad/ (dostupné z domény vscht.cz).
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 66832
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /[cs]/66832
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [42959] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Akce Mlejn
                                    [seo_title] => Akce Mlejn
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Výjezdní studentská konference MLEJN
O co jde?
Studentské konference na mlejně se aktivně zúčastní studenti 1. ročníku magisterských studijních oborů Mikrobiologie, Obecná a aplikovaná biochemie a Laboratorní metody a příprava léčivých přípravků. Na této konferenci mají studenti možnost vyzkoušet si prezentaci výsledků svých vědeckých projektů v rámci diplomové práce před širším publikem. Toto publikum je však nanejvýš shovívavé, neboť je z velké většiny tvořeno spolužáky. V obecenstvu je též zpravidla přítomno i několik zkušenějších kolegů z řad doktorandů, doktorů, docentů či dokonce profesorů. 
Konferenci předchází společná exkurze významného biotechnologického pracoviště.


Kde se konference koná?
Výjezdní studentská konference se koná (jak již název napovídá) ve mlýně, a to doslova. Tento vysloužilý mlýn, který svou kapacitou vyhoví právě skupince mikrobiologů, biochemiků a klinických biochemiků, se nachází uprostřed lesa poblíž vesničky Myslív blízko Nepomuku (https://en.mapy.cz/s/2oqcr). Výhodou tohoto umístění je bezesporu krásné prostředí, ale též izolace od okolního světa, která velkou měrou přispívá ke sblížení spolužáků. K tomu může dojít při hraní deskových her či při společném dovádění na hudební nástroje (kdo umí, ať si doveze) ve vnitřních prostorách mlýna, anebo při sportovním vyžití na rozlehlé zahradě a v blízkém okolí. Nevýhodou by se mohla zdát vzdálenost mlýna od restauračních zařízení, které sbližování též napomáhají, ale i v tomto směru nabízí i samotný mlýn jisté možnosti… (půlitr s sebou!)

Organizace
Exkurze
Akce Mlejn začíná dne 11.6. exkurzí do Plzeňského pivovaru. Sraz bude v 7:30 před VŠCHT odkud bude odjíždět přistaveným autobusem v 8:00. Součástí exkurze je dobrovolná degustace piva v ceně 100 Kč na osobu. 
Konference
Po exkurzi (někdy kolem poledne) následuje přesun na místo pobytu, jímž je mlýn u obce Myslív blízko Nepomuku (souřadnice 49⁰ 25' 50.262“ N 13⁰ 35' 15.167“ E, 49.430628, 13.587546, https://en.mapy.cz/s/2oqcr). V následujících dnech budou hlavním programem prezentace vašich vědeckých projektů. Přednášky zpravidla nejsou časově omezeny, ale obvyklý rozsah je cca 15 min. Podle počasí je jeden den v týdnu vyhrazen pro celodenní výlet, buď na kole, nebo pěšky. Akce končí v neděli 17.6. individuálním přesunem domů. Možnosti předčasného odjezdu jsou omezené a záleží na zařazení do přednáškové sekce. Plánování přednáškových sekcí probíhá přímo před začátkem konference.

Standardní harmonogram:




8:00 - 9:00


snídaně






9:00 - 10:30


dopolední sekce I




10:30 -11:00


coffee break




11:00 - 12:30


dopolední sekce II






13:00


oběd






16:00 - 17:30


odpolední sekce I




17:30 - 18:00


coffee break




18:00 - 19:30


odpolední sekce II






20:00


večeře





 Doprava
Pokud se chystáte jet vlastním autem, neměl by to být problém, prosíme ale, abyste sdělili tuto skutečnost předem (na spiwokv@vscht.cz). Kolo je velmi vítané na celodenní výlet, každodenní vyjížďky po okolí, případně i cestu domů. Autobus, který nás poveze na exkurzi, bude vybaven přívěsem na kola (prosíme o sdělení počtu cyklistů a cyklistek na spiwokv@vscht.cz).

Povinné vybavení a další informace
Spaní
Přestože mlejn oplývá kapacitou pro ubytování kolem šedesáti lidí, nenabízí spaní na posteli či matraci zdaleka pro každého. Je proto nutné vybavit se kompletem pro spaní na podlaze (karimatka, spacák). Doporučujeme též dovézt si i teplejší oblečení, protože červnové noci (a někdy i dny) bývají ještě studené. 

Prezentace
Absolutně nutné je přivézt si sebou nejlépe již hotovou prezentaci ve standardních formátech (ppt, pptx, pdf..). V mlejně je samozřejmě zaveden elektrický proud a dokonce je vybaven i funkční wifi, ale trávení večerů na pokoji doděláváním prezentace vás může ochudit o spoustu zajímavých zážitků.
Jidlo
Jedním z nezapomenutelných zážitků spojených s konferencí ve mlejně je místní vaření. Na mlejně si totiž účastníci vaří sami. No a vařit pro zhruba 60 strávníků není v místních podmínkách nic snadného. Přesto nás (myšleno starší účastníky) každý rok překvapí, jaké kulinářské zážitky jsou schopni studenti zajistit. O první společnou večeři v pondělí i oběd v úterý se většinou postará starší osazenstvo, proto se stačí vybavit větší svačinou pro případ, kdyby se nestíhal pondělní oběd v Plzni po exkurzi. V dalších dnech se o vaření starají již sami studenti, kteří si na každý den volí službu. Nákupy se řeší operativně, nejbližší obchod je v Myslívě, avšak nejčastěji je jezdí s hromadným seznamem do Nepomuku. Na společné jídlo se tedy všichni skládáme, takže je nutné se vybavit přiměřeným kapesným. Dle zkušeností z minulých let však chceme upozornit, že celkový příspěvek na jídlo se vejde do 400 Kč. Vždy ale záleží na nárokách a invencích daného ročníku. 

Ostatní vybavení
Vřele doporučujeme si dále přibalit repelent (klíšťat je všude dost), hudební nástroj (pokud na nějaký hrajete), deskové a jiné hry a půllitr. Na mlejně je totiž již tradicí mít k dispozici čepované pivo. Ostatní pitný režim si zajišťuje každý sám.

Volný den
V nabitém přednáškovém týdnu je též nutné najít čas na regeneraci namáhaných mozkových buněk. Proto je do týdenního programu zařazen též volný den, který je věnován aktivnímu odpočinku. Zde jen pár možností, co se dá podnikat v okolí mlejna:
Cyklovýlet
Pod vedením cyklistického guru Vojty Spiwoka je možné zúčastnit se celodenního výletu směr Horažďovice, Rábí a zpět, který je vhodný pro horská, krosová a s malou objížďkou i silniční kola (https://en.mapy.cz/s/2oqhV).

Angusfarma
Velmi oblíbenou variantou je též pěší výlet za nevšedním gurmánským zážitkem na Angusfarmu do blízkých Soběsuk (https://www.angusfarm.cz/). 
Techmania Science Centre v Plzni
Zajímavou variantou je výlet do vědecko-technického centra v Plzni (http://techmania.cz/cs/).
Koupání v lomu
Nedaleko mlýna se nachází zatopený lom s průzračně čistou vodou. Pokud je počasí nakloněno, je koupačka v lomu velmi příjemnou záležitostí.

Proč to všechno?
Motivací, proč pořádáme výjezdní studentskou konferenci ve mlejně, je hned několik. Přínosem je pro studenta nejen možnost vyzkoušet si prezentovat své výsledky před širším publikem, ale především povinnost se po roce bádání zastavit a sesumírovat si všechny dosavadní výsledky i již plánované další postupy. V rámci diskuze po prezentaci se pak sám dozví, zda je schopen získané výstupy či navržené postupy obhájit, popřípadě jak postupovat, aby to se mu to povedlo lépe. Velmi cenný je též nezávislý pohled ostatních zkušenějších kolegů přítomných v obecenstvu, kteří velmi rádi poskytují své zkušenosti v oboru. Prosíme studenty, aby nechápali diskuzi po prezentaci jako nutné zlo, ale spíše jako možnost konstruktivně probrat řešení různých zádrhelů, se kterými se během vypracovávání své diplomové práce setkává každý student.
Co se týče osobního úhlu pohledu, je mlejnská sešlost výbornou šancí, jak se lépe seznámit se spolužáky i se zkušenějšími pracovníky z ústavu. Dobré kontakty získané během studia na vysoké škole mohou být totiž velmi výhodné i během další kariéry. Studentská konference ve mlejně je navíc již léty prověřená akce a její efekt na sbližování lidí byl experimentálně prověřen jako velmi pozitivní.


                                    [urlnadstranka] => 
                                    [iduzel] => 42959
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /[cs]/42959
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [42630] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Zkušební laboratoř ÚBM FPBT VŠCHT Praha
                                    [seo_title] => Akreditovaná laboratoř
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Laboratoř je akreditována podle ČSN EN ISO/IEC 17025:2018 Českým institutem pro akreditaci o.p.s. jako zkušební laboratoř č. 1316.3
Činnost ZL ÚBM je rozdělena do dvou laboratoří:

 Laboratoře mikrobiologie 
 Laboratoře geneticky modifikovaných organismů (GMO)


Laboratoř mikrobiologie:
Mikrobiologické analýzy potravin 

Stanovení celkového počtu mikroorganismů v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU*
Horizontální metoda průkazu a stanovení Listeria monocytogenes v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
Stanovení počtu kvasinek a plísní v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
Horizontální metoda průkazu bakterií rodu Salmonella v potravinách, pokrmech,krmivech  a PBU
Stanovení počtu koagulázopozitivních stafylokoků v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
Stanovení počtu Listeria monocytogenes v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
Horizontální metody pro průkaz a stanovení bakterií čeledi Enterobacteriacae potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
Stanovení počtu β-glukuronidázopozitivních Escherichia coli v potravinách, pokrmech, krmivech  a PBU
Stanovení počtu presumptivního Bacillus cereus v potravinách, potravinářských surovinách a   krmivech
Stanovení počtu bakterií r.Lactobacillus v potravinách a pomrmech, potravinových doplňcích

* PBU   předměty běžného užívání
 Mikrobiologické analýzy pitné vody, balené vody  v plném rozsahu platné legislativy

Stanovení indikátorů fekálního znečištění (fekální streptokoky, Escherichia coli a koliformní bakterie)
Stanovení kultivovatelných mikroorganismů při 22 °C a 36 °C 
Stanovení Clostridium perfringens 

Mikrobiologické analýzy balených vod, bazénové vody

Stanovení  kultivovatelných mikroorganismů při 36 °C
Stanovení  počtu koagulázopozitivních stafylokoků
Stanovení  počtu Escherichia coli
Stanovení  počtu  Pseudomonas aeruginosa

Stanovení  mikrobiální kontaminace 
v prostředí potravinářských provozoven a komunálních budov
Mikrobiologická analýza ovzduší 

Stanovení celkové koncentrace směsné populace plísní
Stanovení celkové koncentrace směsné populace plísní

Kosmetika, kosmetické a zdravotnické přípravky

Průkaz mikroorganismů sledovaných v kosmetických produktech a zdravotnických přípravcích
Zkouška účinnosti konzervace zátěžovým testem

Identifikace mikroorganismů metodou hmotnostní spektometrie MALDI-TOF


Laboratoř geneticky modifikovaných organismů (GMO):

Důkaz a kvantifikace GMO metodou PCR v potravinářských surovinách, potravinách a krmivech
Kvantifikace GMO metodou real-time PCR v potravinářských surovinách, potravinách a krmivech


Pracoviště GMO je zařazeno do seznamu laboratoří s oprávněním vykonávat činnost kontroly přítomnosti a kvantifikace transgenů v povoleném rozsahu pro Ministerstvo životního prostředí.


Kontakt:

vedoucí ZL ÚBM:  prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc., email: Katerina.Demnerova@vscht.cz, tel. +420 220 443 025
zástupce vedoucí ZL ÚBM:  Ing. Hana Sýkorová, Ph.D., email: Hana.Sykorova@vscht.cz, tel. +420 220 443 075



Mikrobiologická laboratoř: Ing. Jana Kadavá, tel. +420 220 445 200
Laboratoř GMO: Ing. Kamila Zdeňková, PhD., tel. +420 220 445 196
Kontakty na akreditovanou Metrologickou a zkušební laboratoř VŠCHT pro chemické analýzy naleznete ZDE.

Osvědčení:

Osvědčení o akreditaci
Příloha
Osvědčení o akreditaci v angličtině 
Appendix



Recenze:
ZL ÚBM se vedle akreditovaných laboratorních analýz významně podílí na spolupráci se subjekty (zákazníky) v oblasti vzdělávání. Je pořadatelem řady odborných kurzů v oblasti mikrobiologie, které jsou vždy organizovány v souladu s potřebami zákazníků. Kurzy probíhají vždy ve 2 částech – teoretická a praktická v posluchačských laboratořích.
Členové týmu laboratoře se jako experti velmi aktivně podílí i na vzdělávání mikrobiologických pracovníků potravinářských laboratoří ze/v zahraničí – např.  Saudská Arábie, přednášky a a  laboratorní kurzy. Tyto kurzy jsou zaměřeny na detekci patogenů v potravinách. Současně se podle požadavků zákazníka věnují i zavádění nových metod a jejich validaci (pravidelné kursy pro evropské a africké mikrobiology a manažery firmy Coca Cola)
Dále populární formou organizujeme i výukové kurzy pro studenty středních škol v rámci rozšíření jejich znalostí v oblasti přírodních věd, zejména v oblasti mikrobiologie potravin.
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 42630
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /akreditovana-lab
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [39517] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Geneticky modifikované organismy
                                    [seo_title] => Geneticky modifikované organismy
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Nakládání s geneticky modifikovanými organismy:
Informace pro zaměstnance Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha a studenty

Havarijní plán Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha pro práci s GMO (zkrácená verze)
Odborný poradce: prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc.
Osoby odpovědné za likvidaci havárie v jednotlivých laboratořích:

Ing. Jitka Viktorová, Ph.D. - lab. V04, V03, 232c, tel: 22044-3021(5199), email: Jitka.Prokesova@vscht.cz
doc. Ing. Petra Lovecká, Ph.D. - lab. V05, tel: 22044-5139, email: Petra.Lovecka@vscht.cz
doc. Ing. Ondřej Uhlík, Ph.D. - lab. 209, tel: 22044-5136, email: Ondrej.Uhlik@vscht.cz
doc. Ing. Petra Lipovová, Ph.D. - lab. 234, tel: 22044-3028, email: Petra.Lipovova@vscht.cz
doc. Dr. Ing. Zuzana Novotná - lab. 207, tel: 22044-4341, email: Zuzana.Novotna@vscht.cz
prof. Ing. Tomáš Ruml, CSc. - lab. V06, 237, 239, BY04, BY05, tel: 22044-3021, email: Tomas.Ruml@vscht.cz
prof. Ing. Pavel Kotrba, Ph.D. - lab. 129b, tel: 22044-3215, email: Pavel.Kotrba@vscht.cz
RNDr. Jarmila Zídková, CSc. - lab. 211, 233a, tel: 22044-5154(5155), email: Jarmila.Zidkova@vscht.cz
Ing. Kamila Zdeňková, Ph.D. - lab. BY06, BY07, BY09, BY12, tel: 22044-5196(5201), email: Kamila.Zdenkova@vscht.cz


Plán pracoviště: Plánek bude všem dodán, hlavní je vědět, kde je hlavní uzávěr vody, elektřiny a plynu pro každou laboratoř!!!
Plán s označením hlavních ovladačů přívodu energií a bezpečnostními prvky je nedílnou součástí tohoto Havarijního plánu a je zahrnut jako Příloha 5; 5a a 5b.
V případě požáru bude vypnut hlavní přívod elektřiny a plynu (vyznačeno na plánku rozmístění laboratoří) a dle rozsahu požáru bude zvolen způsob hašení (pěnové hasící přístroje, voda). Pracovníci jsou povinni řídit se interním požárním řádem VŠCHT Praha. Při likvidaci požáru bude zohledněna práce s GMO a dle potřeby a situace bude pracoviště následně ošetřeno desinfekčním prostředkem (chlornan sodný 0,5-1%, Ajatin 0,5-2%).
V případě poškození vodovodního řadu a vytopení laboratoře bude nejdříve uzavřen hlavní přívod vody (viz plánek Příloha 5; 5a a 5b), kultury GMO budou přeneseny do jiného uzavřeného prostoru a prostor bude přiměřeně asanován a vysušen. Při současném úniku GMO do prostředí budou použity desinfekční prostředky a po ukončení asanace bude sledována přítomnost transgenů nebo jejich produktů metodami uvedenými v bodě j) tohoto Havarijního plánu.
Při úniku GMO zařazených do těchto kategorií, v uzavřeném prostoru i mimo něj nehrozí bezprostřední ohrožení zdraví lidí ani ohrožení životního prostředí a GMO je možno likvidovat postupem v laboratoři běžným (autoklávování 121 °C, 0,15 MPa, 50 min, použití desinfekčních prostředků). Za havárie ve vlastním slova smyslu se NEPOVAŽUJÍ malé úniky GMO (několik mililitrů), při nichž uniklé GMO mohou být rychle a spolehlivě zlikvidovány použitím desinfekčních prostředků. Za havárii je nutno považovat rozšíření GMO mimo laboratoře (chodby), určené k uzavřenému nakládání s GMO.
Při přenosu nádob s transgenním materiálem např. z kultivační místnosti do laboratoře může dojít k rozlití většího objemu této kultury (např. 1 litr). Zasažená místa je nutné s použitím ochranných rukavic vysušit, odpad zlikvidovat autoklávováním a místo ošetřit v dostatečném rozsahu dvěma typy desinfekčních roztoků: např. Ajatinem (0,5-2%) a následně chlornanem sodným (0,5-1%).Všichni musí vědět, kde v laboratoři je ajatin a Chlornan sodný (SAVO).
Potřeby pro kultivaci rostlin je třeba mýt v roztoku chlornanu v plastové vaně. Po 24 hod. stání je možno roztok zlikvidovat vylitím do komunálního odpadu.
Při rozšíření semen (desítky kusů) nebo vegetativních částí, schopných samostatného rozmnožování, je třeba především zabránit možnosti odnesení částí rostlin na obuvi apod. Dále je nutné asepticky odklidit pevné části do plastového pytle a sterilovat autoklávováním a zasažené místo pak ošetřit desinfekčním prostředkem tak, jak je uvedeno výše.
V případech havárie odlišné od zde popsaných je nutno postupovat podle pokynů odborného poradce.
V případě havárie bude informován odborný poradce, vedoucí ÚBM a děkan fakulty.
Přenos kultur 
Při přenosu kultur GMO z kultivačních místností do laboratoří bude situace řešena v závislosti na objemu kultury. Malé objemy budou přenášeny v plastikových uzavřených obalech, velké objemy v přepravkách překrytých alobalem. Podobně při přenášení kultur a materiálu z laboratoří k likvidacím autoklávováním do k tomu určené místnosti B250 budou malé objemy, kultury na plotnách nebo použité plasty přenášeny v plastikových uzavřených obalech s piktogramem Biohazard, větší objemy v uzavřených lahvích a baňkách jištěných v přepravce a překrytých folií. Přenášený a převážený rostlinný materiál bude neprodyšně uzavřen v plastových nebo plechových nádobách (obalech) a označen značkou Biohazard nejméně 5 cm velkou na protilehlých stranách. Pokud bude materiál přepravován vozem, automobil bude označen nápisem Biohazard a v autě bude k disposici popis přepravovaného materiálu a obecné instrukce, jak postupovat s uzavřeným kontejnerem obsahujícím transgenní materiál (neotvírat, dopravit na ÚBM VŠCHT Praha). Vědečtí pracovníci mají k dispozici genové mapy a sekvence insertů, s nimiž pracují a v případě úniku lze těchto znalostí využít pro monitorování případného úniku transgenu a následnou likvidaci a asanaci.
Likvidace
V případě úniku geneticky modifikovaných mikroorganismů a rostlin bude vymezen zasažený prostor, výrazně označen a ohraničen (křídou, fixem, výstražné nápisy) a bude zamezen přístup osob. Prostor bude ošetřen 0,5-1% chlornanem sodným a následně 0,5-2% Ajatinem. Po chemické asanaci se kontaminovaná plocha ozáří germicidní lampou výkon 2x25W. Jednotlivé drobné předměty, které byly únikem zasaženy, budou autoklávovány. Transgenní rostliny, které by unikly mimo vymezené bariéry, budou smeteny a autoklávovány v pytlích. Nepřítomnost geneticky modifikovaných mikroorganismů bude dokumentována odebráním vzorků z původně zasaženého místa a průkazem nepřítomnosti GMO nebo jejich produktů. (Smotkem gázy navlhčeným sterilní vodou bude setřeno cca 50x50 cm plochy, gáza eluována malým množstvím vody a bude použita buď jako templát pro PCR s použitím primérů odvozených od sekvence insertu nebo k imunochemické detekci produktů transgenů.) Toto je i postup pro přípravu pro sledování GMO, když se vede deník.
Popis a nákres uložení asanačních prostředků použitelných ke zneškodnění
Koncentrovaný a naředěný roztok (0,5-1%) chlornanu sodného a koncentrovaný a naředěný roztok (0,5-2%) Ajatinu budou umístěny v označených skříních umístěných ve všech místnostech určených pro uzavřené nakládání s GMO.
V případě havárie budou ihned vyrozuměni telefonicky event. emailem vedoucí pracoviště, osoby zodpovědné za likvidaci havárie jmenovitě uvedené v bodě d) tohoto Havarijního plánu a odborný poradce a bude zajištěna okamžitá dekontaminace.
Provozní plán Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha pro práci s GMO
Kategorie rizika nakládání s geneticky modifikovaným organismem, které smí být na pracovišti prováděno: Kategorie rizika I a II.
Seznam pracovníků proškolených pro práci s GMO na pracovišti
V Provozním řádu, který vám bude dodán, jsou doplněni pracovníci ÚBM a PGS studenti. Každá laboratoř přidá k Provoznímu řádu seznam studentů (magistři a bakaláři) aktuálně pracujících v laboratoři.
Povinnosti pracovníků při práci
Stávající pracovníci a PGS studenti uvedení v seznamu pro jednotlivé laboratoře byli proškoleni na provádění všech metod uvedených v odstavci g) Provozního řádu. Za dodržování pracovních postupů v jednotlivých laboratořích jsou zodpovědní příslušní vedoucí laboratoří. Školení budou pravidelně opakována.
Po ukončení práce v laboratoři mají pracovníci povinnost zajistit bezpečné uložení biologického materiálu s transgenní DNA, otřít pracovní plochu chemickou desinfekcí (např. 0,5-1% roztokem chlornanu sodného). Použitý materiál s GMO určený k likvidaci bude sterilován v autoklávu 50 minut při 121 °C, přetlak 0,15 MPa. Postup dekontaminace nástrojů při ukončení pracovní činnosti se řídí podle charakteru činnosti a určuje jej vedoucí laboratoře. Ochranné oděvy kontaminované geneticky modifikovanými mikroorganismy se budou prát jako infekční materiál: samostatný sběr a oddělená izolovaná přeprava.
Systém a četnost kontrol prostoru, zařízení a ochranných opatření
Kontroly čistoty pracovních ploch budou prováděny pověřenými proškolenými pracovníky s četností 1krát za 6 měsíců s platností od října 2016 (do září 2016 3krát ročně): stěry - sledování výskytu používaných mikroorganismů a pomocí PCR metody bude detekován příslušný transgen. U autoklávů určených pro likvidaci GMO (místnost B250 a BY12) budou pravidelně kontrolovány předepsané parametry pro bezpečnou sterilizaci externími servisními techniky a zaprotokolovány v provozní knize přístroje. Lednice a mrazáky určené pro uchovávání GMO jsou bezpečně uzamčeny a klíče jsou k dispozici u vedoucího příslušné laboratoře. Možnost výskytu přenašečů GMO (hmyz, hlodavci) je vyloučena zajištěním laboratoří, jejichž dveře a okna jsou trvale uzamčené nebo opatřené koulí. Laboratoře jsou klimatizované, okna jsou proti vniknutí hmyzu zajištěna síťkami. Zápis v Knize kontrol o každé kontrole bude parafován vedoucím příslušné laboratoře, odborným poradcem a vedoucím příslušné katedry.
Zásady vedení pracovních protokolů
Každá činnost s GMO je zaznamenávána do pracovních protokolů každého pracovníka s vyznačením čísel stránek, data zápisu a poznámkou o způsobu likvidace nepotřebných GMO.
Opatření k zabránění vstupu nepovolaných osob
Laboratorní prostory jsou rozděleny na funkční jednotky. Do každé jednotky je možný vstup pouze jedněmi dveřmi otevíratelnými klíčem. Klíče mají pracovníci, kteří v jednotce pracují. Studenti VŠCHT Praha mají do nich přístup pouze ve speciálních pláštích označených značkou Biohazard, které jsou nošeny pouze v těchto prostorách.

Přílohy:

2020 VŠCHT Potvrzení o přijetí Oznámení
2020 VŠCHT Oznámení
2017 VŠCHT Potvrzení o přijetí Oznámení
2017 VŠCHT Oznámení - Hodnocení rizika
Potvrzení o přijetí oznámení o nakládání s GMO
Oznámení o uzavřeném nakládání I. a II kategoria rizika
Příloha 1 - Hodnocení rizika spojeného s uzavřeným nakládáním s GMM, BL a GMVR
Příloha 2 - Provozní řád ÚBM pro práci s GMO pro práci v uzavřeném prostoru
Příloha 3 - Havarijní plán ÚBM pro práci s GMO
Příloha 4-I - Srovnávací tabulky požadavků dle vyhlášky č. 209/2004 Sb. a přijatých opatření - I. kategorie rizika
Příloha 4-II - Srovnávací tabulky požadavků dle vyhlášky č. 209/2004 Sb. a přijatých opatření - II. kategorie rizika
Příloha 5
Školení GMO 2020
Školení GMO 2020 - MŽP

                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 39517
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /gmo
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [29714] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [seo_title] => Domovská stránka Ústav biochemie a mikrobiologie VŠCHT Praha
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Posláním Ústavu biochemie a mikrobiologie je pedagogická a výzkumná činnost v oblastech biochemie, mikrobiologie, biologie a molekulární genetiky. Ústav zajišťuje výuku základních kurzů těchto disciplín v bakalářském studiu pro celou Fakultu potravinářské a biochemické technologie. Řada specializovaných předmětů je vyučována v navazujícím studiu magisterském a doktorském. Do výzkumných projektů cílevědomě zapojujeme posluchače všech stupňů studia v rámci řešení úkolů bakalářských, diplomových a disertačních prací.

                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 29714
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /home
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [39110] => stdClass Object
                                (
                                    [odkaz] => http://old-biomikro.vscht.cz/vyuka
                                    [iduzel] => 39110
                                    [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/vyuka
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyuka
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => redirect
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [29727] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => O ústavu
                                    [seo_title] => O ústavu
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Posláním Ústavu biochemie a mikrobiologie je pedagogická a výzkumná činnost v oblastech biochemie, mikrobiologie, biologie a molekulární genetiky. Ústav zajišťuje výuku základních kurzů těchto disciplín v bakalářském studiu pro celou Fakultu potravinářské a biochemické technologie. Řada specializovaných předmětů je vyučována v navazujícím studiu magisterském a doktorském. Do výzkumných projektů cíleně zapojujeme posluchače všech stupňů studia v rámci řešení úkolů bakalářských, diplomových a disertačních prací.

                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 29727
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /o-ustavu
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka_submenu
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [29758] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Studium
                                    [seo_title] => Studium
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Ústav biochemie a mikrobiologie zajišťuje v bakalářském studiu výuku předmětů (biochemie, mikrobiologie, biologie a další) pro obory studijních programů FPBT, včetně nového oboru Forenzní analýza. Biochemie je přednášena pro studenty všech fakult VŠCHT. V magisterském studiu zajišťuje ústav výuku dvou oborů, patřících do programu Biochemie a biotechnologie, a to Mikrobiologie a Obecné a aplikované biochemie. Dále zajišťujeme výuku programu Klinická bioanalytika oboru Laboratorní metody a příprava léčivých přípravků.
V rámci těchto bakalářských a magisterských programů, buď vlastními silami, nebo ve spolupráci s dalšími pracovišti VŠCHT nebo dalšími institucemi, vyučujeme předměty z oblastí biochemie, mikrobiologie, metod biochemického výzkumu a bioanalytiky, medicínských předmětů, molekulární biologie a genového inženýrství, forenzní analýzy a biologie. Dále vyučujeme vybrané předměty v angličtině.
Ústav je akreditován pro výchovu doktorandů postgraduálního studia v oborech Biochemie a Mikrobiologie. Zájemci a zájemkyně o doktorské studium mohou kontaktovat jednotlivé laboratoře nebo sekretariát ústavu.
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [obrazek] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 29758
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /studium
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka_submenu
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [29759] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Vědecké zaměření ústavu
                                    [seo_title] => Vědecké zaměření ústavu
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Ústav biochemie a mikrobiologie rozvíjí základní výzkum v oblastech molekulární biologie retrovirů, proteomiky, biochemie, fyziologie a molekulární biologie rostlin, enzymologie, mikrobiologie životního prostředí, potravinářské mikrobiologie a bioanalytických metod. Tyto aktivity vytváří platformu pro aplikovaný výzkum cílený na vývoj moderních terapeutických přístupů, možnosti bioremediací organických a anorganických zátěží v životním prostředí a sledování hygienické kvality potravin (ústav provozuje i akreditovanou Zkušební laboratoř ústavu biochemie a mikrobiologie) či interakcí rostlin s patogeny. Výzkum je v řadě případů interdisciplinárního charakteru a vedle úzké odborné spolupráce mezi jednotlivými laboratořemi ústavu by byl nemyslitelný bez kooperace s řadou národních a zahraničních pracovišť v rámci společných výzkumných programů a projektů. Na národní úrovni se pracoviště ústavu podílí na řešení úkolů Centra aplikované genomiky a na řešení výzkumného záměru Progresivní potravinářské a biochemické technologie. Současně jsou na ústavu řešeny úkoly projektů podporovaných GA ČR, TA ČR, MPO, MŠMT.
Vědecko-výzkumné portfolio ústavu v bodech:
Oblast medicínsky orientovaného výzkumu a vývoje

biologie skládání retrovirových částic a struktura a buněčný transport retrovirových proteinů se zřetelem na využití modifikovaných částic pro genové terapie
identifikace proteinů místně deponovaných v souvislosti s aplikací implantátů nebo kalcifikací stěn srdečních chlopní a cév; biokompatibilní materiály pro kožní náhrady
konstrukce nanočástic cílených do nádorových buněk k zobrazení karcinomů, testování cytostatik, rostlinné nukleasy jako protinádorová terapeutika a lipidová tělíska jako nosiče cílených hydrofobních léčiv
účinky adipokinů a možnosti nutriční a farmakologické intervence při metabolickém syndromu
rostlinné a hmyzí peptidy s antimikrobiálním účinkem jako terapeutika
glykosidasy extrémofilů pro enzymové syntézy terapeuticky významných derivátů sacharidů
vývoj a aplikace nových metod molekulárního modelování a strukturní bioinformatiky

Oblast kontroly a bioremediací životního prostředí

metabolické konverze xenobiotik a využití mikroorganismů a rostlin pro bioremediace znečištění prostředí organickými xenobiotiky
genomika a metagenomika pro studium mikrobiální diverzity a genetického potenciálu se zřetelem na symbiosu mikrobiálních konsorcií a rostlin a jejich synergii v bioremediačních procesech
molekulární determinanty fosfolipidového signálního systému rostlin v odpovědi na biotický a abiotický stres se zvláštním zřetelem na využití mechanismů indukované rezistence v alternativní ochraně rostlin proti chorobám
vývoj imunochromatografických souprav pro stanovení xenobiotik a posuzování xenobiotik, jejich metabolických intermediátů a těžkých kovů z hlediska cytotoxicity, genotoxicity a fyziologického dopadu jejich ingesce
biochemické a molekulárně biologické aspekty (hyper)akumulace těžkých kovů velkými houbami se zvláštním zřetelem na determinanty využitelné pro fytoremediace
transgenní rostliny pro fytoremediace půd a sedimentů kontaminovaných organickými xenobiotiky a těžkými kovy
povrchová expozice vazebných peptidů pro zvýšení kapacity mikrobiálních biosorbentů těžkých kovů
perspektivy lipidových tělísek pro likvidace ropných havárií a snažší syntézy degradovatelných plastů

Oblast kontroly a bezpečnosti potravin

vývoj moderních rychlých metod záchytu a kvantifikace potravinových patogenů (detekce a kvantifikace pomocí PCR, a DNA čipů, genotypizační metody, imunochemické metody včetně vývoje imunochromatografických souprav) doplněné klasickými mikrobiologickými metodami.
molekulární biologie enterotoxinů Staphylococcus aureus
tvorba biofilmů a sledování jejich resistence vůči disinfekčním prostředkům
resistence vybraných potravinových patogenů k antibiotikům
akreditované metody a vývoj nových metod detekce a kvantifikace geneticky modifikovaných potravinových surovin a potravin
identifikace peptidů vážících ionty těžkých kovů v potravinových surovinách a potravinách

Oblast interakce rostlin s patogeny

studium rostlinné imunity


modelová rostlina Arabidopsis thaliana
interakce zemědělsky významné plodiny řepky olejky s patogenem Leptosphaeria maculans
PCR, měření fytohormonů, měření typických odpovědí rostlin na napadení patogeny (ROS, calosa …), symptomy (Hyaloperenospora arabidopsidis, Pseudomonas syringae, Botrytis cinerea)

                                    [urlnadstranka] => 
                                    [obrazek] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 29759
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka_submenu
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [29883] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Kurzy a poradenství
                                    [seo_title] => Kurzy a poradenství
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Kromě pedagogické a vědecko-výzkumné činnosti nabízí Ústav biochemie a mikrobiologie analýzy, kurzy, semináře a poradenství pro zájemce z jiných akademických organizací nebo firem.

V připadě zájmu kontaktujte Ing. Magdalenu Melčovou
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 29883
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /kurzy
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka_submenu
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [10947] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Přístup odepřen (chyba 403)
                                    [seo_title] => Přístup odepřen
                                    [seo_desc] => Chyba 403
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [perex] => 
                                    [ikona] => zamek
                                    [obrazek] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [obsah] => 
Nemáte přístup k obsahu stránky.
Zkontrolujte, zda jste v síti VŠCHT Praha, nebo se přihlaste (v pravém horním rohu stránek).
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [iduzel] => 10947
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /[error403]
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka_ikona
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [1485] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Stránka nenalezena
                                    [seo_title] => Stránka nenalezena (chyba 404)
                                    [seo_desc] => Chyba 404
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Chyba 404
Požadovaná stránka se na webu (již) nenachází. Kontaktuje prosím webmastera a upozorněte jej na chybu.
Pokud jste změnili jazyk stránek, je možné, že požadovaná stránka v překladu neexistuje. Pro pokračování prosím klikněte na home.  
Děkujeme!
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 1485
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /[error404]
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 29705
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => 
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => dokumenty
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 0
                        )

                )

            [519] => stdClass Object
                (
                    [nadpis] => 
                    [data] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [61411] => stdClass Object
                                (
                                    [nadpis] => 
                                    [apiurl] => https://studuj-api.cis.vscht.cz/cms/?weburl=/sis
                                    [urlwildcard] => cis-path
                                    [iduzel] => 61411
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /sis
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => api_html
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 519
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => 
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => 
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 
                        )

                )

        )

    [sablona] => stdClass Object
        (
            [class] => web
            [html] => 
            [css] => 
            [js] => 
            [autonomni] => 1
        )

    [api_suffix] => 
)

DATA

stdClass Object
(
    [nazev] => Vědecké skupiny
    [seo_title] => Vědecké skupiny
    [seo_desc] => 
    [autor] => 
    [autor_email] => 
    [autor_no] => 
    [obsah] => 
Ústav biochemie a mikrobiologie rozvíjí základní výzkum v oblastech molekulární biologie retrovirů, proteomiky, biochemie, fyziologie a molekulární biologie rostlin, enzymologie, mikrobiologie životního prostředí, potravinářské mikrobiologie a bioanalytických metod. Tyto aktivity vytváří platformu pro aplikovaný výzkum cílený na vývoj moderních terapeutických přístupů, možnosti bioremediací organických a anorganických zátěží v životním prostředí a sledování hygienické kvality potravin (ústav provozuje i akreditovanou Zkušební laboratoř ústavu biochemie a mikrobiologie) či interakcí rostlin s patogeny. Výzkum je v řadě případů interdisciplinárního charakteru a vedle úzké odborné spolupráce mezi jednotlivými laboratořemi ústavu by byl nemyslitelný bez kooperace s řadou národních a zahraničních pracovišť v rámci společných výzkumných programů a projektů. Na národní úrovni se pracoviště ústavu podílí na řešení úkolů Centra aplikované genomiky a na řešení výzkumného záměru Progresivní potravinářské a biochemické technologie. Současně jsou na ústavu řešeny úkoly projektů podporovaných GA ČR, TA ČR, MZE, MPO, MŠMT, MZO.
    [submenuno] => 
    [drobeckyno] => 
    [urlnadstranka] => 
    [ogobrazek] => 
    [pozadi] => 
    [newurl_domain] => 'biomikro.vscht.cz'
    [newurl_jazyk] => 'cs'
    [newurl_akce] => '/vyzkum/vedecke-skupiny'
    [newurl_iduzel] => 29793
    [newurl_path] => 8548/29628/29629/29705/29759/29793
    [newurl_path_link] => Odkaz na newurlCMS
    [iduzel] => 29793
    [platne_od] => 14.11.2022 09:09:00
    [zmeneno_cas] => 14.11.2022 09:09:13.262799
    [zmeneno_uzivatel_jmeno] => Jan Kříž
    [canonical_url] => 
    [idvazba] => 90007
    [cms_time] => 1752291705
    [skupina_www] => Array
        (
        )

    [slovnik] => Array
        (
        )

    [poduzel] => stdClass Object
        (
            [29795] => stdClass Object
                (
                    [nazev] => Laboratoř aplikované proteomiky
                    [seo_title] => Laboratoř aplikované proteomiky
                    [seo_desc] => 
                    [autor] => 
                    [autor_email] => 
                    [obsah] => 
Domů   Projekty   Přístrojové vybavení   Tým & Publikace

Naše laboratorní skupina se věnuje proteomice, kterou lze definovat jako disciplínu zabývající se komplexním studiem proteinů. Často, i když ne vždy, jak můžete zjistit na dalších řádcích, je předmětem zájmu proteomiky proteom, což je soubor proteinů vyskytující se například v dané buněčné organele, buňce, tkáni či celém organismu v daném čase za definovaných podmínek. 
Pravděpodobně jako první na světě jsme již v roce 2004 začali analyzovat pevné a nerozpustné vzorky, aniž bychom z nich proteiny předem izolovali. Specifické enzymové štěpení tak probíhá přímo ve vzorku – „in-sample digestion“ a analyzovány jsou až peptidové fragmenty uvolněné do roztoku. Tato technika umožnila aplikaci proteomiky v nejrůznějších oblastech (analýze uměleckých děl a historických objektů, kostí v dentální chirurgii a mnoha dalších).
Ke studiu proteinů používáme hmotnostně spektrometrické techniky: MALDI-TOF, LC-ESI-Q-TOF a nejnověji LC-timsTOF.

  
Příklady řešené problematiky

Identifikace proteinových biomarkerů závažných onemocnění v lidských biotekutinách 
Určení živočišných i rostlinných druhů s využitím v potravinářství (např. druhové rozlišení jedlého hmyzu) 
Proteomická analýza buněčných linií odvozených od osteoblastů a jejich diferenciace
Kultivace savčích buněčných linií v bezsérových médiích
Adsorpce sérových proteinů na biomateriály pro ortopedické aplikace
Proteomická charakterizace tkání odoperovaných při stomatochirurgických zákrocích
Studium proteomické reflexe patologických stavů tkání odoperovaných v otorhinolaryngologii
Identifikace proteinových pojiv v uměleckých dílech
Analýzy archeologických nálezů (např. určování zvířecího druhu kostí)
Forenzní analýza (např. druhové určení kožních derivátů)
Charakterizace odpovědí rostlin na biotické i abiotické stresy

 

Metodika

Identifikace a relativní kvantifikace proteinů pomocí LC-ESI-Q-TOF a LC-timsTOF
Peptidové mapování s koncovkou MALDI-TOF
Biotyping identifikace mikroorganismů (poskytovaná servisní služba)

                    [urlnadstranka] => 
                    [ogobrazek] => 
                    [pozadi] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [56587] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [barva_pozadi] => seda
                                    [uslideru] => false
                                    [text] => 
vedoucí skupiny: 
prof. Dr. Ing. Radovan Hynek
vědečtí a pedagogičtí pracovníci:
doc. Ing. Mgr. Štěpánka Kučková, Ph.D.
Ing. Jiří Šantrůček, Ph.D.
Ing. Tatiana Smirnova
prof. RNDr. Milan Kodíček, CSc.
doktorandi:
Ing. Alena Meledina
Ing. Tereza Nešporová
Ing. Ondřej Novotný
Ing. Iva Pitelková
Ing. David Straka
                                    [iduzel] => 56587
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => infobox
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                            [76549] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Projekty
                                    [seo_title] => Projekty
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Domů   Projekty   Přístrojové vybavení   Tým & Publikace
 
V současné době jsme spoluřešiteli následujících projektů:

The comprehensive laboratory strategy for identification of insect species intended for human consumption and the production of processed animal protein, authentication of insect-based foods. NAZV (QK23020101), 2023–2025.

Projekt se zabývá možností identifikace jedlého hmyzu v potravinách pomocí různých metod. Naše laboratoř zastupuje proteomickou část, kdy se snažíme nalézt markery charakteristické pro jednotlivé hmyzí druhy a rody pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF a LC-Q-TOF. Tyto markery by nám měly pomoci s ověřením složení různých typů potravin (chipsů, proteinových tyčinek, atd.).


The role of inflammation in the progression of atherosclerosis studied by metabolomic and proteomic tools. COST Action CA21153, 2024–2026.

Tento výzkumný projekt se zabývá studiem zánětu v kontextu aterosklerotického vaskulárního onemocnění pomocí různých -omických technik. Vzorky tělesných tekutin ze souboru klinicky definovaných skupin pacientů s aterosklerotickým vaskulárním onemocněním jsou studovány pomocí metabolomiky, lipidomiky a proteomiky pro získání co nejkomplexnějšího pohledu na změny metabolismu spojené se zánětem.

                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 76549
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/proteomika/projekty
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [76547] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Přístrojové vybavení
                                    [seo_title] => Přístrojové vybavení
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Domů   Projekty   Přístrojové vybavení   Tým & Publikace

Naše hmotnostní spektrometry:
MALDI-TOF (Autoflex Speed, Bruker), LC-ESI-Q-TOF (Maxis Impact, Bruker) a nejnověji LC-timsTOF HT (Bruker)



                           MALDI-TOF                                                                                LC-ESI-Q-TOF                                                                                       LC-timsTOF HT
 


MALDI-TOF: je zkratka pro matricí asistovanou laserovou desorpci/ionizaci (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization) s analyzátorem doby letu (Time Of Flight). Vzorek je předem smíchán s matricí (např. s deriváty kyseliny benzoové, skořicové), a pak je ozářen laserem. Matrice pohlcuje energii laseru, předává protony molekulám analytu, čímž mu dodává elektrický náboj a tím dochází k jeho desorpci a ionizaci, aniž by analyt fragmentoval. Takto vytvořené pozitivní nabité ionty analytu putují trubicí analyzátoru a dochází k separaci dle molekulové hmotnosti, kdy ionty s nižší molekulovou hmotností dorazí k detektoru za kratší dobu než ionty s vyšší molekulovou hmotností. Měřit lze ale i v negativním módu. Na výstupu se měří čas, za který ionty urazí konstantní dráhu k detektoru, podle čehož se určí jejich m/z. MALDI-TOF je vhodnou metodou k identifikaci mikroorganizmů, analýze biomolekul, jako jsou proteiny, lipidy, sacharidy nebo jiné organické makromolekuly.




LC-ESI-Q-TOF (Liquid Chromatography Electrospray Ionization Quadrupole Time Of Flight Mass Spectrometry) je analytickou technikou, která kombinuje separační schopnosti kapalinové chromatografie (LC) s vysokou citlivostí a přesným měřením pomocí hmotnostní spektrometrie (MS). Tato technika se skládá ze série integrovaných procesů. Analyt je nejdřív separován pomocí kapalinové chromatografie. Předseparovaný vzorek je dál ionizován pomocí elektrospreje a vzniklé ionty jsou přenesený dál do kvadrupólu, který funguje jako hmotnostní filtr. U vybraných iontů se dál měří doba letu, který jím trvá na cestě od ionizačního zdroje k detektoru. Měřením času letu iontů lze přesně stanovit poměr m/z a tím i hmotnost iontů. Vedle měření hmotnosti iontů, je možné také studovat strukturu iontů po jejich selekci v kvadrupolu a následné fragmentaci v kolizní cele. Tato technika umožňuje přesnou identifikaci a kvantifikaci široké škály sloučenin přítomných v komplexních směsích a nachází uplatnění v různých oblastech, včetně farmacie, analýzy životního prostředí, metabolomiky, proteomiky, analýzy potravin atd.




LC-timsTOF HT je spojení kapalinové chromatografie s hmotnostním spektrometrem a je využíván k tzv. shotgun proteomice. Oproti předchozímu LC-ESI-Q-TOFu je zde mezi ESI zdroj a první kvadrupól vložena TIMS cela (Trapped Ion Mobility Spectrometry; iontová mobilitní spektrometrie se záchytem iontů), která umožnuje separovat ionty na základě jejich velikosti a tvaru. TIMS cela se skládá ze tří částí – vstupního trychtýře, mobilitního analyzátoru a výstupního trychtýře. Ionty analytu jsou unášeny nosným plynem, v protisměru však působí síla elektrického pole. V oblasti, kde je síla elektrického pole taková, že rychlost pohybu daného iontu je rovna rychlosti proudění nosného plynu, se daný iont zastaví. Ionty se tak před elucí do hmotnostního spektrometru akumulují na základě jejich rozdílné mobility. Postupnou změnou elektrického potenciálu pak dochází k postupné eluci zachycených iontů dále do Q-TOF. Díky tomu, že timsTOF HT využívá paralelní akumulaci-fragmentaci prekurzorových iontů (PASEF), tj. fragmentaci více prekurzorů během jednoho skenování, dochází k mnohonásobnému zvýšení rychlosti sekvenování, a to bez ztráty signálu, rozlišení a citlivosti. Oproti LC-ESI-Q-TOF lze získat řádově vyšší počet identifikovaných peptidů.



                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 76547
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/proteomika/vybaveni
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [76546] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Tým & publikace
                                    [seo_title] => Tým & publikace
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Domů   Projekty   Přístrojové vybavení   Tým & Publikace

Prof. Dr. Ing. Radovan Hynek
Zaměřuji se především na výzkum proteinů tkání odoperovaných při stomatochirurgických a otorhinolaryngologologických zákrocích. Využívám především nedávno vyvinutou převratnou techniku „in-bone digestion“ založenou na specifickém enzymovém štěpení proteinů přímo v kostních tkáních bez nutnosti jejich demineralizace. Ve volném čase se věnuji sportovnímu létání a astronomickým pozorováním.
Google Scholar

doc. Ing. Mgr. Štěpánka Kučková, Ph.D. 
V naší laboratoři zodpovídám za proteomické analýzy kulturního dědictví (např. obrazů, polychromovaných soch, historických malt) a archeologických objektů (rozpoznávání živočišného původu kostí), hledání potenciálních biomarkerů v krevní plazmě charakteristických pro závažná onemocnění (např. aterosklerózu, juvenilní idiopatickou artritidu), analýzy potravin (např. jedlého hmyzu) a forenzní analýzy (např. kožních derivátů). S mými doktorskými i magisterskými studenty se podílíme na výzkumných projektech ve spolupráci s jinými skupinami na VŠCHT, ale také s domácími i zahraničními institucemi. Dále spolupracuji na vývoji programů využívajících data z hmotnostních spektrometrů (MALDI-TOF, ESI-Q-TOF, LC-timsTOF), využívaných např. při určování původu různých bílkovinných materiálů.
Velmi ráda navazuji kontakty s dalšími vědci, kurátory a restaurátory a vyhledám nové kontakty a projekty.
Google Scholar

Ing. Jiří Šantrůček, Ph.D. 
Provádím proteomické analýzy na LC-ESI-Q-TOF a LC-timsTOF hmotnostních spektrometrech. Ve svém výzkumu se zaměřuji na spojení chromatografických a elektroforetických metod s hmotnostní spektrometrií, label-free kvantifikaci proteinů a analýzu posttranslačních modifikací proteinů. Konkrétní výzkumná témata pak zahrnují analýzu buněčných linií odvozených od osteoblastů a jejich diferenciaci, kultivaci savčích buněčných linií v bezsérových médiích a adsorpci sérových proteinů na biomateriály pro ortopedické aplikace.
Google Scholar

Ing. Tatiana Smirnova
V rámci svého doktorského studia se zaměřuji na proteomické analýzy tělesných tekutin od pacientů postižených různými onemocněními (Alzheimerovou chorobou, hepatocelulárním a pankreatickým karcinomem, juvenilní idiopatickou artritidou). Zkoumám kvantitativní a kvalitativní rozdíly v profilech proteinů zdravých jedinců a pacientů pomocí hmotnostní spektrometrie (MALDI-TOF a LC-MS/MS) ve snaze nalézt specifický panel biomarkerů studovaných onemocnění. Byla jsem členkou týmu v grantovém projektu s názvem Multi-Omics Approach in Medical Research (IGRA-2021-001, CZ.02.2.69/0.0/0.0/19_073/0016928), který kombinoval různé vibračně spektroskopické a hmotnostně spektrometrické metody za účelem nalezení panelu biomarkerů hepatocelulárního karcinomu. Pracuji také jako operátorka; mám na starosti údržbu přístroje MALDI-TOF MS a servisní měření (např. mikrobiální identifikace pomocí přístroje Biotyper® pro akreditované mikrobiologické laboratoře na VŠCHT).
Google Scholar

prof. RNDr. Milan Kodíček, CSc.
Narodil jsem se před více než třemi čtvrtinami století v Praze. Studoval jsem chemii na Přírodovědecké fakultě UK; diplomovou práci s názvem Studium konformace oxytocinu pomocí cirkulárního dichroismu jsem vypracoval na Ústavu organické chemie a biochemie v Praze.
Od roku 1971 jsem pracoval na Ústavu hematologie a krevní transfuse v Praze v oddělení biochemie vedeném doc. Z. Vodrážkou; zde jsme se zabývali především vztahem struktury a funkce krevních bílkovin (hemoglobin, hemopexin, albumin, orosomukoid, bílkoviny erytrocytové membrány atd.). V roce 1977 jsem na katedře fyzikální chemie PřF UK obhájil kandidátskou (dnes doktorskou) práci zabývající se konformací lidského hemopexinu. 
Od roku 1991 působím na Ústavu biochemie a mikrobiologie VŠCHT. Stál jsem u zrodu Laboratoře aplikované proteomiky, kam jsem vnesl i problematiku studia struktury bílkovin pomocí hmotnostní spektrometrie. Zásadní výsledky svých prací (od roku 1972) jsem publikoval ve více než 80 článcích v mezinárodních časopisech. 
V roce 2001 jsem byl jmenován profesorem biochemie. Na VŠCHT jsem podstatným způsobem zasáhl do výuky biochemie I a II, biofyzikální chemie a enzymologie. 
Vybrané publikační aktivity:

Kodíček M. a Karpenko V.: Biofysikální chemie, Academia 1997 
Kodíček M., Valentová O. a Hynek R.: Biochemie – chemický pohled na biologický svět, Nakladatelství VŠCHT, 2022) 
Výkladový slovník biochemie (https://e-learning.vscht.cz/mod/glossary/view.php?id=49341) 
Výkladový slovník chemie (http://147.33.74.135/knihy/uid_es-007/#p_title)

                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 76546
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/proteomika/publikace
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [37829] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 37829
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => slider
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 29795
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/proteomika
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => stranka
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 1
                        )

                )

            [69016] => stdClass Object
                (
                    [nazev] => 
                    [seo_title] => Laboratoř bakteriální a nádorové rezistence
                    [seo_desc] => 
                    [autor] => 
                    [autor_email] => 
                    [obsah] => 

Laboratoř bakteriální a nádorové rezistence
Home      Projekty      Publikace      Vybavení      Členové      Aktuality


Léková rezistence představuje závažný problém současnosti, který se dotýká mnoha oborů – mikrobiologie, onkologie, dermatologie, neurologie; snižuje účinnost léčby a kvalitu života, zvyšuje náklady na léčbu, ale zejména zvyšuje mortalitu. Jelikož vývoj nových léčiv již není dostatečně progresivní vzhledem k rychlosti rozvoje rezistence, je nutné hledat alternativní řešení léčby. Takovouto alternativu může představovat adjuvans – látka navracející účinnost starým, nefunkčním léčivům, ke kterým je již rozvinutá rezistence známým mechanismem. Naše laboratoř se zabývá hledáním nových adjuvans pro léčbu bakteriálních infekcí a nádorových onemocnění.
 

Bakteriální rezistence
Již více než 40 let je v klinické praxi využíván Augmentin, který je kombinací amoxicilinu (β-laktamové antibiotikum) a kyseliny klavulanové (adjuvans inhibující β-laktamasy). Za tuto dobu prokázal svou účinnost, užitečnost a minimální rozvoj rezistence. Další adjuvans β-laktamů brzy následovala. Překvapivě jsou však inhibitory β-laktamas jedinými adjuvans schválenými pro adjuvantní terapii v současné době i přesto, že enzymů, které modifikují strukturu antibiotik (destruktas) je známa již celá řada. Toto otvírá prostor pro hledání nových účinných inhibitorů dalším bakteriálních destruktas.
 
 

Rezistence eukaryotních buněk
V současné době je zhruba každý pátý obyvatel západních zemí léčen s neurologickými problémy typu deprese, úzkost či epilepsie. U každého třetího z nich se postupně rozvine rezistence k podávanému léčivu. Obdobně závažným problémem je rezistence k chemoterapeutiku, která je zodpovědná za většinu úmrtí onkologických pacientů. Společným jmenovatelem je v těchto případech obvykle nadprodukce transmembránových efluxních pump, které snižují intracelulární lokalizaci léčiva pod terapeutickou dávku. Účinné adjuvans je v tomto případě tedy inhibitorem těchto efluxních pump.
 

 
U bakteriálních buněk využíváme nanoporového sekvenování klinických izolátů (1) k identifikaci mechanismů, které bakterie využívají k eliminaci antibiotik (2). Geny zodpovědné za dané rezistence následně klonujeme do knihovny bakteriálních kmenů, kde každý kmen nese jedinou determinantu rezistence (3). Tuto knihovnu následně používáme pro vysokokapacitní testování látek ve snaze nalézt takové, které jsou schopné v přítomnosti antibiotik revertovat rezistentní fenotyp zpět na senzitivní. Pokud takovéto látky nalezneme, ověřujeme jejich inhibiční aktivitu na izolovaných rekombinantně připravených enzymech (4). Slibné látky následně vracíme do klinické praxe, kde testujeme jejich specifitu vůči různým enzymům stejné třídy a selektivitu vůči různým bakteriálním izolátům rezistentním k antibiotikům (5).
 

 
U nádorových buněk se zaměřujeme na modulaci aktivity transmembránových efluxních pump a signální dráhy NRF2. Využíváme reportérové testy a sbírku nádorových buněčných linií a jejich sublinií rezistentních k chemoterapeutikům. Opět je našim cílem hledání nových adjuvans (inhibitorů), které by vrátili účinnost stávajícím chemoterapeutikům. Slibné inhibitory následně ověřujeme ve složitějších modelech nádorů in vitro mimikujících fyziologické parametry nádorů. Konkrétně se jedná o sferoidy a organoidy derivované z biopsií pacientů. Následně vyvíjíme systémy pro cílené doručování inhibitorů do nádorových buněk a tyto systémy využíváme v pokusech in vivo, kde se snažíme ověřit aktivitu našich inhibitorů v savčím organismu.


                    [urlnadstranka] => 
                    [ogobrazek] => 
                    [pozadi] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [78110] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Aktuality
                                    [seo_title] => Aktuality
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 

Laboratoř bakteriální a nádorové rezistence
Home      Projekty      Publikace      Vybavení      Členové      Aktuality
ACHIEVEMENTS OF GRADUATES 


Ing. Simona Dobiasová, Ph.D.
1 January 2025, Turin, Italy 
https://chiarariganti.wordpress.com/


We are happy to announce that our graduate Simča has been awarded the prestigious Marie Sklodowska-Curie Postdoctoral Fellowships (MCPF)! In this project, she will work on the development of glioblastoma and blood tumor barrier models to investigate combination therapy with anticancer agents and efflux pump inhibitors. The goal of her work is to create models that mimic conditions in the human body as closely as possible. This will allow more detailed studies of the combination of anticancer drugs and efflux pump inhibitors, which could increase the effectiveness of the treatment. This research has the potential to expand treatment options for cancer patients and significantly improve their chances of survival.
Simča is going to work on the project at the University of Torino in the laboratory of Prof. Chiara Riganti. We are proud of her and wish her every success in her scientific journey!


TEAM-BUILDING


Christmas party
18 December 2024, Prague


This year we managed to stop for a moment together in the pre-Christmas rush, meet over a delicious meal and welcome the Christmas holidays together. Our group is growing and we really appreciate the fact that our alumni like to come back. We wish you a successful 2025!


 

CONFERENCE


ARTIFICIAL INTELLIGENCE – Reshaping biomedical and healthcare research (FEBS-IUBMB-ENABLE Conference)
Ing. Ondřej Strnad, Ing. Tomáš Nejedlý
4 – 6 December 2024, Singapur


Our PhD students, Tomáš Nejedlý and Ondřej Strnad, attended the FEBS-IUBMB-ENABLE Conference, which took place this year at Nanyang Technological University (NTU) in Singapore. The main theme was the role of artificial intelligence in reshaping biomedical and healthcare research. The conference featured inspiring talks on the application of AI in biomedicine, diagnostics, and personalized medicine. The program also included a Career Day with practical advice for young researchers and panel discussions focusing on the transition from research to entrepreneurship.

CONFERENCE


10th Congress of Clinical Microbiology, Infectious Diseases and Epidemiology (KMINE 2024)
Doc. Jitka Viktorová, Ing. Michal Dvořák, Ing. Jan Špaček, Ing. Markéta Častorálová, Ph.D.
30 October – 1 November 2024, Clarion Congress Hotel Ostrava
https://kmine-infekce-2024.cz/


Our group attended the Czech-Slovak KMINE 2024 congress in large numbers. At the most important national meeting of clinical microbiologists we established new contacts and set the direction of existing collaborations. During the lectures, we learned a lot of news across the topical issues in local epidemiology and gained a lot of suggestions with the future direction of our research to include the most current topics. 
 

OPEN DAY


Ing. Bára Křížkovská, Ph.D.
3 September 2024, Praha


Traditionally, immediately after the student scientific conference, an Open Day was held at our school, the aim of which is to attract new promising young people interested in studying at our faculty. Our group was represented by Barča Křížkovská and she looked really good in a black T-shirt with the logo of the University of Science and Technology! Thank you for a great representation!
 



STUDENT SCIENTIFIC CONFERENCE


Bc. Dominika Mrázková
28 November 2024, Prague


Only Domča participated in this year's regular student scientific conference for our group. However, she represented our group very well and won the sponsor's prize. Thank you and congratulations!
 
 




 

TEAMBUILDING


26 November 2024, Prague


A collective of our PhD students recently took part in a Harry Potter-themed escape game. The participants worked together to successfully solve all the challenges and made it out of the room in time. This experiential activity not only tested their teamwork skills, but also brought them closer together and brought a lot of fun.








 CONFERENCE


Antibiotic resistance in the Czech Republic: how to stop the unstoppable together
Ing. Anna Ludvíková, Ing. Jan Špaček, Ing. Michal Dvořák
14 – 15 November 2024, Praha
https://czepar.cz/czepar-konference/


We participated in the Czech conference "Antibiotic resistance in the Czech Republic: how to stop the unstoppable together", which gave space to many experts from different fields to shed light on the issue of antibiotic resistance as a whole. This conference has shown us that antibiotic resistance is not only a problem of nosocomial infections, but also affects many other fields and therefore it is very important to address this issue.

CHEMISTS' BALL


14 October 2024, Praha


Four of our Ph.D. students Tomáš Nejedlý, Ondřej Strnad, Emílie Kučerová and Petra Třešňáková, attended the 6th Annual University Ball at the National House of Vinohrady. During the event, the Vitriol Awards were announced, with Ing. Eva Jablonská, Ph.D., being recognized as the most popular teacher of the Faculty of Food and Biochemical Technology. The evening featured dancing, a performance by the school orchestra, a theatrical show by the DI(v)OCH, and a midnight surprise – a dance performance by our master’s student, Bc. Dominika Mrázková.



 TEAMBUILDING


25 – 27 October, Znojmo


Already the second teambuilding in Znojmo brought a lot of fun and allowed closer integration of new members into the team. We enjoyed the beauty of the South Moravian town again despite some rain.





UNIVERSITY LABYRINTH RUN


23 October 2024, Praha


Our four Ph.D. students Ondřej Strnad, Tomáš Nejedlý, Emílie Kučerová and Petra Třešňáková, took on the challenge of the " UCT Labyrinth" run, a course they know like the back of their hand. Their insider knowledge paid off, securing 1st and 2nd place in the woman’s Ph.D. & Staff category, and 2nd and 3rd place in the men’s Ph.D. & Staff category. It seems years of navigating the twists and turns of research prepared them perfectly for this race!

 NETWORKING 2024 OLOMOUC: ANIMAL MODELS


Ing. Tomáš Nejedlý, Ing. Emílie Kučerová
11 September, Olomouc
https://nivb.cz/en/2024/09/18/networking-2024-v-olomouci-zvireci-modely/

Two of our PhD students, Tomáš Nejedlý and Emílie Kučerová, participated in the Networking 2024: Methodological Workshop on Animal Models, held at the Institute of Molecular and Translational Medicine at Palacký University in Olomouc. The workshop focused on research techniques in animal models, which are essential for advancing biomedical sciences and developing new therapies.

STUDENT INTERNSHIP

Ing. Ondřej Strnad
2 - 30 September 2024, Vienna

During a month-long internship at the Medical University of Vienna, our PhD student Ondřej Strnad specialized in isolating and characterizing immune cells from patient samples through flow cytometry. His research primarily explored the effects of phytocannabinoids on the immunophenotyping of peripheral blood mononuclear cells. The knowledge and skills he gained during this internship will be applied to further experiments and analyses at our institution.





 POSTGRADUATE COURSE

Ing. Bára Křížkovská, Ph.D.
4 - 6 September 2024 Tallinn, Estonia

In order to broaden our professional skills, a member of our laboratory participated in a course for proper testing according to EUCAST criteria, organized by the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID). The course included a tour of SYNLAB's advanced laboratories and a discussion with experts who are both involved in antimicrobial testing, but also involved in establishing criteria and critical points in antimicrobial and microbial susceptibility testing.





OBHAJOBA DIZERTAČNÍ PRÁCE
 
Ing. Bára Křížkovská, Ph.D.
3 September 2024, Praha
 
Svůj čtyřletý doktorát využila Baru na maximum včetně zahraničních stáží v Maďarsku, Votočkova stipendia pro nejlepší studenty fakulty a stipendia ředitele ÚOCHB pro nadané studenty. Její obhajoba dizertační práce na téma Inhibice efluxních pump rezistentních bakteriálních kmenů byla příjemnou tečkou a začátkem samostatné vědecké kariéry.



 

STUDENTSKÁ STÁŽ
 
MSc. Artemis Tsirogianni, University of Patras, Greece, research group of prof. Constantinos Athanassopoulos
8 July – 16 August 2024, Praha
 
The aim of the STSM was to study the antimicrobial and antibiotic-adjuvant activity of a series of chloramphenicol derivatives with an improved pharmacological profile. These compounds were screened against a variety of Gram-positive and Gram-negative resistant bacteria for their antibacterial activity in comparison to the parent molecule. 
 
 
 
 

 
STUDENTSKÁ STÁŽ
 
Dr. Annamária Kinces, University of Szeged, Hungary, research group of prof. Hunyadi
1 July – 2 August 2024, Praha
 
The aim of the STSM was the highthroughput screening of the new antimicrobial agents against MDR bacteria. The biological activity of the synthesized/isolated compounds was evaluated and some hit compounds were further tested using enzymatic assays.
 
 
 

STUDENTSKÁ STÁŽ
 
Dr. Anna Brodzka, Institute of Organic Chemistry, Polish Academy of Sciences, research group of prof. Ostaszewski
8 -22 July 2024, Praha
 
The aim of the STSM was the development of the new antimicrobial agents against MDR bacteria. The biological activity of the synthesized compounds was evaluated and some hit compounds will be further tested.
 
 
 
 
  


KONFERENCE

Drug Resistance 2024 (Gordon Research Conference)
 
23 - 28 June 2024, Bryant University in Rhode Island, USA
Účastnili jsme se prestižní mezinárodní konference o lékové rezistenci na Bryant Univerzitě v USA, která nám poskytla příležitost k diskuzím a neformálním setkáním s mnoha odborníky, díky nimž jsme získaly cenné poznatky, inspiraci a možnost navázání budoucích spoluprací. Konference byla pod záštitou GRC (Gordon Research Conference) a reflektovala bakteriální, nádorovou, virovou i fungální rezistenci.
 


POPULARIZACE VĚDY
 
VědaFest 2024
19 – June 2024, Praha

Studentka Anna Ludvíková reprezentovala naši laboratoř na letošním VědaFestu, kde potenciální zájemce o studium na VŠCHT seznámila s antibiotickou léčbou a jejími komplikacemi, jako je antibiotická rezistence. Pro tuto akci si připravila kultivační půdy s různými sbírkovými kmeny bakterií a ukázala jejich reakci na přítomnost různých antibiotik.
 
 


POPULARIZACE VĚDY
Workshop mikroskopování
18 – 20 June 2024, Praha
 
Workshop pro středoškolské studenty, který byl letos organizován ve spolupráci s naší studentkou Emčou Kučerovou, byl zaměřený na teoretické i praktické znalosti mikroskopování makroskopických (křídlo a nohy mouchy) i mikroskopických preparátů (buněčné kultury, plísně a kvasinky, směs kvasinek a bakterií, Gramovo barvení bakterií a pak mikroskopování s imerzním olejem).
 
  


ÚSPĚCHY STUDENTŮ
 
Státní závěrečné zkoušky
06/2024
  
Velká gratulace našim novým inženýrům (Ing. Kutilová, Ing. Kočková, Ing. Třešňáková, Ing. Veverková, Ing. Musil, Ing. Špaček) a bakalářům (Bc. César)! Všem se povedlo obhájit své závěrečné práce, a mnozí z nich zakončují s červeným diplomem! Díky za společné roky, skvělou reprezentaci skupiny a hodně zdaru v budoucím profesním životě těm, co se nerozhodli pokračovat u nás 😉
 
  


KONFERENCE
 
34th European Congress of Clinical Microbiology and Infetious Diseases (ECCMID)
27 - 30 April 2024, Barcelona, Španělsko
 
Setkání evropských klinických mikrobiologů bylo obrovskou událostí. Mezi vybranými prezentujícími se objevili i Michal Dvořák, Daniela Brdová a Jitka Viktorová. Byla to naše první zkušenost s konferencí, na kterou se sjelo 10 tis. odborníků z oboru z celého světa. Byla to pecka!
 
 
 


KONFERENCE
 
New Antibacterial Discovery and Development (Gordon Research Conference)
17-22 March 2024, Ventura, United States 
 
Další z mnoha velmi kvalitních konferencí pořádaných pod záštitou GRC (Gordon Research Conference) zaměřených na antibiotickou rezistenci. Za naší skupinu se reprezentace ujala Barča, která se to zhostila se svým typickým entusiasmem a vrátila se spoustou kontaktů a navázaných spoluprací.
 
 
 


STUDENTSKÁ STÁŽ
 
Erasmus+ program s  University of Magallanes, Punta Arenas, Chile
1 February – 28 April 2024, Praha
 
Třetí a poslední mezinárodní stáž rozvíjející spolupráci mezi naší a patagonskou univerzitou k nám přivedla doktoranda Jorgeho a dva magisterské studenty Diega a Jacqueline. Jejich zkušenosti s nanoporovým sekvenováním a bioinformatickou analýzou dat nám rozšířila obzory a snad i metodologické zázemí pro další výzkum.
 


STUDENTSKÁ STÁŽ
 
Erasmus+ program s  University of Magallanes, Punta Arenas, Chile
1 February – 28 April 2024, Praha
 
V rámci mezinárodní spolupráce vyrazili naši dva doktorandi – Tom s Ondrou na tříměsíční stáž do druhého nejjižnějšího města na světě. Zde se věnovali sběru a charakterizaci makrořas, ze kterých jsou následně připravovány extrakty, které jsou u nás testovány pro dermokosmetické účely.
 
 


TEAM-BUILDING
 
Kachekran
29 February 2024
 
Studenti z naší laboratoře společně se studenty z Chile navštívili 65. ročník legendárního Karnevalu chemiků končícího k ránu. Jak je vidět na fotce, všichni se skvěle bavili a užívali si večer plný hudby, tance a zážitků.
  
 
 
 


TEAM-BUILDING
 
vánoční večírek
12 December 2024
 
I letos jsme se na chvilku zvládli zastavit v předvánočním shonu, sejít se a společně přivítat vánoční svátky. Skupina se nám krásně rozrůstá a moc si vážíme toho, že se k nám rádi vrací i naši absolventi.
 
 

 
ÚSPĚCHY STUDENTŮ
 
Cena Julie Hamáčkové
30 November 2023
 
Cena Julie Hamáčkové je soutěž, která vznikla v roce 2015 na VŠCHT Praha v rámci projektu 7.RP EU TRIGGER a projektu MŠMT EUPRO II LE 14016. Cílem Ceny je podpořit zohlednění genderových aspektů ve výzkumné i pedagogické práci. Cena v kategorii Studentské vědecké práce byla udělena naší studentce Bc. Tereze Veverkové za práci Příprava modelu hematoencefalické bariéry in vitro, kterou vypracovává pod vedením Ing. Emílie Kučerové. Oběma patří velké poděkování za reprezentaci a naše gratulace!
 


SPOLUPRÁCE
 
ČZU NVAŠTÍVILO VŠCHT
04 December 2023
 
Druhý ze série společných seminářů se skupinou doc. Havlíka z ČZU se uskutečnil na půdě VŠCHT Praha. Nejprve proběhla exkurze po našich pracovištích, která byla zakončena prezentacemi našich doktorandů, které shrnovali projekty, na kterých pracujeme, a představili naše přístrojové a metodologické zázemí.
 
 
 
 



KONFERENCE
 
Studentská vědecká konference (SVK)
23 November 2023
 
V letošní SVK jsme měli silné zastoupení hned v několika sekcích, a proto není divu, že si naši studenti odnesli i řadu ocenění - Bc. Markéta Kutilová (3. místo v kategorii Aplikovaná mikrobiologie), Bc. Tereza Veverková (1. místo v kategorii Biomedicínské aplikace), Bc. Petra Třešňáková (cena sponzora v kategorii Biomedicínské aplikace), Bc. Jakub Musil (1. místo v kategorii Enzymologie), Bc. Michal Dvořák (2. místo v kategorii Enzymologie). Všem studentům děkujeme za reprezentaci a výhercům gratulujeme! 
 


SPOLUPRÁCE
 
VŠCHT NAVŠTÍVILO ČZU
02 November 2023
 
Na zářijové konferenci v Praze se naši doktorandi skamarádili s doktorandy z České zemědělské univerzity ze skupiny doc. Ing. Jaroslava Havlíka, Ph.D., se zaměřením na lidskou výživu, význam polyfenolů v lidském zdraví, analytickou chemii, mikrobiom a metabolomiku. V rámci kultivace a rozvoje vztahů jsme uspořádali první společný seznamovací seminář, kde jsme probrali možnosti vzájemné spolupráce.
 
 



POPULARIZACE VĚDY
 
Den otevřených dvěří
24 – 25 November 2023

Dvě studentky z naší laboratoře (Emilie Kučerová a Anna Ludvíková) se zúčastnily Dne otevřených dveří, kde úspěšně reprezentovaly Ústav biochemie a mikrobiologie ukázkou témat, kterým se věnují.
 
 
 
 

 
KONFERENCE
 
4th International Conference on Food Bioactives & Health
18 – 21 September 2023, Prague, Czech Republic
 
Dlouho očekávaná konference, jejíž organizačního výboru jsme se stali součástí! Doc. Viktorová byla členkou vědeckého výboru 4. ročníku mezinárodní konference pořádané doc. Valentovou z Mikrobiologického ústavu Akademie věd ČR. S naší hojnou účastí se počet účastníků vyšplhal téměř na 500.
 
 
 


LETNÍ ŠKOLA (TRAINING SCHOOL)
 
3D or not 3D: New solution to recreate cancer biology in vitro
11 – 12 September 2023, AO Research Institute, Davos, Switzerland
 
Náš doktorand Tom se zúčastnil letní školy pořádané COST Action CA17104 New diagnostic and therapeutic tools against multidrug resistant tumors.
 
 
 
 


TEAMBUILDING
 
Ferraty v jižních Čechách a následná afterparty u Jíti
01 August 2023
 
Posílili jsme týmového ducha a spolupráci při slézání skal 😉 Na táborské ferratě jsme dostali všechno do rukou a hlavně karabin a následně na Bechyňské ferratě už to šlo samo. Někteří neodolali krásnému počasí a v Lužnici se vykoupali. Na afterparty jsme to zapili Heroldem z místního pivovaru a zajedli při grilovačce.
  
 
  


LETNÍ ŠKOLA (SUMMER SCHOOL)
 
21th ESCMID Summer School
01 – 08 July 2023, Sevilla, Spain
 
Tento týdenní program se zaměřuje na postgraduální studium a lékařské vzdělávání, nabízí odborné přednášky z klinické mikrobiologie a infekčních nemocí a od roku 2002 patří mezi přední vzdělávací akce ESCMID. Letos proběhl i s naší účastí. Laboratoř vyjela reprezentovat Barča Křížkovská.
 
 
 


LETNÍ ŠKOLA (SUMMER SCHOOL)
 
A theoretical and practical insight in the preparation and biophysical characterization of nanoformulations for biomedical use
07 – 09 June 2023, Barcelona, Spain
 
Ondra se dlouhodobě věnuje cílení inhibitorů P-glykoproteinů na rakovinné buňky, proto využil příležitosti COST Action CA17104, jejíž jsme součástí, a vyrazil se vzdělávat do Barcelony. Vrátil se plný chutě do práce a nových nápadů.
 
 


TEAM-BUILDING 
 
vánoční večírek
18 December 2022
 
Team-buildingové aktivity jsou skoro stejně tak důležité jako ty vědecké, takže jsme si před vánočními prázdninami i my vyšetřili chvilku na společnou oslavu, posezení u vínečka a přátelské popovídání.
 
 
 
 



TEAM-BUILDING
 
Návštěva Znojma a jeho krásných sklípků
16 – 18 – September 2022
 
Teambuilding ve Znojmě přinesl spoustu zábavy a posílil týmového ducha při různých aktivitách. Krásy jihomoravského města jsme si užili naplno.
 
 
 
 


KONFERENCE
 
29. kongres Československé společnosti mikrobiologické
15 – 17 September 2022
Brno, Czech Republic
 
Účastnice Bára Křížkovská, Daniela Brdová a Jitka Viktorová prezentovaly jejich dosavadní práci na významném kongresu, který poskytl vynikající příležitost pro výměnu znalostí a navázání spolupráce s předními odborníky v oboru mikrobiologie.
 
 


KONFERENCE
 
34th AICC Annual Conference „Organoids models of human diseases“
1 – 3 December 2022, Neapol, Italy
 
Fakt, že testování látek na buňkách adherovaných k Petriho miskám, které jsou v ideálních podmínkách, není ideálním modelem řady onemocnění, si moc dobře uvědomujeme. Proto se Tom se Simčou vyrazili vzdělávat do Itálie a porovnat naše přístupy s evropskou elitou v oboru.
 


KONFERENCE 
 
5th International Caparica Conference in Antibiotic Resistance – IC2AR 2022
04 – 08 September 2022, Costa de Caparica, Lisboa, Portugal
 
Daniela Brdová reprezentovala naší laboratorní skupinu účastí na konferenci o antibiotické rezistenci, kde odborníci sdíleli své nejnovější poznatky a diskutovali o řešení jedné z největších výzev moderní medicíny.
 
 
 
 


KONFERENCE
COST Action CA17104 STRATAGEM – 5th Annual Conference In Coimbra
29 June – 1 July 2022, Coimbra, Portugal
Pravidelné setkání konsorcia COST akce zaměřené na lékovou rezistenci nádorů se letos za naší skupinu zúčastnil Tom, Ondra a Denča. Všichni tři reprezentovali své výsledky formou posterového sdělení a Ondrův poster byl hodnocen jako druhý nejlepší na celé konferenci. Velká gratulace!
 


                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 78110
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/rezistence/aktuality
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [78329] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [barva_pozadi] => fialova
                                    [uslideru] => false
                                    [text] => 

vedoucí skupiny
doc. Ing. Jitka Viktorová, Ph.D
postdoci
Ing. Simona Dobiasová, Ph.D.
Ing. Bára Křížkovská, Ph.D.

doktorandi
Ing. Daniela Brdová
Ing. Ondřej Strnad
Ing. Tomáš Nejedlý
Ing. Anna Ludvíková
Ing. Emílie Kučerová
Ing. Petra Třešňáková
Ing. Jan Špaček

magisterští studenti
Bc. Dominika Mrázková
Bc. Markéta Čechová
Bc. Jan Janoušek
absolventi
Ing. Denisa Kučerová
Ing. Kristýna Klementová
Ing. Tereza Veverková
Ing. Markéta Kutilová
Ing. Pavla Kočková
Ing. Jakub Musil
                                    [iduzel] => 78329
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => infobox
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                            [78111] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [seo_title] => Členové
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 

Laboratoř bakteriální a nádorové rezistence
Home      Projekty      Publikace      Vybavení      Členové      Aktuality


DOC. ING. JITKA VIKTOROVÁ, PH.D.

Vedoucí skupiny
  
Během magisterského studia se věnovala přípravě transgenních rostlin využitelných pro fytoremediace, svůj doktorát věnovala rekombinantní produkci látek pro medicinální účely pod vedením prof. Martiny Mackové a prof. Tomáše Macka. Postdok strávila ve skupině prof. Tomáše Rumla, kde se věnovala zavedení vysokokapacitních metod pro bioprospekci. Své široké metodologické zázemí a schopnost navazovat spolupráce se nyní snaží uplatnit při etablování vědecké skupiny zaměřené na řešení antibiotické krize hledáním nových antibiotických a chemoterapeutických adjuvans.
  
„The future belongs to those who believe in the beauty of their dreams“ Eleanor Roosevelt
 
Curriculum vitae
 
 
  
   
 


ING. BÁRA KŘÍŽKOVSKÁ, Ph.D.

Téma dizertační práce: Inhibice efluxních pump rezistentních bakteriálních kmenů
 
V rámci doktorského studia se věnovala zejména hledání sloučenin schopných inhibovat efluxní pumpy u rezistentních bakteriálních kmenů s použitím semi-automatických metod využívajících EtBr jako fluorescenčního substrátu.
Dále se věnuje měření inhibice tvorby bakteriálních biofilmů a antibakteriálnímu testování všeobecně.
 
Stáže a kurzy:
Postgraduate course Antimicrobial Susceptibility Testing with EUCAST Criteria and Methods v Tallinnu, Estonsko
21st ESCMID Sumer School v Seville, Španělsko
Stáž na Universidad de Magallanes v Punta Arenas, Chile
Stáž na University of Szeged, Maďarsko
 
Metody: Testování antibakteriální aktivity; testování inhibice bakteriální adheze; měření inhibice bakteriálních efluxnich pump (akumulace a přímý eflux EtBr); detekce cytotoxicity na buněčných monovrstvách; měření genotoxicity (HPRT nebo γH2AX).
 
 
 
 
 
 
 

 ING. DANIELA BRDOVÁ

Téma dizertační práce: Mechanismy bakteriální antibiotické rezistence a jejich modulace
  
Moje dizertační práce se zaměřuje na hluboké pochopení bakteriálních mechanismů rezistence vůči antibiotikům a hledání možných způsobů, jak tyto mechanismy modulovat. Mým hlavním cílem je identifikace a charakterizace inhibitorů jednotlivých bakteriálních mechanismů rezistence, které by mohly být využity v adjuvantní terapii.
Konkrétně se věnuji stafylokokovým infekcím, které představují významný klinický problém kvůli jejich schopnosti vyvinout rezistenci k běžně používaným antibiotikům. V rámci své práce využívám širokou škálu mikrobiologických a molekulárně biologických metod.
Mým dlouhodobým cílem je přispět k vývoji efektivních strategií pro boj s antibiotickou rezistencí. Identifikací nových inhibitorů, které mohou být použity v kombinaci s existujícími antibiotiky, usiluji o zlepšení léčby rezistentních infekcí a snížení jejich výskytu.
  
Metody: testování antimikrobiální aktivity a senzitizace za využití mikrodiluční metody, izolace nukleových kyselin, polymerázová řetězová reakce (PCR) a kvantitativní PCR (qPCR) pro detekci a kvantifikaci specifických genů a pro analýzu genové exprese
  

 ING. ONDŘEJ STRNAD

Téma dizertační práce: Stanovení protizánětlivé aktivity fytokanabinoidů a jejich potenciálu v léčbě chronických zánětlivých onemocnění
  
Během svého doktorského studia se specializuji na zánětlivé a stresové odpovědi buněk. Hlavním zaměřením mého výzkumu je ateroskleróza, kterou zkoumám jako zánětlivé onemocnění cévní stěny. Ve svém výzkumu se soustředím na potenciální protizánětlivá léčiva, zejména fytokanabinoidy. Kromě toho se věnuji studiu signálních drah NFκB a Nrf2, které jsou klíčové pro regulaci buněčné odpovědi na stres a zánět.
  
Stáže a kurzy: Stáž na Universidad de Magallanes v Punta Arenas, Chile
  
Metody: ELISA, reportérové testy, transfekce, Western blot, příprava imunolipozomů pro cílení nádorových buněk
 
 
 
 


ING. TOMÁŠ NEJEDLÝ

Téma dizertační práce: Zavedení nových modelů pro testování mnohočetné lékové rezistence u nádorů
  
V naší laboratoři se věnuji hledání nových látek schopných potlačit rezistentní fenotyp nádorových buněk a zvýšit tak jejich citlivost k chemoterapii. Selekce účinných sloučenin probíhá na monovrstvě buněk ze sbírky lékově rezistentních nádorových linií. Mechanismus účinku je pak studován sledováním aktivity transmembránových efluxních pump (P-gp, BCRP, MRP1 ...), exprese genů signalizačních drah zapojených do lékové rezistence (ARE, KEAP1) či buněčné reakce na oxidační stres. Dále se věnuji přípravě pokročilých 3D buněčných modelů, jenž dovolují studovat lékovou rezistenci v prostředí mimikující podmínky in vivo. Kromě sféroidů tvořených jednou buněčnou linií též zavádím nádorové modely kultivované společně se složkami mikronádorového prostředí (fibroblasty, adipocyty, endotheliální buňky, makrofágy...). Mezi připravované nejpokročilejší modely pro studium nádorové lékové rezistence pak spadá příprava organoidů derivovaných z biopsií nádorových tkání onkologických pacientů.
  
Stáže a kurzy:
Stáž na Universidad de Magallanes v Punta Arenas, Chile
Training school v oblasti 3D biotisku a modelování patofyziologických multicelulárních systémů, Davos, Švýcarsko
Pan-European Educational Platform on Multidrug Resistant Tumours and Personalised Cancer Treatment (PANDORA)
  
Metody: Testování cytotoxicity látek (monovrstva buněk, 3D buněčné modely); Modulace mnohočetné lékové rezistence nádorů (monovrstva buněk, 3D buněčné modely); Akumulace fluorescenčního substrátu; Solubilizace transmembránových proteinů SMA nanodisky; RT-qPCR; CAA (Cellular Antioxidant Activity); ORAC (Oxygen Radical Absorbance Capacity); Příprava sféroidů (hanging drop, low-attachment plates, coating wells); Příprava Patient Derived Organoids (PDOs) 
 


ING. ANNA LUDVÍKOVÁ

Téma dizertační práce: Mechanismy antibiotické rezistence u Pseudomonas aeruginosa a možnosti jejich modulace
  
Zabývám se gramnegativními bakteriemi druhu Pseudomonas aeruginosa rezistentními k antibiotikům a testuji na nich potencionální adjuvans. Zároveň klonuji jednotlivé geny způsobující antibiotickou rezistenci do bakterie Escherichia coli. Takto modifikované kmeny E. coli následně slouží pro testování antimikrobiálních látek a potenciálních adjuvans nebo k izolaci příslušných enzymů a stanovení jejich aktivity. 
  
Metody: PCR, agarosová elektorforesa, izolace nukleových kyselin, izolace a purifikace proteinů, testování antimikrobiální aktivity a senzitizace
 
 
 
 
 
 
 


ING. EMÍLIE KUČEROVÁ
Téma dizertační práce: Příprava hematoencefalické bariéry in vitro pro predikci přestupu potenciálních léčiv
  
Zabývám se přípravou modelu hematoencefalické bariéry in vitro prostřednictvím ko-kultivace třech lidských buněčných linií. Tento model bude dále vylepšen o buňky rezistentní na vybraná antiepileptika a použit pro vývoj potenciálních antiepileptik účinných u pacientů s farmakorezistentní epilepsií. Dále se věnuji přípravě modelu střevní bariéry in vitro tvořeného kromě standardních epiteliálních buněk i buňkami Gobletovými, jejichž funkcí je tvorba hlenu. 
  
Metody: práce s buněčnými liniemi a příprava modelů lidských bariér, měření transmembránového odporu, testy cytotoxicity, testy permeability látek přes bariéry, PCR, analýza STR v genomu buněk
  
 
 
 
 
 
 




ING. PETRA TŘEŠŇÁKOVÁ

 
Téma dizertační práce: Testování látek s potenciálem využití v dermokosmetickém průmyslu
 
Zabývám se přípravou modelů kůže in vitro, které mohou být využity pro testování cytotoxicity pro kožní buňky, případně mohou odhalit i protinádorový potenciál. Dále zkoumám případnou antimikrobiální aktivitu těchto látek vůči běžným kožním patogenům. Věnuji se také studiu zánětlivých procesů v kožních buňkách a zkoumám případnou antioxidační aktivitu testovaných látek. Kromě toho analyzuji vliv těchto látek na hojení ran. 
 
Metody: testování cytotoxicicty, testování antimikrobiální aktivity, CAA (Cellular Antioxidant Activity), ELISA, testování vlivu látek na hojení ran (Wound healing) 
 
 
 
 
 
 
 

ING. JAN ŠPAČEK

Téma dizertační práce: Využití metody nanopórového sekvenování k potlačení antibiotické rezistence bakterií
Během magisterského studia jsem zavedl metodu pro identifikaci látek schopných potlačovat rezistentní fenotyp bakterií a obnovit tak účinnost konvenčních antibiotik. Také jsem se naučil pracovat s metodou nanopórového sekvenování, včetně vyhodnocování a práce s výsledky. Právě tuto metodu bych chtěl v doktorském studiu využít ke studiu genů rezistence v bakteriích včetně jejich transkripce a následně získané informace využít k hlubšímu pochopení antibiotické rezistence.
Metody: sekvenace genomu a transkriptomu bakterií technologií Oxford Nanopore, izolace a transformace bakteriálních plasmidů,  stanovení minimální inhibiční koncentrace antibiotik mikrodiluční metodou, metoda pro identifikaci antibiotických adjuvans
 
 

BC. JAN JANOUŠEK 

Laboratorní technik
 
Starám se o chod laboratoře, aby byly připravené a doplněné věci potřebné k práci. Objednávám materiál, zajišťuji servis přístrojů a další záležitosti nezbytné pro chod laboratoře. Dále se starám o přípravu, odesílání a přijímání vzorků. Pasážuji buňky a provádím testy cytotoxicity s využitím různých buněčných linií.


                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 78111
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/rezistence/clenove
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [72019] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [seo_title] => Projekty
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 

Home      Projekty      Publikace      Vybavení      Členové      Aktuality

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy 
INTER-COST LUC24099
Vytvoření platformy pro vysokokapacitní testování modulátorů antibiotické rezistence pro kombinovanou (adjuvantní) terapii
Dle světové zdravotnické organizace (WHO) je stále se rozšiřující rezistence k antibiotikům globální hrozbou, které v současné době čelíme. Dle dat Evropské sítě pro dohled nad antimikrobiální rezistencí (EARS-Net) bylo v roce 2022 reportováno až 42 % izolátů P. aeruginosa rezistentních k aminoglykosidům (Rumunsko), v ČR pak 17 % rezistentních izolátů k aminoglykosidům. Multirezistentních, tedy rezistentních alespoň ke třem třídám antibiotik, bylo reportováno až 54 % veškerých izolátů (Rumunsko) a 21 % izolátů v ČR. Přes vzrůstající rezistenci je však nových antibiotik schvalováno jen velmi málo a nejčastěji se jedná pouze o modifikace stávajících chemických struktur působících stejným mechanismem jako výchozí antibiotika, ke kterým je již rezistence popsaná. Rychlost objevování nových antibiotik tak zůstává pozadu vůči rozvoji antibiotické rezistence a v souladu s Akčním plánem Národního antibiotického programu České republiky (AP NAP, cíl VI) je nutné hledat nové strategie v boji s patogenními bakteriemi.
Jedním z takovýchto nových přístupů boje s rezistencí je adjuvantní terapie, která kombinuje stávající (neúčinná) antibiotika s inhibitory mechanismu, kterým bakterie dané antibiotikum eliminuje. Cílem tohoto projektu je nalezení nových inhibitorů, které by mohly sloužit jako adjuvans pro kombinovanou terapii rezistentních pseudomonádových infekcí.


Národní agentura pro zemědělský výzkum (NAZV) 
Národní agentura pro zemědělský výzkum (NAZV) 
QL24010123
Poruchy reprodukce prasat - zátěž chovů škodlivými látkami
VŠCHT Praha – Ústav analýzy potravin a výživy – prof. Ing. Jana Pulkrabová, Ph.D.
Výzkumný ústav živočišné výroby, v. v. i.; PLEMENÁŘSKÉ SLUŽBY a.s.; Univerzita Karlova
Cílem projektu je náhled do zátěže vybranými polutanty ve vybraných chovech prasat a testování, nakolik může tato zátěž ovlivnit reprodukci prasat. V projektu budou vyvíjeny postupy, jak nepříznivé dopady těchto polutantů potlačit. Projekt se soustředí kromě jiných polutantů na polyfluorované a perfluorované alkyly (PFAS). Ty se hojně vyskytují v životním prostředí a pro svou stabilitu jsou označovány jako „věčné chemikálie“. Připravované výrazné omezení používání PFAS v zemích EU tedy nepovede k jejich úplnému vymizení a dopady na zdraví zvířat i lidí budou ještě dlouho přetrvávat. První sonda do českých chovů prasat odhalí, jak významný problém PFAS představují v našich podmínkách. 


Operační program Jana Amose Komenského
CZ.02.01.01/00/22_008/0004597
INTER-MICRO Talking microbes – understanding microbial interactions within One Health framework
Mikrobiologický ústav AV ČR, VŠCHT v Praze, PřF UK v Praze
Nejvýznamější hráč na poli mikrobiologie v ČR spolu se dvěma tuzemskými partnery spojí síly s předními světovými výzkumnými institucemi s cílem rozklíčovat procesy, které stojí za ustanovením a vývojem mikrobiomů v různých hostitelích (rostlinách, houbách a zvířatech vč, člověka), za mechanismy výměny informací mezi mikroby a jejich hostiteli a mezi mikroby navzájem, které definují jejich roli v hostitelském zdraví a zdraví ekosystému. Výstupem budou inovativní aplikace v medicíně i ekologii.


Grantová agentura České republiky 
No. 24-10000S
Glykosylované mykotoxiny: jejich struktura, výskyt, příprava a zdravotní dopady
VŠCHT Praha – Ústav analýzy potravin a výživy – doc. Ing. Milena Stránská, Ph.D.
Mikrobiologický ústav AV ČR – Laboratoř biotransformací – prof. Ing. Vladimír Křen, Ph.D.
V potravinách a krmivech se vyskytují různé toxické látky, představující hrozbu pro lidi i zvířata. Mezi nejrozšířenější přírodní toxiny patří mykotoxiny, přičemž fusariové toxiny (T2 a HT2) jsou hlavními kontaminanty obilovin. Konjugovaným mykotoxinům v rostlinných potravinách, zejména mono-/oligoglykosidům mykotoxinů, je nyní věnována velká pozornost vzhledem k jejich předpokládané biologické dostupnosti a souvisejícím zdravotním rizikům. Cílem projektu je nejen biosyntéza těchto standardů, ale také získání relevantních informací o mikrobiální biotransformaci T2/HT2-(oligo)glykosidů a biologické dostupnosti a toxicitě těchto sloučenin.


Grantová agentura České republiky 
No. 21-00551S
Metabolity a vybrané deriváty potravinových flavonoidů - příprava a biologická aktivita
Mikrobiologický ústav AV ČR – Laboratoř biotransformací – doc. Ing. Kateřina Valentová, Ph.D.
Polyfenoly patří mezi biologicky silně aktivní složky potravin a potravinových doplňků. Aktivní složkou mnoha nutraceutických přípravků je polyfenolový extrakt silymarin, populární hlavně díky svému hepatoprotektivnímu účinku. Ale složky silymarinu, tj. flavonoly a flavonolignany, vykazují také různé jiné biologické aktivity, z nichž mnohé dosud nebyly popsány, a nebyl odhalen mechanismus jejich účinku. V tomto projektu se zaměřujeme na opomíjené a nevyužívané komponenty silymarinu (silychristin, silydianin, 2,3-dehydroflavonolignany), jejich metabolity fáze II a selektivně modifikované (dehydratované, alkylované, halogenované nebo redukované) deriváty. Vliv modifikace struktury na biologickou aktivitu a biologickou dostupnost je zkoumána pomocí in vitro modelů. Antioxidační, protizánětlivé, protektivní účinky na buňky a modulace mnohočetné lékové resistence jsou studovány za použití živočišných a bakteriálních buněk. Výsledky rozšíří současné znalosti biologické aktivity složek silymarinu a jejich možné zlepšení selektivní modifikací.


Grantová agentura České republiky 
No. 22-20860S
Protizánětlivé účinky bioaktivních sloučenin izolovaných z Cannabis sativa L.
Institut klinické a experimentální medicíny – RNDr. Monika Cahová, Ph.D.
VŠCHT Praha – Ústav analýzy potravin a výživy – doc. Ing. Milena Stránská
Fytokanabinoidy, sekundární metabolity Cannabis sativa L., představují unikátní skupinu látek vykazujících četné zdraví prospěšné biologické účinky, včetně protizánětlivého. Subklinický zánět je přitom znám jako hlavní promotor aterosklerózy (tedy aterotrombózy), obvykle následovaný závažnými civilizačními chorobami, infarktem a mozkovou mrtvicí. Hlavním cílem tohoto projektu je izolovat čisté fytokanabinoidy z rostlin konopí a prozkoumat jejich jedinečný a kombinovaný účinek na inhibici prozánětlivých interleukinů v cytokinové signální dráze, a to pomocí systémů in vitro i in vivo. Kromě toho je testována a modifikována biologická dostupnost kanabinoidů pomocí různých nanomicelárních formulací. V neposlední řadě je studován efekt „konopné synergie“ jako interakce kanabinoidů a dalších složek přirozené matrice.


Technologická agentura České republiky
TREND, FW03010400
Bioaktivní látky z organicky produkovaných tradičních českých léčivek a plodin a vývoj nano-enkapsulovaných forem pro použití v dermatologii, kosmetice a posílení obranyschopnosti organismu
EcoFuel Laboratories s.r.o. - doc. Ing. Petr Kaštánek Ph.D.
Botanický ústav AV ČR, v. v. i. - prof. RNDr. Miroslav Vosátka CSc.
BRIKLIS, spol. s r.o. - Ing. Miroslav Medek 
PRO-BIO, obchodní společnost s r.o. - Ing. Martin Hutař 
VŠCHT Praha – Ústav analýzy potravin a výživy – prof. Ing. Jana Hajšlová CSc.
Cílem projektu je výzkum a optimalizace produkce a izolace bioaktivních látek produkovaných tradičními českými léčivými bylinami, formulace těchto izolovaných látek do vhodných aplikačních forem a in-vitro studium biologické aktivity, případně i penetrace látek buněčnými bariérami modelujícími biologickou dostupnost pro organismus, s finálním záměrem využití takto získaných přírodních účinných látek v dermatologii, nutraceutice, dermokosmetice a obecně pro posílení obranyschopnosti organismu. Bioprospekce jednotlivých extraktů či izolovaných sloučenin či frakcí položí i dostatečný informativní vědecký základ pro lékařské využití (např. zjištěné antimikrobiální aktivity, protinádorové aktivity) včetně využití publikačního potenciálu pro zúčastněná vědecká pracoviště.


Technologická agentura České republiky
NCK, TN02000109
Personalizovaná medicína: Translačním výzkumem k biomedicínským aplikacím.
Univerzita Palackého v Olomouci
Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i. 
Univerzita Karlova
Masarykova univerzita
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.,
CGB laboratoř a.s., ÚJV Řež, a. s., BIOXSYS s.r.o., MAMA AI Coolma, s.r.o., BioVendor - Laboratorní medicína a.s., CasInvent Pharma, a.s., TestLine Clinical Diagnoscs s.r.o., APIGENEX s.r.o., IntellMed, s.r.o.
 
 
 
 

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy 
LX22NPO5103
Národní institut virologie a bakteriologie
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. 
Biologické centrum AV ČR, v. v. i. 
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut 
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. 
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta 
Univerzita Palackého v Olomouci / Lékařská fakulta 
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. 
VŠCHT Praha – Ústav biotechnologie - prof. Dr. Ing. Michaela Rumlová Ph.D.

Hlavním cílem projektu je soustředit excelentní výzkumné týmy ČR v Národním institutu virologie a bakteriologie (NIVB) za účelem implementace společné výzkumné agendy v oblasti virologie, bakteriologie a vývoje antivirové a antibakteriální léčby. Národní institut virologie a bakteriologie (NIVB) si klade za cíl přinášet objevy v oblasti infekčních chorob, které zlepší lidské zdraví. Bude vyvíjet bezpečné a účinné antivirové a antibakteriální léčebné postupy a připravovat platformy pro budoucí objevování a vývoj léčiv proti virům a bakteriím s pandemickým potenciálem. Navzdory desetiletím výzkumu není stále k dispozici očkování a léčba proti mnoha infekčním chorobám. Význam a naléhavou potřebu nových léčebných prostředků dokládají negativní zdravotní a ekonomické dopady infekčních onemocnění. Vývoj nových terapeutik vyžaduje základní pochopení mechanismů, které umožňují patogenům infikovat buňky a způsobit onemocnění, z nichž mnohé jsou stále nedostatečně prozkoumány. Základní a klinický výzkum virů a patogenních bakterií je nezbytný pro lepší pochopení a vývoj terapeutických reakcí na procesy, kterými patogeny způsobují onemocnění, jak unikají imunitnímu systému a jak odolávají léčbě. . NIVB proto bude usilovat o špičkový výzkum v oblastech (1) interakcí mezi patogeny a hostiteli, (2) imunity proti virům a bakteriím a (3) léčby virových a bakteriálních infekcí. Díky práci s patogeny, které jsou relevantní pro současnou klinickou praxi, a také s nově se objevujícími viry a bakteriemi budou výzkumné skupiny institutu schopny poskytnout odborné znalosti a vybavení pro studium nových patogenů, které by se v budoucnu mohly rozšířit mezi lidskou populaci. NIVB se tak v tomto ohledu stane národní autoritou a znalostním partnerem pro orgány veřejné správy.


European Cooperation in Science and Technology 
COST Action 21145
European Network for diagnosis and treatment of antibiotic-resistant bacterial infections (EURESTOP)
Výskyt a šíření bakterií odolných vůči lékům je významnou zdravotní a socioekonomickou hrozbou s globálními rozměry, která se vyvíjí směrem k nouzové/pandemické krizi. Nejsou k dispozici žádné léky, které by nemoc řešily, a diagnostické nástroje jsou málo účinné. To negativně ovlivňuje léčbu a přežití kriticky nemocných pacientů. Bakterie odolné vůči lékům se tak mohou šířit mimo nemocniční prostředí, což představuje kritické riziko pro globální populaci. Současný výzkum v této oblasti je značně fragmentovaný a většinou monodisciplinární, což omezuje vývoj inovativních diagnostických a terapeutických řešení.
 
 

European Cooperation in Science and Technology 
COST Action 21145
New diagnostic and therapeutic tools against multidrug resistant tumors (STRATAGEM)
Až 70 % solidních nádorů je při diagnóze rezistentních: to znamená špatnou kvalitu života a špatnou prognózu pro pacienty, vysoké náklady na řízení pro evropské systémy zdravotní péče. Tato akce se snaží zlepšit diagnostiku a léčbu pacientů s nádory MDR a snížit náklady na jejich léčbu.
Tato akce vybuduje první multidisciplinární síť, včetně akademických laboratoří, výzkumných ústavů, malých a středních podniků (MSP), se širokou škálou vynikajících a nepřekrývajících se odborných znalostí, jejímž cílem je současně zlepšit diagnostiku a terapii multirezistentních ( MDR) solidní nádory.
  
 


Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy 
INTER-COST LTC19007
Testování nových látek s potenciálem modulace resistence u mnohočetně-lékově rezistentních kmenů
Knihovna látek - izolovaných z přírodních zdrojů, syntetizovaných de novo nebo poskytnutých partnery (v rámci spolupráce při řešení Akce CA17104) s potenciálem inhibovat mnohočetnou lékovou rezistenci, bude testována na rezistentních kmenech zahrnujících jak bakteriální, tak nádorové buněčné modely. Speciální pozornost bude věnována inhibici transmembránových přenašečů sloužících k mezibuněčné komunikaci (quorum sensing), jejichž aktivace vede k expresi virulentních faktorů či tvorbě biofilmů a přenašečů sloužících jako efluxní pumpy léčiv (např. methicillin, doxorubicin). Cílem tohoto projektu je příprava databáze látek modulujících aktivitu transmembránových přenašečů zodpovědných za mnohočetnou lékovou rezistenci nádorových buněk a bakteriálních kmenů. Tyto látky pak mohou být přímo využity ve farmaceutickém nebo dermokosmetickém průmyslu či mohou sloužit jako templáty pro molekulární modelování a cílený design modulátorů.


Technologická agentura České republiky
Zeta, TJ02000372
Biologicky aktivní látky mikrořas a kmenových buněk rostlin pro využití v kosmetickém průmyslu
Cílem projektu je výzkum a optimalizace produkce a izolace bioaktivních látek produkovaných vybranými mikrořasami, kalusovými či suspenzními kulturami rostlinných buněk, formulace těchto izolovaných látek do vhodných aplikačních forem a in-vitro studium penetrace látek pokožkou, modelující biologickou dostupnost pro organismus, s finálním záměrem využití takto získaných přírodních účinných látek v dermatologii či dermokosmetice. Výzkum a screening biologických aktivit jednotlivých extraktů, olejů, nanoemulzí a liposomů z mikrořas a suspenzních kultur rostlin položí i dostatečný informativní vědecký základ pro lékařské využití (př. zjištěné antimikrobiální aktivity) včetně využití publikační potenciálu pro zúčastněná vědecká pracoviště. 
 
 
 

  
 


Visegrad Fund
No. 22010090
Modulation of multidrug resistance and posttreatment regeneration stimulated by natural compounds
Comenius University in Bratislava, Faculty of Medicine – doc. Ing. Helena Gbelcová, Ph.D.
University of Szeged – assoc. prof. Dr. Gabriella Spengler, Ph.D.
Léková rezistence hraje stále větší roli v úspěšnosti léčby bakteriálních infekcí a solidních nádorů. Hlavním omezením účinnosti chemoterapie je fenotyp multidrug rezistence (MDR), mnohočetná rezistence vůči různým protinádorovým lékům.Hledání inhibitorů efluxních pump může výrazně zvýšit účinnost běžně používaných protirakovinných léků a antibiotik. Naším cílem je nalézt takové látky v rostlinných extraktech, frakcích a purifikovaných sloučeninách nebo mezi de novo syntetizovanými nebo modifikovanými sloučeninami pomocí ověřených metod. Tento projekt se snaží zlepšit léčbu pacientů s MDR nádory a snížit náklady na jejich léčbu. Za druhé, projekt si klade za cíl zvýšit úroveň výzkumu visegrádského regionu v oblasti MDR.
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 72019
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/rezistence/projekty
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [78109] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [seo_title] => Vybavení
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 

Home      Projekty      Publikace      Vybavení      Členové      Aktuality

TESTY MODULACE MDR

 
Testy modulace MDR identifikují látky zvyšující citlivost nádorových buněk na léčbu. Tyto testy zkoumají různé mechanismy rezistence, jako jsou efluxní pumpy, apoptotické dráhy a metabolismus buněk. Typické přístupy zahrnují kombinační testy s chemoterapeutiky, inhibitory efluxních pump, modulátory apoptózy a metabolismu. Testy modulace MDR jsou klíčovým nástrojem pro identifikaci nových léčivých kombinací a personalizovanou medicínu v boji proti nádorové rezistenci.
 
Přístrojové vybavení: Automatizovaná pipetovací stanice Biomek FX Laboratory Workstation (Beckman Coulter Life Sciences, USA)
 
 
 
 
 


AKUMULAČNÍ TESTY
Akumulační testy jsou laboratorní metody používané k testování aktivity efluxních pump v buňkách. Efluxní pumpy jsou transportní proteiny, které aktivně odstraňují látky, jako jsou toxiny nebo léky, z buněk. Tyto testy využívají fluorescenční sloučeniny k posouzení funkčnosti těchto pump. V naší laboratoři se věnujeme studiu aktivity efluxních pump P-glykoprotein a BCRP.
 
Přístrojové vybavení: Automatická počítačka buněk Cellometer Luna-II (Logos biosystems, Jižní Korea)
  
 
 
 
 


WESTERN BLOT

Western blot je laboratorní technika používaná k detekci specifických proteinů ve vzorku. Proteiny jsou nejprve děleny podle velikosti pomocí gelové elektroforézy, poté přeneseny na membránu. Na membránu se aplikují specifické protilátky, které se vážou na cílový protein, a následně se detekují pomocí enzymu spojeného se sekundární protilátkou. Výsledný signál se vizualizuje, což umožňuje identifikaci a kvantifikaci cílového proteinu.
 
 
 
 


ELISA
 
ELISA (enzyme-linked immuno sorbent assay) je analytická metoda využívaná ke kvantitativnímu stanovení různých antigenů. Principem metody je vysoce specifická interakce antigenu a protilátky, přičemž na jednoho z těchto partnerů je kovalentně navázán enzym (nejčastěji peroxidáza nebo alkalická fosfatáza). Enzym katalyzuje chemickou přeměnu substrátu, který je přidán do reakční směsi, na produkt, který je barevný. Stanovuje se pak spektrofotometricky.
 
Přístrojové vybavení: promývačka HydroSpeed (Tecan, Švýcarsko), čtečka mikrotitračních destiček Infinite F Nano+ (Tecan, Švýcarsko)
 



CYTOTOXICITA
 
Pro sledování toxicity jsou využívány buněčné linie odvozené od lidských tkání, nejčastěji se jedná o dermální fibroblasty či keratinocyty pro látky určené pro dermální aplikace a ledvinové buňky pro perorální aplikace. 
Protinádorová aktivita je následně sledována jako poměr cytotoxicity vůči kontrolní buněčné linii a vůči nádorové buněčné linii. Díky bohaté národní i mezinárodní spolupráci disponuje laboratoř bohatou sbírkou nádorových buněčných linií rezistentních k chemoterapeutikům, proto je možné sledovat i kolaterální senzitivitu, tedy zvýšenou cytotoxicitu látek vůči lékově-rezistentní v porovnání s lékově-senzitivní buněčné linii.
Cytotoxicita je obvykle sledována pomocí standardní resazurinové metody založené na metabolické aktivitě buněk, kdy živé buňky metabolizují resazurin na fluorescenční produkt.
 
 
 

Přístrojové vybavení: multimodální čtečka mikrotitračních destiček SpectraMax i3x MiniMax (Molecular Devices, USA), dávkovač kapalin a buněk Dispenzor (BioTech, USA)
 
 
  
 


LUCIFERÁZOVÉ REPORTÉROVÉ TESTY
 
Luciferázové reportérové testy jsou laboratorní techniky používané k měření genové exprese a studiu promotorových aktivit. Využívají enzym luciferázu, který po přidání substrátu katalyzuje reakci vedoucí k emisi světla. Světelný signál je kvantifikován luminometrem, což poskytuje informace o aktivitě konkrétního promotoru nebo genové exprese. Tyto testy se používají ke studiu promotorových aktivit, signalizačních drah a zkoumání genové regulace. V naší laboratoři se věnujeme promotorům spojených s transkripčními faktory NFκB, Nrf2 a p53.
 
Přístrojové vybavení: inkubátory s řízenou teplotou a atmosférou s CO2 (Memmert, Německo; ThermoFisher Scientific, USA), laminární boxy (BioAir, Španělsko)
  
 
 
 


POLYMERÁZOVÁ ŘETĚZOVÁ REAKCE (PCR) 
 
Polymerázová řetězová reakce (PCR) je metoda používaná k amplifikaci specifických úseků DNA. Proces zahrnuje tři kroky: denaturaci DNA, nasednutí primerů a elongaci cíleného úseku, tyto kroky se v několika cyklech opakují. Tato metoda umožňuje rychle a přesně vytvářet velké množství kopií DNA i z malého počátečního vzorku. Využívá se při klonování, identifikaci, produkci proteinů a dalších molekul. Druhá generace této metody – kvantitativní PCR s templátem komplementární DNA k původní RNA (RT-qPCR) umožňuje kvantifikovat transkripci různých bakteriálních i nádorových genů, zejména pak efluxních pump.
 
Přístrojové vybavení: termocyklér CFX96 (Bio-Rad, USA), pipetovací stanice OT-2 (Opentrons, USA)
  
 
 
 


AGARÓZOVÁ ELEKTROFORÉZA 
 
Agarózová elektroforéza je metoda používaná k separaci biomolekul (DNA, RNA), podle jejich velikosti a náboje. Vzorky napipetované do jamek v agarózovém gelu jsou poháněny elektrickým polem skrz gel směrem k pozitivně nabité elektrodě. Menší molekuly procházejí póry v gelu rychleji než větší molekuly, což vede k jejich separaci podle velikosti. Pomocí specifických barviv následně dochází k vizualizaci vzorků v gelu (elektroforeogram), z něhož lze určit např. velikost biomolekuly. Využívá se pro kontrolu PCR a určení velikosti biomolekul.
 
 
 


MIKRODILUČNÍ METODA
 
Mikrodiluční metoda (ISO 20776-1) je kvantitativní laboratorní metoda vyjadřující citlivost mikroorganismů k antimikrobiálním látkám. V mikrotitračních destičkách se připraví řada ředění testované látky, do nichž se přidá standardizované množství mikroorganismů. Po inkubaci se hodnotí nárůst mikroorganismů v jednotlivých jamkách. Tato metoda je vhodná pro určení minimální inhibiční koncentrace (MIC), pro stanovení účinnosti antibiotik a dalších antimikrobiálních látek.
 
Přístrojové vybavení: Elektronické pipety (Eppendorf, ČR)
    


TRANSFORMACE BUNĚK ESCHERICHIA COLI PLASMIDEM NESOUCÍ GEN REZISTENCE K ANTIBIOTIKŮM
 
Pomocí PCR a Gibsson Assembly je připraven plasmid nesoucí gen rezistence (nejčastěji gen pro destruktasy) in vitro. Takto připravený plasmid je pomocí tepelného šoku transformován do buněk E. coli. Takto připravená kultura je následně využita pro hledání inhibitorů mechanismu rezistence a potenciálních adjuvans.
 
 
Přístrojové vybavení: Thermomixer (LAB MARK a. s., ČR), T-Personal Thermocycler (BioTech, USA)
  
 
 
  


IZOLACE A PURIFIKACE REKOMBINANTNÍHO PROTEINU
 
Transformované buňky E. coli jsou dezintegrovány a supernatant získaný po odstředění je přečištěn pomocí afinitní chromatografie (nejčastěji na bázi Ni-NTA). Afinitní chromatografie na bázi Ni-NTA využívá specifickou vazbu histidinem značených proteinů (His-tagged proteins) k nikelnatým iontům imobilizovaných na agarose. Proteinový extrakt se aplikuje na kolonu, kde jsou proteiny s histidinovou kotvou imobilizovány, zatímco nečistoty prochází kolonou. Eluce takto značených proteinů se provádí pomocí imidazolu, který kompetuje s histidinovými rezidui o vazbu na nikelnaté ionty. Výsledkem je čistá izolace cílených proteinů z komplexní směsi. Proteiny (destruktasy) jsou dále využívány k měření enzymatické aktivity a hledání vhodných inhibitorů.
 
 
 
 
 


PŘÍPRAVA MODELŮ TĚLNÍCH BARIÉR IN VITRO 
 
Modely tělních bariér in vitro jsou připravovány za účelem testování přestupu různých látek, od potravinových doplňků až po potenciální léčiva. Současně jsou pokročilejším modelem pro studium fyziologických procesů jako je například rezistence na léčiva nebo zánětlivé procesy. Zaměřujeme se zejména na modely hematoencefalické bariéry, střevní bariéry a dále na oční rohovku. Tyto modely jsou připravovány kultivací více buněčných typů najednou na transwellových insertech v různém uspořádání tak, aby výsledný systém co nejvíce napodoboval situaci in vivo. Buňky jsou na insertech kultivovány do vytvoření vrstev s těsnými spojeními, což se projeví vzrůstem elektrického odporu.
 
Přístrojové vybavení: Millicell ERS-2 Epithelial Volt-Ohm Meter (Merck Millipore, USA)
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 78109
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/rezistence/vybaveni
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 69016
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/rezistence
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => stranka
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 1
                        )

                )

            [29796] => stdClass Object
                (
                    [nazev] => Laboratoř bioafinitních technik
                    [seo_title] => Laboratoř bioafinitních technik
                    [seo_desc] => 
                    [autor] => 
                    [autor_email] => 
                    [obsah] => 
Naše skupina se dlouhou řadu let věnuje vypracovávání a aplikacím metod využívajících bioafinitní interakce molekul k jejich identifikaci, kvantifikaci popř. separaci.

VÝVOJ DETEKČNÍCH SYSTÉMŮ

V první řadě se zabýváme vývojem detekčních systémů pro stanovení nízkomolekulárních i vysokomolekulárních látek. Jedná se o jednoanalytové nebo multianalytové imunochemické metody ELISA (z angl. Enzyme Linked Immunosorbent Assay), popř. LFIA (z angl. Lateral Flow Immunoassay). U těchto metod se využívá existence nekovalentních (nevazebných) interakcí. Jedná se především o interakce typu antigen-protilátka, biopolymer-pevný povrch, avidin-biotin aj. V posledních letech se soustředíme především na aplikaci imunochemických technik pro detekci a stanovení kontaminantů životního prostředí (např. pesticidů), analytů z klinické biochemie (např. anabolika, drogy), isoflavonoidů, mikroorganismů (Listeria monocytogenes, rod Cronobacter), jejich produktů (enterotoxiny Staphylococcus aureus).
Aktuálně řešené projekty
Detekce anabolických androgenních steroidů (AAS) ve vzorcích potravin



vývoj rychlých a jednoduchých metod, jež by umožnily spolehlivě odhalit AAS v doplňcích stravy

Anabolické androgenní steroidy jsou syntetické deriváty testosteronu. V dnešní době jsou využívány nejen v lékařství na podporu léčebných postupů, ale i ve sportu jako nepovolený doping na podporu rychlého nárůstu svalové hmoty a celkového zesílení organismu. Volný prodej těchto látek je zakázaný, přesto se mohou nelegálně dostat do prodeje například ve formě doplňků stravy, aniž je to uvedeno na etiketě obalu. Toto jednání ohrožuje především zákazníky, kteří kupují produkt bez deklarovaného obsahu anabolik, a tudíž tyto látky užívají nevědomky.
Detekce nových psychoaktivních drog (NPS, z angl. New Psychoactive Substances) 

vývoj imunochemických metod pro detekci syntetických kanabinoidů nebo tryptaminů v biologických tekutinách

NPS jsou syntetizovány jako strukturní analoga nebo chemické deriváty již zákonem kontrolovaných látek. Důvodem je snaha výrobců a distributorů obejít stávající legislativní normy, v nichž jsou omamné a psychotropní látky vymezeny obvykle taxativně. 


STUDIUM BAKTERIÍ RODU CRONOBACTER

Další neméně zajímavou oblastí našeho zájmu jsou bakterie rodu Cronobacter, oportunní patogeny vyvolávající život ohrožující infekce převážně u novorozenců a jedinců s oslabenou imunitou. Tyto mikroorganismy studujeme od jejich základních vlastností až po interakce s hostitelským organismem. Používané metody zahrnují celou řadu přístupů; např. izolaci a přečistění buněčných frakcí a proteinů, PCR, RFLP, MLST, hmotnostní spektrometrii, práci s databázemi a tkáňovými kulturami.  
Aktuální řešené projekty
Zkoumání bakterií rodu Cronobacter


detailní charakterizace a přesná identifikace

Bakterie rodu Cronobacter jsou velmi rozmanité ve svých vlastnostech a schopnostech. Tato pestrost způsobila překotný vývoj jejich taxonomie a pro nás představuje stále nové výzvy v jejich přesné identifikaci a klasifikaci. Používáme zejména metody molekulární biologie PCR a MLST a hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF/TOF. 

mezidruhová variabilita

V současnosti rod Cronobacter zahrnuje sedm druhů. Podle prohlášení Světové zdravotnické organizace (WHO, 2008) je na celý rod nahlíženo jako na patogenní organismy, i když podle epidemiologických studií jsou s infekcemi spojovány převážně druhy C. sakazakii a C. malonaticus. Je tedy zajímavé sledovat rozdíly ve vlastnostech a chování jednotlivých druhů a pokusit se hledat souvislosti s mírou patogenity.

interakce rodu Cronobacter s buněčnými liniemi

V literatuře již byly popsány některé faktory virulence, nicméně proces patogeneze stále není zcela objasněn. Zejména exprese proteinů v hostitelském prostředí není téměř vůbec zmapovaná. Identifikace kmenů schopných adheze a invaze do lidských buněčných linií a sledování těchto interakcí by bylo prvním krokem k následnému studiu virulentních proteinů, které jsou patogenem exprimovány přímo v hostiteli.
  

identifikace faktorů virulence u patogenních zástupců rodu Cronobacter


Cílem této části práce je nalézt proteiny, které jsou unikátní pro patogenní druhy. Je velmi pravděpodobné, že se jedná o faktory virulence a jejich identifikace by přispěla k pochopení a popisu patogeneze. Dále by tyto proteiny mohly být použity pro vývoj imunochemických metod. Tyto metody vynikají svojí rychlostí a nízkou cenou a byly by dobrým nástrojem pro detekci patogenních druhů Cronobacter.
Proteiny jsou izolovány z různých buněčných frakcí, charakterizovány prostřednictvím SDS-PAGE a identifikovány pomocí LC-ESI-Q-TOF MS. Při hledání vhodných proteinů pro imunochemickou detekci je využívána imunomagetická separace.


 
Vybrané publikace
Novotný J., Svobodová B., Šantrůček J., Fukal L., Karamonová L.: Membrane proteins and proteomics of Cronobacter sakazakii cells: Reliable method for identification and subcellular localization. Appl Environ Microbiol  88 (9), e02508-21, pp 1-17, 2022; IF 5,005; Q2; OA
Holubová B., Kubešová P., Huml L., Vlach M., Lapčík O., Jurášek M., Fukal L.: Tailor-made immunochromatographic test for the detection of multiple 17 alpha-methylated anabolics in dietary supplements. Foods 10 (4), 741, 2021; IF 4,350, Q1, OA
Huml, L.; Havlova, D.; Longin, O.; Stankova, E., Holubova, B., Kuchar, M.; Prokudina, E.; Rottnerova, Z.; Zimmermann, T.; Drasar, P.; Lapcik, O.; Jurasek, M., Stanazolol derived ELISA as a sensitive forensic tool for the detection of multiple 17α-methylated anabolics. Steroids 2020, 155, 108550. IF 2.317, Q4
Arnoštová, J.; Arnoštová, L.; Holubova, B., Vysoká přesnost analýzy v klinické biochemii – nutnost, či nikoliv? Přehled ilustrující problematiku na příkladu stanovení kortizolu v biologických vzorcích. Chem Listy 2020, 114 (5), 349-354. IF 0.326, Q4
Šuláková, A., Fojtíková, L., Holubová, B., Bártová, K., Lapčík, O., Kuchař, M. Two immunoassays for the detection of 2C-B and related hallucinogenic phenethylamines.: J. Pharmacol.Toxicol 2019, 95, 36-46. 
Holubová, B., Mikšátková, P., Kuchař, M., Karamonová, L., Lapčík, O., Fukal, L. (2019): Immunochemical techniques for anabolic androgenic steroid – matrix effects study for food supplements. Eur. Food Res. Technol. 2019, 245, 1011-1019.
Karamonová L., Holubová B., Jelínková A., Novotný J., Svobodová B. Stafylokokové enterotoxiny – superantigeny schopné ošálit imunitní systém. Chem Listy 2019, 113(11), 668-674.
Fojtíková L., Holubová B., Kuchař M., Lapčík O., Maryška M., Šuláková A. Tryptamine derivates having short linking bridge bearing carboxy functional group, and chemical processes for preparing the compounds useful for preparing immunogens by conjugation with the carrier protein. CZ Patentový spis 307719-B6, 2019.
Vlach J, Javůrková B, Karamonová L, Blažková M, Fukal L: Novel PCR-RFLP system based on rpoB gene for differentiation of Cronobacter species. Food Microbiol 2017, 62, 1-8.
Svobodová B, Vlach J, Junková P, Karamonová L, Blažková M, Fukal L: Novel method for the reliable identification of Siccibacter and Franconibacter strains: From ‘pseudo-Cronobacter’ to new Enterobacteriaceae genera. Appl Environ Microbiol  2017, 83(13), e00234-17.  
Fojtíková L, Fukal L, Blažková M, Sýkorová S, Kuchař M, Mikšátková P, Lapčík O, Holubová B: Development of enzyme-linked immunosorbent assay for determination of boldenone in dietary supplements. Food Anal Methods 2016, 9(11), 3179-3186.
Svobodová B, Vlach J, Junková P, Karamonová L, Blažková M, Fukal L: Novel method for the reliable identification of Siccibacter and Franconibacter strains: From ‘pseudo-Cronobacter’ to new Enterobacteriaceae genera. Appl Environ Microbiol  2017,  83(13), e00234-17. 
Jurášek M, Göselová S, Mikšátková P, Holubová B, Vyšatová E, Kuchař M, Fukal L, Lapčík O, Drašar P: Highly sensitive avidin-biotin ELISA for detection of nandrolone and testosterone in dietary supplements. Drug Test Analysis 2017, 9(4) 553-560.
Blažková M, Javůrková B, Vlach J, Göselová S, Karamonová L, Ogrodzki P, Forsythe S, Fukal L: Diversity of O-antigens within the genus Cronobacter: from disorder to order. Appl Environ Microbiol 2015, 81, 5574-5582.
Karamonová L, Junková P, Mihalová D, Javůrková B, Fukal L, Rauch P, Blažková M: The potential of matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry for the identification of biogroups of Cronobacter sakazakii. Rapid Commun Mass Spectrom 2013, 27(3), 409-418.
Holubová B, Göselová S, Ševčíková L, Vlach M, Blažková M, Lapčík O, Fukal L: Rapid Immunoassays for Detection of Anabolic Nortestosterone in Dietary Supplements. Czech J Food Sci 2013, 31(5), 514–519.
Blažková, M., Javůrková, B., Fukal, L., Rauch, P.: Immunochromatographic strip test for detection of genus Cronobacter. Biosens Bioelectron 2011, 26(6): 2828-2834. ISSN 0956-5663.
Lidé a kontakty
vedoucí skupiny:
prof. Ing. Ladislav Fukal, CSc.
odborní asistenti:
doc.Ing. Barbora Holubová, Ph.D.
Ing. Ludmila Karamonová, Ph.D.
doc. Ing. Martina Krausová, Ph.D.
Ing. Barbora Svobodová, Ph.D.
doktorandi:
Ing. Jiří Novotný
Ing. Anna Jelínková
technický personál:
Hana Benadová

                    [urlnadstranka] => 
                    [ogobrazek] => 
                    [pozadi] => 
                    [poduzel] => Array
                        (
                        )

                    [iduzel] => 29796
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/bioaftek
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => stranka
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 1
                        )

                )

            [29797] => stdClass Object
                (
                    [nazev] => Laboratoř biochemie proteinů s technologickým potenciálem
                    [seo_title] => Laboratoř biochemie proteinů s technologickým potenciálem
                    [seo_desc] => 
                    [autor] => 
                    [autor_email] => 
                    [obsah] => 
Domů  Projekty  Publikace

Proteiny hrají významnou roli v živém světě. Jejich rozmanitost je obrovská a fascinující. V naší laboratoři se zabýváme komplexním studiem proteinů. Zajímá nás především vztah mezi strukturou a katalytickou aktivitou enzymů, hledáme nové proteiny, se zajímavými vlastnostmi, optimalizujeme produkci rekombinantních proteinů a vyvíjíme nové metody molekulárního modelování s cílem simulovat pomalé a výpočetně náročné děje, jakými jsou například sbalování proteinů nebo interakce proteinů s ligandy.
 
Aktuálně řešené projekty
Molekulární modelování
Pomocí počítačových simulací je možné studovat dynamické chování proteinů, sacharidů a dalších biomolekul a jejich komplexů. Zásadní nevýhodou těchto metod je jejich výpočetní náročnost. Kvůli ní je možné simulovat pouze nano- nebo mikrosekundová měřítka. Abychom mohli studovat děje, které probíhají v delších časových měřítkách, je nutné použít speciální simulační metody. V naší skupině používáme metadynamiku a další metody a snažíme se přispět k jejich rozvoji, například zapojením umělých neuronových sítí.

 
Chladově aktivní enzymy
Enzymy z organismů žijících v permanentně chladných prostředích (např. horské a polární oblasti) mají významně vyšší aktivitu při nízkých teplotách ve srovnání s enzymy z meso- a termofilních zdrojů. Tato vlastnost z nich činí zajímavé biokatalyzátory pro aplikace při nízkých teplotách. V naší skupině studujeme chladově aktivní glykosidasy (konkrétně chitinasy, celulasy, amylasy a β-galaktosidasy), které mají potenciál při využití v papírenském, potravinářském nebo farmaceutickém průmyslu.



 
Enzymy s terapeutickým potenciálem
Asparaginasy nalezly uplatnění v medicíně při léčbě akutní myeloidní leukémie. Využívá se zde jejich přirozené schopnosti štěpit L-asparagin, který následně schází nádorovým buňkám, v důsledku čehož je zastavena biosyntéza proteinů a dochází k apoptóze. Zdravé buňky jsou schopné si L-asparagin syntetizovat díky přítomnosti L-asparaginsynthetasy, a proto tímto typem léčby nejsou zasaženy. V současné době jsou v praxi využívány preparáty obsahující rekombinantní L-asparaginasu z bakterií E. coli a Dickeya dadantii, nicméně aplikace obou těchto preparátů s sebou nese řadu komplikací, a proto je nutné hledat jiné zdroje L-asparaginas s vhodnějšími vlastnostmi pro klinickou aplikaci.
 

 
Antarktický krill je příkladem organismu, který se evolučně přizpůsobil náročným životním podmínkám a vytvořil si velmi efektivní systém trávicích enzymů. Efektivita těchto enzymů spočívá v synergickém působení a koexistenci bez vzájemné degradace. Proteasy krillu mají široké možnosti uplatnění ve zdravotnictví, zejména v léčbě nehojivých ran, léčbě tromboembolické nemoci a v zubním lékařství k odstranění zubního plaku, ale i v potravinářském průmyslu například při tanderizaci masa.



Destruktasy, enzymy modifikující antibiotika, jsou významným nástrojem bakterií v boji s účinkem antibiotik. Tyto enzymy pak bakteriím poskytují k antibiotikům rezistenci. Naším cílem je identifikovat mechanismy působení těchto destruktas a hledat jejich inhibitory, které pak mohou antibiotikům navracet jejich primární funkci.



 Nukleasy jsou studovány již delší dobu pro jejich protinádorové účinky. Tento výzkum se dosud zabýval spíše živočišnými enzymy. V naší skupině studujeme enzymy z jiných zdrojů, jako jsou rostliny nebo bakterie. Tyto enzymy jsou studovány pomocí metod molekulární biologie a proteinového inženýrství. Biologické studie a krystalografické experimenty jsou realizovány ve spolupráci s Ústavem molekulární biologie rostlin, Ústavem fyziologie a živočišné genetiky a Biotechnologickým a biomedicínským centrem Akademie věd a Univerzity Karlovy ve Vestci (BIOCEV).



Proteiny účastnící se syntézy ladderánů v anammox bakteriích
Doposud ne příliš známé anammox bakterie (z angl. anaerobic ammonium oxidation) byly objeveny v polovině osmdesátých let a zdá se, že hrají významnou úlohu v koloběhu dusíku na Zemi. Anammox bakterie používají jako zdroj energie přímo amoniak, který přeměňují na plynný dusík, nepotřebují kyslík a místo, aby oxid uhličitý produkovaly, jej naopak spotřebovávají. Velice zajímavé jsou tím, že obsahují organelu zvanou anammoxosom, ve které je lokalizován energetický metabolismus. Membrána anammoxosomu je tvořena velmi zajímavými fosfolipidy, které mají kromě mastných kyselin navázané i velmi specifické lipidy - ladderány. Při zpracování amoniaku v anammoxosomu vzniká jako meziprodukt velmi reaktivní a toxický hydrazin, který je právě držen uvnitř organely pomocí ladderánů, které, na rozdíl od běžných mastných kyselin, propůjčují membráně nižší propustnost pro různé látky. Biosyntéza ladderánů doposud nebyla objasněna a je předmětem výzkumu.


Proteomika lipidových tělísek
Zajímáme se o lipidová tělíska a jejich životní cyklus, se zvláštním důrazem na charakterizaci proteinů asociovaných s lipidovými tělísky trvale či v rámci konkrétní etapy životního cyklu. Naším cílem je přispět k popsání průběhu a regulace životního cyklu těchto specializovaných organel a tím i k biotechnologickému využití jak samotných lipidových tělísek (produkce lipidů a biopaliv, degradace ropy, transportní a imobilizační systémy pro léčiva), tak s nimi asociovaných proteinů (fúzní kotvy pro průmyslové rekombinantní exprese proteinů). Jako modelové organismy používáme zástupce prokaryotní (mořská bakterie Alcanivorax borkumensis schopná odbourávat ropu) i eukaryotní (rostlina Arabidopsis thaliana a kvasinka Saccharomyces cerevisiae) říše.
 


                    [urlnadstranka] => 
                    [ogobrazek] => 
                    [pozadi] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [55906] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [barva_pozadi] => seda
                                    [uslideru] => false
                                    [text] => 
vedoucí skupiny:
prof. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.
docenti:
doc. Ing. Petra Lipovová, Ph.D.
odborní asistenti:
Ing. Eva Benešová, Ph.D.
Ing. Michaela Marková, Ph.D.
Ing. Tomáš Podzimek, Ph.D.
Ing. Zita Holík Purkrtová, Ph.D.
doktorandi:
Bejček Jiří, Ing.
Mareška Václav, Ing.
Loužecká Karolína, Ing. 
Tadeschi Guglielmo, MSc.
Vodičková Patricie, Ing.
technický personál:
Michal Verner
                                    [iduzel] => 55906
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => infobox
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                            [38583] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 38583
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => slider
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 29797
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/protbiotech
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => stranka
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 1
                        )

                )

            [29803] => stdClass Object
                (
                    [nazev] => Laboratoř buněčné fyziologie a energetiky
                    [seo_title] => Laboratoř buněčné fyziologie a energetiky
                    [seo_desc] => 
                    [autor] => 
                    [autor_email] => 
                    [obsah] => 
Každá buňka v těle, ačkoliv plní různorodé funkce, je samostatným živým organismem a jako taková musí umět hospodařit se zdroji, které má k dispozici. Savčí buňky využívají různé substráty, například glukosu a mastné kyseliny, jejichž oxidací získávají energii. Tato energie je využita k různým činnostem, jako je syntéza proteinů nebo přenos nervových signálů. Ve zdravém organismu však specializované buňky nakládají s energií rozdílnými způsoby. Například tukové buňky se zaměřují na ukládání energetických substrátů pro použití v době nedostatku, zatímco například neurony nemají žádný prostor pro skladování, a proto jim musí být energie neustále dodávána, protože jí spotřebovávají obrovské množství. Kromě velké rozmanitosti ve fungování jednotlivých typů buněk je fascinující také komunikace mezi různými buňkami v savčím organismu.




Klíčovou molekulou v energetickém metabolismu všech buněk je nikotinamidadenindinukleotid (NAD). Na schématu jsou zjednodušeně znázorněny hlavní procesy, které NAD využívají. NAD slouží k přenosu elektronů z redoxních katabolických reakcí do dýchacího řetězce pro získání energie. Fosforylovaná forma NAD (NADP) je zase nepostradatelná pro biosyntetické dráhy. Redoxní reakce jsou charakteristické tím, že přeměňují NAD a NADP mezi oxidovanou a redukovanou formou, ale neovlivňují celkové množství těchto molekul. 
Existují však reakce, které NAD spotřebovávají. Nejvýznamnějšími enzymy katalyzujícími tyto reakce jsou signální proteiny z rodiny sirtuinů (SIRT). Sirtuiny deacetylují proteiny tím, že acetylový zbytek přenášejí na NAD za odštěpení nikotinamidu (Nam) a tím regulují funkci a aktivitu cílových proteinů, mezi které patří histony, transkripční faktory a enzymy. Sirtuiny působí zejména v jádře, kde regulují například genovou expresi a stabilitu chromatinu, ale také v cytosolu a mitochondriích, kde se podílí na regulaci metabolismu. Další skupinou enzymů, které spotřebovávají NAD, jsou mono- a poly-ADP-ribosyltransferasy (PARP), které kovalentně modifikují proteiny ADP-ribosylovým zbytkem za odštěpení nikotinamidu. Tímto způsobem je regulována například oprava DNA. Redoxní a neredoxní reakce tak využívají stejnou zásobu NAD, která se při vysoké aktivitě sirtuinů a PARP může vyčerpat, čímž se buňce hroutí energetický metabolismus a umírá. Obnova zásoby NAD je v organismu savců primárně zajištěna pomocí dráhy šetřící nikotinamid (nicotinamide salvage pathway), kdy nejprve dochází ke spojení Nam s fosforibosylpyrofosfátem (PRPP) za vzniku nikotinamidu mononukleotidu (NMN) enzymem nikotinamidfosforibosyltransferasou (NAMPT). V dalším kroku se NMN spojí s adenosintrifosfátem (ATP) za vzniku NAD. Tato dráha probíhá v jádře i v cytosolu a není přesně objasněno, zda k ní dochází i v mitochondriích ani jakým způsobem se NAD do mitochondrií u savčích buněk dostává. Aktivita NAMPT určuje rychlost celé biosyntetické dráhy a tím i hladinu buněčného NAD.
 
Jsme relativně malý tým vědců, kteří se zaměřují na studium metabolismu NAD a zejména na enzym NAMPT. Pracujeme na těchto konkrétních projektech:

Vliv zvýšené hladiny NAD na metabolismus zdravých a poškozených buněk. S věkem přibývají chronická onemocnění a současně dochází k poklesu hladiny NAD. Pomocí různých prekurzorů nebo zvýšením množství NAMPT je možné hladinu NAD zvýšit. Lze využít zvýšení hladiny NAD jako podpůrné terapie chronických onemocnění, jako je cukrovka 2. typu? Zajímá nás, jakým způsobem zvýšení hladiny NAD ovlivní metabolismus, genovou expresi a sekreční profil různých buněčných typů s cílem potenciálního využití NAD prekursorů v medicíně.


Sekrece NAMPT. Byla popsána extracelulární forma NAMPT, nicméně není jasné, jakým způsobem je tento enzym sekretován z buněk, ani jaká je jeho úloha v extracelulárním prostoru. Obě tyto nejasnosti se snažíme vysvětlit.


Jaderný transport NAMPT. NAMPT je plní svou funkci jak v cytosolu, tak v jádře, a v obou těchto kompartmentech se také vyskytuje. Není však jasné, jakým způsobem dochází k transportu NAMPT mezi cytosolem a jádrem nebo jak je tento proces regulován. Naše práce, která ukázala, jak transport NAMPT do jádra souvisí s buněčným cyklem, se dostala na obálku prestižního časopisu Journal of Biological Chemistry, a v tomto tématu plánujeme nadále pokračovat




Mimoškolní spolupráce:

Energy Homeostasis Section, Diabetes, Endocrinology, & Obesity Branch, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, NIH, Bethesda, USA.


Laboratoř translační a experimentální diabetologie a obezitologie, Institut klinické a experimentální medicíny, Praha
 
Laboratoř integrační strukturní biologie, Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.


Fyziologický ústav Akademie věd České republiky, v. v. i.


Česká společnost pro aterosklerózu



Vybrané publikace členů našeho týmu:


Škop V, Guo J, Liu N, Xiao C, Hall KD, Gavrilova O, Reitman ML: The metabolic cost of physical activity in mice using a physiology-based model of energy expenditure. Molecular metabolism. 2023, 71: 101699.


Vacurova E, Trnovska J, Svoboda P, Skop V, Novosadova V, Reguera DP, Petrezselyová S, Piavaux B, Endaya B, Spoutil F, Zudova D, Stursa J, Melcova M, Bielcikova Z, Werner L, Prochazka J, Sedlacek R, Huttl M, Hubackova SS, Haluzik M, Neuzil J: Mitochondrially targeted tamoxifen alleviates markers of obesity and type 2 diabetes mellitus in mice. Nature communications 2022, 13(1):1866.


Škop V, Guo J, Liu N, Xiao C, Hall KD, Gavrilova O, Reitman ML: Mouse thermoregulation: introducing the concept of the thermoneutral point. Cell reports 2020, 31(2):107501.


Svoboda P, Krizova E, Sestakova S, Vapenkova K, Knejzlik Z, Rimpelova S, Rayova D, Volfova N, Krizova I, Rumlova M, Sykora D, Kizek R, Haluzik M, Zidek V, Zidkova J, Skop V.: Nuclear transport of nicotinamide phosphoribosyltransferase is cell cycledependent in mammalian cells, and its inhibition slows cell growth. Journal of Biological Chemistry 2019, 294(22):8676-8689.


Svoboda P, Křížová E, Čeňková K, Vápenková K, Zídková J, Zídek V, Škop V: Visfatin is actively secreted in vitro from U-937 macrophages, but only passively released from 3T3-L1 adipocytes and HepG2 hepatocytes. Physiological Research 2017, 66(4):709-714.


Skop V, Cahova M, Dankova H, Papackova Z, Palenickova E, Svoboda P, Zidkova J, Kazdova L: Autophagy inhibition in early but not in later stages prevents 3T3-L1 differentiation: Effect on mitochondrial remodeling. Differentiation 2014, 87(5):220-229.



                    [urlnadstranka] => 
                    [ogobrazek] => 
                    [pozadi] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [71297] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [barva_pozadi] => cervena
                                    [uslideru] => false
                                    [text] => 

Lidé a kontakty


Vedoucí skupiny:
Ing. Vojtěch Škop, Ph.D.
Odborní asistenti:
Ing. Petr Svoboda, Ph.D.
Ing. Nikola Vrzáčková, Ph.D.
Specialista a technické zabezpečení:
Ing. Magdalena Melčová, Ph.D.
                                    [iduzel] => 71297
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => infobox
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                            [76383] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 76383
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => slider
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 29803
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/LBFE
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => stranka
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 1
                        )

                )

            [71891] => stdClass Object
                (
                    [nazev] => Laboratoř genetiky hub
                    [seo_title] => Laboratoř genetiky hub
                    [seo_desc] => 
                    [autor] => 
                    [autor_email] => 
                    [obsah] => 
Home   Projekty   Publikace   Spolupráce

Naše laboratorní skupina zkoumá vše, co souvisí s genetikou hub – od studia neznámých genů v kvasinkových mutantních modelech, přes studium genové exprese v houbových myceliích až po produkci přírodních sekundárních metabolitů v houbách. K tomu využíváme široké spektrum bioinformatických i molekulárně-biologických laboratorních metod jako například: polymerázová řetězová reakce, blue-white screening, konstrukce cDNA knihoven, Genome Walking, klonování neznámých genů do kvasinkových mutantů, izolace proteinů pomocí metalo-afinitních metod. Spolupracujeme s dalšími vědeckými skupinami na VŠCHT Praha a AV ČR.
Momentálně se intenzivně věnujeme studiu těchto témat.
                    [urlnadstranka] => 
                    [ogobrazek] => 
                    [pozadi] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [71892] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [barva_pozadi] => seda
                                    [uslideru] => false
                                    [podstranky] => true
                                    [sticky] => 
                                    [text] => 
Vedoucí skupiny:
Ing. Jan Sácký, Ph.D.
Ing. Tereza Leonhardt, Ph.D.
Technik:
Bc. Barbora Nováková
Doktorandi:
Ing. Jan Šnábl
Studenti Mgr. studia:
Bc. Barbora Sommerová
Bc. Šimon Piller
Bc. Petra Mařánová
Bc. Jana Steinbauerová
Bc. Alina Murtazina
Bc. Anna Buková
Bc. Fabian Koňák
Bc. Kristýna Jelčová
Studenti Bc. studia:
Zuzana Malatincová

                                    [iduzel] => 71892
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => infobox
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                            [71913] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Spolupráce
                                    [seo_title] => Spolupráce
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Home   Projekty   Publikace   Spolupráce

RNDr. Jan Borovička, Ph.D., Oddělení environmentální geologie a geochemie AV ČR
doc. Ing. Martin Kuchař, Ph.D., laboratoř BAFA, VŠCHT Praha
doc. Ing. Michal Kohout, Ph.D., Ústav organické chemie, VŠCHT Praha
doc. Ing. Antonín Kaňa, Ph.D., Ústav analytické chemie, VŠCHT Praha
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 71913
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/houby/spoluprace
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [71912] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Projekty
                                    [seo_title] => Projekty
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Home   Projekty   Publikace   Spolupráce


Geny související s akumulací kovů
Schopnost hub akumulovat ve svých plodnicích velmi vysoké množství kovových prvků je známa již několik desetiletí. Doposud však není znám přesný mechanismus tohoto zajímavého jevu. V Laboratoři genetiky hub se proto zabýváme identifikací a charakterizací genů zodpovědných za akumulaci kovových prvků (Ag, Cd, Cu, Zn a jiné) v plodnicích saprotrofních a mykorhizních hub. Součástí našeho výzkumu je rovněž práce s houbovými kulturami, jejichž sbírka obsahuje přes dvacet kmenů izolovaných z hub rodu Amanita, Hebeloma, Agaricus a dalších, což nám umožňuje studium jak in vitro, tak in vivo, například za použití fluorescenční mikroskopie.

 
 

Transformace arsenu v houbách
Arsen je vysoce toxický a karcinogenní polokov, který se v životním prostředí vyskytuje jak v anorganické, tak organické formě, přičemž anorganické formy As jsou pro organismy více toxické než ty organické. Fenomén akumulace a vzniku sloučenin arsenu v plodnicích hub byla zkoumána již dříve naším partnerským pracovištěm ve Štýrském Hradci v Rakousku a bylo zjištěno, že plodnice hub obsahují různorodé anorganické i organické formy arsenu, některé zatím úplně neznámé. Naším cílem je identifikovat jak tyto neznámé sloučeniny, tak metabolické dráhy vedoucí k jejich vzniku a transformaci. Na tomto i dalších našich projektech spolupracujeme s doc. Antonínem Kaňou z Ústavu analytické chemie.
 
 
Identifikace bakteriálních společenstev v plodnicích hub a v jejich mykosféře
Ačkoli naším hlavním zájmem jsou kovy v plodnicích hub a geny a proteiny s nimi související, otázka celkového pohledu na „nesmyslnou“ hyperakumulaci kovů v plodnicích nás dovedla ke studiu mikrobiálních společenstev, tzv. mikrobiomů, pomocí metod sekvenování nové generace. Naším cílem je zjistit, zda se bakteriální společenstva žijící v těsné blízkosti plodnic, potažmo mycelií, liší od společenstev žijících na stejné lokalitě ale bez kontaktu s houbou. 


Testování metabolismu toxických sloučenin pomocí vláknité houby Cunninghamella elegans
Tato houba je považována za převrat v testování metabolismu toxických sloučenin, jelikož disponuje enzymovým vybavením podobným živočišným játrům. Může tak být použita jak k základnímu studiu pro předvídání metabolitů nových syntetických drog, tak potažmo i k produkci bioaktivních sloučenin. Na tomto tématu spolupracujeme s organiky a analytiky z laboratoře BAFA a s doc. Michalem Kohoutem zkoumáme, zda u chirálních látek dochází v houbě k chirálnímu metabolismu.
Zaujalo vás některé téma? Chtěli byste u nás v laboratoři vypracovávat vaši bakalářskou, magisterskou nebo doktorskou práci? Neváhejte nás kontaktovat.
  
Geny spojené s produkcí psilocybinu u hub
Cílem tohoto projektu je zkoumat proměnlivost produkce psilocybinu a souvisejících sloučenin u rodů hub Psilocybe, Inocybe, Panaeolus a Pluteus. Konkrétně budeme zkoumat, zda je proměnlivost produkce způsobena variabilitou v počtu kopií genů zodpovědných za syntézu psilocybinu, jejich různých hladin exprese či variabilitou v aminokyselinovém složení těchto enzymů. K zodpovězení těchto otázek budeme zkoumat dostupná genomická data a aminokyselinové složení proteinů in silico a následně testovat jejich funkci in vitro. Dále plánujeme sledovat genovou expresi psi genů u různých druhů hub v závislosti na laboratorních podmínkách. Také chceme ověřit, zda transportéry PsiT hrají roli v produkci psilocybinu, a to pomocí umlčování těchto genů v myceliích Psilocybe cubensis a následném sledování produkce psilocybinu v různých růstových stádiích houby. Detailní zkoumání biosyntetické dráhy pro produkci psilocybinu nám v budoucnu umožní získání stabilních linií hub, zjištění optimálních podmínek pro jejich biotechnologickou produkci a jejich využití v léčbě neurodegenerativních onemocnění.
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 71912
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/houby/projekty
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 71891
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/houby
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => stranka
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 1
                        )

                )

            [29799] => stdClass Object
                (
                    [nazev] => Laboratoř imunochemických a mikrobiologických metod
                    [seo_title] => Laboratoř imunochemických a mikrobiologických metod
                    [seo_desc] => 
                    [autor] => 
                    [autor_email] => 
                    [obsah] => 
Činnost imunochemické laboratoře Ústavu biochemie a mikrobiologie, VŠCHT v Praze je zaměřena na vývoj a aplikaci imunochemických technik v analyse potravin. Jsou zde vyvíjeny a používány především metody, ve kterých jsou použity značené reagencie. Pracovnící laboratoře mají zkušenosti s testováním metod RIA a ELISA pro detekci, nebo kvantifikaci nízkomolekulárních látek (aflatoxin B1 a M1, histamin, benzo(a)pyren, DDT, α-endosulfan), vysokomolekulárních analytů (lysozym, vaječný albumin, zvířecí imunoglobuliny, pepsin, proteinasa z plísně Mucor miehei, (Fromase), mléčné proteiny, hordein) i nadmolekulárních struktur (bakteriální buňky). V poslední době se činnost laboratoře orientuje na vývoj rychlých metod detekce pathogenních mikroorganismů rodu Campylobacter, Cronobacter, Salmonella a Yersinia v potravinách a potravinářských surovinách. Řešení této problematiky zahrnuje následující kroky:

příprava imunogenu
isolace a purifikace imunoglobulinové frakce
značení imunoglobulinů enzymovým markerem
stanovení pracovních podmínek vyvíjené imunochemické metody
charakterisace protilátek
validace vyvinuté metody.


Vedle vývoje imunochemických metod se činnost laboratoře orientuje také na identifikaci a charakterisaci potravinářsky významných mikrobiálních pathogenů a to především z čeledi Enterobacteriaceae. V rámci řešených výzkumných projektů spolupracuje tým imunochemické laboratoře s dalšími specialisovanými pracovišti např. na Universitě Karlově (Ústav biofyziky a informatiky), Veterinární a farmaceutické universitě v Brně(Ústav hygieny a technologie masa), Ústavu makromolekulární chemie AV ČR a na Ústavu živočišné fyziologie a genetiky AV ČR.

Aktuálně řešené projekty
Isolace, typisace a vývoj imunochemických a instrumentálních metod pro detekci a charakterisaci bakterií Cronobacter sp.
Cronobacter sakazakii je potravinářsky významný pathogen z čeledi Enterobacteriaceae, který vyvolává u člověka vzácná, avšak život ohrožující onemocnění. Hlavní rizikovou skupinou jsou kojenci. Cronobacter u této skupiny obyvatel vyvolává meningitidy, nekrotizující enterokolitis a septikémie. Kojenecká úmrtnost je v případě meningitid vysoká a pohybuje se v rozmezí 40-80 % přičemž k úmrtí často dochází již v průběhu několika hodin po prvních projevech onemocnění. Jedinci kteří přežijí obvykle trpí závažnými neurologickými následky. Jako zdroj nákazy byla identifikována umělá kojenecká výživa.
Projekt Isolace, typisace a vývoj imunochemických a instrumentálních metod pro detekci a charakterisaci bakterií Cronobacter sp. je zaměřen na: a) vývoj rychlých metod (ELISA, biosensor) pro detekci a screening bakterií rodu Cronobacter přímo v dětské výživě, mléčných výrobcích a ostatních druzích potravin, b) vývoj metod (serotypisace, MALDI-TOF) usnadňujících charakterisaci isolovaných kmenů bakterií, c) vývoj multifunkčních magnetických částic určených jak pro separaci buněk kronobakterií, tak jako alternativní tuhá fáze pro enzymovou imunochemickou analysu, d) isolaci, identifikaci a charakterisaci kronobakterií získaných z různých potravinářských a veterinárních vzorků.

Spolupráce

Prof. Ing. Milan Marounek, DrSc.
Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v.v.i., Rumburská 89, Liběchov
Ing. Daniel Horák, CSc., Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v.v.i., Heyrovského náměstí 1888/2, Praha 6
RNDr. Jiří Škvor, CSc.
Univerzita Karlova, 1. lékařská fakulta, Ústav biofyziky a informatiky, Ovocný trh 5, Praha 1

Podpora

GAČR P503/10/0664


Vybrané publikace
Differentiation of Cronobacter spp. by tryptic digestion of the cell suspension followed by MALDI-TOF MS analysis
Krásný L, Rohlová E, Růžičková H, Šantrůček J, Hynek R, Hochel I
J Microbiol Meth 2014; 98():105-113
DOI: 10.1016/j.mimet.2014.01.008
Identification of bacteria using mass spectrometry
Krásný L, Hynek R, Hochel I
Int J Mass Spec 2013; 353():67-79
DOI: 10.1016/j.ijms.2013.04.016
Occurrence of Cronobacter spp. in retail foods
Hochel I, Růžičková H, Krásný L, Demnerová K
J Appl Microbiol 2012; 112(6):1257-1265
DOI: 10.1111/j.1365-2672.2012.05292.x
Metody detekce a charakterizace Campylobacter sp.
Hochel I.
Chem Listy 2009; 103():814-822
Characterization of antibodies for the immunochemical detection of Enterobacter sakazakii.
Hochel I., Škvor J.
Czech Journal of Food Science 2009; 27():S2-66-S2-74
Deoxynivalenol and its conjugates in beer: A critical assessment of data obtained by enzyme-linked immunosorbent assay and liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry.
Zachariášová M., Hajšlová J., Kostelanská M., Poustka J., Krplová A., Cuhra P., Hochel I.
Anal Chim Acta 2008; 625():77-86
DOI: 10.1016/j.aca.2008.07.014
Detection of Campylobacter species in foods by indirect competitive ELISA using hen and rabbit antibodies.
Hochel I., Slavíčková D., Viochna D., Škvor J., Steinhauserová I.
Food Agric Immunol 2007; 18():151-167
DOI: 10.1080/09540100701666857
Immunochemical determination of gluten in malts and beers.
Dostálek P., Hochel I., Méndez E., Hernando A., Gabrovská D.
Food Addit Contam 2006; 23(11):1074-1078
DOI: 10.1080/02652030600740637
Development of an Indirect Competitive ELISA for Detection of Campylobacter jejuni subsp. jejuni O:23 in Foods.
Hochel I., Viochna D., Škvor J., Musil M.
Folia Microbiol 2004; 49():579-586
Development of an Indirect Competitive ELISA of DDT.
Hochel I., Musil M.
Food Agric Immunol 2002; 14():285-300
DOI: 10.1080/0954010021000096391

Užitečné odkazy
Imunochemie, protilátky, antigeny

The Antibody Resource Pages
Antibody Structure (University of Arizona)
Predicted Antigenic Peptides (Cancer Vaccine Center Bioinformatics)
Prediction of Immunoglobulin Structure
Abnum
ECACC - European Collection of Cell Cultures

Databáze

EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute)
GenBank
Swiss-Prot
UniProt
Protein Data Bank
Protein Information Resource
Wellcome Trust Sanger Institute
REBASE The Restriction Enzyme Database

Chemická a biochemická nomenklatura

International Uniom of Pure and Applied Chemistry

Atomová hmotnost prvků

Atomic Weights of the Elements 2007

Sbírky mikroorganismů

ATCC American Type Culture Colection, Corporate: 10801 University Boulevard, Manassas, VA, 20110-2209, U.S.A.
CCM Czech Collection of Microorganisms Masaryk University, Tvrdého 14, 602 Brno, Czech Republic
CCUG Culture Collection University of Göteborg
CCY Culture Collection of Yeasts - Institute of Chemistry, Dúbravská cesta 9, SK-845 38 Bratislava, Slovak Republic
CNCTC Czech National Collection of Type Cultures, Šrobárova 48, Prague 10, Czech Republic
DSMZ German Collection of Microorganisms and Cell Cultures, Inhoffenstraβe 7B, 38124 Braunschweig, Germany
JCM Japan Collection of Microorganisms - RIKEN BioResource Center, 2-1 Hirosawa, Waco, Saitama 351-0198, Japan
NCTC National Colection of Type Cultures, Health Protection Agency Culture Collections, Porton Down, Salisbury, SP4 0JG United Kingdom

Taxonomie bakterií a mikroskopických hub

DSMZ - Bacterial Nomenclature
List of Procaryotic Names with Standing in Nomenclature (J.P. Euzéby)
Mycobank
International Code of Botanical Nomenclature (IAPT - International Association for Plant Taxonomy)
The Aspergillus Web Site

Zdravotnické organizace

World Health Organization
Centers for Disease Control and Prevention
Státní zdravotní ústav

Normy, metrologie, státní zkušebnictví

Úřad pro technickou normalizaci, metrologii a státní zkušebnictví
Vyhledávání norem on-line (UNMZ)


Lidé a kontakty
doc. Ing. Igor. Hochel, CSc. (místnost B244/V02, tel: +420 220 445 166/3019, email: Igor.Hochel@vscht.cz)


                    [poduzel] => Array
                        (
                        )

                    [iduzel] => 29799
                    [canonical_url] => //biomikro.vscht.cz/vyzkum/vedecke-skupiny/29799
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/imuno
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => stranka
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 1
                        )

                )

            [29794] => stdClass Object
                (
                    [nazev] => Laboratoř mikrobiální ekologie
                    [seo_title] => Laboratoř mikrobiální ekologie
                    [seo_desc] => 
                    [autor] => 
                    [autor_email] => 
                    [obsah] => 
Home   Projekty   Publikace
Obrovská diverzita v říši mikroorganismů je nejen fascinující, ale také je klíčem k tomu, abychom porozuměli evoluci mikroorganismů a mechanismům, díky kterým se mikroorganismy přizpůsobují podmínkám životního prostředí. Metabolická aktivita mikroorganismů je zároveň zásadní pro fungování všech známých ekosystémů v biosféře. Obor mikrobiální ekologie se zaměřuje na studium interakcí mikroorganismů s ostatními složkami jejich přirozeného prostředí a na důsledky těchto interakcí pro fungování ekosystémů.


V Laboratoři mikrobiální ekologie se zabýváme odkrýváním některých skrytých pokladů mikrobiální diversity. V České republice se nacházejí lokality, které jsou velmi zajímavé z hlediska mikrobiální ekologie – jde hlavně o unikátní, často extrémní stanoviště dlouhodobě izolované od zbytku biosféry. Představují tak zajímavý zdroj doposud nepopsané mikrobiální diversity. Mezi takováto stanoviště patří např. minerální léčivé prameny v Karlových Varech a Luhačovicích, radioaktivní prameny v Jáchymově, nebo půdy a mofety z národní přírodní rezervace Soos. Našim cílem je analyzovat mikrobiální komunity osídlující tato stanoviště a porozumět jejich fyziologii, biochemii a ekologii.


Neméně důležité je pro nás i porozumět interakcím mezi mikroorganismy a rostlinami. Proto se v našem výzkumu zabýváme studiem mechanismů, jak rostliny prostřednictvím sekundárních metabolitů utvářejí a ovlivňují strukturu mikrobiálních komunit v půdě a jakým způsobem takto ovlivňují schopnost bakterií degradovat polutanty v životním prostředí. V opačném směru těchto interakcí zkoumáme, jak rhizosferní mikroorganismy podporují růst jejich rostlinných partnerů a nakolik osidlují jejich vnitřní prostředí, tzv. endosféru. Výsledky našeho základního výzkumu tak mají přesah i do aplikační sféry, např. v udržitelném zemědělství a ochraně životního prostředí.

Identifikujeme metabolicky aktivní mikrobiální populace v kontextu jejich životního prostředí bez potřeby kultivace. Mikroorganismy, jejichž aktivita je klíčová pro určitou bio(geo)chemickou funkci v ekosystému, nejsou mnohdy v komunitě příliš hojně zastoupené. Proto používáme techniky mikrobiální ekologie, které umožňují příslušné ekosystémové funkci přiřadit její původce, např. stable isotope probing či epicPCR. Identifikujeme tak mikroorganismy zodpovědné za odbourávání kontaminantů z půdy, za podporu růstu rostlin atp.

V neposlední řadě jsme si vědomi důležitosti čisté kultury v mikrobiologii. Proto se snažíme modifikovat standartní extrakční a kultivační postupy tak, abychom zvýšili účinnost izolace mikroorganismů z půdy, vody, rostlinné endosféry a jiných matric. Docilujeme toho buď použitím různých resuscitačních faktorů a signálních molekul a/nebo během kultivace lépe napodobujeme podmínky přirozeného prostředí mikroorganismů. Po úspěšné izolaci bakteriální izoláty taxonomicky klasifikujeme a dále charakterizujeme.

Pro řešení našich projektů využíváme moderní metody založené (nejen) na analýze nukleových kyselin, jako je metamikrobiomika a metagenomika, či značení stabilními isotopy, ale také modifikované přístupy ke kultivaci mikroorganismů. Máte-li zájem o více podrobností ohledně našeho výzkumu, klikněte zde pro seznam našich běžících projektů.
Jsme tým mladých přátelských entuziastických vědeckých pracovníků a studentů pracujících s velkým nasazením. Pokud jste motivovaní a šikovní studenti, kteří by se rádi účastnili výzkumu v oblasti mikrobiální ekologie, neváhejte nás kontaktovat.
                    [urlnadstranka] => 
                    [ogobrazek] => 
                    [pozadi] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [37826] => stdClass Object
                                (
                                    [obsah] => 
                                    [iduzel] => 37826
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => slider
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                            [37985] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [barva_pozadi] => seda
                                    [uslideru] => false
                                    [text] => 
“Once ecological mechanisms are understood, ecologists strive to better predict, conserve or manage communities to desired outcomes.”
(Ashley Shade, ISME J 2017; 11, 1–6)
                                    [iduzel] => 37985
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => infobox
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                            [54371] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [barva_pozadi] => seda
                                    [uslideru] => false
                                    [text] => 

vedoucí skupiny
prof. Ing. Ondřej Uhlík, Ph.D.
odborní asistenti

Ing. Michal Strejček, Ph.D.
Ing. Jáchym Šuman, Ph.D.
Ing. Jakub Papík, Ph.D.
Ing. Gabriela Kapinusová, Ph.D.
postdoc
Ana Catalina Lara Rodriguez, Ph.D.
doktorandi
MSc. Stephanie Campeggi
Ing. Tomáš Engl
Ing. Magdalena Folkmanová
Ing. Lýdie Jakubová
Ing. Martina Jeřábková
Ing. Roman Skala
Ing. Eliška Suchopárová
Ing. Tereza Šmrhová
Ing. Manuela Tadrosová
Ing. Andrea Zubrová
profesor
prof. Ing. Tomáš Macek, CSc.
                                    [iduzel] => 54371
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => infobox
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                            [53975] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Laboratoř mikrobiální ekologie
                                    [seo_title] => Laboratoř mikrobiální ekologie
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Home   Projekty   Publikace

Náš výzkum lze rozdělit do čtyř základních skupin:
Zkoumáme interakce rostlin a mikroorganismů. Během evoluce se mezi rostlinami a mikroorganismy vytvořila celá řada interakcí, které jsou dnes esenciální nejen pro jejich existenci, ale pro fungování celé biosféry. Jedním z příkladů je rozklad organické hmoty rostlinného původu půdními mikroorganismy. Pro půdní ekologii se zdají být velmi důležité sekundární metabolity rostlin – jednak mohou pro některé heteroorganotrofní populace sloužit jako zdroj uhlíku a energie, ale jednak mohou působit antimikrobiálně či narušovat bakteriální signalizaci. Z těchto důvodů je jedním z našich hlavních výzkumných záměrů ověření hypotézy, že sekundární metabolity rostlin patří mezi dominantní faktory zodpovědné za kontrolu struktury a metabolické aktivity půdních mikrobiálních komunit. Diverzita struktur sekundárních metabolitů může být mj. důsledkem neustávajícího zápasu rostlin s herbivory a patogeny. Koktejl těchto sloučenin má ale zároveň přímý vliv na půdní mikrobiální populace, které byly nucené si vyvinout mechanismy degradace či detoxikace těchto látek. Nabízí se tedy hypotéza, že enzymy, které byly do nedávné minulosti považovány za prostředek k degradaci antropogenních organických polutantů, mohou ve skutečnosti být původně určeny k degradaci/detoxikaci sekundárních metabolitů rostlin a k degradaci antropogenních sloučenin jsou využívány druhotně díky své široké substrátové specificitě. Zároveň je naší hypotézou, že mikroorganismy disponující těmito enzymy v důsledku dlouhodobé symbiózy v průběhu evoluce svou metabolickou aktivitou přispívají k podpoře růstu rostlin (tzv. growth-promoting activities).
Zabýváme se mikrobiální ekologií geologicky unikátních biotopů. V České republice se vyskytuje velké množství minerálních pramenů, z nichž například horké, radonové a solné prameny představují unikátní ekologická stanoviště. Vzhledem k extrémnímu charakteru prostředí těchto biotopů a jejich dlouhodobé izolovanosti od vnějších vlivů lze předpokládat i přítomnost fylogeneticky a metabolicky unikátních mikrobiálních společenstev. Ačkoliv jsou mnohé podobné prameny považovány za kulturní dědictví především pro své léčivé účinky (v České republice například léčivé prameny v Jáchymově, Karlových Varech či Luhačovicích), mikrobiální osídlení těchto ekosystémů zůstává prakticky nepopsáno. Jedním z výzkumných cílů naší laboratoře je podrobná charakterizace mikrobiálních společenstev pramenů karlovarských a jáchymovských, a to jak z hlediska jejich diverzity, ekofyziologie, tak i funkčního potenciálu. Výsledky tohoto výzkumu rozšiřují neustále rostoucí strom života o nové větve. Podobný výzkum realizujeme i na dalších unikátních ekologických stanovištích typu zemin ze solných mokřadů a bahenních průsaků CO2. 
Identifikujeme metabolicky aktivní mikrobiální populace populace v kontextu jejich životního prostředí bez potřeby kultivace. Pro tyto účely využíváme techniky jako stable isotope probing či epicPCR.
V neposlední řadě se snažíme izolovat doposud nekultivované mikrobiální druhy. Dosahujeme toho modifikací standardních extrakčních a kultivačních postupů. Tato problematika má přesah do všech výše zmiňovaných oblastí výzkumu.

Náš výzkum je realizován v rámci těchto grantových projektů:





Špičkový výzkum – OP JAK,  INTER-MICRO Mluvíme s mikroby – porozumění mikrobiálním interakcím v konceptu One Health.
European Commission Grant 101060625, NYMPHE, New system-driven bioremediation of polluted habitats and environment. 
GAČR 25-15226S, Skryté klenoty mikrobiální diverzity: Geotermálně ohřívané podzemní vody jako zdroj fylogeneticky nových a metabolicky vzácných prokaryot. Geotermálně vyhřívaná podzemní voda přitahuje pozornost mikrobiologů již desítky let díky svým unikátním chemickým a termálním profilům. Analýzy těchto jedinečných ekosystémů identifikovaly mnoho nových větví ve fylogenetickém stromu života jak bakteriálního, tak archaeálního původu. Přestože se v západních Čechách nachází mnoho léčivých termálních pramenů, které jsou považovány za národní poklad, jejich mikrobiální život zůstává prakticky neprozkoumaný. Naše předběžné analýzy odhalily obrovskou mikrobiální diverzitu těchto jedinečných ekosystémů, daleko za očekáváním, pokud jde o fylogenetickou i funkční/metabolickou novost. V tomto projektu se snažíme zlepšit naše chápání genetického základu radiorezistence izolovaných čistých kultur, lépe porozumět enzymatickým aktivitám čistých kultur při extrémních teplotách a koncentracích solí, taxonomicky klasifikovat a charakterizovat fylogeneticky nové izoláty a především prozkoumat nové prokaryotické linie a jejich metabolický potenciál, fylogenezi a ekologii.
GAČR 22-00132S, Život na rozhraní: ekologie mikroorganismů asociovaných s rostlinami. Půdní mikroorganismy a rostliny se z důvodu jejich vazby na prostředí půdy vyvíjely ve vzájemné blízkosti. V důsledku toho se v procesu evoluce mezi těmito skupinami organismů vyvinuly vysoce komplexní vztahy, které jsou v současnosti klíčové pro fungování celých ekosystémů. Naším cílem je hlouběji porozumět těmto komplexním interakcím a objasnit některé mechanismy, které je zprostředkovávají. Konkrétně je tento projekt zaměřen na: zkoumání vlivu složek rhizodepozitů na složení půdních mikrobiálních komunit, mikrobiálně-ekologický popis rhizosféry dosud chápané pouze definitoricky a pochopení role rhizodepozitů při výběru půdních bakterií podporujících růst rostlin pro endofytní mutualismus. Výsledky tohoto projektu významně přispějí k porozumění interakcím mezi rostlinami a mikroorganismy, jejichž dopady jsou klíčové i pro potenciální aplikace pro ochranu rostlin a důležité ekosystémové funkce, jako jsou podpora růstu hospodářských rostlin, obnova životního prostředí a další.
GAČR 22-00150S, Kdo je ten zodpovědný? Propojení přeměny organochlorových sloučenin s konkrétními bakteriálními populacemi. Organochlorové sloučeniny, například chloretheny a polychlorované bifenyly, stále představují závažný environmentální problém díky stávající nebo potenciální kontaminaci půdy a zdrojů pitné vody. V minulosti byla mikrobiální degradace organochlorových sloučenin důkladně studována, avšak stále máme velké mezery ve znalostech o distribuci biodegradačních genů organochlorových sloučenin na kontaminovaných lokalitách a jejich propojení s fylogenetickou informací konkrétních bakteriálních taxonů. Cílem tohoto projektu je proto popsat distribuci biodegradačních funkcí a fylogenetický původ bakterií, které tyto funkce nesou. Konkrétně se zaměřujeme na: vzorce distribuce vybraných biodegradačních genů (bphA a rdhA) v mikrobiálních společenstvech na kontaminovaných lokalitách a jejich propojení s fylogenetikou; roli extrachromozomální DNA v distribuci bidegradačních genů v životním prostředí; objasnění schopnosti bakteriálních konsorcií přizpůsobit se zvýšeným koncentracím organochlorových sloučenin regulací a šířením konkrétních genů.
GACŘ 23-06568S (ve spolupráci s PřF UK), Dynamika a údržba genomů v jednoduchých a homogenních přirozených komunitách prokaryot. Jednoduché a prostorově i geneticky jasně vymezené mikrobiální populace představují optimální model pro studium populační genetiky prokaryot. Populace bakterie Ferrovum myxofaciens z důlních biostalaktitů tyto podmínky dokonale splňují. Náš předchozí výzkum ukázal, že genomy F. myxofaciens se významně neliší genovým obsahem, ale je přítomna výrazná vnitropopulační variabilita v rozložení mobilních elementů a krátkých polymorfií. Tato variabilita pravděpodobně napomáhá diverzifikaci životních strategií nebo adaptaci na různé mikroniky v rámci stanoviště. V projektu analyzujeme větší množství lépe charakterizovaných populací z více lokalit, což umožňuje funkční interpretaci jejich variability. Jako další přístup je ověřován vliv různých genetických variant na biologické vlastnosti čistých kultur F. myxofaciens získaných z přirozených populací. Tyto analýzy mohou přinést nový pohled na funkci mobilních elementů a na roli lokálního přerušení vnitrodruhového genového toku při tvorbě prokaryotických populací.


Předchozí grantové projekty:

GAČR 20-00291S, Ekologické funkce půdních mikroorganismů ovlivňované sekundárními metabolity rostlin. Sekundární metabolity rostlin (SMR), zahrnující mimo jiné i terpenoidní a fenolické látky, jsou strukturně vysoce diverzní skupina látek, které se ukazují být významné z hlediska vlivu na půdní ekologii. Významným zdrojem SMR v půdě je lignin, komplexní biopolymer složený z fenylpropanoidních monomerů. Strukturní podobnost SMR včetně biodegradačních produktů ligninu s mnohými aromatickými polutanty by mohla vysvětlit skutečnost, že tato xenobiotika jsou mikrobiálními degradačními enzymy často kometabolizována právě v přítomnosti SMR. V tomto projektu ověřujeme hypotézy, že (i) přítomnost SMR jako evolučně původních substrátů degradačních enzymů významně ovlivňuje biodegradační potenciál půdních mikrobiálních komunit a (ii) kombinace schopností biodegradovat SMR a podporovat růst rostlin, nesených často totožnými mikrobiálními populacemi, umožňuje rostlinám prostřednictvím exudace SMR selektivně nabohacovat mikrobiální populace podporující jejich růst.
MŠMT ČR LTAUSA19013 ve spolupráci s University of Alaska Fairbanks, AK, USA, Mikrobiální kometabolismus: Propagace biodegradace polutantů. Kometabolismus, tedy metabolická přeměna sloučenin strukturně podobných přirozeným substrátům příslušných biodegradačních enzymů, představuje jednu z možností, jak zvýšit kapacitu půdních mikroorganismů odbourávat organické kontaminanty životního prostředí. V předkládaném projektu zamýšlíme ověřit hypotézu, že sekundární metabolity rostlin (SMR) jsou vhodnými sloučeninami pro podporu kometabolismu organických polutantů v životním prostředí a že výrazně ovlivňují biodegradační potenciál mikrobiálních komunit. Za účelem ověření této hypotézy budou selektována bakteriální konsorcia, která při růstu na SMR budou schopna kometabolicky degradovat vybrané polutanty (polychlorované bifenyly, PCB, a polyaromatické uhlovodíky, PAU); zároveň bude ověřeno, zda tato konsorcia budou po aplikaci do kontaminované zeminy zvyšovat účinnost biodegradace PCB a PAU. Předkládaný projekt směřuje, kromě rozšíření poznatků o interakcích půdních bakterií s ostatními složkami bioty a abioty, v dlouhodobějším horizontu ke zvýšení efektivity remediace lokalit kontaminovaných aromatickými polutanty.
MŠMT ČR LTAUSA19028 ve spolupráci s US Geological Survey, Menlo Park, CA, USA, Mikrobiomy vybraných extrémních biotopů – jejich fylogenetická diversita a funkční potenciál. Mikroorganismy, především pak prokaryota, jsou fylogeneticky i metabolicky nejdiverznější skupinou organismů naší planety. V této souvislosti je ohromující i rozmanitost biotopů, které prokaryota obývají. Řada bakterií a většina archeí se řadí mezi mikroorganismy extrémofilní – tedy žijící v biotopech definujících hranici života. Cílem projektu je charakterizovat mikrobiální osídlení dvou typů extrémních prostředí – chronosekvence permafrostu (permafrostu různého stáří) a zemin ze solných mokřadů a bahenních průsaků CO2. Charakteristika probíhá dvěma základními přístupy – s využitím metagenomických a modifikovaných kultivačních technik.
GAČR 18-00036S, Ekologie extrémofilních mikroorganismů ve vodách kulturně významných českých pramenů. V České republice se vyskytuje velké množství vodních pramenů, z nichž například horké, radonové a solné prameny představují unikátní ekologická stanoviště. Vzhledem k extrémnímu charakteru prostředí těchto biotopů a jejich dlouhodobé izolovanosti od vnějších vlivů lze předpokládat i přítomnost fylogeneticky a funkčně unikátních mikrobiálních společenstev. Ačkoliv jsou mnohé podobné vodní prameny považovány za kulturní dědictví především pro své léčivé účinky, mikrobiální osídlení těchto ekosystémů zůstalo prakticky nepopsáno. V tomto projektu charakterizujeme mikrobiální společenstva těchto pramenů, a to jak z hlediska jejich diverzity, ekofyziologie, tak i funkčního potenciálu. Předpokládáme, že extrémní prostředí horkých, radonových a solných pramenů bude osídleno dosud nepopsanými mikrobiálními taxony s unikátními životními strategiemi a metabolickým potenciálem produkce biologicky aktivních látek. Ke studiu využíváme nejmodernější metody mikrobiální ekologie, např. cílenou i shotgun metagenomiku a metabolomiku.



                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 53975
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/LaME/projekty
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 29794
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/LaME
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => stranka
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 1
                        )

                )

            [29801] => stdClass Object
                (
                    [nazev] => Laboratoř molekulární biologie a virologie
                    [seo_title] => Laboratoř molekulární biologie a virologie
                    [seo_desc] => 
                    [autor] => 
                    [autor_email] => 
                    [obsah] => 
Domů   Publikace

1) Virologie
V oblasti virologie zabývající se studiem struktury a biologie virů a příčin jimi způsobených onemocnění, se zaměřujeme zejména na retroviry a v poslední době v rámci spolupráce i na flaviviry. V obou případech se jedná o obalené RNA viry. Cílem našeho výzkumu je objasnění vybraných kroků životního cyklu virů se zaměřením zejména na pozdní fázi virové infekce. Pochopení molekulární podstaty těchto kroků otevírá možnosti vývoje nových typů léčiv. S použitím molekulárně biologických metod studujeme strukturu virových proteinů, funkční význam jejich strukturních domén, jejich vzájemné interakce, interakce s RNA a membránami a transport virových proteinů a celých částic v infikované buňce. Dále se zabýváme strukturou a mechanismem tvorby zralých a nezralých retrovirových částic.
 
2) Medicinální chemie: teranostika a multimodální terapie
Přírodní látky jsou základem klinické terapie rakoviny i dalších onemocnění. Jejich terapeutické účinky lze měnit syntetickou derivatizací s cílem odstranění vedlejších účinků, zvýšení cytotoxicity a selektivity k patologickým buňkám, změny mechanismu účinku apod. V naší skupině se zaměřujeme především na primární výzkum toxicity a mechanismu účinku nových derivátů antimitotických látek, jako je např. kolchicin a paklitaxel, inhibitorů sarko-/endoplasmatické retikulární Ca2+-ATPasy, jako je např. thapsigargin a trilobolid anebo kardioglykosidů, jako je např. digitoxin a digoxin. Většina námi zkoumaných derivátů je určena pro multimodální či kombinatoriální terapii a teranostiku nádorových onemocnění. Teranostika zahrnuje diagnostické a terapeutické vlastnosti kombinované v jedné molekule, často se tedy jedná o konjugáty přírodních látek s fluorescenčními látkami.

3) Cytokompatibilní a antimikrobiální materiály pro výzkumné i medicinální aplikace
Další problematikou řešenou naší laboratorní skupinou je studium na míru upravených polymerů a kovových materiálů pro medicinální aplikace jako náhrady měkkých a tvrdých tkání, ale i pro vědecké účely (např. kultivace a analýza tzv. „single-cell“). Cílem tohoto výzkumu je vývoj nových možností funkčního nahrazení poškozených tkání, ale i pochopení základních mechanismů interakce buněk s podložním substrátem v závislosti na jeho nano- a mikrostruktuře. Za použití metod buněčné biologie a mikrobiologie jsou zkoumány cytokompatibilita, cytotoxicita a antibakteriální vlastnosti materiálů. Metodami molekulární biologie je pak studován mechanismus buněčné adheze, interakce buněk s materiály na molekulární úrovni anebo diferenciace buněk.

4) Fotodynamická terapie a sondy pro fluorescenční zobrazovací techniky
Fotodynamická terapie je neinvazivní terapie využívající speciální molekuly, které po aktivaci světlem produkují vysoce reaktivní kyslíkové částice aplikovatelné pro eradikaci nádorů, mikroorganismů, či léčbu kožních onemocnění. Spolupracujeme na vývoji pokročilých fotoaktivních molekul a studujeme molekulární mechanismy jejich účinku a lokalizace v živých nádorových buňkách v reálném čase. Na tyto aspekty se zaměřujeme při studiu účinnosti fotoaktivních molekul zahrnujících jak anorganické materiály (např. molybdenové klastry), tak organické molekuly (např. porfyriny, ftalocyaniny, halogenované BODIPY). Kromě toho se zaměřujeme na vývoj nových fluorescenčních sond pro zobrazovací techniky, které jsou nepostradatelným nástrojem pro medicínu i molekulárně biologický výzkum. Fluorescenční sondy nám umožňují nejen zobrazit a studovat různé buněčné struktury, ale také odhalit molekulární podstatu různých onemocnění. Naším cílem je eliminovat limitace dostupných sond, jako je vysoká toxicita, nízká specifita anebo nedostatečné fotofyzikální vlastnosti. Pro evaluaci těchto sond používáme jak běžné, tak vysoce specializované fluorescenčně mikroskopické metody (SIM, PALM/STORM).

5) Biologicky aktivní látky
Rostliny jsou říší eukaryotních, převážně fotosyntetických organismů, která čítá přes 300 tisíc druhů. V průběhu evoluce si vytvořily schopnost syntézy různých sekundárních metabolitů, které sice nejsou životně důležité, ale poskytují jim selektivní výhodu a schopnost obrany v nepříznivém prostředí. A jsou to právě sekundární metabolity, disponující biologickými aktivitami, které nacházejí uplatnění v tradiční medicíně. Pomocí modulární robotické stanice testujeme velké množství vzorků – rostlinných extraktů či jejich frakcí, izolovaných sloučenin a jejich semi-syntetických derivátů aj. K testování biologických aktivit využíváme sbírku mikrobiálních kmenů a lidských buněčných linií a sadu biochemických a genetických testů. Snažíme se nalézat nové biologicky aktivní látky, objasňovat mechanismy jejich aktivit a upozorňovat na možné negativní vlivy.
Při studiu vlastností rostlinných extraktů či izolovaných sloučenin se zaměřujeme jak na zdraví prospěšné účinky, tak na případné negativní vlivy. Našim cílem je identifikace biologicky aktivních látek a charakterizace jejich benefičních účinků za současného vyloučení případných toxikologických dopadů. Zvláštní důraz je kladen na biologicky aktivní látky se schopností modulace mnohočetné lékové rezistence.

                    [urlnadstranka] => 
                    [ogobrazek] => 
                    [pozadi] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [56633] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [seo_title] => Eva Jablonská CV
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 

Ing. Eva Jablonská, PhD.
kontakt
VZDĚLÁNÍ




2012-2019
Doktorský studijní program: Biochemie, VŠCHT Praha
Téma disertační práce: Testování cytokompatibility kovových materiálů pro klinické aplikace


2010-2012
Magisterský studijní program: Obecná a aplikovaná biochemie, VŠCHT Praha


2007-2010
Bakalářský studijní program: Biochemie a biotechnologie, VŠCHT Praha



PRACOVNÍ ZKUŠENOSTI




09/2014-dosud
Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha



ZAHRANIČNÍ STÁŽ

11/2014-3/2015:    stáž ERASMUS, University of Glasgow, UK

Čtyřměsíční laboratorní projekt, Centre for Cell Engineering: In vitro testování osteoinduktivních a osteokonduktivních vlastností titanových slitin s nanotubulární povrchovou úpravou
OBLASTI VÝZKUMU

Testování in vitro: cytokompatibilita biomateriálů, cytotoxicita, endokrinní disrupce, mutagenita, sledování míry transkripce pomocí qPCR a dPCR
PUBLIKACE
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 56633
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/molvirol/jablonska
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [73141] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [seo_title] => REDOX
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [perex] => 
REDOX Laboratoř
                                    [ikona] => 
                                    [obrazek] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 0011~~8803i3fLzEvMySwuAQA.png
                                    [obsah] => 
Hledáme nové studenty do naší laboratoře !

Jsme přátelská a otevřená laboratoř, která se zabývá tématy oxidačního stresu, antioxidantů a redox signalizace v oborech souvisejících s lidským zdravím. Bádáme v oblasti mikrobiologie, buněčné biologie, biochemie, chemické biologie a materiálových věd.
Co je naším cílem?
Zabýváme se směsicí základního a aplikovaného výzkumu, jehož cílem je pochopit mechanismus vzniku různých chorob a následně hledat nové chytré přístupy k jejich prevenci a léčbě. Spolupracujeme s odborníky na dalších pracovištích včetně fyziků, chemiků, materiálových vědců, fyziologů a lékařů.
Co tu najdete?
Budeme vás informovat o zajímavých věcech, které chystáme - o našich nejnovějších projektech, zjištěních a možná i o zákulisí. Nejde nám však jen o práci v laboratoři. Hodně se také dělíme o své znalosti. Na našich sitích najdete vzdělávací materiály, zábavná fakta a možná i nějaké tipy pro začínající vědce. Jde nám o šíření lásky k vědě široko daleko.
Proto si tuto stránku přidejte do záložek, sledujte nás na sociálních sítích a připojte se k nám na této divoké jízdě fascinujícím světem  . Pokud máte otázky nebo nás chcete jen pozdravit, napište nám.
ZABÝVÁME SE


                                    [urlnadstranka] => 
                                    [iduzel] => 73141
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/molvirol/redox-cs
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka_submenu
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [56550] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Laboratoř molekulární biologie a virologie
                                    [seo_title] => Fotoaktivní molekuly 1
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Domů   Publikace

Fotobiologie materiálů na bázi klastrů Mo6I8 a porfyrinových trámců
Molekulární klastry založené na motivu Mo6I8 s variabilními vnějšími ligandy a porfyrinové trámce sdílejí schopnost katalyzovat produkci vysoce reaktivního singletního kyslíku po osvětlení světlem nebo ozáření rentgenovými paprsky. Lze z nich připravit rozpustné molekuly, nanovrstvy nebo nanočástice, které mohou po osvětlení nebo ozáření zabíjet rakovinné buňky nebo patogenní bakterie. Naše skupina testuje biologické vlastnosti těchto nových materiálů ve spolupráci s Dr. Kamilem Langem a Dr. Kaplanem Kirakci z Ústavu anorganické chemie AV ČR. V našem zařízení pro práci s tkáňovými kulturami pěstujeme normální a rakovinné buňky lidského původu a osvětlujeme je speciálními světelnými zdroji nebo ozařujeme rentgenovými paprsky. Naše hypoxická komora nám umožňuje pracovat s nízkou fyziologickou hladinou kyslíku. Pomocí konfokálního mikroskopu nebo strukturní iluminační super-rezoluční mikroskopie (SIM) můžeme určit buněčnou akumulaci a lokalizaci studovaných sloučenin nebo nanočástic. Nanočástice jsou také specificky cílené na rakovinné buňky pomocí molekulárního rozpoznávání. Slibné materiály jsou dále testovány na myších modelech ve spolupráci s Dr. Milanem Reinišem z Ústavu molekulární genetiky AV ČR. Antibakteriální vlastnosti sloučenin, vrstev a nanočástic jsou stanovovány pomocí našeho mikrobiologického vybavení s použitím modelových kmenů bakterií relevantních pro klinickou praxi. Bakterie jsou kultivovány ve formě biofilmu, přirozeně se vyskytující mnohobuněčné struktury se zvýšenou fyzikální a chemickou odolností.
















Podpora

Biomateriály obsahující oktaedrické molybdenové klastry jako radiosensitizátory singletového kyslíku, GA18-05076S, Grantová agentura ČR

Publikace

Kirakci K., Nguyen T.K.N., Grasset F., Uchikoshi T., Zelenka J., Kubát P., Ruml T., Lang K.: Electrophoretically Deposited Layers of Octahedral Molybdenum Cluster Complexes: A Promising Coating for Mitigation of Pathogenic Bacterial Biofilms under Blue Light. ACS Appl Mater Interfaces, 2020. IF 8,758
Kirakci K., Demel J., Hynek J., Zelenka J., Rumlová M., Ruml T., Lang K..: Phosphinate Apical Ligands: A Route to a Water-Stable Octahedral Molybdenum Cluster Complex. Inorg Chem 58:16546–16552, 2019. IF 4,850
Kirakci K., Zelenka J., Rumlová M., Cvačka J., Ruml T., Lang K.: Cationic octahedral molybdenum cluster complexes functionalized with mitochondria-targeting ligands: photodynamic anticancer and antibacterial activities. Biomater Sci 7:1386-1392, 2019. IF 5,831
Kirakci K., Zelenka J., Rumlová M., Martinčík J., Nikl M., Ruml T., Lang K.: Octahedral molybdenum clusters as radiosensitizers for X-ray induced photodynamic therapy. J Mater Chem B 6:4301-4307, 2018. IF 5,047
Hynek J., Zelenka J., Rathouský J., Kubát P., Ruml T., Demel J., Lang K.: Designing Porphyrinic Covalent Organic Frameworks for the Photodynamic Inactivation of Bacteria. ACS Appl Mater Interfaces 10:8527-8535, 2018. IF 8,456
Buzek D., Zelenka J., Ulbrich P., Ruml T., Krizova I., Lang J., Kubat P., Demel J., Kirakci K., Lang K.: Nanoscaled porphyrinic metal-organic frameworks: photosensitizer delivery systems for photodynamic therapy. J Mater Chem B 5:1815-1821, 2017. IF 5,047

                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 56550
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/molvirol/fotoaktivni-molekuky
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [56632] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [seo_title] => Tomáš Ruml CV
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 

prof. Ing. Tomáš Ruml, CSc.
Tel: +420 220443022
Email: tomas.ruml@vscht.cz
ORCID iD: 0000-0002-5698-4366
VZDĚLÁNÍ




1984
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Ústav kvasné chemie a bioinženýrství
Kandidát biologických věd, Obor: Mikrobiologie
Disertační práce: Studium exkrece thiaminu u mutantů Saccharomyces cerevisiae


1973–1978
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Ústav kvasné chemie a bioinženýrství
Obhajoba Ing. Obor: kvasné chemie a technologie
Diplomová práce: Fysiologické charakteristiky Candida utilis rostoucí na ethanolu



PRACOVNÍ ZKUŠENOSTI




09/2021
Vicekancléř pro internacionalizaci, VŠCHT, Praha


09/2013-08/2020
vedoucí Ústavu biochemie a mikrobiologie, VŠCHT, Praha


01/2012–12/2019
děkan FPBT VŠCHT, Praha


2009/2011
prorektor pro zahraničí - VŠCHT, Praha


2006/2009
proděkan pro vědu a výzkum FPBT VŠCHT, Praha


12/2002 – dosud
profesor, Ústav biochemie a mikrobiologie - VŠCHT, Praha


01/1996 – dosud
docent, Ústav biochemie a mikrobiologie - VŠCHT, Praha


09/1984
odborný asistent, Ústav biochemie a mikrobiologie - VŠCHT, Praha



ODBORNÁ ZPŮSOBILOST

Struktura, interakce, transport a funkce retrovirových proteinů a částic, biosorpce těžkých kovů, biodegradace pesticidů, vliv organických látek na lidské buňky, biokompatibilita materiálů pro klinické aplikace, aktivita molekul a nanočástic pro fotodynamickou terapii, Bioprospekce - analýza léčivých účinků mořských a rostlinných zdrojů
ORGANIZAČNÍ ČINNOST

Hlavní organizátor 3 mezinárodních symposií: „Retrovirus Assembly Meeting“ (2000, 2004 a 2008 v Praze), spoluorganizátor 6 dalších mezinárodních symposií; hlavní řešitel nebo spoluřešitel za VŠCHT 36 projektů z toho šesti mezinárodních
ZAHRANIČNÍ STUDIJNÍ POBYTY

University of Alabama at Birmingham - virologie 1989-1991, 1994 (3 měsíce), 1996 (3 měsíce), 1998 (3 měsíce); City College New York (aktivace protoonkogenů) 1993 (3 měsíce)
PUBLIKAČNÍ AKTIVITA

Vědecké práce ve WoS: 254
Spoluautor 8 patentů (z toho dva realizovány licenční smlouvou)
Počet citací bez autocitací: > 6 800
H-index: 42
PEDAGOGICKÁ AKTIVITA

Inicioval zavedení nových studijních programů - Forenzní analýza, inicioval a spoluzaložil nový studijní program Bioinformatika.
Zavedl a vyučoval nové kurzy: Molekulární genetika, Genové inženýrství, Genetické manipulace - laboratorní kurz, Průmyslová mikrobiologie; Učil: Mikrobiologie. Laboratoř: Mikrobiologie, Biochemie, Mikrobiální analýza potravin.
Vedl 84 obhájených diplomových prací (4 cena J. Hlávky za nejlepší diplomovou práci) a 25 Ph.D. studentů úspěšně obhájilo své práce (jedno 3. místo v ceně Sanofi Pasteur, dvěma uděleno Votočkovo stipendium a jedna Cena J. Hlávky).
OCENĚNÍ




2012
Cena ministra školství, mládeže a tělovýchovy „Za mimořádné výsledky výzkumu, experimentálního vývoje a inovací“


2014
Cena rektora „Za mimořádné výsledky ve výzkumu a úspěšnou propagaci vědy“


2015
Cena Vietnamského presidenta „Za zásluhy o porozumění mezi národy“



                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 56632
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/molvirol/ruml
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [56548] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Laboratoř molekulární biologie a virologie
                                    [seo_title] => Kovové materiály
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Domů  Publikace

Kovové materiály pro použití v ortopedii
Trendy vývoje nových biomateriálů pro použití v ortopedii se zaměřují na dosažení vhodných mechanických vlastností, antibakteriálního působení a schopnost urychlení hojení. Dalším trendem je použití degradovatelných materiálů u dočasných aplikací, což eliminuje nutnost reoperace. Nové biomateriály, které jsou vyvíjeny našimi spolupracovníky, musí být nejprve testovány a schváleny. Na našem pracovišti se zabýváme prvním stupněm testování biomateriálů s použitím buněčných kultur a relevantních metod.
 
Snímek lidských imortalizovaných kmenových buněk odvozených z tukové tkáně rostoucích na titanové slitině s nanoúpravou (modře jádro, červeně aktinová vlákna); Elektronmikroskopický snímek myších fibroblastů rostoucích na hořčíkové slitině (zvětšení 2000 x)
Způsob řešení a metody
Sledujeme korozní rychlost v biologických médiích za fyziologických podmínek, testujeme in vitro cytotoxicitu biomateriálů dle normy ISO 10993-5 (zkouška na extraktech s vyhodnocením metabolické aktivity pomocí resazurinu) a sledujeme kolonizaci povrchů materiálů buňkami pomocí mikroskopických technik (pomocí fluorescenční i skenovací elektronové mikroskopie). Jako buněčné modely používáme myší fibroblasty i buněčné linie odvozené od lidské kostní tkáně. Testujeme také antibakteriální vlastnosti materiálů.
Kontakt
Ing. Eva Jablonská, Ph.D.
Ing. Zdeněk Míchal
doc. Ing. Jan Lipov, Ph.D. 
prof. Ing. Tomáš Ruml, CSc.
Publikace
Spolupráce

Ústav kovových materiálů a korozního inženýrství, VŠCHT
Ústav skla a keramiky, VŠCHT
Katedra fyziky materiálů, MFF UK
Fyzikální ústav AVČR

                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 56548
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/molvirol/kovove-materialy
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [56535] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [barva_pozadi] => seda
                                    [uslideru] => false
                                    [text] => 
vedoucí skupiny:
prof. Ing. Tomáš Ruml, CSc.
docenti:
doc. Ing. Jan Lipov, Ph.D.
doc. Ing. Jaroslav Zelenka, Ph.D.
odborní asistenti:
Ing. Silvie Rimpelová, Ph.D.
Ing. Jan Prchal, Ph.D.
Ing. Markéta Častorálová, PhD.
Ing. Eva Jablonská, Ph.D.
Ing. Vladimíra Pavlíčková, Ph.D.
Ing. Nikola Vrzáčková, Ph.D.

doktorandi:

Ing. Jiřina Kaufmanová
Ing. Habibullah Giyaullah
MSc. Lan Hoang
Ing. Radim Novotný
Ing. Barbora Vokatá
Ing. Jakub Sýs
Ing. Jan Škubník
Ing. Jiří Bejček
Ing. Bára Křížkovská
Ing. Michaela Kubáňová
Ing. Lukáš Bláha
Ing. Tomáš Přibyl
Ing. Karolína Burešová
Ing. Lucie Hodboďová
Ing. Zdeněk Míchal


technický personál:
Radka Budilová
                                    [iduzel] => 56535
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => infobox
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 29801
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/molvirol
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => stranka
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 1
                        )

                )

            [29802] => stdClass Object
                (
                    [nazev] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO
                    [seo_title] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO
                    [seo_desc] => 
                    [autor] => 
                    [autor_email] => 
                    [obsah] => 
Domů   Projekty   Publikace


Během posledních dvou století prošla mikrobiologie a jí příbuzné biologické vědy obrovským vývojem, a současné poznání jen potvrzuje prohlášení nejvýznamnějšího mikrobiologa 19. století Louise Pasteura. Naše mikrobiologická laboratoř a problematiky, které řešíme, spadají do několika oblastí. Velká pozornost je věnována potravinářské mikrobiologii, což je dáno i historicky - Ústav biochemie a mikrobiologie patří pod Fakultu potravinářské a biochemické technologie. V posledních dvaceti letech se problematika laboratoře značně rozšířila. V roce 2004 byla potvrzena činnost akreditované Zkušební laboratoře pro potravinářskou mikrobiologii (PM) a geneticky modifikované organismy (GMO). Vedle této činnosti je vědecký výzkum v oblasti PM podpořen několika projekty grantových agentur. Stejně tak i v oblasti aplikované mikrobiologie řešíme v současné době několik aktuálních problémů.
V následující části jsou postupně uvedeny jednotlivé oblasti výzkumu a projekty získané v jednotlivých oblastech zaměření naší pracovní skupiny.
Oblasti zaměření naší pracovní skupiny:

Potravinářská mikrobiologie
Aplikovaná mikrobiologie
GMO

Potravinové patogeny, se kterými pracujeme:

Salmonella sp., Escherichia coli, Cronobacter sp., Campylobacter jejuni / coli, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes

Co nás na nich zajímá:

identifikace klasickými a moderními metodami
vývoj rychlých metod stanovení
genotypizace
rezistence k antibiotikům
exprese faktorů virulence a dalších vybraných genů
produkce enterotoxinů u S. aureus
tvorba biofilmu a odolnost biofilmu vůči antimikrobiálním látkám
termorezistence

Metody, které používáme:

kultivační a identifikační metody klasické potravinářské mikrobiologie včetně ISO metod
identifikace mikroorganismů metodou MALDI-TOF MS
detekce a identifikace potravinářsky významných mikroorganismů pomocí PCR
izolace DNA a RNA
detekce a kvantifikace genů pomocí end-point PCR a qPCR
Sangerovo sekvenování genových sekvencí
genotypizační metody (PFGE, AFLP, RAPD, ERIC, MLST, mP-BiT…)
moderní sekvenační metody (nanopórové sekvenování)
detekce SNP metodou MALDI-TOF MS
detekce aktivit beta-laktamáz metodou MALDI-TOF MS
transkripce vybraných bakteriálních genů (qPCR)
konfokální mikroskopie se zaměřením na kvantifikaci a rekonstrukci struktury biofilmů
bioluminiscenční analýza aktivit signálních molekul systému quorum sensing

                    [urlnadstranka] => 
                    [ogobrazek] => 
                    [pozadi] => 
                    [poduzel] => stdClass Object
                        (
                            [64923] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [seo_title] => Konference
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Domů   Projekty   Publikace   Konference

Sborníky:

2022 Aktuální problematika mikrobiologie potravin

                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 64923
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/potraviny/konference
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [56055] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [barva_pozadi] => cervena
                                    [uslideru] => false
                                    [text] => 
„Pánové, jsou to mikrobi, kteří mají poslední slovo.“
Louis Pasteur, 1822-1895

                                    [iduzel] => 56055
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => infobox
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                            [56084] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO
                                    [seo_title] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Domů   Projekty   Publikace

Publikace Laboratoře potravinářské a aplikované mikrobiologie 2020-2023

Branyšová T., Demnerová K., Stiborová H. (2020) Mikroorganismy kontaminující audiovizuální a fotografické památky kulturního dědictví: izolace a identifikace. Bioprospect, 30(2), 25-30.
Hrbek V., Zdenkova K., Jilkova D., Cermakova E., Jiru M., Demnerova K., Pulkrabova J. & Hajslova J. (2020) Authentication of meat and meat products using triacylglycerols profiling and by DNA analysis. Foods 9(9), 1269.
Chlumsky O., Purkrtova S., Michova (Turonova) H., Svarcova (Fuchsova) V., Slepicka P., Fajstavr D., Ulbrich P., Demnerova K. (2020) The effect of gold and silver nanoparticles, chitosan and their combinations on bacterial biofilms of food-borne pathogens. Biofouling, 36(2), 222-233.
Kracmarova M., Karpiskova J., Uhlik O., Strejcek M., Szakova J., Balik J., Demnerova K., Stiborova H. (2020) Microbial communities in soils and endosphere of Solanum tuberosum L. and their response to long-term fertilization. Microorganisms, 8(9), 1377.
Lovecka P., Svobodova A., Macurkova A., Vrchotova B., Demnerova K., Wimmer Z. (2020) Decorative Magnolia plants: A comparison of the content of their biologically active components showing antimicrobial effect. PLANT-BASEL, 9(7), N. 87.
Stiborova H., Kronusova O., Kastanek P., Brazdova L., Lovecka P., Jiru M., Belkova B., Poustka J., Stranska M., Hajslova J., Demnerova K. (2020) Waste products from the poultry industry: a source of high-value dietary supplements. Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 95 (4), 985-992.
Stiborova H., Strejcek M., Musilova L., Demnerova K., Uhlik O. (2020) Diversity and phylogenetic composition of bacterial communities and their association with anthropogenic pollutants in sewage sludge. Chemosphere, 238,124629.
Tepla B., Demnerova K., Stiborova H. (2020) History and microbial biodeterioration of audiovisual materials. Journal of Cultural Heritage, 44, 218-228.
Mukherjee S., Horka P., Zdenkova K., Cermakova E. (2024) Fish parvalbumin gene: Detection and Quantification by universal primers for forensic application. Journal of Food Composition and Analysis, 2024, 106029. https://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.jfca.2024.106029
Dostálková A., Zdeňková K., Bartáčková J., Čermáková E., Kapisheva M., Lopez Marin M. A., Kouba V., Sýkora P., Chmel M., Bartoš O., Dresler J., Demnerová K., Rumlová M., Bartáček J. (2024)  Prevalence of SARS-CoV-2 variants in Prague wastewater determined by nanopore-based Sequencing. Chemosphere, 351, 141162. 
Bartackova J., Kouba V., Dostalkova A., Cermakova E., Marin M. A. L., Chmel M. Milanova M., Demnerova K., Rumlova M., Sykora P., Bartacek J., Zdenkova K. (2023) Monitoring of monkeypox viral DNA in Prague wastewater. Science of The Total Environment, 902, 166110 (2023). 
Lopez Marin M. A., Zdenkova K., Bartackova J., Cermakova E., Dostalkova A., Demnerova K., Vavruskova L., Novakova Z., Sykora P., Rumlova M., Bartacek J. (2023) Monitoring COVID-19 spread in selected Prague's schools based on the presence of SARS-CoV-2 RNA in wastewater. Science of The Total Environment, 871, Article 161935. 
Mukherjee S., Horka P., Zdenkova K., Cermakova E. (2023) Parvalbumin: A Major Fish Allergen and a Forensically Relevant Marker. Genes, 14(1), 223. 
Cermakova E., Lencova S., Mukherjee S., Horka P., Vobruba S., Demnerova K., Zdenkova K. (2023) Identification of Fish Species and Targeted Genetic Modifications Based on DNA Analysis: State of the Art. Foods, 12(1), 228. 
Zdenkova K., Bartackova J., Cermakova E., Demnerova K., Dostalkova A., Janda V., Jarkovsky J., Lopez Marin M. A., Nováková Z., Rumlova M., Rihova Ambrozova J., Skodakova K., Swierczkova I., Sykora P., Vejmelkova D., Wanner J., Bartacek J. (2022) Monitoring COVID-19 spread in Prague local neighborhoods based on the presence of SARS-CoV-2 RNA in wastewater collected throughout the sewer network. Water Research, 118343. 
Lencova S., Stiborova H., Munzarova M., Demnerova K., Zdenkova K. (2022) Potential of Polyamide Nanofibers With Natamycin, Rosemary Extract, and Green Tea Extract in Active Food Packaging Development: Interactions With Food Pathogens and Assessment of Microbial Risks Elimination. Frontiers in microbiology, 13, 857423. . 
Mukherjee S., Bartoš O., Zdeňková K., Hanák P., Horká P., Musilova Z. (2021) Evolution of the parvalbumin genes in teleost fishes after the whole-genome duplications. Fishes, 6(4), 70. 
Vašek J., Čílová D., Melounová M., Svoboda P., Zdeňková K., Čermáková E., Ovesná, J. (2021) OpiumPlex is a novel microsatellite system for profiling opium poppy (Papaver somniferum L.); Scientific Reports, 11(1), 1-15. DOI: 10.1038/s41598-021-91962-1. 
Lencova S., Zdenkova K., Jencova V., Demnerova K., Zemanova K., Kolackova R., Hozdova K., Stiborova H. (2021) Benefits of Polyamide Nanofibrous Materials: Antibacterial Activity and Retention Ability for Staphylococcus Aureus. Nanomaterials (Basel). 11 (2), 480. DOI: 10.3390/nano11020480. 
Teixeira M. A., Vaz-Moreira I., Calderón-Franco D., Weissbrodt D., Purkrtova S., Gajdos S., Dottorini G., Halkjær Nielsen P., Khalifa L., Cytryn E., Bartacek J., Manaia C. M. Candidate biomarkers of antibiotic resistance for the monitoring of wastewater and the downstream environment. Water Res, 2023, 247.doi.org/10.1016/j.watres.2023.120761
Purkrtova S., Savicka D., Kadava J., Sykorova H., Kovacova N., Kalisova D., Nesporova T., Novakova M., Masek Benetkova B., Koukalova L., Boryskova S., Hnulikova B., Durovic M., Demnerova K. Microbial Contamination of Photographic and Cinematographic Materials in Archival Funds in the Czech Republic. Microorganisms. 2022, 10, 155. doi.org/10.3390/microorganisms10010155.
Miłobedzka A., Ferreira C., Vaz-Moreira I., Calderón-Franco D., Gorecki A., Purkrtova S., Bartacek J., Dziewit L., Singleton C.M., Nielsen P.H., Weissbrodt D.G., Manaia M.C. Monitoring Antibiotic Resistance Genes in Wastewater Environments: The Challenges of Filling a Gap in the One-Health Cycle. J. Hazar. Mater. 2022, 424, 1-15. doi.org/10.1016/j.jhazmat.2021.127407.
Chlumsky O., Smith H. J., Parker A.E., Brileya K., Wilking J.N., Purkrtova S., Michova H., Ulbrich P., Viktorova J., Demnerova K. Evaluation of the Antimicrobial Efficacy of 
N-Acetyl-l-Cysteine, Rhamnolipids, and Usnic Acid—Novel Approaches to Fight Food-Borne Pathogens. Int J Mol Sci. 2021, 22(21), 11307. doi.org/10.3390/ijms222111307.
Chlumsky O., Purkrtova S., Michova H., Sykorova H., Slepicka P., Fajstavr D., Ulbrich P., Viktorova J., Demnerova K. Antimicrobial Properties of Palladium and Platinum Nanoparticles: A New Tool for Combating Food-Borne Pathogens. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22(15), 7892. doi.org/10.3390/ijms22157892. 
Solcova M., Demnerova K., Purkrtova S. Application of Nanopore Sequencing (MinION) for the Analysis of Bacteriome and Resistome of Bean Sprouts. Microorganisms 2021, 9(5), 937. doi.org/10.3390/microorganisms9050937.
Storti E., Lojka M., Lencova S., Jankovsky O., Aneziris C. (2023) Synthesis and characterization of nanoplatelets-containing fibers by electrospinning. Open Ceramics, 15, 100395. https://doi.org/10.1016/j.oceram.2023.100395  
Lencova S., Stiborova H., Munzarova M., Demnerova K., Zdenkova K. (2022): Potential of polyamide nanofibers with natamycin, rosemary extract, and green tea extract in active food packaging development: Interactions with food pathogens and assessment of  microbial risks elimination. Frontiers in Microbiology, 13. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.857 
Lencova, S., Zdenkova, K., Stiborova, H., Demenrova, K. (2022) Antibacterial and antibiofilm effect of natural substances and their mixtures over Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, and Escherichia coli. LWT – Food Science and Technology, 154. https://doi.org/10.1016/j.lwt.2021.112777
Lencova, S., Zdenkova, K., Jencova, V., Demnerova, K., Zemanova, K., Kolackova, R., Hozdova, K., Stiborova, H. (2021) Benefits of Polyamide Nanofibrous Materials: Antibacterial Activity and Retention Ability for Staphylococcus aureus. Nanomaterials, 11(2), 480. https://doi.org/10.3390/nano11020480
Lencova, S., Svarcova, V., Stiborova, H., Demnerova, K., Jencova, V., Hozdova, K., Zdenkova, K. (2021) Bacterial Biofilms on Polyamide Nanofibers: Factors Influencing Biofilm Formation and Evaluation. ACS Applied Materials & Interfaces, 13 (2), 2277-2288. https://doi.org/10.1021/acsami.0c19016
Nežerka, V., Holeček, P., Somr, M., Tichá, P., Domonkos, M., & Stiborová, H. (2023) On the possibility of using bacteria for recycling fines fractions of concrete waste: a critical review. Reviews in Environmental Science and Bio/Technology, 22 (2), 427-450. https://doi.org/10.1007/s11157-023-09654-3
Holeček, P., Kliková, K., Koňáková, D., Stiborová, H., Nežerka, V. (2023) Ureolytic bacteria-assisted recycling of waste concrete fines. Powder Technology, 119310. https://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.powtec.2023.119310


Publikace:

Száková, J.;  Stiborová, H.;  Mercl, F.;  Hailegnaw, N. S.;  Lhotka, M.;  Derevyankina, T.;  Paul, C. S.;  Taisheva, A.;  Brabec, M.; Tlustos, P., Woodchips biochar versus bone char in a one-year model soil incubation experiment: the importance of soil/char pH alteration on nutrient availability in soil. Journal of Chemical Technology and Biotechnology,  May 2023, https://doi.org/10.1002/jctb.7421
Kracmarova M., Uhlik O., Strejcek M., Szakova J., Cerny J., Balik J., Tlustos P., Kohout P., Demnerova K., Stiborova H.: Soil microbial communities following 20 years of fertilization and crop rotation practices in the Czech Republic, Environmental Microbiome 2022, 17, 13, https://doi.org/10.1186/s40793-022-00406-4
Stiborova H., Kracmarova M., Vesela T., Biesiekierska M., Cerny J., Balik J., Demnerova K.: Impact of long-term manure and sewage sludge application to soil as organic fertilizer on the incidence of pathogenic microorganisms and antibiotic resistance genes. Agronomy-Basel 2021, 11 (7), https://doi.org/10.3390/agronomy11071423
Kracmarova M., Kratochvilova H., Uhlik O., Strejcek M., Szakova J., Cerny J., Tlustos P., Balik J., Demnerova K., Stiborova H.: Response of soil microbes and soil enzymatic activity to 20 years of fertilization. Agronomy 2020, 2020, 10(10), 1542, https://doi.org/10.3390/agronomy10101542
Kracmarova M., Karpiskova J., Uhlik O., Strejcek M., Szakova J., Balik J., Demnerova K., Stiborova H.: Microbial communities in soils and endosphere of Solanum tuberosum L. and their response to long-term fertilization. Microorganisms 2020, 8(9), 1377, https://doi.org/10.3390/microorganisms8091377 
Stiborova H., Strejcek M., Musilova L., Demnerova K., Uhlik O.: Diversity and phylogenetic composition of bacterial communities and their association with anthropogenic pollutants in sewage sludge. Chemosphere 2020, 238, 124629, https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2019.124629


Skripta
Demnerová K., Kadavá J., Melenová I., Pazlarová J., Purkrtová S., Sýkorová H., Turoňová H., Zdeňková K.: Laboratoř mikrobiologického zkoumání potravin. ISBN 9788070809570, VŠCHT vydavatelství, Praha 2016.
Patenty
Úplné kultivační médium pro mikrobiální produkci etanolu nebo butanolu, způsoby jeho výroby a způsoby výroby etanolu a butanolu, CZ 306795, Patáková P., Branská B., Stiborová H. et al.
Využití zbytku po strojním oddělení drůbežího masa pro přípravu směsi obsahující bioaktivní látky, CZ 307399, Stiborová H., Demnerová K., Lovecká P., Kaštánek P., Kronusová O., Jandejsek Z., Fulín T.
Užitné vzory
Munzarová M., Demnerová K., Lencová S., Stiborová H., Zdeňková K.: Zvlákňovací roztok pro výrobu nanovlákenné vrstvy a potravinářské obaly tuto nanovlákennou vrstvu obsahující. Užitný vzor CZ 33798 U1 zapsaný Úřadem průmyslového vlastnictví dne 27.02.2020.
Ovesná J., Fialová E., Kučera L., Řehořová K.: Reakční směs pro detekci přítomnosti jedinečných DNA sekvencí klikvy (Vaccinum macrocarpon L.) v potravinářských produktech. Česká republika, CZ užitný vzor 32576 U1. 28. listopadu 2018.
Certifikované metodiky
Šviráková E., Mühlhansová A., Purkrtová S., Němečková I., Jelínková M., Felsberg J.: Identifikace bakterií rodu Acinetobacter, vyskytujících se v mléce, mlékárenských výrobcích a na výrobním zařízení a pomůckách, pomocí metody polymerázové řetězové reakce s využitím rodově specifických primerů. Uplatněno: Státní veterinární ústav Jihlava. Osvědčení SVS č. SVS/2015/135598-G.
Zdeňková K., Demnerová K., Akhatova D., Fialová E., Krupa O., Kubica L., Lencová S.: Využití polymerázové řetězové reakce pro autentizaci hovězího, vepřového, kuřecího a koňského masa, Praha 2017. ISBN 978-80-7592-005-8.
                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 56084
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/potraviny/publikace
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [56072] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO
                                    [seo_title] => Laboratoř potravinářské a aplikované mikrobiologie a GMO
                                    [seo_desc] => 
                                    [autor] => 
                                    [autor_email] => 
                                    [obsah] => 
Domů   Projekty   Publikace

1. Detekce, identifikace a charakterizace potravinářsky významných mikroorganismů a mikrobiomu potravin 
Rychlá a spolehlivá detekce, kvantifikace a identifikace cílových mikroorganismů v potravinách patří mezi významné požadavky praxe potravinářské mikrobiologie. Vývoj a zavádění nových a spolehlivých metod detekce, kvantifikace a identifikace mikroorganismů přítomných v potravinách patří tedy též mezi významné úkoly potravinářské mikrobiologie. Typizační metody poté umožňují detekovat zdroje mikrobiální kontaminace v potravinách. Při řešení této problematiky používáme jak klasické kultivační metody včetně ISO metod, tak vhodné molekulárně-biologické metody (end-point PCR, qPCR, MALDI-TOF MS, Sangerovo sekvenování, masivní paralelní sekvenování).
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Izolace a identifikace cílových skupin mikroorganismů z potravin a potravinářských provozů (zvláště mlékárenské provozy, tržní síť) včetně nově řešených patogenních rodů
Vývoj nových metod pro detekci, kvantifikaci a typizaci mikroorganismů v potravinách
Řešení mikrobiologických problémů z potravinářské praxe
Studium vlivu protektivních mikrobiálních kultur na mikrobiom potravin 

Podpora:

Spolupráce s průmyslovými partnery
MZE QJ1210300 - Systémy jištění kvality a bezpečnosti mlékárenských výrobků vhodnými metodami aplikovatelnými v praxi (2012-2016)
MZE QL24010251 Nature in Cheese - Komplexní mikrobiota sýrů – nové metody hodnocení jejího složení a bezpečnosti pro následné využití v technologii sýrů (2024-2028)


 
2. Tvorba a odolnost biofilmu
Bakterie se v přirozeném prostředí převážně vyskytují nikoliv ve formě volně pohyblivých planktonních buněk, ale jako přisedlá společenství na pevném podkladu ve formě tzv. biofilmu. Buňky biofilmu jsou s povrchem a navzájem mezi sebou ireversibilně spojeny extracelulárními polymerními látkami (EPS - extracellular polymeric substances) matrice, která tvoří až 85 % celkové hmoty biofilmu a je složena převážně z vody, exopolysacharidů, lipidů, proteinů a eDNA. Biofilm je protkán kanálky, které slouží k rozvodu živin a umožňují buněčnou komunikaci prostřednictvím nízkomolekulárních látek. Buňky biofilmu mají díky ochranné vrstvě matrice a EPS vyšší odolnost před vlivy vnějšího prostředí (nutriční stresy, průnik antimikrobiálních látek), vykazují též odlišný růst a genovou expresi oproti buňkám planktonním. Vazby jsou tak pevné, že buňky nemohou být z povrchu odstraněny pouhým oplachem a tímto se biofilm stává nežádoucí v mnoha oblastech lidského života. Z klinického hlediska se například jedná o zubní plak či biofilm pokrývající lékařské implantáty a katetry. Z hlediska potravinářské mikrobiologie je biofilm velkým problémem ve výrobních a přepravních zařízeních, kde způsobuje korozi materiálů či kontaminaci produktů. Z tohoto důvodu se zabýváme studiem podmínek tvorby biofilmu u jednotlivých potravinových patogenů (vliv média, teploty, stresové podmínky, působení antimikrobiálních látek, koexistenční vztahy mikrobů) spolu se studiem struktury a exprese genů regulujících jeho tvorbu. Pro účely praxe poté studujeme působení dezinfekčních a antimikrobiálních látek na devitalizaci a tvorbu biofilmu.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Vliv kovových nanočástic a přírodních látek na tvorbu a eradikaci biofilmu
Jedno- a více-druhové biofilmy významných bakteriálních patogenů
Využití fluorescenční in-situ hybridizace a laserové konfokální mikroskopie pro charakterizaci směsných biofilmů
Vliv experimentálních podmínek na výsledky kvantifikace biofilmu
Vliv antimikrobiálních látek na transkripci genů významných pro tvorbu biofilmu

Podpora:

VIGA projekty



3. Rezistence k antibiotikům v potravinovém řetězci
Vzrůstající výskyt rezistence bakterií k antibiotikům patří mezi závažné problémy 21. století. Výskyt rezistentních bakteriálních kmenů následně zužuje spektrum vhodných antibiotik použitelných pro léčbu i běžných bakteriálních infekcí a/nebo prevenci jejich vzniku např. v chirurgii. Mezi místa, kde nejčastěji dochází ke vzniku nových determinant rezistence k antibiotikům a/nebo jejich šíření (tzv. hot spoty), patří čistírny odpadních vod, nemocnice, ale i potravinový řetězec. Trendem dnešní doby je proto vývoj a zavedení nových rychlých a spolehlivých, avšak dostatečně univerzálních a variabilních metod a metodických přístupů pro stanovení determinant rezistence k antibiotikům.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Výskyt genů rezistence u potravinářsky významných a patogenních bakterií (např. Salmonella spp., Escherichia coli, Listeria monocytogenes a Staphylococcus aureus)
Detekce genů rezistence k antibiotikům v potravinovém řetězci a dalších tzv. hot spotech (čistírny odpadních vod) a studium jejich genetických determinant (např. geny efluxních pump, beta-laktamáz, geny rezistence k tetracyklinu)
Bakteriom potravinového řetězce a variabilita jeho rezistomu
Validace qPCR protokolů pro kvantifikaci genů rezistence k antibiotikům
Využití MALDI-TOF MS pro stanovení fenotypových a genotypových profilů bakterií rezistentních k antibiotikům
Sledování rezistence a multirezistence patogenů izolovaných z různých typů vzorků (potraviny, klinické případy, čistírny odpadních vod, atd.)

 Podpora:

ARG Tech (2020-2023) - Technologie pro odstranění genů antibiotické rezistence z čistírenských kalů aplikovaných v zemědělství TAČR SS01020112
Česká platforma antibiotické rezistence (CZEPAR) (https://czepar.vscht.cz/czepar)
EU4 Health project-EU-WISH (Wastewater Integrated Surveillance for Public Health) (2023-2026) (https://www.eu-wish.eu/)

 
4. Analýza bakteriomu aktivovaného kalu metodou nanopórového sekvenování 
Bakteriom aktivovaného kalu je velmi různorodý, kdy některé bakteriální druhy, obvykle velmi obtížně kultivovatelné či dosud nekultivované, jsou však technologicky nežádoucí a problematické pro správný průběh čištění. Metodami pro jejich stanovení jsou proto mikroskopická analýza či různé molekulárně-biologické metody. Nově zaváděná metoda nanopórového sekvenování amplikonů 16S rRNA a metagenomové DNA je velmi vhodná, neboť při příznivé ceně a při provedení vhodném pro běžnou laboratorní praxi, umožňuje jak celkovou analýzu bakteriomu izolované DNA, tak získání informace o četnosti cílových technologicky problematických druhů. 
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Zavedení a využití moderní metody nanopórového sekvenování pro detekci a kvantifikaci technologicky nežádoucích bakteriálních druhů obsažených v aktivovaném kalu s cílem stanovit a optimalizovat kroky vedoucí ke zlepšení procesu čištění odpadních vod

Podpora:

2. VS SIGMA DC2 TQ03000804 NASEK - Využití nanopórového sekvenování bakteriomu aktivovaného kalu pro řízení procesu čištění odpadních vod (2024-2025)

 
 
5. Exprese faktorů virulence bakteriálních patogenů
Staphylococcus aureus je významný patogen produkující celou řadu toxických látek vyvolávající různá onemocnění. Z pohledu potravinářské mikrobiologie je jeho nejvýznamnější vlastností schopnost produkce termostabilních enterotoxinů, které mohou způsobit alimentární intoxikace neboli otravy z jídla. Dlouhodobě se zaměřujeme právě na studium exprese genů, které se podílí na tvorbě biofilmu i na produkci enterotoxinů; a to jak na úrovni mRNA, tak i na úrovni proteinu. Na úrovni mRNA je využívána metoda reverzní transkripce a kvantitativní real-time PCR (RT-qPCR), na úrovni proteinu imunochemická metoda ELISA. Vedle této činnosti je u testovaných kmenů prováděna i základní fenotypová a genotypová charakterizace. Mimo transkripci genů S. aureus je zkoumána i míra transkripce virulentních faktorů oportunního patogenu Cutibacterium acnes
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Virulence Staphylococcus aureus
Virulence Cutibacterium acnes

Podpora:

VIGA projekty



6. Analýza geneticky modifikovaných organismů (GMO)
GMO jsou definovány jako takové organismy, jejichž genetický materiál byl změněn způsobem, jehož nelze dosáhnout přirozenou cestou. Pomocí cílených genetických úprav lze dosáhnout požadovaných vlastností organismů, jako jsou např. zvýšená odolnost vůči negativním vlivům (škůdci, plevele, choroby, klimatické podmínky), zvýšení obsahu makro i mikronutrientů nebo urychlení růstu bez snížení nutriční hodnoty. Výzkumem a monitoringem GMO se zabýváme i v naší laboratoři, provádíme rutinní analýzy přítomnosti i přesnou kvantifikaci GMO, a to prostřednictvím PCR a PCR s fluorescenční detekcí v reálném čase (qPCR). Jsou analyzovány monitorované sekvence určující transgenní DNA (promotory a terminátory transkripce, selekční markery) i odrůdově specifické hraniční sekvence konkrétních GMO. Používány jsou in house postupy (SOP) i ISO ČSN protokoly.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Detekce a kvantifikace GMO v potravinách
Multiplex PCR/qPCR

Podpora:

Členství a spolupráce s Českou komisí pro nakládání s geneticky modifikovanými organismy a genetickými produkty
Členství a spolupráce s Vědeckým výborem pro geneticky modifikované potraviny a krmiva
Každoroční finanční podpora MŽP



7. Problematika falšování potravin
Falšování potravin je velkým problémem na současném světovém trhu. Hlavním důvodem falšování potravin je snaha výrobce o snížení nákladů na výrobu, přičemž v informacích pro spotřebitele uvedených na obalu výrobku deklaruje vyšší kvalitu, než ve skutečnosti prodává. Jedná se tedy o klamání spotřebitele, současně však může docházet i k ohrožení jeho zdraví. Maso a masné výrobky patří k nejdražším potravinám, a proto spadají do kategorie nejčastěji falšovaných komodit. Jedním z běžných způsobů klamání zákazníků je náhrada jakostního druhu masa masem méně hodnotným a uvádění nesprávného poměru obsahu druhu masa na etiketě výrobku. Metody založené na analýze DNA jsou velmi přesným nástrojem pro odhalování pravosti surovin, ze kterých jsou potraviny vyráběny. Naším cílem je vyvinout a validovat metody, které jsou vhodné pro analýzu komplexních a zpracovaných potravinářských matric. K tomu je třeba disponovat postupy pro určení druhové specificity a vhodnými nástroji na extrakci nukleových kyselin ze složitých matric. Náš výzkum se zabývá druhovou identifikací živočichů a rostlin pomocí PCR, sekvenace DNA i proteomické analýzy metodou MALDI-TOF MS. Jsou řešeny projekty zaměřené na molekulárně-biologickou analýzu významných druhů hospodářských zvířat (skot, prase, kůň či drůbež), analýzu mikrosatelitů a PCR identifikaci máku setého i druhovou identifikaci ryb prostřednictvím PCR amplifikující jaderný gen kódující významný alergen ryb, parvalbumin.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Identifikace potravinářsky významných živočišných druhů pomocí analýzy DNA
Identifikace ryb prostřednictvím molekulárně-biologických a proteomických přístupů
Vývoj molekulárního markeru pro diferenciaci odrůd máku setého

Podpora:

MZe (NAZV) QK23020101: Komplexní laboratorní strategie pro identifikaci druhů hmyzu určeného k lidské spotřebě a produkci zpracované živočišné bílkoviny, autentikace potravin na jeho bázi
MZE QK1910231 - Nové přístupy k průkazu falšování rybího masa pomocí genomové DNA
MZe (NAZV) QJ1530272 - Komplexní strategie pro efektivní odhalování falšování potravin v řetězci (provo)výroba-spotřebitel



8. Interakce nanovlákenných materiálů s mikroorganismy
Nanotechnologie se staly součástí našeho každodenního života. Jejich výzkumu je věnována velká pozornost v různých odvětvích, medicínu a potravinářství nevyjímaje. Aktuálně je velký zájem o využití nanomateriálů v tkáňovém inženýrství, což je obor zabývající se přípravou biologicky ekvivalentních náhrad tkání a orgánů, nebo při výrobě aktivních potravinových obalů prodlužujících trvanlivost potravin bez nutnosti použití konzervačních látek. Pro obě zmíněné oblasti je zcela zásadní mikrobiologická bezpečnost a znalost interakcí mikroorganismů s aplikovanými nanomateriály. V naší laboratoři je studován vliv nefunkcionalizovaných i funkcionalizovaných nanovlákenných textilií na růst, tvorbu biofilmu i transkripci genů vybraných patogenních i prospěšných mikroorganismů. Zabýváme se vlivem morfologie nanomateriálů zvlákněných metodou electrospinning z různých polymerů na mikrobiální interakce. V současném výzkumu se ukazuje, že právě pomocí morfologie lze účinně potlačit nebo podpořit mikrobiální růst. Ke studiu interakcí mezi mikroorganismy a nanovlákennými materiály využíváme jak klasické mikrobiologické metody, tak i molekulárně-biologické metody a mikroskopické metody, zejména skenovací elektronovou mikroskopii. Nanovlákenné materiály jsou připravovány a charakterizovány spolupracovníky z českých firem i z Technické univerzity v Liberci.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Vliv morfologie a struktury nefunkcionalizovaných nanomateriálů na růst bakterií, tvorbu biofilmu a retenci vybraných klinických a potravních patogenů a biotechnologicky významných mikroorganismů
Aplikace nanovláken do potravinových obalů a jejich vliv na potravinovou mikrobiotu
Vývoj antibakteriálních nanovlákenných chirurgických nití za účelem snížení rizika nozokomiálních nákaz
Vliv nanovláken na růst a transkripci vybraných genů Staphylococcus aureus/ Cutibacterium acnes

Podpora:

GAČR 23-05154S Interakce prokaryotických a eukaryotických buněk s nanovlákny s různou morfologií a strukturou
PO, OP PIK APLIKACE, CZ.01.1.02/0.0/0.0/16_084/0009936 - Aplikace nanovláken v potravinářských obalech



9. Analýza virové RNA/DNA v potravinách a vodách
Nemoci z potravin mohou být způsobeny požitím potravy, ve které jsou přítomné patogenní mikroorganismy nebo jimi produkované toxiny. K mikroorganismům kontaminujícím potraviny a vodu patři nejenom mnohé bakterie a plísně, ale i viry. Nejčastějšími viry, které se potravinami a vodou přenáší, jsou noroviry a virus hepatitidy A. Méně časté jsou rotaviry, virus hepatitidy E, astroviry, enteroviry, koronaviry, parvoviry a adenoviry. V naší laboratoři se zabýváme detekcí norovirů a koronaviru SARS-CoV-2.
Koronavirus SARS-CoV-2 je nově objevený kmen z čeledi Coronaviridae, který způsobuje vážné respirační onemocnění zvané COVID-19. Od konce roku 2019 virus způsobil celosvětovou pandemii. Vzhledem k celosvětové nouzové situaci v oblasti veřejného zdraví je důležité umět rychle a spolehlivě detekovat tento vir nejen jako průkaz nemoci u nakaženého, ale také z různých materiálů (např. z potravinových obalů) či odpadních vod. To by umožnilo monitorovat přítomnost viru a lépe předcházet dalším zoonotickým událostem podobného charakteru.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Detekce norovirů v potravinách a vodách
Detekce RNA SARS-CoV-2 a viru opičích neštovic (Mpox) ve vodách a kalech
Detekce RNA ptačí chřipky

 Podpora:

MZE (NAZV) QL24010383: Včasné odhalení zdrojů nákazy ptačí chřipky pomocí detekce virových částic v environmentálních vzorcích
TA ČR SS01020112 - Technologie pro odstranění genů antibiotické resistence z čistírenských kalů aplikovaných v zemědělství


10. Interakce grafenu a kompozitních materiálů s obsahem grafenu s mikroorganismy
V posledních desetiletích poutají pozornost základního i aplikovaného výzkumu grafenové materiály, jež kromě schopnosti zlepšovat fyzikální a chemické vlastnosti jiných matric vykazují i slibné antimikrobiální účinky. Dosud není zcela známo, jakými mechanismy grafen na mikrobiální buňky působí a jak se svými účinky liší různé formy grafenu. V rámci výzkumu ve spolupráci s Ústavem anorganické chemie na VŠCHT se zabýváme vlivem grafenových materiálů na růst a tvorbu biofilmu biotechnologicky významných mikroorganismů a mikrobiálních společenstev. Součástí výzkumu je i hodnocení genotoxicity. Do testování jsou zahrnuty grafenové materiály různých prostorových konformací: 1D (nanotrubičky), 2D (např. grafen, grafenoxid) a 3D (kompozity a nanovlákna s obsahem 1D a 2D materiálů). Ke studiu interakcí mezi mikroorganismy a grafenovými materiály využíváme jak klasické mikrobiologické metody, tak i molekulárně-biologické metody a mikroskopické metody, zejména skenovací elektronovou mikroskopii a konfokální laserovou skenovací mikroskopii.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Vliv grafenových materiálů na růst a tvorbu biofilmu vybraných mikroorganismů
Studium mechanismu působení grafenových materiálů na mikrobiální buňky – vliv na metabolickou aktivitu buněk, produkci reaktivních forem kyslíku apod.
In vitro a in vivo genotoxicita grafenových materiálů 

Podpora:

OP JAK CZ.02.01.01/00/22_008/0004631 Materiály a technologie pro udržitelný rozvoj (MATUR)



11. způsoby biologické ochrany brambor
Využití antimikrobiální aktivity bakterií a plísní je jednou z možných cest biologické ochrany brambor před účinkem pektinolytických bakterií (Pectobacterium spp. a Dickeya spp.) způsobujících měkkou hnilobu hlíz. Mezi producenty antimikrobiálních molekul patří nejčastěji zástupci rodů Pseudomonas, Bacillus, Serratia, Lactobacillus či Lactococcus. Tyto bakterie jsou schopny produkovat širokou škálu látek s antimikrobiálním účinkem, jako jsou peroxid vodíku, antibiotika, bakteriociny, siderofory, či různé těkavé organické sloučeniny. Je známo, že některé bakterie mohou inaktivovat také signální molekuly v procesu quorum-sening, a tak ovlivňovat expresi faktorů virulence fytopategonních bakterií. Jedná se především o bakterie náležící do rodů Delftia, Ochrobactrum, Bacillus a Rhodococcus.
Strategii hledání vhodného bioagens lze velmi zjednodušeně shrnout do následujících kroků: (i) izolace mikrobiální populace; (ii) ověření antimikrobiální aktivity na cílové fytopatogeny v laboratorních podmínkách; (iii) vyřazení izolátů s vlastní pektinolytickou aktivitou. Po tomto základním screeningu pak následují experimenty zaměřené na sledování účinku biogens přímo na hlízách brambor ve skleníkových podmínkách a následně i poloprovozech.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Izolace půdní mikrobiální populace z lokalit v ČR
Ověření antimikrobiální aktivity na cílové fytopatogeny
Stanovení pektinolytické aktivity
Identifikace izolátů plísní a bakterií (morfologie, biochemické testy, MALDI-TOF, sekvenace vhodných lokusů DNA) 

Podpora:

QL24010148 alternativní způsoby biologické ochrany bramboru za využití bioagens a látek přírodního původu

 



12. Biologicky aktivní látky 
Vzhledem k neustále rostoucímu množství mikroorganismů rezistentních vůči antibiotikům je nutné hledat nové látky s antimikrobiálními účinky. Lze je získat jednak izolací z přirozeného zdroje, chemickou syntézou s využitím strukturní modifikace, tak syntézou de novo.
Rostliny produkují velké množství přírodních produktů, které mohou být aplikovány pro podporu lidského zdraví. Léky na bázi přírodních produktů byly tradičně podávány orálně jako surové extrakty, což však vyvolává obavy o zdraví z důvodu škodlivých nebo nežádoucích meziproduktů v surových extraktech. Technologický pokrok však vytvořil podmínky pro sofistikovanější a kvalitnější výrobu farmaceutických přírodních produktů.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Antimikrobiální aktivity, cytotoxicita, protizánětlivá aktivita rostlinných extraktů
Hodnocení extrakčních metod při zpracování rostlinného materiálu dle jejich biologických aktivit
Syntéza nových biologicky aktivních látek na bázi peptidů a/nebo triterpenových sloučenin 

Podpora:

Projekt TA ČR č. TN02000044 – BIOCIRKL – Biorafinace a cirkulární ekonomika pro udržitelnost


     
13. Studium endofytních mikroorganismů 
Z důvodu stále rostoucí světové populace je vyvíjen tlak na dostatečnou a stabilní zemědělskou produkci. Pěstování plodin je značně limitováno nepříznivými podmínkami životního prostředí, škůdci a chorobami, které jsou v současné době navíc umocněny klimatickými změnami. Pro zajištění dostatečné výnosnosti zemědělských plodin se tak využívají pesticidy. Aplikace těchto chemických látek je sice velmi účinná, je však spojena s mnoha úskalími týkající se udržitelnosti tohoto systému pěstování rostlin. Pesticidy jsou chemické látky, které mají nežádoucí dopad na životní prostředí včetně člověka. Novodobé trendy zemědělství se tak snaží o omezení použití pesticidů a nalézání nových a ekologických řešení problému ochrany zemědělské úrody. Endofyty se díky produkci různých enzymů a jiných biologicky aktivních látek stávají důležitým prvkem v oblasti biotechnologických aplikací. Již dnes se využívají v zemědělství, lékařství, potravinářství, kosmetickém průmyslu, ale užitečné mohou být i v dalších oborech.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Izolace a identifikace endofytních mikroorganismů 
Charakterizace jejich biochemických aktivit
Aplikační pokusy na rostlinách 

Podpora:

Projekt TA ČR č. TN02000044 – BIOCIRKL – Biorafinace a cirkulární ekonomika pro udržitelnost


 
14. Cirkulární ekonomika – příprava biobetonu
Pařížská klimatická dohoda a Zelená dohoda pro Evropu představují v současné době klíčové snahy o snížení emisí skleníkových plynů, včetně oxidu uhličitého. Mezi hlavní producenty patří stavební průmysl, kdy značná část CO2  je produkována při výrobě portlandského cementu, využívaného pro produkci betonu. Jednou z možností, jak snížit výrobu cementu je zavedení recyklace odpadního stavebního materiálu. Naše skupina se zabývá recyklací jemně drceného odpadního betonu, který vzniká při demolicích, a současně využívá mikroorganismy, které jsou schopné srážet uhličitan vápenatý (MICP - mikrobiálně indukované srážení uhličitanu vápenatého). Mikroorganismy jsou za specifických podmínek schopné tvořit různé struktury krystalů CaCO3, které spojují částice odpadního betonu, a vytváří se tak opět pevný, kompozitní vzorek, tzv. biobeton. Vzniklé kompozitní vzorky biobetonu jsou analyzovány z hlediska strukturních a mechanických vlastností ve spolupráci s Fakultou stavební, ČVUT. Díky této technologii lze nejen redukovat emise CO2, ale zároveň využívat odpadní stavební materiál. Nicméně, jednou z překážek převedení této technologie do průmyslového měřítka je cena celého procesu, jejíž významnou část tvoří náklady na komerční kultivační média. Proto je jedním z našich cílů nahrazení komerčních kultivačních médií alternativními zdroji živin, například vedlejšími produkty z drůbežářského nebo pivovarnického průmyslu. 
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Ověření schopnosti srážet uhličitan vápenatý u prokaryotních (bakterie) a eukaryotních (plísně) mikroorganismů
Modifikace postupů přípravy kompozitních vzorků s cílem vylepšit jejich mechanické vlastnosti, například přídavkem přírodních materiálů 
Izolace a identifikace nových mikroorganismů se schopností srážet uhličitan vápenatý z různých environmentálních nik, například z Koněpruských vápencových jeskyní
Analýza složení mikrobiálních komunit v prostředích, kde probíhá tvorba uhličitanu vápenatého
Nahrazení komerčních růstových médií levnějšími alternativami připravenými z vedlejších živočišných produktů a optimalizace jejich přípravy
Komplexní analýza získaných kompozitních vzorků biobetonu − SEM, XRD, EDS, mechanické vlastnosti (tuhost, pevnost)
Zhodnocení uhlíkové stopy a celkové LCA (Life-Cycle Assessment) analýzy k vyhodnocení dopadů na životní prostředí

 Podpora:

GAČR 22-02702S: Mikrobiologicky indukované srážení kalcitu při recyklaci betonu pro produkci materiálů se zápornou uhlíkovou stopou
Národní centrum kompetence, TAČR TN02000044: „Biorafinace a cirkulární ekonomika pro udržitelnost“



15. Biodeteriorace kulturních památek
Předměty kulturního dědictví nesou cenné informace o vývoji naší společnosti od dávných dob až po současnost. Bohužel však běžně podléhají biodeterioraci, což jsou nežádoucí změny způsobené činností organismů, převážně mikroorganismů. Tento proces způsobuje nevratné poškození předmětů kulturního dědictví, a tím i nevyčíslitelné ztráty informací. Je proto důležité předcházet mikrobiální kontaminaci kulturních památek ukládáním ve vhodných klimatických podmínkách. V případě, že jsou sbírky již kontaminovány, je nezbytné mikroorganismy identifikovat a odstranit. Naše pracovní skupina se zaměřuje na identifikaci mikrobiálních populací na různých typech kulturních památek, zejména fotografiích a knihách, ale také v ovzduší, protože právě mikroorganismy v ovzduší jsou považovány za jednu z hlavních příčin kontaminace kulturních památek. Pro identifikaci využíváme jak na kultivaci závislý přístup s využitím MALDI-TOF MS či Sangerova sekvenování, při kterém je kladen důraz na zachycení co největší diverzity, tak na kultivaci nezávislý přístup s využitím amplikonového sekvenování metodou Illumina MiSeq, založeného jak na izolaci DNA, tak RNA. Důležitou součástí našeho výzkumu je testování enzymových aktivit, což nám umožňuje sledovat biodeteriorační potenciál izolátů a také testování rezistence mikrobiálních izolátů vůči dezinfekčním prostředkům. Tento komplexní přístup nám umožňuje přispívat k ochraně kulturního dědictví před destrukcí způsobenou mikrobiální činností.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Monitorování mikrobiální kontaminace historických knih, fotografií a filmových pásek v depozitářích ČR
Vývoj šetrné metodiky odběru a izolace bakterií, kvasinek a plísní z kulturních památek
Identifikace a charakterizace bakteriálních kmenů kontaminujících fotografické a kinematografické materiály
Identifikace a charakterizace vláknitých mikromycet izolovaných z archivních materiálů
Srovnání způsobu identifikace izolátů tradičními kultivačními a sekvenačními metodami
Testování rezistence mikrobiálních izolátů k dezinfekčním prostředkům

Podpora (konec prosinec 2022):

NAKI II (grant. Č. DG18P02OVV062): Biodiverzita černobílých fotografických a kinematografických materiálů v archivních fondech a metody jejich dezinfekce



16. Faktory ovlivňující půdní ekosystém
Touto tématikou se naše vědecká skupina začala zabývat v roce 2015, v rámci spolupráce s ČZU s Fakultou agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů. V současné době je kladen velký důraz na udržitelné zemědělství a zároveň na maximální produktivitu rostlin, což ovlivňuje především kvalita půdy. Při našem výzkumu sledujeme jak různé agronomické postupy ovlivňují půdní ekosystém. Jednou z těchto strategií je aplikace hnojiv, jako jsou odpadní čistírenské kaly, statková hnojiva nebo minerální hnojiva. Aplikace těchto hnojiv probíhala na čtyřech stanovištích v České republice již od roku 1996 a jednotlivé lokality se lišily nejen fyzikálně-chemickými parametry půdy, ale i klimatickými podmínkami. Nicméně, tato strategie může ovlivnit půdu nejen pozitivně, ale i negativně, například zvýšeným výskytem nežádoucích patogenních mikroorganismů nebo zvýšením různých typů genů rezistence k antibiotikům. Další možností, jak zlepšit kvalitu půdy je pomocí přídavku biocharu, což je uhlíkatý materiál, který vzniká pyrolýzou odpadů organického původu. Aplikace biocharu do půdy přispívá k sekvestraci uhlíku v půdě, zlepšuje vlastnosti půdy, je významným zdrojem živin, napomáhá udržovat vlhkost půdy a podporuje mikrobiální diverzitu. V rámci projektu byly využity dva typy odpadů: bukové štěpky a zbytek po strojním oddělení kuřecího masa, které byly připraveny za dvou různých pyrolyzačních teplot. Půdní ekosystém může být ovlivněn také přítomností různých typů polutantů, které bývají často přítomny nejen v odpadních čistírenských kalech nebo statkových hnojivech, ale tyto polutanty se mohou v nízkých koncentracích vyskytovat rovněž ve vodách využívaných k zálivce rostlin.
Konkrétní témata, která v rámci projektu řešíme:

Vliv přídavku různých typů hnojiv a biocharu na:

změny v mikrobiálních komunitách v půdě, v rhizosféře a na endofytní populace rostlin
půdní mikrobiální aktivity
přítomnost patogenních mikroorganismů
zvýšení genů antibiotické rezistence v půdě


 Vliv aplikace biocharu a arbuskulární mykhorhizy na degradaci, akumulaci a transport tří skupin kontaminantů (léčiv, změkčovadel a syntetických aromatických sloučenin) v rostlinách a na půdní, rhizosferní a endofytní populace

Podpora:

GAČR 16-07441S, GAČR 19-02836S


                                    [urlnadstranka] => 
                                    [ogobrazek] => 
                                    [pozadi] => 
                                    [iduzel] => 56072
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/potraviny/projekty
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => stranka
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 1
                                        )

                                )

                            [56068] => stdClass Object
                                (
                                    [nazev] => 
                                    [barva_pozadi] => cervena
                                    [uslideru] => false
                                    [text] => 

vedoucí skupiny
prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc.
docenti
doc. Ing. Petra Lovecká, Ph.D.
doc. Ing. Hana Stiborová, Ph.D.
asistenti a vědečtí pracovníci
Ing. Jana Kadavá
Ing. Sabina Purkrtová, Ph.D.
Ing. Hana Sýkorová, Ph.D.
Ing. Kamila Zdeňková, Ph.D.
Ing. Simona Lencová, Ph.D.
doktorandi
Ing. Milada Šolcová
Ing. Kristýna Kliková
Ing. Henrietta Ottová
Ing. Václav Peroutka
Ing. Lucie Černá
Ing. Marta Štindlová
 
technický personál
Šárka Katolická 
Gabriela Radová 
                                    [iduzel] => 56068
                                    [canonical_url] => 
                                    [skupina_www] => Array
                                        (
                                        )

                                    [url] => 
                                    [sablona] => stdClass Object
                                        (
                                            [class] => infobox
                                            [html] => 
                                            [css] => 
                                            [js] => 
                                            [autonomni] => 0
                                        )

                                )

                        )

                    [iduzel] => 29802
                    [canonical_url] => 
                    [skupina_www] => Array
                        (
                        )

                    [url] => /vyzkum/vedecke-skupiny/potraviny
                    [sablona] => stdClass Object
                        (
                            [class] => stranka
                            [html] => 
                            [css] => 
                            [js] => 
                            [autonomni] => 1
                        )

                )

        )

    [sablona] => stdClass Object
        (
            [class] => stranka_submenu
            [html] => 
            [css] => 
            [js] => 
            [autonomni] => 1
        )

    [api_suffix] => 
)